seq1 = pF1KSDA1696.tfa, 1902 bp
seq2 = pF1KSDA1696/gi568815587r_45833971.tfa (gi568815587r:45833971_46184219), 350249 bp

>pF1KSDA1696 1902
>gi568815587r:45833971_46184219 (Chr11)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-87  (105054-105086)   100% ->
88-153  (107401-107466)   100% ->
154-360  (204254-204460)   100% ->
361-612  (212853-213104)   100% ->
613-702  (214316-214405)   100% ->
703-996  (218612-218905)   100% ->
997-1095  (230595-230693)   100% ->
1096-1147  (233963-234014)   100% ->
1148-1227  (234739-234818)   100% ->
1228-1288  (235274-235334)   100% ->
1289-1311  (238122-238144)   100% ->
1312-1467  (245908-246063)   100% ->
1468-1543  (247651-247726)   100% ->
1544-1647  (248481-248584)   100% ->
1648-1902  (249995-250249)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTGCAGACTCTACAGGAGGCTCTTAAAGTGGAAATTCAGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTGCAGACTCTACAGGAGGCTCTTAAAGTGGAAATTCAGGTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAG         AAACTGGTTGCTCAAATGAAGCAGGATCCACAG    
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CCAGGTA...CAGAAACTGGTTGCTCAAATGAAGCAGGATCCACAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      AATGCTGACTTAAAGAAACAGCTTCATGAACTCCAAGCCAAAATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105091 ..CAGAATGCTGACTTAAAGAAACAGCTTCATGAACTCCAAGCCAAAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACAGCTTTGAGTGAGAAACAG         AAAAGAGTAGTTGAACAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107446 ACAGCTTTGAGTGAGAAACAGGTA...TAGAAAAGAGTAGTTGAACAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ACGGAAGAACCTGATAGTAAAGCAAGAACAACCGGACAAGTTCCAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204274 ACGGAAGAACCTGATAGTAAAGCAAGAACAACCGGACAAGTTCCAAATAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCCATTGCCACAATCTGAAAACAAACTACAAACAGCACAGCAGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204324 AGCCATTGCCACAATCTGAAAACAAACTACAAACAGCACAGCAGCAACCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTACAGCAACTACAACAACAGCAGCAGTACCACCACCACCACGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204374 CTACAGCAACTACAACAACAGCAGCAGTACCACCACCACCACGCCCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCAGCTGCAGCCTCTCCCAACCTGACTGCTTCACAG         AAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 204424 GTCAGCTGCAGCCTCTCCCAACCTGACTGCTTCACAGGTA...TAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGTAACTACAGCTTCTATGATTACCACAAAGACACTACCTCTCGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212857 CTGTAACTACAGCTTCTATGATTACCACAAAGACACTACCTCTCGTCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAGCAGCAACTGCGACCATGCCTGCCTCTGTGGTGGGCCAGAGACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212907 AAAGCAGCAACTGCGACCATGCCTGCCTCTGTGGTGGGCCAGAGACCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATTGCTATGGTGACCGCCATCAACAGTCAGAAGGCTGTGCTCAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212957 CATTGCTATGGTGACCGCCATCAACAGTCAGAAGGCTGTGCTCAGCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTGCAGAACACACCAGTCAACCTCCAGACGTCTAGTAAGGTCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213007 ATGTGCAGAACACACCAGTCAACCTCCAGACGTCTAGTAAGGTCACTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGGGGCAGAGGCTGTCCAAATTGTGGCAAAAAACACAGTCACTCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 213057 CCTGGGGCAGAGGCTGTCCAAATTGTGGCAAAAAACACAGTCACTCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613        CAGGTTCAGGCAACACCTCCTCAGCCCATCAAAGTACCACAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213107 A...TAGCAGGTTCAGGCAACACCTCCTCAGCCCATCAAAGTACCACAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTATCCCCCCTCCTAGACTCACTCCACGTCCAAACTTTCTTCCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 214359 TTATCCCCCCTCCTAGACTCACTCCACGTCCAAACTTTCTTCCACAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GTTCGACCCAAGCCTGTGGCCCAGAATAACATTCCTATTGCCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214409 ...TAGGTTCGACCCAAGCCTGTGGCCCAGAATAACATTCCTATTGCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCACCACCTCCCATGCTCGCAGCTCCTCAGCTTATCCAGAGGCCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218656 AGCACCACCTCCCATGCTCGCAGCTCCTCAGCTTATCCAGAGGCCCGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTGACCAAGTTCACCCCCACAACCCTTCCCACATCCCAGAATTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218706 TGCTGACCAAGTTCACCCCCACAACCCTTCCCACATCCCAGAATTCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACCCCGTCCGTGTCGTCAATGGGCAGACTGCAACCATAGCCAAAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218756 