seq1 = pF1KSDA1712.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KSDA1712/gi568815594f_174199122.tfa (gi568815594f:174199122_174417380), 218259 bp

>pF1KSDA1712 1170
>gi568815594f:174199122_174417380 (Chr4)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-237  (102918-103065)   100% ->
238-384  (104582-104728)   100% ->
385-507  (105126-105248)   99% ->
508-678  (109568-109738)   100% ->
679-885  (110729-110935)   100% ->
886-961  (111662-111737)   100% ->
962-1086  (117045-117169)   99% ->
1087-1124  (117409-117446)   100% ->
1125-1170  (118214-118259)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACAGGTGACTTAAAAAGAAGCTTACGGAACCTAGAACAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACAGGTGACTTAAAAAGAAGCTTACGGAACCTAGAACAGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTTGCTAAATTATCCTGAAGAGGTGGACTGTGTAGG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 CCGCTTGCTAAATTATCCTGAAGAGGTGGACTGTGTAGGGTA...CAGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATAAAGGGAGACCCAGCAGCATCTTTGCCCATCATCAGCTATTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102920 TGATAAAGGGAGACCCAGCAGCATCTTTGCCCATCATCAGCTATTCTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCTCATACTCACCTTATGTAACAGAACTTATAATGGAATCCAATGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 ACCTCATACTCACCTTATGTAACAGAACTTATAATGGAATCCAATGTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTCATAGCAAAAAATGACTTGCGCTTTATAGATGCTGTCTATAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103020 GCTCATAGCAAAAAATGACTTGCGCTTTATAGATGCTGTCTATAAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      CTTCTTCGTGATCAATTTAATTATAAACCAATTTTGACAAAAAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103070 ..CAGCTTCTTCGTGATCAATTTAATTATAAACCAATTTTGACAAAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTTTATCCAATGTGGGTTTGCAGAATGGAAAATCCAAATTGTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104627 CAGTTTATCCAATGTGGGTTTGCAGAATGGAAAATCCAAATTGTTTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATTTTGAATTGTGTGATGAAAAAGCACAAGGAATTAAGCAGTCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104677 TATTTTGAATTGTGTGATGAAAAAGCACAAGGAATTAAGCAGTCTTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         ATTCCATCACAACAAAGAAAGAAAATCAGTTCTGGTAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104727 AGGTA...TAGATTCCATCACAACAAAGAAAGAAAATCAGTTCTGGTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAGAACCTCCTTTGAGCAATGAGAAAATATCTGCAGAGGCTGTTGGCGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105165 TCAGAACCTCCTTTGGGCAATGAGAAAATATCTGCAGAGGCTGTTGGCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATATCAGTGGCAGGTTTATGACCTCAGGAAAG         AAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105215 TGATATCAGTGGCAGGTTTATGACCTCAGGAAAGGTA...CAGAAGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGTGGTGATTCGTCACTTGTATAATGAAGATAATGTTGACATTTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109575 CTGTGGTGATTCGTCACTTGTATAATGAAGATAATGTTGACATTTCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATACATTAAGTCCAATAACAGATGTTAATGAAGCAGTTGATGTGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109625 GATACATTAAGTCCAATAACAGATGTTAATGAAGCAGTTGATGTGTCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTAAATGCTACTGAAATAAAGATGCCTGAAGTAAAGGTTCCTGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109675 CTTAAATGCTACTGAAATAAAGATGCCTGAAGTAAAGGTTCCTGAAATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGCTGAGCAACAG         GATGTAAATGTTAATCCTGAGATTACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109725 AGGCTGAGCAACAGGTA...TAGGATGTAAATGTTAATCCTGAGATTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCACTACAAACTATGCTTGCTGAATGCCAAGAAAATCTTAAGAAACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110756 GCACTACAAACTATGCTTGCTGAATGCCAAGAAAATCTTAAGAAACTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCGATAGAGAAAAGGTTAGACTGTTTGGAACAAAAAATGAAAGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110806 TTCGATAGAGAAAAGGTTAGACTGTTTGGAACAAAAAATGAAAGGAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGATGGTAGATGAAAACACCTGGACTAATCTTCTTAGTCGTGTCACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110856 TGATGGTAGATGAAAACACCTGGACTAATCTTCTTAGTCGTGTCACTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTTGAAACAGAAATGCTTTTGTCTAAAAAG         AATGATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110906 CTTGAAACAGAAATGCTTTTGTCTAAAAAGGTA...CAGAATGATGAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TATAGAGTTTAATGAAGTTAGTGAAGACTACGCTTCTTGTAGTGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111673 TATAGAGTTTAATGAAGTTAGTGAAGACTACGCTTCTTGTAGTGACATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCTTCTGAATCCTC         ACAGAAAAAGCGAAGTAGAGAGGCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111723 ACCTTCTGAATCCTCGTA...CAGACAGAAAAAGCGAAGTAGAGAGGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCAAGTATTCCTCTGTCCTCTGGCTATAGTACAGCATCATCAGATTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117071 GCAAGTATTCCTCTGTCCTCTGGCTATAGTACAGCATCATCAGATTCAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCCCAGAGCCTCTACCGTTAATTACTGTGGTTTGAATGAGATTTCAGAG 
        ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117121 TCCCAGAGCCTCTACTGTTAATTACTGTGGTTTGAATGAGATTTCAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087         GAAACAACAATCCAGAAAATGGAAAGGATGAAAAAAAT    
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117171 TA...AAGGAAACAACAATCCAGAAAATGGAAAGGATGAAAAAAATGTA.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125      GTTTGAAGAAACTGCAGAGTTACTGAAATGTCCAAATCACTACTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117451 ..CAGGTTTGAAGAAACTGCAGAGTTACTGAAATGTCCAAATCACTACTT

   1250 
   1170 G
        |
 118259 G