seq1 = pF1KSDA1674.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KSDA1674/gi568815588f_132233525.tfa (gi568815588f:132233525_132475239), 241715 bp

>pF1KSDA1674 1590
>gi568815588f:132233525_132475239 (Chr10)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-341  (104041-104171)   100% ->
342-400  (108689-108747)   100% ->
401-553  (110974-111126)   100% ->
554-926  (114460-114832)   100% ->
927-1073  (118083-118229)   100% ->
1074-1170  (122266-122362)   100% ->
1171-1289  (127933-128051)   100% ->
1290-1416  (131900-132026)   100% ->
1417-1590  (141542-141715)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGAAGCAGCTCCTACGAAGTTCCCTCTGTGGCTGCTGCTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGAAGCAGCTCCTACGAAGTTCCCTCTGTGGCTGCTGCTGATCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGAGGGTGCTGGTCAGACTAGGAGCTTGCCTGCCACCCCCTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGAGGGTGCTGGTCAGACTAGGAGCTTGCCTGCCACCCCCTCCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTTCACAAGGGTGTTGGAGGCATCATCTTTTCCTCCTCACCGATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTTCACAAGGGTGTTGGAGGCATCATCTTTTCCTCCTCACCGATTTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTTGAGTGAAAGTGGTCTGTGCCGTTTGGAGGAGGTCTTTAGAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTTGAGTGAAAGTGGTCTGTGCCGTTTGGAGGAGGTCTTTAGAATCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCTTCAA         CAATTGCATCTGCAAAGGAATGCCCTGTGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCTTCAAGTA...AAGCAATTGCATCTGCAAAGGAATGCCCTGTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGATTCCTCAAGATTTCTTTCAGTTGCTTCCGAACCTGACTTGGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104072 TGATTCCTCAAGATTTCTTTCAGTTGCTTCCGAACCTGACTTGGCTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCGGTACAATAGAATTAAAGCGCTTCCTTCTGGGATTGGAGCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104122 CTCCGGTACAATAGAATTAAAGCGCTTCCTTCTGGGATTGGAGCTCACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          GCATTTGAAAACTTTGCTTTTAGAAAGAAATCCTATCAAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104172 GTA...AAGGCATTTGAAAACTTTGCTTTTAGAAAGAAATCCTATCAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTTACCTGTGGAGCTGG         GGAGCGTAACCACGCTGAAAGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108730 TGTTACCTGTGGAGCTGGGTA...CAGGGAGCGTAACCACGCTGAAAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGAACCTAAGACACTGCCCTCTGGAATTCCCTCCTCAGCTCGTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110997 CTGAACCTAAGACACTGCCCTCTGGAATTCCCTCCTCAGCTCGTTGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGGGATTGGTGGCTATCCAGCGCTTCCTGCGGATGTGGGCAGTAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111047 GAAGGGATTGGTGGCTATCCAGCGCTTCCTGCGGATGTGGGCAGTAGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTCTCTCCCCAGAAATCCAACTTCTCAAG         AGGCTCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111097 ACTCTCTCCCCAGAAATCCAACTTCTCAAGGTT...CAGAGGCTCCACCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTAGAGAGATGACCCTCCGTGACCTCCCGAGCCCAGGACTGGAGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114471 GTTAGAGAGATGACCCTCCGTGACCTCCCGAGCCCAGGACTGGAGTTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGAGACCACGCGTCTAACCAAGGAGCTGTGAACGCTCAGGACCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114521 TGGAGACCACGCGTCTAACCAAGGAGCTGTGAACGCTCAGGACCCAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGCTGTGATGAAAGAGAAGGCCAGCTTTCTCCCACCTGTGGAAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114571 GGGCTGTGATGAAAGAGAAGGCCAGCTTTCTCCCACCTGTGGAAAAGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACCTGAGTGAACTCAGGAAGTCTGCGGACTCCTCAGAGAACTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114621 