seq1 = pF1KSDA1715.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KSDA1715/gi568815596r_175829970.tfa (gi568815596r:175829970_176093224), 263255 bp

>pF1KSDA1715 1284
>gi568815596r:175829970_176093224 (Chr2)

(complement)

1-27  (97641-97667)   100% ->
28-69  (100002-100043)   100% ->
70-257  (100807-100994)   100% ->
258-316  (113357-113415)   100% ->
317-357  (122421-122461)   100% ->
358-441  (128636-128719)   100% ->
442-493  (128802-128853)   100% ->
494-706  (145533-145745)   100% ->
707-812  (153568-153673)   100% ->
813-883  (154842-154912)   100% ->
884-1054  (155711-155881)   100% ->
1055-1284  (163026-163255)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGGATTATTTTCTCGATGGAGG         ACAAAACCTTCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  97641 ATGGGTGGATTATTTTCTCGATGGAGGGTA...CAGACAAAACCTTCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTAGAAGTTCTAGAAAGTATAGATAAG         GAAATTCAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100016 TGTAGAAGTTCTAGAAAGTATAGATAAGGTA...CAGGAAATTCAAGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGGAAGAATTTAGGGAAAAAAATCAGAGATTACAAAAATTATGGGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100820 TGGAAGAATTTAGGGAAAAAAATCAGAGATTACAAAAATTATGGGTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGATTAATTCTGTATTCCTCAGTTCTCTATCTGTTTACATGCTTAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100870 AGATTAATTCTGTATTCCTCAGTTCTCTATCTGTTTACATGCTTAATTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATATTTGTGGTATCTTCCTGATGAATTTACAGCAAGACTTGCCATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100920 ATATTTGTGGTATCTTCCTGATGAATTTACAGCAAGACTTGCCATGACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCCATTTTTTGCTTTTCCATTGAT         CATCTGGAGCATAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100970 TCCCATTTTTTGCTTTTCCATTGATGTA...TAGCATCTGGAGCATAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAGTAATTATTTTCTTCTTTTCCAAGAGAACAGAAAGAAATA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113373 ACAGTAATTATTTTCTTCTTTTCCAAGAGAACAGAAAGAAATAGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    317   ATGAAGCATTGGATGATTTAAAATCCCAGAGGAAAAAAATA       
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122419 AGATGAAGCATTGGATGATTTAAAATCCCAGAGGAAAAAAATAGTA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    358   CTTGAAGAAGTCATGGAAAAAGAAACTTACAAGACGGCTAAATTAATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128634 AGCTTGAAGAAGTCATGGAAAAAGAAACTTACAAGACGGCTAAATTAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTTGAAAGGTTTGATCCGGACTCAAAGAAAGCAAAG         GAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 128684 CTTGAAAGGTTTGATCCGGACTCAAAGAAAGCAAAGGTA...CAGGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGAGCCGCCATCTGCTGGAGCAGCTGTAACTGCAAGACCTGGACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128807 TGAGCCGCCATCTGCTGGAGCAGCTGTAACTGCAAGACCTGGACAAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494       AGATTCGTCAGCGAACTGCAGCTCAAAGAAACCTTTCTCCAACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128857 ...CAGAGATTCGTCAGCGAACTGCAGCTCAAAGAAACCTTTCTCCAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CCAGCAAGCCCTAACCAGGGCCCTCCTCCACAAGTTCCAGTATCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145577 CCAGCAAGCCCTAACCAGGGCCCTCCTCCACAAGTTCCAGTATCTCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ACCACCAAAGGACAGTTCTGCCCCTGGTGGACCCCCAGAAAGGACTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145627 ACCACCAAAGGACAGTTCTGCCCCTGGTGGACCCCCAGAAAGGACTGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTCCAGCCCTATCATCAAATGTGTTACCAAGACATCTTGGATCCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145677 CTCCAGCCCTATCATCAAATGTGTTACCAAGACATCTTGGATCCCCTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACTTCAGTGCCTGGAATGG         GTCTTCATCCTCCAGGTCCACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 145727 ACTTCAGTGCCTGGAATGGGTA...TAGGTCTTCATCCTCCAGGTCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TTTAGCAAGACCTATTCTCCCCCGAGAACGAGGTGCTTTGGATAGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153590 TTTAGCAAGACCTATTCTCCCCCGAGAACGAGGTGCTTTGGATAGAATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGAATATTTGGTTGGTGATGGTCCACAAAACAG         GTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 153640 TTGAATATTTGGTTGGTGATGGTCCACAAAACAGGTA...TAGGTATGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CTTATATGTCAGCAGTGTTTTTCTCATAATGGCATGGCTTTGAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154849 CTTATATGTCAGCAGTGTTTTTCTCATAATGGCATGGCTTTGAAGGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ATTTGAATACATTG         CTTTTCGATGTGCCTACTGTTTTTTCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 154899 ATTTGAATACATTGGTA...CAGCTTTTCGATGTGCCTACTGTTTTTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TGAACCCTGCAAGAAAAACCAGACCTCAGGCTCCAAGACTTCCTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155738 TGAACCCTGCAAGAAAAACCAGACCTCAGGCTCCAAGACTTCCTGAGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGTTTTGAGAAGAGGCAGGTGGTGGAAGGTTCAAGTTCAGTTGGTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155788 AGTTTTGAGAAGAGGCAGGTGGTGGAAGGTTCAAGTTCAGTTGGTCCCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCCATCAGGAAGTGTGCTTTCATCAGACAACCAGTTTAATGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 155838 GCCATCAGGAAGTGTGCTTTCATCAGACAACCAGTTTAATGAAGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055    AATCTTTAGAACACGATGTTCTTGATGATAATACAGAGCAGACAGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163023 CAGAATCTTTAGAACACGATGTTCTTGATGATAATACAGAGCAGACAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GACAAAATACCAGCTACAGAACAGACAAACCAAGTGATTGAAAAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163073 GACAAAATACCAGCTACAGAACAGACAAACCAAGTGATTGAAAAAGCATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGACTCAGAGGAACCAGAGGAGAAACAAGAGACTGAGAATGAGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163123 TGACTCAGAGGAACCAGAGGAGAAACAAGAGACTGAGAATGAGGAAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CAGTGATTGAAACCAACTCCACAGTTCCTGGAGCTGATTCTATTCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163173 CAGTGATTGAAACCAACTCCACAGTTCCTGGAGCTGATTCTATTCCTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :
   1252 CCTGAACTAAGTGGAGAATCTTTGACGGCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 163223 CCTGAACTAAGTGGAGAATCTTTGACGGCAGAG