seq1 = pF1KSDA1605.tfa, 2631 bp
seq2 = pF1KSDA1605/gi568815589r_35637748.tfa (gi568815589r:35637748_35848704), 210957 bp

>pF1KSDA1605 2631
>gi568815589r:35637748_35848704 (Chr9)

(complement)

1-359  (100001-100359)   100% ->
360-451  (103999-104090)   100% ->
452-567  (104293-104408)   100% ->
568-786  (106815-107033)   100% ->
787-1026  (107641-107880)   100% ->
1027-1129  (108077-108179)   100% ->
1130-1283  (108343-108496)   100% ->
1284-1409  (108582-108707)   100% ->
1410-1582  (108905-109077)   100% ->
1583-1687  (109286-109390)   100% ->
1688-1795  (109596-109703)   100% ->
1796-1947  (109802-109953)   100% ->
1948-2054  (110073-110179)   100% ->
2055-2197  (110331-110473)   100% ->
2198-2313  (110553-110668)   100% ->
2314-2505  (110766-110957)   100% ->
2506-2631  (111101-111226)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACCCAGGATCCAGGGAACATGGGAACCGGCGTCCCAGCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGACCCAGGATCCAGGGAACATGGGAACCGGCGTCCCAGCCTCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGATAAGCTGTGCCAAAGAGGATCCACAAGTTTATTGCCCTGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGATAAGCTGTGCCAAAGAGGATCCACAAGTTTATTGCCCTGAAGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGCGGCACCAAGGATGTGCAGGTTACAGACTGTAAGAGTCCCGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGCGGCACCAAGGATGTGCAGGTTACAGACTGTAAGAGTCCCGAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCGACCCCCAAAAGAGACGGACTGCTGCAATCCGGAGGACTCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCCGACCCCCAAAAGAGACGGACTGCTGCAATCCGGAGGACTCTGGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGATGGTTTCCTATGAGGGTAAAGCTATGGGCTACCAGGTGCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGATGGTTTCCTATGAGGGTAAAGCTATGGGCTACCAGGTGCCTCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGCTGGCGCATCTGTCTGGCTCATGAGTTTACAGAGAAGAGGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGGCTGGCGCATCTGTCTGGCTCATGAGTTTACAGAGAAGAGGAAACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTCAAGCTAACAACGTCTCCCTAAGCAACATGATAAAGCATATAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTCAAGCTAACAACGTCTCCCTAAGCAACATGATAAAGCATATAGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCTTGAG         GTACCTGCAGTGGTGGTACCGGAAGACCCATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCTTGAGGTG...CAGGTACCTGCAGTGGTGGTACCGGAAGACCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGAAAAGAAGACACCTTTCATCGACATGATCAATTCTGTACCCCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104031 TGGAAAAGAAGACACCTTTCATCGACATGATCAATTCTGTACCCCTAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGATTTATG         GTTGTCCCTTGGGTGGCATCGGGGGAGGCAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104081 CAGATTTATGGTG...TAGGTTGTCCCTTGGGTGGCATCGGGGGAGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATTACCCGTGGCTGGAGAGGCCAGTTCTGTCGTTGGCAGCTTAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104324 TATTACCCGTGGCTGGAGAGGCCAGTTCTGTCGTTGGCAGCTTAACCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAATGTATCAGCACCGGACAGTCATCGCTGACCAA         TTCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104374 GAATGTATCAGCACCGGACAGTCATCGCTGACCAAGTA...AAGTTCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGTGCCTGCGTCGGGAAGGGCAGACTGTGTACCAGCAAGTCCTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106821 GTGTGCCTGCGTCGGGAAGGGCAGACTGTGTACCAGCAAGTCCTGTCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGCGCCCAAGTGTCCTCCGCAGCTGGAACTGGGGCCTGTGTGGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106871 GGAGCGCCCAAGTGTCCTCCGCAGCTGGAACTGGGGCCTGTGTGGGTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGCTTTCTACCATGCCCTCTATCCCCGAGCCTGGACTGTCTATCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106921 TTGCTTTCTACCATGCCCTCTATCCCCGAGCCTGGACTGTCTATCAGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCTGGCCAGAATGTCACCCTCACCTGCCGTCAGATCACACCCATCTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106971 CCTGGCCAGAATGTCACCCTCACCTGCCGTCAGATCACACCCATCTTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCATGACTACCAG         GACAGCAGCCTGCCTGTAGGAGTCTTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107021 CCATGACTACCAGGTG...CAGGACAGCAGCCTGCCTGTAGGAGTCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGTGGGATGTGGAAAATGAAGGGGACGAAGCTCTAGATGTGTCCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107669 TGTGGGATGTGGAAAATGAAGGGGACGAAGCTCTAGATGTGTCCATCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCTCCATGCGGAATGGACTGGGTGGTGGAGACGATGCCCCAGGGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107719 TTCTCCATGCGGAATGGACTGGGTGGTGGAGACGATGCCCCAGGGGGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GTGGAATGAGCCCTTCTGTCTGGAGCGTAGCGGGGAAACTGTCCGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107769 GTGGAATGAGCCCTTCTGTCTGGAGCGTAGCGGGGAAACTGTCCGGGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGCTCCTGCATCATCCAACCCTTCCAAACCCCTACACGATGGCTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107819 TGCTCCTGCATCATCCAACCCTTCCAAACCCCTACACGATGGCTGTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCACGAGTCACG         GCAGCTACCACGGTAACCCACATCACAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107869 GCACGAGTCACGGTA...CAGGCAGCTACCACGGTAACCCACATCACAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTTTGACCCTGACAGCACGGGGCAGCAGGTGTGGCAGGATCTACTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108106 CTTTGACCCTGACAGCACGGGGCAGCAGGTGTGGCAGGATCTACTTCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATGGACAGCTGGACTCTCCCACTG         GCCAAAGCACCCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108156 ATGGACAGCTGGACTCTCCCACTGGTG...CAGGCCAAAGCACCCCTACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGAAAGGAGTAGGCATTGCTGGAGCTGTGTGTGTTTCCAGCAAGTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108360 CAGAAAGGAGTAGGCATTGCTGGAGCTGTGTGTGTTTCCAGCAAGTTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACCTCGAGGCCAGTGCCGCCTGGAGTTTTCACTGGCTTGGGACATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108410 ACCTCGAGGCCAGTGCCGCCTGGAGTTTTCACTGGCTTGGGACATGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGATCATGTTTGGAGCTAAAGGCCAAGTCCACTACAG         GCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108460 GGATCATGTTTGGAGCTAAAGGCCAAGTCCACTACAGGTG...CAGGCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TATACAAGGTTCTTTGGCCAGGATGGAGATGCAGCACCTGCCCTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108586 TATACAAGGTTCTTTGGCCAGGATGGAGATGCAGCACCTGCCCTCAGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTATGCACTGTGCCGATACGCAGAGTGGGAAGAGAGGATCTCAGCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108636 CTATGCACTGTGCCGATACGCAGAGTGGGAAGAGAGGATCTCAGCTTGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGAGCCCGGTATTGGATGACAG         ATCACTGCCTGCCTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108686 AGAGCCCGGTATTGGATGACAGGTG...CAGATCACTGCCTGCCTGGTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAATCTGCGCTGTTCAATGAACTATACTTCCTGGCTGATGGAGGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108924 AAATCTGCGCTGTTCAATGAACTATACTTCCTGGCTGATGGAGGCACAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTGGCTGGAAGTTCTTGAGGACTCCCTACCAGAGGAGCTGGGCAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108974 GTGGCTGGAAGTTCTTGAGGACTCCCTACCAGAGGAGCTGGGCAGAAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGTGTCACCTCCGCCCCACCCTACGGGACTACGGTCGATTTGGCTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109024 TGTGTCACCTCCGCCCCACCCTACGGGACTACGGTCGATTTGGCTACCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAGG         GCCAGGAGTACCGCATGTACAACACATATGATGTCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109074 GAGGGTA...CAGGCCAGGAGTACCGCATGTACAACACATATGATGTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CTTTTATGCTTCCTTTGCCCTCATCATGCTCTGGCCCAAACTTGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109323 CTTTTATGCTTCCTTTGCCCTCATCATGCTCTGGCCCAAACTTGAGCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GCCTACAGTATGACATGG         CTCTGGCCACTCTCAGGGAGGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109373 