seq1 = pF1KSDA1691.tfa, 1569 bp
seq2 = pF1KSDA1691/gi568815591f_2532156.tfa (gi568815591f:2532156_2761736), 229581 bp

>pF1KSDA1691 1569
>gi568815591f:2532156_2761736 (Chr7)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-293  (114698-114867)   100% ->
294-405  (114987-115098)   100% ->
406-626  (115263-115483)   100% ->
627-722  (115804-115899)   100% ->
723-795  (117412-117484)   100% ->
796-871  (117758-117833)   100% ->
872-927  (120032-120087)   100% ->
928-1020  (120763-120855)   100% ->
1021-1113  (123937-124029)   100% ->
1114-1250  (124243-124379)   100% ->
1251-1424  (126131-126304)   100% ->
1425-1500  (126785-126860)   100% ->
1501-1569  (129513-129581)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGGTCAGCTACGCGGCGCCCTGGTGGGTGAGCCTCCTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGGTCAGCTACGCGGCGCCCTGGTGGGTGAGCCTCCTGCACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCCCCACTTCGACCTGAGCTGGGAGGCCACTAGCAGCCAGTTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCCCCACTTCGACCTGAGCTGGGAGGCCACTAGCAGCCAGTTCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGAGGACACCGACTACCAGCAG         GCCCTGCTGCTCCTGGGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 CCGAGGACACCGACTACCAGCAGGTG...CAGGCCCTGCTGCTCCTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCGCCGCCCTGGCCTGCCTCGCCCTGGACCTCCTCTTCCTGCTCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114716 GCCGCCGCCCTGGCCTGCCTCGCCCTGGACCTCCTCTTCCTGCTCTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCTTCTGGCTGTGCTGCCGGCGGCGCAAGAGCGAGGAGCACCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114766 CTCCTTCTGGCTGTGCTGCCGGCGGCGCAAGAGCGAGGAGCACCTGGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGACTGCTGCTGCACGGCCTGGTGTGTCATCATCGCCACGCTGGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114816 CCGACTGCTGCTGCACGGCCTGGTGTGTCATCATCGCCACGCTGGTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AG         CGCCGGCATCGCAGTGGGATTCTACGGCAACGGGGAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114866 AGGTG...CAGCGCCGGCATCGCAGTGGGATTCTACGGCAACGGGGAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGTGATGGCATCCATAGGGCCACCTACTCGCTCCGCCACGCCAACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115026 CAGTGATGGCATCCATAGGGCCACCTACTCGCTCCGCCACGCCAACCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGTGGCCGGGGTCCAGGACCGC         GTGTGGGACACGGCGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115076 CGGTGGCCGGGGTCCAGGACCGCGTG...CAGGTGTGGGACACGGCGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGCTGAACCACACGGCGGAGCCCAGCCTGCAGACCCTGGAGCGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115281 GGGCTGAACCACACGGCGGAGCCCAGCCTGCAGACCCTGGAGCGGCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCGGGCGGCCCGAGCCCCTGCGAGCCGTACAGAGGCTGCAGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115331 GGCCGGGCGGCCCGAGCCCCTGCGAGCCGTACAGAGGCTGCAGGGCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGAGACGCTGCTGGGCTACACGGCCGCCATCCCCTTTTGGAGGAACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115381 TGGAGACGCTGCTGGGCTACACGGCCGCCATCCCCTTTTGGAGGAACACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCGGTGTCGCTGGAGGTGCTGGCGGAGCAGGTGGATCTCTACGACTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115431 GCGGTGTCGCTGGAGGTGCTGGCGGAGCAGGTGGATCTCTACGACTGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAG         GTGGCTGGGCTACCTGGGCCTGCTGCTGCTGGACGTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115481 CAGGTG...CAGGTGGCTGGGCTACCTGGGCCTGCTGCTGCTGGACGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCATCTGCCTCCTGGTGCTGGTTGGCCTCATCCGCAGCTCCAAGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115842 TCATCTGCCTCCTGGTGCTGGTTGGCCTCATCCGCAGCTCCAAGGGCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGGTGGG         GGTCTGCCTGCTGGGAGTCCTGGCCCTGGTCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 115892 CTGGTGGGGTG...CAGGGTCTGCCTGCTGGGAGTCCTGGCCCTGGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCTGGGGCGCGCTGGGCTTGGAGCTGGCTGTGTCCGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117445 CAGCTGGGGCGCGCTGGGCTTGGAGCTGGCTGTGTCCGTGGTG...