seq1 = pF1KSDA1627.tfa, 1368 bp
seq2 = pF1KSDA1627/gi568815594f_118585535.tfa (gi568815594f:118585535_118810299), 224765 bp

>pF1KSDA1627 1368
>gi568815594f:118585535_118810299 (Chr4)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-155  (102389-102477)   100% ->
156-243  (103836-103923)   100% ->
244-324  (105998-106078)   100% ->
325-412  (106447-106534)   100% ->
413-503  (108902-108992)   100% ->
504-645  (111648-111789)   100% ->
646-738  (115016-115108)   100% ->
739-855  (118401-118517)   100% ->
856-1066  (120077-120287)   100% ->
1067-1368  (124464-124765)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAGCCGCTTGCAGGAGATCCGGGAGCGGCAGAAGTTACGGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAGCCGCTTGCAGGAGATCCGGGAGCGGCAGAAGTTACGGCGACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTCGCGCAGCAG         TTGGGAGCTGAAAGTGCCGACAGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTCGCGCAGCAGGTC...CAGTTGGGAGCTGAAAGTGCCGACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGGTGCCGTGTTAAATAGCAAAGATGAGCAGAGAGAAATTGCTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102414 TTGGTGCCGTGTTAAATAGCAAAGATGAGCAGAGAGAAATTGCTGAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGAAACTTGCAG         GGCTTCCTATGATACCTCTGCTCCAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102464 AGAGAAACTTGCAGGTC...CAGGGCTTCCTATGATACCTCTGCTCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCAAAACGTAAGTATCTGGATGAAGGAGAGACAGATGAAGACAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103863 TGCAAAACGTAAGTATCTGGATGAAGGAGAGACAGATGAAGACAAAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAATATAAG         GATGAACTAGAAATGCAACAGGATGAAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103913 AAGAATATAAGGCA...AAGGATGAACTAGAAATGCAACAGGATGAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATTTGCCATATGAAGAAGAGATTTACAAAGATTCTAGTACTTTTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106028 AATTTGCCATATGAAGAAGAGATTTACAAAGATTCTAGTACTTTTCTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 G         GGAACACAGAGCTTAAATCCCCATAATGATTACTGCCAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106078 GGTA...TAGGGAACACAGAGCTTAAATCCCCATAATGATTACTGCCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATTTTGTAGACACTGGACATAGACCTCAGAATTTCATCAGGGATGTAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106487 ATTTTGTAGACACTGGACATAGACCTCAGAATTTCATCAGGGATGTAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413        GTTTAGCTGACAGATTTGAAGAATATCCTAAACTGAGGGAGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106537 A...CAGGTTTAGCTGACAGATTTGAAGAATATCCTAAACTGAGGGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATCAGGCTAAAGGATGAGTTAATAGCTAAATCTAACACTCCTCCCAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108945 CATCAGGCTAAAGGATGAGTTAATAGCTAAATCTAACACTCCTCCCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504        GTACTTACAAGCCGATATAGAAGCCTTTGACATCAGAGAACTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108995 A...TAGGTACTTACAAGCCGATATAGAAGCCTTTGACATCAGAGAACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACACCCAAATTTGATGTGATTCTTCTGGAACCCCCTTTAGAAGAATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111691 ACACCCAAATTTGATGTGATTCTTCTGGAACCCCCTTTAGAAGAATATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAGAGAAACTGGCATCACTGCTAATGAAAAATGCTGGACTTGGGATGAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111741 CAGAGAAACTGGCATCACTGCTAATGAAAAATGCTGGACTTGGGATGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646         ATTATGAAGTTAGAAATTGATGAGATTGCAGCACCTCGATCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111791 TA...CAGATTATGAAGTTAGAAATTGATGAGATTGCAGCACCTCGATCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTATTTTTCTCTGGTGTGGTTCTGGGGAGGGGTTGGACCTTGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115058 TTTATTTTTCTCTGGTGTGGTTCTGGGGAGGGGTTGGACCTTGGAAGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 G         TGTTTACGAAAATGGGGTTACAGAAGATGTGAAGATATTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115108 GGTA...TAGTGTTTACGAAAATGGGGTTACAGAAGATGTGAAGATATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTTGGATTAAAACCAATAAAAACAATCCTGGGAAGACTAAGACTTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118441 GTTGGATTAAAACCAATAAAAACAATCCTGGGAAGACTAAGACTTTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCAAAGGCTGTCTTTCAGAGAACAAAG         GAACACTGCCTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 118491 CCAAAGGCTGTCTTTCAGAGAACAAAGGTA...TAGGAACACTGCCTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGGGATCAAAGGAACTGTGAAGCGTAGCACAGACGGGGACTTCATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120091 GGGGATCAAAGGAACTGTGAAGCGTAGCACAGACGGGGACTTCATTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTAATGTTGACATTGACTTAATTATCACAGAAGAACCTGAAATTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120141 CTAATGTTGACATTGACTTAATTATCACAGAAGAACCTGAAATTGGCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATAGAAAAACCTGTAGAAATTTTTCATATAATTGAGCATTTTTGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120191 ATAGAAAAACCTGTAGAAATTTTTCATATAATTGAGCATTTTTGTCTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TAGAAGACGCCTTCATCTATTTGGAAGAGATAGTACAATTCGACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 120241 TAGAAGACGCCTTCATCTATTTGGAAGAGATAGTACAATTCGACCAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067       GCTGGCTCACAGTTGGACCAACGCTTACAAATAGCAACTACAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120291 ...CAGGCTGGCTCACAGTTGGACCAACGCTTACAAATAGCAACTACAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCAGAAACATATGCATCCTATTTCAGTGCTCCTAATTCCTACTTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124508 GCAGAAACATATGCATCCTATTTCAGTGCTCCTAATTCCTACTTGACTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTGTACAGAAGAAATTGAGAGACTTCGACCAAAATCGCCTCCTCCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124558 TTGTACAGAAGAAATTGAGAGACTTCGACCAAAATCGCCTCCTCCCAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTAAATCTGACCGAGGAGGTGGAGCTCCCAGAGGTGGAGGAAGAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124608 CTAAATCTGACCGAGGAGGTGGAGCTCCCAGAGGTGGAGGAAGAGGTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACTTCTGCTGGCCGTGGACGAGAAAGAAATAGATCTAACTTCCGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124658 ACTTCTGCTGGCCGTGGACGAGAAAGAAATAGATCTAACTTCCGAGGAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AAGAGGTGGCTTTAGAGGGGGCCGTGGAGGAGCACACAGAGGTGGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124708 AAGAGGTGGCTTTAGAGGGGGCCGTGGAGGAGCACACAGAGGTGGCTTTC

   1450     .
   1361 CACCTCGA
        ||||||||
 124758 CACCTCGA