GCCTACAGTATGACATGGGTG...CAGCTCTGGCCACTCTCAGGGAGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTGACACGGCGACGGTACCTGATGAGTGGGGTGATGGCACCTGTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109619 CTGACACGGCGACGGTACCTGATGAGTGGGGTGATGGCACCTGTGAAAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GAGGAACGTCATCCCCCATGATATTGGGGACCCAG         ATGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109669 GAGGAACGTCATCCCCCATGATATTGGGGACCCAGGTA...CAGATGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AACCATGGCTCCGCGTCAATGCATATTTAATCCATGATACTGCTGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109808 AACCATGGCTCCGCGTCAATGCATATTTAATCCATGATACTGCTGATTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 AAGGACCTGAACCTGAAGTTTGTGCTGCAGGTTTATCGGGACTATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 AAGGACCTGAACCTGAAGTTTGTGCTGCAGGTTTATCGGGACTATTACCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CACGGGTGATCAAAACTTCCTGAAGGACATGTGGCCTGTGTGTCTA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109908 CACGGGTGATCAAAACTTCCTGAAGGACATGTGGCCTGTGTGTCTAGTA.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948      GCTGTGATGGAATCTGAAATGAAGTTTGACAAGGACCATGATGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109958 ..TAGGCTGTGATGGAATCTGAAATGAAGTTTGACAAGGACCATGATGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CTCATTGAAAATGGAGGCTATGCAGACCAGACCTATGATGGATGGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110118 CTCATTGAAAATGGAGGCTATGCAGACCAGACCTATGATGGATGGGTGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 CACAGGCCCCAG         TGCTTACTGTGGAGGGCTGTGGCTGGCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110168 CACAGGCCCCAGGTT...CAGTGCTTACTGTGGAGGGCTGTGGCTGGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CTGTGGCTGTGATGGTCCAGATGGCTGCTCTGTGTGGGGCACAGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110360 CTGTGGCTGTGATGGTCCAGATGGCTGCTCTGTGTGGGGCACAGGACATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CAGGATAAGTTTTCTTCTATCCTCAGCCGGGGCCAAGAAGCCTATGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110410 CAGGATAAGTTTTCTTCTATCCTCAGCCGGGGCCAAGAAGCCTATGAGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 ACTGCTGTGGAATG         GCCGCTATTACAACTATGACAGCAGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110460 ACTGCTGTGGAATGGTG...CAGGCCGCTATTACAACTATGACAGCAGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CTCGGCCTCAGTCTCGTAGTGTTATGTCTGACCAGTGTGCTGGACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110580 CTCGGCCTCAGTCTCGTAGTGTTATGTCTGACCAGTGTGCTGGACAGTGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 TTCCTGAAGGCCTGTGGCCTAGGAGAAGGAGACACTGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110630 TTCCTGAAGGCCTGTGGCCTAGGAGAAGGAGACACTGAGGTG...CAGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GTTTCCTACCCAACATGTGGTCCGTGCTCTCCAAACTATCTTTGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110768 GTTTCCTACCCAACATGTGGTCCGTGCTCTCCAAACTATCTTTGAGCTGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 ACGTCCAGGCCTTTGCAGGAGGGGCCATGGGGGCTGTGAATGGGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110818 ACGTCCAGGCCTTTGCAGGAGGGGCCATGGGGGCTGTGAATGGGATGCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 CCCCATGGTGTCCCTGATAAATCCAGTGTGCAGTCTGATGAAGTCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110868 CCCCATGGTGTCCCTGATAAATCCAGTGTGCAGTCTGATGAAGTCTGGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GGGTGTGGTCTACGGGCTGGCAGCTACCATGATCCAAGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110918 GGGTGTGGTCTACGGGCTGGCAGCTACCATGATCCAAGAGGTA...CAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 TCCTGCCTTCAGGCTTCTGTCTGTGGGTCATAGTTATCTCCTCCACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111102 TCCTGCCTTCAGGCTTCTGTCTGTGGGTCATAGTTATCTCCTCCACTTGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TGGGAGCTCCTTGAAGGCAAAGACTCTACTGCCTCCATCTATCCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111152 TGGGAGCTCCTTGAAGGCAAAGACTCTACTGCCTCCATCTATCCAGTGGA

   2750     .    :    .    :    .
   2607 AGTGGCTCTTCAGAGGGTGCCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||
 111202 AGTGGCTCTTCAGAGGGTGCCAAGT