seq1 = pF1KSDA1665.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KSDA1665/gi568815576r_41429286.tfa (gi568815576r:41429286_41644101), 214816 bp

>pF1KSDA1665 612
>gi568815576r:41429286_41644101 (Chr22)

(complement)

1-111  (100001-100111)   99% ->
112-208  (103307-103403)   100% ->
209-295  (111357-111443)   100% ->
296-359  (111945-112008)   100% ->
360-561  (113214-113415)   100% ->
562-612  (114766-114816)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCGTCCTGGTGGAAATGGTGGACACCGTCCGGATCCCCCCTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCGTCCTGGTGGAAATGGTGGACACCGTCCGGATCCCCCCTTGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGAGAGGAAGCTCAACGACTCTATTGCCGAGGAGCTGAACAAGAAGT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTGAGAGGAAGCTCAACGACTCCATTGCCGAGGAGCTGAACAAGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCAACAAG         GTCGTGTACAACGTGGGACTCTGCATTTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCAACAAGGTA...CAGGTCGTGTACAACGTGGGACTCTGCATTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTTTGATATCACCAAACTGGAGGATGCCTATGTATTCCCTGGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103337 CTGTTTGATATCACCAAACTGGAGGATGCCTATGTATTCCCTGGGGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCATCACACACCAAAG         TCCATTTTCGCTGCGTGGTGTTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103387 CGCATCACACACCAAAGGTG...CAGTCCATTTTCGCTGCGTGGTGTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCCATTCCTAGATGAGATTCTCATTGGGAAGATCAAAGGCTGCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111381 ATCCATTCCTAGATGAGATTCTCATTGGGAAGATCAAAGGCTGCAGCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGGAGTGCACG         TCTCTCTAGGCTTCTTCGATGACATTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111431 GAAGGAGTGCACGGTA...CAGTCTCTCTAGGCTTCTTCGATGACATTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCCCCCCAGAGTCACTGCAGCAGCCAGCCAAGTT         CGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111973 CATCCCCCCAGAGTCACTGCAGCAGCCAGCCAAGTTGTA...CAGCGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGCGGAGCAGGTGTGGGTGTGGGAGTACGAGACGGAGGAAGGAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113219 AAGCGGAGCAGGTGTGGGTGTGGGAGTACGAGACGGAGGAAGGAGCACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACCTCTACATGGACACCGGCGAGGAGATCCGCTTCCGGGTGGTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113269 GACCTCTACATGGACACCGGCGAGGAGATCCGCTTCCGGGTGGTGGACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGCTTTGTTGACACGTCCCCCACAGGGCCCAGCTCAGCAGATGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113319 GAGCTTTGTTGACACGTCCCCCACAGGGCCCAGCTCAGCAGATGCCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTCCAGTGAGGAGCTGCCAAAGAAGGAGGCTCCGTACACGCTTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113369 CTTCCAGTGAGGAGCTGCCAAAGAAGGAGGCTCCGTACACGCTTGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562       GGATCCATCAGTGAGCCAGGCCTGGGCCTTCTCTCCTGGTGGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113419 ...CAGGGATCCATCAGTGAGCCAGGCCTGGGCCTTCTCTCCTGGTGGAC

    650     .
    606 CAGCAAC
        |||||||
 114810 CAGCAAC