seq1 = pF1KSDA1706.tfa, 1707 bp
seq2 = pF1KSDA1706/gi568815591f_36054325.tfa (gi568815591f:36054325_36399203), 344879 bp

>pF1KSDA1706 1707
>gi568815591f:36054325_36399203 (Chr7)

1-878  (100001-100878)   100% ->
879-930  (184661-184712)   100% ->
931-1041  (226791-226901)   99% ->
1042-1176  (230362-230496)   100% ->
1177-1315  (233315-233453)   100% ->
1316-1510  (242669-242863)   100% ->
1511-1707  (244683-244879)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCACCCTGGGCTGCCACCGCTCCATCCCCAGGGACCCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGCACCCTGGGCTGCCACCGCTCCATCCCCAGGGACCCCTCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTCCCATAGCCGCAAGTTCAGCGCAGCCTGTAACTTCAGCAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGTCCCATAGCCGCAAGTTCAGCGCAGCCTGTAACTTCAGCAACATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGTGAATCAGGAGCGGCTCAACATCAACACTGCCACGGAGGAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGTGAATCAGGAGCGGCTCAACATCAACACTGCCACGGAGGAGGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGACCCTGCCTGGGGTGACGCGTGCCGTGGCACGCAGCATCGTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGACCCTGCCTGGGGTGACGCGTGCCGTGGCACGCAGCATCGTGGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGAGAGTATATCGGTGGCTTCAAGAAGGTGGAGGACCTGGCATTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGAGAGTATATCGGTGGCTTCAAGAAGGTGGAGGACCTGGCATTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGGTGTAGGCGCCACCAAGCTGGAGCAGGTCAAGTTTGAGATCTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGGTGTAGGCGCCACCAAGCTGGAGCAGGTCAAGTTTGAGATCTGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAGCAAGGGCAGCTCAGCGCAGCACTCTCCCAGTTCCCTGCGGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCAGCAAGGGCAGCTCAGCGCAGCACTCTCCCAGTTCCCTGCGGCGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGCTAGCGGAGCAGCAGCCTCACCACCTGGCCACAGCTGTGCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGCTAGCGGAGCAGCAGCCTCACCACCTGGCCACAGCTGTGCCCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCCACGTGTTAACATCAACACAGCCACCCCGGCCCAGCTCATGAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCCACGTGTTAACATCAACACAGCCACCCCGGCCCAGCTCATGAGCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGAGGCCTCTCGGAGAAAATGGCCCTCAGCATCGTGGACTTCCGCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGAGGCCTCTCGGAGAAAATGGCCCTCAGCATCGTGGACTTCCGCCGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCATGGGCCCTTTCGCAGCGTTGAGGACCTAGTGAGGATGGATGGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCATGGGCCCTTTCGCAGCGTTGAGGACCTAGTGAGGATGGATGGTATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGCCGCCTTCCTGGACAGGATCCGGCACCAGGTGTTTGCTGAGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGCCGCCTTCCTGGACAGGATCCGGCACCAGGTGTTTGCTGAGAGGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGCCCCCATCCACCCACACGAACGGGGGACTGACCTTCACCGCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGCCCCCATCCACCCACACGAACGGGGGACTGACCTTCACCGCCAAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCACCCGAGCCCCACTTCCCTGAGCCTGCAGAGTGAGGACCTGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCACCCGAGCCCCACTTCCCTGAGCCTGCAGAGTGAGGACCTGGACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGCCAGGGGGGCCCACCCAGATTATCTCCACTCGGCCGTCCGTGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGCCAGGGGGGCCCACCCAGATTATCTCCACTCGGCCGTCCGTGGAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGGAGGCACAAGGGATGGGAGGCCTGTGCTGAGGCTGGCCACCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGGAGGCACAAGGGATGGGAGGCCTGTGCTGAGGCTGGCCACCTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTGCAGGGCTGTTCCGTGGAGAAGGCCAACAACCCCGGGGTGCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTGCAGGGCTGTTCCGTGGAGAAGGCCAACAACCCCGGGGTGCGAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGTGTGCATGACACTCCTGGAAAACAG         CATCAAGCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100851 TGGTGTGCATGACACTCCTGGAAAACAGGTG...CAGCATCAAGCTTCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTGTGCAAGAACTGCTTGACAGAGAGGCCTTGGAAAAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 184674 GCTGTGCAAGAACTGCTTGACAGAGAGGCCTTGGAAAAGGTA...CAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTGCACGGAGCTAAACCAGCCGACCCTGCCCAACATCCGCAAGTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226793 CTGCACGGAGCTAAACCAGCCGACCCTGCCCAACATCCGCAAGTGGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGCCCCGGGGATGCTGGAAGGCTGTTGTTGCTGAGAAGCCCTCGAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 226843 GGCCCCGGGGATGCTGGAAGGCTGTTGTTGCTGAGAAGCCCTCGAGTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTCCAGAAG         GGAGCTGGGTATGCAGGATTCCTATGGGACGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 226893 CTCCAGAAGGTA...CAGGGAGCTGGGTATGCAGGATTCCTATGGGACGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGCTGCCGGCATGGAGCTGAGAGACGCGGGTTCACAGGAGAGCTCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230394 GGCTGCCGGCATGGAGCTGAGAGACGCGGGTTCACAGGAGAGCTCGCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GCAACGGGCACGGGAAGCTGGCGGGCCCCAGCCCATACCTCGGGAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230444 GCAACGGGCACGGGAAGCTGGCGGGCCCCAGCCCATACCTCGGGAGGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAG         GTGGGAAGTCACGACCTGACCCTTGTTAACCTTCACCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230494 AAGGTA...TAGGTGGGAAGTCACGACCTGACCCTTGTTAACCTTCACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GGCAGCCCTGACCCTCCTGGGGAGCGAGAATCCCAGCAAGAATCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233353 GGCAGCCCTGACCCTCCTGGGGAGCGAGAATCCCAGCAAGAATCACAGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATGGCCACCGGTTGGCGAGCTTTGCACAGACCCTACAGGAAACCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233403 ATGGCCACCGGTTGGCGAGCTTTGCACAGACCCTACAGGAAACCCTGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 G         GAGAAAAGGATGTCATTATCTTAGGGGATTTTGGCCAAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233453 GGTA...CAGGAGAAAAGGATGTCATTATCTTAGGGGATTTTGGCCAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GCCAGACAGCAATGACTATGATATCCTGAGGAAAGAAAAGTTCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242709 GCCAGACAGCAATGACTATGATATCCTGAGGAAAGAAAAGTTCCACCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TGATCCCCGCGCACACCTTCACCAACATCAGCACCAAGAACCCTCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242759 TGATCCCCGCGCACACCTTCACCAACATCAGCACCAAGAACCCTCAAGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TCGAAGTCTCTGGACAACATCTGGATCAGTAAAAGCTTAAAGAAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242809 TCGAAGTCTCTGGACAACATCTGGATCAGTAAAAGCTTAAAGAAGGTTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CACAG         GTCACTGGGCTGTGGTGAGAGAAGGCCTCACGAACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242859 CACAGGTG...CAGGTCACTGGGCTGTGGTGAGAGAAGGCCTCACGAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CTTGGATTCCGGATAACTGGTCTTGGGGCGGGGTGGCTTCTGAACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244719 CTTGGATTCCGGATAACTGGTCTTGGGGCGGGGTGGCTTCTGAACACTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CCAGTGCTAGCCGAGTTCTACACTGAAAAGGACTGGAGCAAGAAGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 244769 CCAGTGCTAGCCGAGTTCTACACTGAAAAGGACTGGAGCAAGAAGGATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CCCTCGGAACGGCAGCGGGGTGGCCTTGGAGCGAAGTGAAGCCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244819 CCCTCGGAACGGCAGCGGGGTGGCCTTGGAGCGAAGTGAAGCCAACATCA

   1750     .    :
   1697 AGCACGAGCGA
        |||||||||||
 244869 AGCACGAGCGA