GACCTGAGTGAACTCAGGAAGTCTGCGGACTCCTCAGAGAACTGGCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGAGGAGGAGATCAGGCGCTTTTGGAAGCTGAGGCAGGAGATTGTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114671 CGAGGAGGAGATCAGGCGCTTTTGGAAGCTGAGGCAGGAGATTGTTGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACGTGAAGGCAGACGTTCTGGGAGATCAGCTCTTGACGAGGGAATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114721 ACGTGAAGGCAGACGTTCTGGGAGATCAGCTCTTGACGAGGGAATTACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCAAATCTCAAGGCGGCCTTGAACATTGAGAAAGAACTACCAAAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114771 CCAAATCTCAAGGCGGCCTTGAACATTGAGAAAGAACTACCAAAGCCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACACGTTTTCAG         AAGGAAGACAGCCTCCTCCAGGAGCATCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114821 ACACGTTTTCAGGTA...TAGAAGGAAGACAGCCTCCTCCAGGAGCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TACCCGACCTCTTGTCACCGTACCAAATGGCGATCCGAGCAAAAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118112 TACCCGACCTCTTGTCACCGTACCAAATGGCGATCCGAGCAAAAAGACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAAGAGAGCCGAGCGGCGGCGCTCCGAGAGCTCCAGGAGAAGCAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118162 GAAGAGAGCCGAGCGGCGGCGCTCCGAGAGCTCCAGGAGAAGCAGGCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GATGGAGCAGCAGAGACG         AGAGAAAAGGGCACTGCAGGAGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118212 GATGGAGCAGCAGAGACGGTG...CAGAGAGAAAAGGGCACTGCAGGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGAGAGAGCGAGCCCAGAGGATGAGGAAGAGGAAGGAAGAGCTCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122289 GGAGAGAGCGAGCCCAGAGGATGAGGAAGAGGAAGGAAGAGCTCAGCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTCCTGCCTCCGCGGAGGAGCATG         GTGGCATCAAAGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122339 CTCCTGCCTCCGCGGAGGAGCATGGTA...TAGGTGGCATCAAAGATTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTCTGCCACAGATCTGATAGATAACAGGAAAGTACCACTGAATCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127950 CTCTGCCACAGATCTGATAGATAACAGGAAAGTACCACTGAATCCGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GAAAAATGAAACCAAGCAAAGAGAAATCGCCACAAGCAAGTAAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128000 GAAAAATGAAACCAAGCAAAGAGAAATCGCCACAAGCAAGTAAAGAAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AG         TGCCCTGCAGGAGAGAAATTTAGAAGAGAAGATAAAACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128050 AGGTT...CAGTGCCCTGCAGGAGAGAAATTTAGAAGAGAAGATAAAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCACGTCCTCCAAATGCGTGAGCAAAGAAGATTCCATGGCCAGGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131939 GCACGTCCTCCAAATGCGTGAGCAAAGAAGATTCCATGGCCAGGCCCCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGAGGAGATGAGGAAGGCTGCCGAGGATCTGGAAATT         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131989 TGGAGGAGATGAGGAAGGCTGCCGAGGATCTGGAAATTGTA...AAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACAGAGCTACAGGATGAAGTATTGAAGCTAAAATTGGGATTAACCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141545 ACAGAGCTACAGGATGAAGTATTGAAGCTAAAATTGGGATTAACCTTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAAAGATCGTCGACGGGCGGCCCTCACTGGAAACCTTTCGCTTGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141595 CAAAGATCGTCGACGGGCGGCCCTCACTGGAAACCTTTCGCTTGGCCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CGGCAGCACAGCCTCAAAATACATTTTTTAACACAAAATATGGAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141645 CGGCAGCACAGCCTCAAAATACATTTTTTAACACAAAATATGGAGAATCA

   1650     .    :    .    :
   1570 GGAAATGTTCGCAGATACCAG
        |||||||||||||||||||||
 141695 GGAAATGTTCGCAGATACCAG