CACCCCGTCCGTGTCGTCAATGGGCAGACTGCAACCATAGCCAAAACGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCCATGGCCCAGCTCACCAGCATTGTGATAGCTACTCCAGGGACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218806 CCCCATGGCCCAGCTCACCAGCATTGTGATAGCTACTCCAGGGACCAGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCGCTGGACCTCAAACTGTACAGCTTAGCAAGCCAAGTCTTGAAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218856 TCGCTGGACCTCAAACTGTACAGCTTAGCAAGCCAAGTCTTGAAAAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997          ACAGTTAAATCTCACACAGAAACAGATGAGAAACAAACAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218906 GTA...TAGACAGTTAAATCTCACACAGAAACAGATGAGAAACAAACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGCCGCACCATCACCCCACCTGCTGCACCCAAACCAAAACGGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230636 GAGCCGCACCATCACCCCACCTGCTGCACCCAAACCAAAACGGGAGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCCTCAG         AAACTTGCCTTCATGGTGTCTCTAGGGTTGGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 230686 ACCCTCAGGTA...CAGAAACTTGCCTTCATGGTGTCTCTAGGGTTGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACACATGACCATCTAGAAG         AAATCCAAAGCAAGAGGCAAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 233996 ACACATGACCATCTAGAAGGTA...AAGAAATCCAAAGCAAGAGGCAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCGAAAAAGAAGAACAACAGCAAATCCGGTCTACAGTGGAGCAGTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234761 GCGAAAAAGAAGAACAACAGCAAATCCGGTCTACAGTGGAGCAGTCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCCAGAG         CGTAAGAAGAGTGCAGTGACATACCTAAACAGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 234811 AGCCAGAGGTA...AAGCGTAAGAAGAGTGCAGTGACATACCTAAACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACAATGCACCCTGGGACCCGGAAGAGAG         CCAATGAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 235307 ACAATGCACCCTGGGACCCGGAAGAGAGGTG...TAGCCAATGAGGAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTGGCCAAAG         GGTGATATTCATGAGGATTTTTGCAGCGTTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 238135 CTGGCCAAAGGTA...TAGGGTGATATTCATGAGGATTTTTGCAGCGTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GCAGAAAAAGTGGCCAGTTACTGATGTGCGACACATGTTCCCGTGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245939 GCAGAAAAAGTGGCCAGTTACTGATGTGCGACACATGTTCCCGTGTATAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CATTTGGACTGCTTAGACCCCCCTCTGAAAACAATTCCCAAGGGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245989 CATTTGGACTGCTTAGACCCCCCTCTGAAAACAATTCCCAAGGGCATGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GATCTGTCCCAGATGTCAGGACCAG         ATGCTGAAGAAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 246039 GATCTGTCCCAGATGTCAGGACCAGGTA...CAGATGCTGAAGAAGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAGCAATTCCATGGCCTGGAACTTTAGCAATTGTTCATTCCTATATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247667 AAGCAATTCCATGGCCTGGAACTTTAGCAATTGTTCATTCCTATATTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TACAAAGCAG         CAAAAGAAGAAGAGAAACAGAAGTTACTTAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 247717 TACAAAGCAGGTA...TAGCAAAAGAAGAAGAGAAACAGAAGTTACTTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 ATGGAGTTCAGATTTAAAACAAGAACGAGAACAACTAGAGCAAAAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248512 ATGGAGTTCAGATTTAAAACAAGAACGAGAACAACTAGAGCAAAAGGTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AACAGCTCAGCAATTCCATAAGT         AAATGCATGGAAATGAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 248562 AACAGCTCAGCAATTCCATAAGTGTA...CAGAAATGCATGGAAATGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AACACCATCCTGGCCCGGCAGAAGGAGATGCACAGCTCCCTGGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250013 AACACCATCCTGGCCCGGCAGAAGGAGATGCACAGCTCCCTGGAGAAGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 AAAACAGCTGATTCGCCTCATCCACGGCATCGACCTCTCCAAACCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250063 AAAACAGCTGATTCGCCTCATCCACGGCATCGACCTCTCCAAACCTGTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 ACTCTGAGGCCACTGTGGGGGCCATCTCCAATGGCCCGGACTGCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250113 ACTCTGAGGCCACTGTGGGGGCCATCTCCAATGGCCCGGACTGCACCCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CCTGCCAATGCCGCCACCTCCACGCCGGCCCCTTCCCCCTCCTCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250163 CCTGCCAATGCCGCCACCTCCACGCCGGCCCCTTCCCCCTCCTCCCAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1866 CTGCACAGCGAACTGTAACCAGGGGGAAGAGACTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250213 CTGCACAGCGAACTGTAACCAGGGGGAAGAGACTAAA