seq1 = pF1KSDA1701.tfa, 1641 bp
seq2 = pF1KSDA1701/gi568815575f_102648996.tfa (gi568815575f:102648996_102850636), 201641 bp

>pF1KSDA1701 1641
>gi568815575f:102648996_102850636 (ChrX)

1-1641  (100001-101641)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGGACTAAGAATAAGACAAGAGCCCAGGCCAAAACTGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGGACTAAGAATAAGACAAGAGCCCAGGCCAAAACTGAAAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGCTATACAAGCTAAAGCTGGAGCAGAGAGGGAGGCTACTGGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGCTATACAAGCTAAAGCTGGAGCAGAGAGGGAGGCTACTGGTGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAGGCCTGTAGCCAAGACCAGGGCCAAAGCAAAAGCCAAGACAGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAGGCCTGTAGCCAAGACCAGGGCCAAAGCAAAAGCCAAGACAGGGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGACAGATGCAGTAGCAGAGATGAAGGCAGTGTCTAAGAACAAGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGACAGATGCAGTAGCAGAGATGAAGGCAGTGTCTAAGAACAAGGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTGAGACGAAGGAAGGAGCTCTGTCAGAGCCTAAGACTCTGGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTGAGACGAAGGAAGGAGCTCTGTCAGAGCCTAAGACTCTGGGCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATGGGAGATTTCACTCCCAAGGCTGGGAATGAGTCCACCAGCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATGGGAGATTTCACTCCCAAGGCTGGGAATGAGTCCACCAGCTCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTAAAAATGAGGCTGGTACTGATGCCTGGTTCTGGGCTGGGGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTAAAAATGAGGCTGGTACTGATGCCTGGTTCTGGGCTGGGGAAGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACTATCAATTCCTGGTTCTGGAATGGAGAAGAGGCTGGTAATAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACTATCAATTCCTGGTTCTGGAATGGAGAAGAGGCTGGTAATAGTTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCACTAAGAATGATAAACCTGAAATTGGTGCCCAGGTCTGTGCTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCACTAAGAATGATAAACCTGAAATTGGTGCCCAGGTCTGTGCTGAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGGAACCTGCGGCTGGGGCCGATTGCAAACCTAGGTCAGGGGCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGGAACCTGCGGCTGGGGCCGATTGCAAACCTAGGTCAGGGGCTGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGGAGGAAGAGAATGTTATTGGGAACTGGTTTTGGGAAGGAGATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGGAGGAAGAGAATGTTATTGGGAACTGGTTTTGGGAAGGAGATGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTAGTTTTGACCCTAATCCTAAACCTGTGAGCAGGATAGTTAAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTAGTTTTGACCCTAATCCTAAACCTGTGAGCAGGATAGTTAAGCCTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCTGTGTATGAAATTAATGAAAAAAATAGGCCCAAGGACTGGTCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCTGTGTATGAAATTAATGAAAAAAATAGGCCCAAGGACTGGTCTGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AACTATCTGGCCCAATGCCCCTGCTGTAACTCCAGCTGTGTTAGGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AACTATCTGGCCCAATGCCCCTGCTGTAACTCCAGCTGTGTTAGGATTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GATCCCAGGCACCATCTGAGGCAAGCCCTCCTTCATATATTGTTCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GATCCCAGGCACCATCTGAGGCAAGCCCTCCTTCATATATTGTTCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCGCTGAAGAAAATGCCTGTTCTTTGCCTGTGGCAACAGCTTGCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCGCTGAAGAAAATGCCTGTTCTTTGCCTGTGGCAACAGCTTGCCGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTCTAGGAACACTCGCTCATGCTCACAGCCTATCCCTGAGTGTCGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTCTAGGAACACTCGCTCATGCTCACAGCCTATCCCTGAGTGTCGTTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATTCTGACCCCTGCATCCAGACCATAGATGAGATTAGACGTCAAATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATTCTGACCCCTGCATCCAGACCATAGATGAGATTAGACGTCAAATCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCAGGGAGGTAAATGGGATTAAGCCATTTGCTTGTCCTTGCAAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCAGGGAGGTAAATGGGATTAAGCCATTTGCTTGTCCTTGCAAAATGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ATGCTATATGGATTCTGAGGAATTTGAAAAACTTGTTAGCTTACTTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATGCTATATGGATTCTGAGGAATTTGAAAAACTTGTTAGCTTACTTAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAACTACTGATCCTCTTATTCATAAAATAGCACGGATTGCAATGGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAACTACTGATCCTCTTATTCATAAAATAGCACGGATTGCAATGGGTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CATAATGTTCACCCATTTGCCCAAGAGTTTATTAACGAAGTAGGTGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CATAATGTTCACCCATTTGCCCAAGAGTTTATTAACGAAGTAGGTGTAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GACACTTATTGAAAGCTTGCTCAGTTTTCCTTCCCCTGAAATGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GACACTTATTGAAAGCTTGCTCAGTTTTCCTTCCCCTGAAATGAGAAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGACTGTAATTACTCTGAATCCTCCTTCTGGGGATGAAAGACAACGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGACTGTAATTACTCTGAATCCTCCTTCTGGGGATGAAAGACAACGCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATTGAATTACATGTTAAGCATATGTGTAAAGAAACCATGTCATTTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ATTGAATTACATGTTAAGCATATGTGTAAAGAAACCATGTCATTTCCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GAACTCACCGGGACAGCAATCTGGATTAAAGATACTAGGACAACTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GAACTCACCGGGACAGCAATCTGGATTAAAGATACTAGGACAACTGACTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTGATTTTGTCCATCACTACATTGTTGCCAATTACTTTTCAGAGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTGATTTTGTCCATCACTACATTGTTGCCAATTACTTTTCAGAGCTTTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CATTTGCTGTCCTCAGGAAATTGCAAAACCAGAAATCTTGTTTTGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CATTTGCTGTCCTCAGGAAATTGCAAAACCAGAAATCTTGTTTTGAAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ACTTTTAAATATGTCTGAAAATCCAACTGCAGCCAGAGACATGATCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 ACTTTTAAATATGTCTGAAAATCCAACTGCAGCCAGAGACATGATCAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TGAAGGCATTGGCAGCATTAAAACTCATCTTTAACCAGAAAGAGGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TGAAGGCATTGGCAGCATTAAAACTCATCTTTAACCAGAAAGAGGCAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GCCAATCTTGTTAGTGGTGTGGCCATATTTATTAACATAAAGGAGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GCCAATCTTGTTAGTGGTGTGGCCATATTTATTAACATAAAGGAGCATAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CAGAAAAGGCTCAATTGTAGTTGTTGATCACTTGAGTTATAATACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CAGAAAAGGCTCAATTGTAGTTGTTGATCACTTGAGTTATAATACACTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TGGCCATTTTCAGGGAAGTTAAAGAGATTATTGAAACAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TGGCCATTTTCAGGGAAGTTAAAGAGATTATTGAAACAATG