seq1 = pF1KSDA1580.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KSDA1580/gi568815587r_40014373.tfa (gi568815587r:40014373_40216292), 201920 bp

>pF1KSDA1580 1920
>gi568815587r:40014373_40216292 (Chr11)

(complement)

1-1920  (100001-101920)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGAACAAGATGACCTTACATCCACAGCAGATAATGATAGGTCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGAACAAGATGACCTTACATCCACAGCAGATAATGATAGGTCCTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTAACAGGGCCCTATTTGACCCCCTGCTTGTGGTGCTGCTGGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTAACAGGGCCCTATTTGACCCCCTGCTTGTGGTGCTGCTGGCTCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTTCTTGTGGTGGCTGGTCTGGTGCGGGCTCAGACCTGCCCTTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTTCTTGTGGTGGCTGGTCTGGTGCGGGCTCAGACCTGCCCTTCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCTCCTGCAGCAACCAGTTCAGCAAGGTGATTTGTGTTCGGAAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCTCCTGCAGCAACCAGTTCAGCAAGGTGATTTGTGTTCGGAAAAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGTGAGGTTCCGGATGGCATCTCCACCAACACACGGCTGCTGAACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGTGAGGTTCCGGATGGCATCTCCACCAACACACGGCTGCTGAACCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGAGAACCAAATCCAGATCATCAAAGTGAACAGCTTCAAGCACTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGAGAACCAAATCCAGATCATCAAAGTGAACAGCTTCAAGCACTTGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACTTGGAAATCCTACAGTTGAGTAGGAACCATATCAGAACCATTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACTTGGAAATCCTACAGTTGAGTAGGAACCATATCAGAACCATTGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGGCTTTCAATGGTCTGGCGAACCTCAACACTCTGGAACTCTTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGGCTTTCAATGGTCTGGCGAACCTCAACACTCTGGAACTCTTTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCGTCTTACTACCATCCCGAATGGAGCTTTTGTATACTTGTCTAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCGTCTTACTACCATCCCGAATGGAGCTTTTGTATACTTGTCTAAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGGAGCTCTGGTTGCGAAACAACCCCATTGAAAGCATCCCTTCTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGGAGCTCTGGTTGCGAAACAACCCCATTGAAAGCATCCCTTCTTATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTTAACAGAATTCCTTCTTTGCGCCGACTAGACTTAGGGGAATTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTTAACAGAATTCCTTCTTTGCGCCGACTAGACTTAGGGGAATTGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GACTTTCATACATCTCAGAAGGTGCCTTTGAAGGTCTGTCCAACTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GACTTTCATACATCTCAGAAGGTGCCTTTGAAGGTCTGTCCAACTTGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TATTTGAACCTTGCCATGTGCAACCTTCGGGAAATCCCTAACCTCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TATTTGAACCTTGCCATGTGCAACCTTCGGGAAATCCCTAACCTCACACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTCATAAAACTAGATGAGCTGGATCTTTCTGGGAATCATTTATCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTCATAAAACTAGATGAGCTGGATCTTTCTGGGAATCATTTATCTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCAGGCCTGGCTCTTTCCAGGGTTTGATGCACCTTCAAAAACTGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCAGGCCTGGCTCTTTCCAGGGTTTGATGCACCTTCAAAAACTGTGGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATACAGTCCCAGATTCAAGTGATTGAACGGAATGCCTTTGACAACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATACAGTCCCAGATTCAAGTGATTGAACGGAATGCCTTTGACAACCTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTCACTAGTGGAGATCAACCTGGCACACAATAATCTAACATTACTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTCACTAGTGGAGATCAACCTGGCACACAATAATCTAACATTACTGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGACCTCTTCACTCCCTTGCATCATCTAGAGCGGATACATTTACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGACCTCTTCACTCCCTTGCATCATCTAGAGCGGATACATTTACATCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACCCTTGGAACTGTAACTGTGACATACTGTGGCTCAGCTGGTGGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACCCTTGGAACTGTAACTGTGACATACTGTGGCTCAGCTGGTGGATAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGACATGGCCCCCTCGAACACAGCTTGTTGTGCCCGGTGTAACACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGACATGGCCCCCTCGAACACAGCTTGTTGTGCCCGGTGTAACACTCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCAATCTAAAGGGGAGGTACATTGGAGAGCTCGACCAGAATTACTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCAATCTAAAGGGGAGGTACATTGGAGAGCTCGACCAGAATTACTTCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGCTATGCTCCGGTGATTGTGGAGCCCCCTGCAGACCTCAATGTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGCTATGCTCCGGTGATTGTGGAGCCCCCTGCAGACCTCAATGTCACTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGGCATGGCAGCTGAGCTGAAATGTCGGGCCTCCACATCCCTGACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGGCATGGCAGCTGAGCTGAAATGTCGGGCCTCCACATCCCTGACATCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TATCTTGGATTACTCCAAATGGAACAGTCATGACACATGGGGCGTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TATCTTGGATTACTCCAAATGGAACAGTCATGACACATGGGGCGTACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GTGCGGATAGCTGTGCTCAGTGATGGTACGTTAAATTTCACAAATGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GTGCGGATAGCTGTGCTCAGTGATGGTACGTTAAATTTCACAAATGTAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGTGCAAGATACAGGCATGTACACATGTATGGTGAGTAATTCCGTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGTGCAAGATACAGGCATGTACACATGTATGGTGAGTAATTCCGTTGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ATACTACTGCTTCAGCCACCCTGAATGTTACTGCAGCAACCACTACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ATACTACTGCTTCAGCCACCCTGAATGTTACTGCAGCAACCACTACTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TTCTCTTACTTTTCAACCGTCACAGTAGAGACTATGGAACCGTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TTCTCTTACTTTTCAACCGTCACAGTAGAGACTATGGAACCGTCTCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGAGGCACGGACCACAGATAACAATGTGGGTCCCACTCCAGTGGTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TGAGGCACGGACCACAGATAACAATGTGGGTCCCACTCCAGTGGTCGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GGGAGACCACCAATGTGACCACCTCTCTCACACCACAGAGCACAAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GGGAGACCACCAATGTGACCACCTCTCTCACACCACAGAGCACAAGGTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ACAGAGAAAACCTTCACCATCCCAGTGACTGATATAAACAGTGGGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ACAGAGAAAACCTTCACCATCCCAGTGACTGATATAAACAGTGGGATCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AGGAATTGATGAGGTCATGAAGACTACCAAAATCATCATTGGGTGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AGGAATTGATGAGGTCATGAAGACTACCAAAATCATCATTGGGTGTTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TGGCCATCACACTCATGGCTGCAGTGATGCTGGTCATTTTCTACAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TGGCCATCACACTCATGGCTGCAGTGATGCTGGTCATTTTCTACAAGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AGGAAGCAGCACCATCGGCAAAACCATCACGCCCCAACAAGGACTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 AGGAAGCAGCACCATCGGCAAAACCATCACGCCCCAACAAGGACTGTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 AATTATTAATGTGGATGATGAGATTACGGGAGACACACCCATGGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 AATTATTAATGTGGATGATGAGATTACGGGAGACACACCCATGGAAAGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ACCTGCCCATGCCTGCTATCGAGCATGAGCACCTAAATCACTATAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ACCTGCCCATGCCTGCTATCGAGCATGAGCACCTAAATCACTATAACTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TACAAATCTCCCTTCAACCACACAACAACAGTTAACACAATAAATTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TACAAATCTCCCTTCAACCACACAACAACAGTTAACACAATAAATTCAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 ACACAGTTCAGTGCATGAACCGTTATTGATCCGAATGAACTCTAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 ACACAGTTCAGTGCATGAACCGTTATTGATCCGAATGAACTCTAAAGACA

   1900     .    :    .    :
   1901 ATGTACAAGAGACTCAAATC
        ||||||||||||||||||||
 101901 ATGTACAAGAGACTCAAATC