seq1 = pF1KSDA1587.tfa, 2871 bp
seq2 = pF1KSDA1587/gi568815575f_76327973.tfa (gi568815575f:76327973_76530801), 202829 bp

>pF1KSDA1587 2871
>gi568815575f:76327973_76530801 (ChrX)

1-2871  (99959-102829)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCTGGTAAGCCAGAATTCGCGCCGCCGCCGCCGCCGCGTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99959 ATGTCTCTGGTAAGCCAGAATTCGCGCCGCCGCCGCCGCCGCGTTGCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTACTGCGCACAACAGCAGCTGGGGCGAAATGCAGGCCCCTAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 GGCTACTGCGCACAACAGCAGCTGGGGCGAAATGCAGGCCCCTAATGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGTCTCCCCGCTGATGTGCCAGGCTCAGACGTCCCCCAGGGTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 CCGGTCTCCCCGCTGATGTGCCAGGCTCAGACGTCCCCCAGGGTCCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTCCCAGATCCTCCAGGGCCTCTGCGCCTCTGAGGGCCCAAGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 GATTCCCAGATCCTCCAGGGCCTCTGCGCCTCTGAGGGCCCAAGCACCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTTCTGCCCACCTCCGCTGAGGGCCCAAGCACCTTTGTGCCGCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100159 CGTTCTGCCCACCTCCGCTGAGGGCCCAAGCACCTTTGTGCCGCCCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCTGAGGCCTCAAGCGCCTCCGGGCAGCCCACCATCTCTGAGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100209 TCTCTGAGGCCTCAAGCGCCTCCGGGCAGCCCACCATCTCTGAGGGACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCACCTCCGTGCTGCCCACCCCCAGTGAGGGCCTAAGCACCTCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100259 GGCACCTCCGTGCTGCCCACCCCCAGTGAGGGCCTAAGCACCTCCGGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCCACCATCTCTAAGGGGCTGTGCACCTCTGTGACGCTTGCCGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100309 TCCCACCATCTCTAAGGGGCTGTGCACCTCTGTGACGCTTGCCGCCTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGGCCGGAACACCTCCAGGCCGCCCACTTCCTCTGAGGAACCTAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100359 AGGGCCGGAACACCTCCAGGCCGCCCACTTCCTCTGAGGAACCTAGCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCGTGCCGCCCACCGCCTCTGAGGTACCGAGCACCTCCCTGCCGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100409 TCCGTGCCGCCCACCGCCTCTGAGGTACCGAGCACCTCCCTGCCGCCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCTGGTGAGGGAACGAGCACCTCCGTGCCGCCCACAGCCTATGAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100459 CCCTGGTGAGGGAACGAGCACCTCCGTGCCGCCCACAGCCTATGAGGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAAGCACCTCCGTGGTGCCCACCCCTGATGAGGGACCAAGCACCTCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100509 CAAGCACCTCCGTGGTGCCCACCCCTGATGAGGGACCAAGCACCTCCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCCTACACCTGGTGAGGGACCAGGCACCTCCGTGCCGCTCGCCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100559 CTGCCTACACCTGGTGAGGGACCAGGCACCTCCGTGCCGCTCGCCGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAGGGCCTGAGCACCTCCGTGCAGGCCACTCCTGATGAGGGACCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100609 TGAGGGCCTGAGCACCTCCGTGCAGGCCACTCCTGATGAGGGACCGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTCCGTGCCGCCCACCGCCACTGAGGGCCTAAGCACCCCCGTGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100659 CCTCCGTGCCGCCCACCGCCACTGAGGGCCTAAGCACCCCCGTGCCACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCCGTGATGAGGGACCGAGCACCTCCGTGCCGGCCACTCCTGGTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 ACCCGTGATGAGGGACCGAGCACCTCCGTGCCGGCCACTCCTGGTGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACCGAGCACCTCCGTGCTGCCCGCCGCCTCTGACGGACAAAGCATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100759 ACCGAGCACCTCCGTGCTGCCCGCCGCCTCTGACGGACAAAGCATCTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGTGCCCACCCGCGGTAAGGGATCAAGCACCTCCGTGCCCCCCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100809 TGGTGCCCACCCGCGGTAAGGGATCAAGCACCTCCGTGCCCCCCACCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACCGAGGGCCTGAGCACCTCCGTGCAGCCCACTGCTGGTGAGGGATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100859 