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCTCCAGCGACTTCTGTGTGGACCCTGACGCCTACGTGACCAAAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117759 GCTCCAGCGACTTCTGTGTGGACCCTGACGCCTACGTGACCAAAATGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGAGTACTCGGTGCTGAGTGGGG         ACATCCTGCAGTACTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117809 GAGGAGTACTCGGTGCTGAGTGGGGGTG...CAGACATCCTGCAGTACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGGCCTGCTCGCCCCGCGCCGCCAACCCCTTCCAGCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120048 CCTGGCCTGCTCGCCCCGCGCCGCCAACCCCTTCCAGCAGGTG...CAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCTGTCGGGCAGCCACAAGGCACTGGTGGAGATGCAGGATGTCGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120764 AGCTGTCGGGCAGCCACAAGGCACTGGTGGAGATGCAGGATGTCGTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGCTTCTGAGGACCGTCCCCTGGGAGCAGCCGGCCACTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120814 GAGCTTCTGAGGACCGTCCCCTGGGAGCAGCCGGCCACTAAGGTG...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021  GACCCCCTCCTCCGCGTCCAGGAGGTGCTGAATGGCACGGAGGTGAACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123936 GGACCCCCTCCTCCGCGTCCAGGAGGTGCTGAATGGCACGGAGGTGAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGCAGCACCTCACCGCCCTGGTGGACTGCCGCAGCCTGCATCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123986 TGCAGCACCTCACCGCCCTGGTGGACTGCCGCAGCCTGCATCTGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114    GACTACGTGCAAGCGCTGACCGGCTTCTGCTATGACGGCGTGGAGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124240 CAGGACTACGTGCAAGCGCTGACCGGCTTCTGCTATGACGGCGTGGAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCTCATCTACCTGGCCCTCTTCTCCTTCGTCACAGCCCTCATGTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124290 CCTCATCTACCTGGCCCTCTTCTCCTTCGTCACAGCCCTCATGTTCAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCATCGTCTGCAGCGTCCCGCACACCTGGCAGCAAAAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124340 CCATCGTCTGCAGCGTCCCGCACACCTGGCAGCAAAAGAGGTG...CAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGCCCTGATGAGGACGGGGAGGAGGAGGCCGCTCCAGGGCCGCGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126132 GGCCCTGATGAGGACGGGGAGGAGGAGGCCGCTCCAGGGCCGCGGCAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCACGACAGCCTCTACCGCGTCCACATGCCCAGCCTGTACAGCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126182 GCACGACAGCCTCTACCGCGTCCACATGCCCAGCCTGTACAGCTGTGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCAGCTACGGCAGTGAGACCAGCATCCCGGCCGCGGCCCACACCGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126232 GCAGCTACGGCAGTGAGACCAGCATCCCGGCCGCGGCCCACACCGTCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACGCCCCGGTCACTGAGTACAT         GAGCCAGAACGCTAATTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126282 AACGCCCCGGTCACTGAGTACATGTG...CAGGAGCCAGAACGCTAATTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCAGAACCCCCGCTGTGAGAACACCCCACTCATTGGGCGCGAGTCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126803 CCAGAACCCCCGCTGTGAGAACACCCCACTCATTGGGCGCGAGTCCCCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGCCCTCA         TACACCTCCAGCATGAGAGCCAAATACCTCGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 126853 CGCCCTCAGTA...CAGTACACCTCCAGCATGAGAGCCAAATACCTCGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1534 ACGAGCCAGCCTCGCCCTGACTCCAGCGGCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129546 ACGAGCCAGCCTCGCCCTGACTCCAGCGGCAGCCAC