seq1 = pF1KSDA1710.tfa, 1410 bp
seq2 = pF1KSDA1710/gi568815597r_23261972.tfa (gi568815597r:23261972_23467171), 205200 bp

>pF1KSDA1710 1410
>gi568815597r:23261972_23467171 (Chr1)

(complement)

1-33  (99167-99199)   100% ->
34-160  (100004-100130)   100% ->
161-1410  (103951-105200)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCACCCTGCTCATGGCTGGGTCCCAG         GCACCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  99167 ATGGCAGCCACCCTGCTCATGGCTGGGTCCCAGGTA...CAGGCACCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACGTTTGAAGATATGGCCATGTATCTCACCCGGGAAGAATGGAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 GACGTTTGAAGATATGGCCATGTATCTCACCCGGGAAGAATGGAGACCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGACGCTGCACAGAGGGACCTTTACCGGGATGTTATGCAGGAGAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 TGGACGCTGCACAGAGGGACCTTTACCGGGATGTTATGCAGGAGAATTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAAATGTTGTCTCACTAG         ATTTTGAGATCAGGAGTGAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100112 GGAAATGTTGTCTCACTAGGTA...CAGATTTTGAGATCAGGAGTGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGAGGTAAATCCCAAGCAAGAGATTAGTGAAGATGTACAATTTGGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 CGAGGTAAATCCCAAGCAAGAGATTAGTGAAGATGTACAATTTGGGACTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATCTGAAAGACCTGCTGAGAATGCTGAGGAAAATCCTGAAAGTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 CATCTGAAAGACCTGCTGAGAATGCTGAGGAAAATCCTGAAAGTGAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTTTGAAAGCGGAGATAGGTCAGAAAGACAATGGGGAGATTTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104073 GGCTTTGAAAGCGGAGATAGGTCAGAAAGACAATGGGGAGATTTAACAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGAGTGGGTAAGCTATCCTCTCCAACCAGTCACTGATCTACTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 AGAAGAGTGGGTAAGCTATCCTCTCCAACCAGTCACTGATCTACTTGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAAGAAGTCCACACAGGCATCCGCTATCATATATGTTCTCATTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 ACAAAGAAGTCCACACAGGCATCCGCTATCATATATGTTCTCATTGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGGCCTTCAGTCAGATCTCAGACCTTAATCGACATCAGAAGACCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 AAGGCCTTCAGTCAGATCTCAGACCTTAATCGACATCAGAAGACCCACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGAGACAGACCCTATAAATGTTATGAATGTGGAAAAGGCTTCAGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 TGGAGACAGACCCTATAAATGTTATGAATGTGGAAAAGGCTTCAGTCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCTCACACCTTATTCAGCATCAAAGAACACATACTGGGGAGAGGCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104323 GCTCACACCTTATTCAGCATCAAAGAACACATACTGGGGAGAGGCCTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACTGTAACGAGTGTGGGAAAAGTTTTGGAAGAAGTTCTCACCTGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104373 GACTGTAACGAGTGTGGGAAAAGTTTTGGAAGAAGTTCTCACCTGATTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCATCAGACAATCCACACTGGAGAGAAGCCTCACAAATGTAATGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104423 GCATCAGACAATCCACACTGGAGAGAAGCCTCACAAATGTAATGAGTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAAAAAGTTTCTGCCGTCTCTCTCACCTAATCCAACACCAAAGGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104473 GAAAAAGTTTCTGCCGTCTCTCTCACCTAATCCAACACCAAAGGACCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGTGGTGAGAAACCCTATGAGTGTGAGGAGTGTGGGAAAAGCTTCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104523 AGTGGTGAGAAACCCTATGAGTGTGAGGAGTGTGGGAAAAGCTTCAGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAGCTCTCACCTAGCTCAGCACCAGAGGACCCACACGGGTGAGAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104573 GAGCTCTCACCTAGCTCAGCACCAGAGGACCCACACGGGTGAGAAACCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATGAATGTAACGAATGTGGCCGAGGCTTCAGTGAGAGATCTGATCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104623 ATGAATGTAACGAATGTGGCCGAGGCTTCAGTGAGAGATCTGATCTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAACACTATCGAGTCCACACAGGGGAGAGGCCCTACAAGTGTGATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104673 AAACACTATCGAGTCCACACAGGGGAGAGGCCCTACAAGTGTGATGAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGGGAAGAACTTCAGTCAGAACTCCGACCTTGTGCGTCATCGCAGAGCCC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104723 TGGGAAGAATTTCAGTCAGAACTCCGACCTTGTGCGTCATCGCAGAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACACGGGAGAGAAGCCATACCACTGTAACGAATGTGGGGAAAATTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104773 ACACGGGAGAGAAGCCATACCACTGTAACGAATGTGGGGAAAATTTCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGCATCTCACACTTGGTTCAGCACCAGAGAACTCACACTGGAGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104823 CGCATCTCACACTTGGTTCAGCACCAGAGAACTCACACTGGAGAGAAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ATATGAATGCAATGCTTGTGGGAAAAGCTTCAGCCGGAGCTCTCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104873 ATATGAATGCAATGCTTGTGGGAAAAGCTTCAGCCGGAGCTCTCATCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCACACACCAGAAAATTCACACTGGAGAGAAGCCTTATGAGTGTAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104923 TCACACACCAGAAAATTCACACTGGAGAGAAGCCTTATGAGTGTAATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TGTTGGCGAAGCTTTGGTGAAAGGTCAGATCTAATTAAACATCAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104973 TGTTGGCGAAGCTTTGGTGAAAGGTCAGATCTAATTAAACATCAGAGAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCACACAGGGGAGAAGCCCTACGAGTGTGTGCAGTGTGGGAAAGGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105023 CCACACAGGGGAGAAGCCCTACGAGTGTGTGCAGTGTGGGAAAGGTTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCCAGAGCTCCAACCTCATCACACATCAAAGAGTTCACACGGGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105073 CCCAGAGCTCCAACCTCATCACACATCAAAGAGTTCACACGGGAGAGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CCTTATGAATGTACCGAATGTGAGAAGAGTTTCAGCAGGAGCTCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105123 CCTTATGAATGTACCGAATGTGAGAAGAGTTTCAGCAGGAGCTCAGCTCT

   1400     .    :    .    :    .
   1383 TATTAAACATAAGAGAGTTCATACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 105173 TATTAAACATAAGAGAGTTCATACGGAC