ACCGAGGGCCTGAGCACCTCCGTGCAGCCCACTGCTGGTGAGGGATCGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CACCTCCGTGCCGCCCACCCCTGGTGGGGGACTGAGCACCTCCGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 CACCTCCGTGCCGCCCACCCCTGGTGGGGGACTGAGCACCTCCGTGCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCACCGCCACTGAGGAGTTGAGCACCTCCGTGCCGCCCACTCCCGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 CCACCGCCACTGAGGAGTTGAGCACCTCCGTGCCGCCCACTCCCGGTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGACCAAGCACTTCCGTACTGCCAATCCCCGGTGAGGGACTGAGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 GGACCAAGCACTTCCGTACTGCCAATCCCCGGTGAGGGACTGAGCACCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGTGCCGCCCACCGCCTCTGATGGATCGGACACCTCCGTGCCGCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 TGTGCCGCCCACCGCCTCTGATGGATCGGACACCTCCGTGCCGCCCACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTGGTGAGGGCGCAAGCACCTTAGTGCAGCCCACCGCCCCTGACGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 CTGGTGAGGGCGCAAGCACCTTAGTGCAGCCCACCGCCCCTGACGGACCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GGAAGCTCCGTGCTGCCTAACCCTGGTGAGGGCCCGAGCACATTGTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 GGAAGCTCCGTGCTGCCTAACCCTGGTGAGGGCCCGAGCACATTGTTTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTCTAGTGCTTCTGTGGACCGGAACCCCTCCAAGTGTTCCCTTGTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 CTCTAGTGCTTCTGTGGACCGGAACCCCTCCAAGTGTTCCCTTGTTTTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CAAGCCCTAGGGTAACCAAGGCCTCCGTGGACTCAGATTCTGAGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 CAAGCCCTAGGGTAACCAAGGCCTCCGTGGACTCAGATTCTGAGGGTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AAGGGTGCAGAAGGCCCTATAGAATTCGAGGTCCTGAGAGACTGTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101309 AAGGGTGCAGAAGGCCCTATAGAATTCGAGGTCCTGAGAGACTGTGAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCCCAACTCCATTAGTATTATGGGCCTCAATACTTCCCGGGTTGCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101359 CCCCAACTCCATTAGTATTATGGGCCTCAATACTTCCCGGGTTGCAATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCCTGAAGCCCCAAGACCCTATGGAACAGAACGTAGCTGAGCTGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101409 CCCTGAAGCCCCAAGACCCTATGGAACAGAACGTAGCTGAGCTGTTGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TTCCTGCTGGTGAAGGATCAGAGCAAGTACCCTATCCGGGAGTCTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101459 TTCCTGCTGGTGAAGGATCAGAGCAAGTACCCTATCCGGGAGTCTGAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GCGGGAATATATTGTTAAAGAATATCGCAACCAGTTTCCTGAGATACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 GCGGGAATATATTGTTAAAGAATATCGCAACCAGTTTCCTGAGATACTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GGCGAGCAGCAGCCCACCTGGAGTGCATTTTTAGGTTTGAATTGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 GGCGAGCAGCAGCCCACCTGGAGTGCATTTTTAGGTTTGAATTGAGAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTTGACCCTGAGGCACACACCTACATTCTGTTAAACAAACTGGGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 CTTGACCCTGAGGCACACACCTACATTCTGTTAAACAAACTGGGACCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GCCCTTTGAAGGGTTAGAAGAGAGCCCAAATGGGCCAAAGATGGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 GCCCTTTGAAGGGTTAGAAGAGAGCCCAAATGGGCCAAAGATGGGCCTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TGATGATGATTCTAGGCCAAATATTCCTGAATGGCAACCAAGCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101709 TGATGATGATTCTAGGCCAAATATTCCTGAATGGCAACCAAGCCAAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GCTGAGATTTGGGAAATGCTCTGGAGGATGGGGGTGCAGCGGGAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101759 GCTGAGATTTGGGAAATGCTCTGGAGGATGGGGGTGCAGCGGGAAAGGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GCTTTCCATTTTTGGGAACCCAAAGAGACTTCTGTCTGTGGAGTTTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101809 GCTTTCCATTTTTGGGAACCCAAAGAGACTTCTGTCTGTGGAGTTTGTAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 