seq1 = pF1KSDA1581.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KSDA1581/gi568815593r_14611200.tfa (gi568815593r:14611200_14971447), 360248 bp

>pF1KSDA1581 1476
>gi568815593r:14611200_14971447 (Chr5)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-313  (202257-202473)   99% ->
314-432  (212850-212968)   100% ->
433-516  (215504-215587)   100% ->
517-687  (220209-220379)   100% ->
688-822  (222142-222276)   100% ->
823-915  (225486-225578)   100% ->
916-1011  (229526-229621)   100% ->
1012-1141  (254613-254742)   100% ->
1142-1265  (257781-257904)   100% ->
1266-1365  (258475-258574)   100% ->
1366-1476  (260138-260248)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAAATTCCCGGCGCTCACGCACTACTGGCCCCTGATCCGGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAAATTCCCGGCGCTCACGCACTACTGGCCCCTGATCCGGTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCCCCTGGGCATCACCAACATAGCCATCGACTTCGGGGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GGTGCCCCTGGGCATCACCAACATAGCCATCGACTTCGGGGAGCAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GCCTTGAACCGGGGCATTGCTGCTGTCAAGGAGGATGCAGTCGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGCCTTGAACCGGGGCATTGCTGCTGTCAAGGAGGATGCAGTCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCTGGCCAGCTACGGGCTGGCGTACTCCCTCATGAAGTTCTTCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202302 ATGCTGGCCAGCTACGGGCTGGCGTACTCCCTCATGAAGTTCTTCACGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCATGAGTGACTTCAAAAATGTGGGCCTGGTGTTTGTGAACAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202352 TCCCATGAGTGACTTCAAAAATGTGGGCCTGGTGTTTGTGAACAGCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGACAGGACCAAAGCCGTCCTGTGTATGGTGGTGGCAGGGGCCATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202402 GAGACAGGACCAAAGCCGTCCTGTGTATGGTGGTGGCAGGGGCCATCGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGTCTTTCACACACTGATAG         CTTATAGTGATTTAGGATA
        || |||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 202452 GCCGTCTTTCACACACTGATAGGTG...CAGCTTATAGTGATTTAGGATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACATTATCAATAAACTGCACCATGTGGACGAGTCGGTGGGGAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212869 CTACATTATCAATAAACTGCACCATGTGGACGAGTCGGTGGGGAGCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGAGAAGGGCCTTCCTGTACCTCGCCGCCTTTCCTTTCATGGACGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212919 CGAGAAGGGCCTTCCTGTACCTCGCCGCCTTTCCTTTCATGGACGCAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          GCATGGACCCATGCTGGCATTCTCTTAAAACACAAATACAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212969 GTG...CAGGCATGGACCCATGCTGGCATTCTCTTAAAACACAAATACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCCTGGTGGGATGTGCCTCAATCTCAGATGTCATAGCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 215545 TTTCCTGGTGGGATGTGCCTCAATCTCAGATGTCATAGCTCAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GTTGTTTTTGTAGCCATTTTGCTTCACAGTCACCTGGAATGCCGGGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220207 AGGTTGTTTTTGTAGCCATTTTGCTTCACAGTCACCTGGAATGCCGGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCCTGCTCATCCCGATCCTCTCCTTGTACATGGGCGCACTTGTGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220257 CCCCTGCTCATCCCGATCCTCTCCTTGTACATGGGCGCACTTGTGCGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCACCCTGTGCCTGGGCTACTACAAGAACATTCACGACATCATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220307 CACCACCCTGTGCCTGGGCTACTACAAGAACATTCACGACATCATCCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAGAAGTGGCCCGGAGCTGGGG         GGAGATGCAACAATAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 220357 ACAGAAGTGGCCCGGAGCTGGGGGTA...CAGGGAGATGCAACAATAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGATGCTGAGCTTCTGGTGGCCTTTGGCTCTAATTCTGGCCACACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222160 AAGATGCTGAGCTTCTGGTGGCCTTTGGCTCTAATTCTGGCCACACAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATCAGTCGGCCTATTGTCAACCTCTTTGTTTCCCGGGACCTTGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222210 AATCAGTCGGCCTATTGTCAACCTCTTTGTTTCCCGGGACCTTGGTGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTTCTGCAGCCACAGAG         GCAGTGGCGATTTTGACAGCCACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 222260 GTTCTGCAGCCACAGAGGTG...CAGGCAGTGGCGATTTTGACAGCCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACCCTGTGGGTCACATGCCATACGGCTGGTTGACGGAAATCCGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225510 TACCCTGTGGGTCACATGCCATACGGCTGGTTGACGGAAATCCGTGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTATCCTGCTTTCGACAAG         AATAACCCCAGCAACAAACTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 225560 GTATCCTGCTTTCGACAAGGTG...CAGAATAACCCCAGCAACAAACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAGCACGAGCAACACAGTCACGGCAGCCCACATCAAGAAGTTCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229548 TGAGCACGAGCAACACAGTCACGGCAGCCCACATCAAGAAGTTCACCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTCTGCATGGCTCTGTCACTCACG         CTCTGTTTCGTGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 229598 GTCTGCATGGCTCTGTCACTCACGGTA...CAGCTCTGTTTCGTGATGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTGGACACCCAACGTGTCTGAGAAAATCTTGATAGACATCATCGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254630 TTGGACACCCAACGTGTCTGAGAAAATCTTGATAGACATCATCGGAGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTTTGCCTTTGCAGAACTCTGTGTTGTTCCTTTGCGGATCTTCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254680 ACTTTGCCTTTGCAGAACTCTGTGTTGTTCCTTTGCGGATCTTCTCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTCCCAGTTCCAG         TCACAGTGAGGGCGCATCTCACCGGGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 254730 TTCCCAGTTCCAGGTA...CAGTCACAGTGAGGGCGCATCTCACCGGGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTGATGACACTGAAGAAAACCTTCGTCCTTGCCCCCAGCTCTGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257809 GCTGATGACACTGAAGAAAACCTTCGTCCTTGCCCCCAGCTCTGTGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGATCATCGTCCTCATCGCCAGCCTCGTGGTCCTACCCTACCTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 257859 GGATCATCGTCCTCATCGCCAGCCTCGTGGTCCTACCCTACCTGGGGTA.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266      GGTGCACGGTGCGACCCTGGGCGTGGGCTCCCTCCTGGCGGGCTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257909 ..CAGGGTGCACGGTGCGACCCTGGGCGTGGGCTCCCTCCTGGCGGGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGTGGGAGAATCCACCATGGTCGCCATCGCTGCGTGCTATGTCTACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258520 TGTGGGAGAATCCACCATGGTCGCCATCGCTGCGTGCTATGTCTACCGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGCAG         AAAAAGAAGATGGAGAATGAGTCGGCCACGGAGGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258570 AGCAGGTG...TAGAAAAAGAAGATGGAGAATGAGTCGGCCACGGAGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAAGACTCTGCCATGACAGACATGCCTCCGACAGAGGAGGTGACAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260174 GAAGACTCTGCCATGACAGACATGCCTCCGACAGAGGAGGTGACAGACAT

   1550     .    :    .    :    .
   1452 CGTGGAAATGAGAGAGGAGAATGAA
        |||||||||||||||||||||||||
 260224 CGTGGAAATGAGAGAGGAGAATGAA