GGCAGCGTTACTTAGACTACAGGCCAGTAACTGACTGTAAACCAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101859 GGCAGCGTTACTTAGACTACAGGCCAGTAACTGACTGTAAACCAGTGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 TATGAGTTTTTCTGGGGCCCAAGATCCCACCTAGAAACCACCAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101909 TATGAGTTTTTCTGGGGCCCAAGATCCCACCTAGAAACCACCAAGATGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 AATTCTGAAGTTCATGGCGAAAATATATAACAAAGATCCTATGGATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101959 AATTCTGAAGTTCATGGCGAAAATATATAACAAAGATCCTATGGATTGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CAGAGAAATACAACGAAGCTCTGGAAGAAGATGCTGCCAGAGCCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102009 CAGAGAAATACAACGAAGCTCTGGAAGAAGATGCTGCCAGAGCCTTTGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 GAGGGTTGGCAGGCTCTCCCTCACTTTAGGAGGCCCTTTTTTGAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102059 GAGGGTTGGCAGGCTCTCCCTCACTTTAGGAGGCCCTTTTTTGAGGAAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 TGCTGCAGAGGTACCATCCCCTGATTCAGAGGTTTCCAGCTATTCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102109 TGCTGCAGAGGTACCATCCCCTGATTCAGAGGTTTCCAGCTATTCCTCAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 AATATGCCCCACATTCATGGCCTGAGTCAAGATTGGAGAGCAAGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102159 AATATGCCCCACATTCATGGCCTGAGTCAAGATTGGAGAGCAAGGCAAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 AAGCTGGTGCAGTTATTTCTGCTTATGGATTCAACTAAGCTGCCTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102209 AAGCTGGTGCAGTTATTTCTGCTTATGGATTCAACTAAGCTGCCTATACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 AAAGAAAGGAATTCTGTACTACATTGGCCGAGAGTGCAGCAAAGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102259 AAAGAAAGGAATTCTGTACTACATTGGCCGAGAGTGCAGCAAAGTGTTCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 CTGACCTCCTGAATCGTGCTGCCCGCACCCTGAACCATGTCTATGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102309 CTGACCTCCTGAATCGTGCTGCCCGCACCCTGAACCATGTCTATGGGACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 GAACTAGTGGTACTTGATCCCAGGAATCACTCCTATACTCTGTACAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102359 GAACTAGTGGTACTTGATCCCAGGAATCACTCCTATACTCTGTACAACCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 AAGGGAGATGGAAGAAACTGAGGAGATCGTAGACAGTCCAAACAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102409 AAGGGAGATGGAAGAAACTGAGGAGATCGTAGACAGTCCAAACAGGCCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 GCAACAACTTTTTGATGCAGGTCCTAAGCTTCATCTTTATTATGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102459 GCAACAACTTTTTGATGCAGGTCCTAAGCTTCATCTTTATTATGGGCAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 CATGCCAGGGAGTCTGCAGTCTGGGCCTTTCTGCGGGGCTTAGGGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102509 CATGCCAGGGAGTCTGCAGTCTGGGCCTTTCTGCGGGGCTTAGGGGTTCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 AGCTGGGAGAAAGCATGTGATTACCTGCAGATACTTGAGTCAGCGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102559 AGCTGGGAGAAAGCATGTGATTACCTGCAGATACTTGAGTCAGCGCTATA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2651 TAGACAGTTTACGGGTTCCTGACAGTGATCCAGTGCAATATGAGTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 TAGACAGTTTACGGGTTCCTGACAGTGATCCAGTGCAATATGAGTTTGTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2701 TGGGGTCCTAGAGCCCGTTTGGAAACCTCTAAGATGAAAGCCTTGCGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102659 TGGGGTCCTAGAGCCCGTTTGGAAACCTCTAAGATGAAAGCCTTGCGATA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2751 TGTGGCCAGAATCCACAGAAAGGAACCACAGGACTGGCCACAGCAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102709 TGTGGCCAGAATCCACAGAAAGGAACCACAGGACTGGCCACAGCAGTACA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2801 GGGAGGCAATGGAAGATGAGGCCAATAGAGCTGATGTTGGGCACAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102759 GGGAGGCAATGGAAGATGAGGCCAATAGAGCTGATGTTGGGCACAGGCAA

   2850     .    :    .    :
   2851 ATCTTTGTTCACAACTTCAGG
        |||||||||||||||||||||
 102809 ATCTTTGTTCACAACTTCAGG