seq1 = pF1KSDA1576.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KSDA1576/gi568815582f_77688683.tfa (gi568815582f:77688683_78077692), 389010 bp

>pF1KSDA1576 1257
>gi568815582f:77688683_78077692 (Chr16)

1-233  (100001-100233)   100% ->
234-363  (128239-128368)   100% ->
364-579  (136564-136779)   100% ->
580-722  (174066-174208)   100% ->
723-826  (187688-187791)   100% ->
827-882  (190487-190542)   100% ->
883-1077  (195926-196120)   100% ->
1078-1161  (283168-283251)   100% ->
1162-1257  (288915-289010)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGGAAGGCGTGGAGAAGGCGGAGGAGACGGAGCAAATGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAGGAAGGCGTGGAGAAGGCGGAGGAGACGGAGCAAATGATCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGGCAGGCAAGGAGCCGGCGGAGGGCGGCGGCGGCGACGGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGGCAGGCAAGGAGCCGGCGGAGGGCGGCGGCGGCGACGGCTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGCCTCGGGGACGCCCAGGAGATGCGCGCGGTGGTGCTGGCTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGCCTCGGGGACGCCCAGGAGATGCGCGCGGTGGTGCTGGCTGGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGGGCTCAACAAGCTGCGGCTCTTCAGGAAGGCCATGCCCGAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGGGCTCAACAAGCTGCGGCTCTTCAGGAAGGCCATGCCCGAGCCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACGGCGAGCTCAAGATCCGCGTCAAAGCCTG         TGGATTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100201 GGACGGCGAGCTCAAGATCCGCGTCAAAGCCTGGTC...CAGTGGATTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCATTGACTTGATGGTGCGACAAGGGAATATTGACAACCCTCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128247 ACTTCATTGACTTGATGGTGCGACAAGGGAATATTGACAACCCTCCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTCCCCTGGTGCCAGGATTTGAGTGTTCTGGGATTGTTGAAGCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128297 ACTCCCCTGGTGCCAGGATTTGAGTGTTCTGGGATTGTTGAAGCTCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACAGCGTGAAAGGATATGAG         ATTGGAGACCGTGTCATGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128347 GGACAGCGTGAAAGGATATGAGGTA...CAGATTGGAGACCGTGTCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATTTGTCAATTACAATGCCTGGGCAGAGGTGGTCTGCACACCAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136583 CATTTGTCAATTACAATGCCTGGGCAGAGGTGGTCTGCACACCAGTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGTCTACAAGATCCCGGATGACATGAGCTTCTCCGAGGCTGCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136633 TTTGTCTACAAGATCCCGGATGACATGAGCTTCTCCGAGGCTGCTGCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCCATGAACTTCGTCACAGCCTATGTGATGCTGTTTGAAGTTGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136683 CCCCATGAACTTCGTCACAGCCTATGTGATGCTGTTTGAAGTTGCCAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCGGGAAGGGATGTCTGTGCTCGTGCACTCAGCTGGTGGGGGCGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136733 TCCGGGAAGGGATGTCTGTGCTCGTGCACTCAGCTGGTGGGGGCGTGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580       GGTCAAGCTGTGGCTCAGCTGTGTTCCACTGTCCCCAACGTGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136783 ...CAGGGTCAAGCTGTGGCTCAGCTGTGTTCCACTGTCCCCAACGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTCTTTGGAACAGCCTCTACTTTCAAGCATGAAGCAATCAAAGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174110 TGTCTTTGGAACAGCCTCTACTTTCAAGCATGAAGCAATCAAAGACTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGACCCACCTCTTTGACAGAAATGCAGACTACGTGCAAGAAGTTAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 174160 TGACCCACCTCTTTGACAGAAATGCAGACTACGTGCAAGAAGTTAAAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723         AATCTCTGCTGAAGGTGTGGACATCGTTTTGGATTGCCTCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174210 TA...TAGAATCTCTGCTGAAGGTGTGGACATCGTTTTGGATTGCCTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGGGGACAACACTGGAAAAGGTCTCAGTCTTCTCAAACCCCTGGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187730 TGGGGACAACACTGGAAAAGGTCTCAGTCTTCTCAAACCCCTGGGAACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACATTTTATATG         GCTCATCCAACATGGTAACTGGAGAGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 187780 ACATTTTATATGGTG...CAGGCTCATCCAACATGGTAACTGGAGAGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGAGCTTCTTCAGCTTTGCAAAATCA         TGGTGGCAGGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 190516 AAGAGCTTCTTCAGCTTTGCAAAATCAGTA...CAGTGGTGGCAGGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAGGTGAACCCCATCAAGCTGTATGAGGAGAACAAAGTCATCGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195940 GAAGGTGAACCCCATCAAGCTGTATGAGGAGAACAAAGTCATCGCGGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTTCCCTTTTAAATCTGCTCTTCAAACAAGGCCGGGCGGGCCTCATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195990 TTTCCCTTTTAAATCTGCTCTTCAAACAAGGCCGGGCGGGCCTCATTCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGAGTGGTGGAAAAACTCATAGGGCTCTACAACCAGAAGAAGATCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196040 GGAGTGGTGGAAAAACTCATAGGGCTCTACAACCAGAAGAAGATCAAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTGGTGGACTCCTTGTGGGCTCTGGAGGAG         GTGAAGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 196090 TGTGGTGGACTCCTTGTGGGCTCTGGAGGAGGTA...CAGGTGAAGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCATGCAGCGGATTCACGACCGAGGGAACATTGGCAAGTTAATTCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283178 CCATGCAGCGGATTCACGACCGAGGGAACATTGGCAAGTTAATTCTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTAGAAAAGACCCCAACTCCACTG         ATGGCCAATGACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 283228 GTAGAAAAGACCCCAACTCCACTGGTG...CAGATGGCCAATGACAGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAGACCAGTGAAGCAGGGGAAGAGGAGGAGGACCACGAGGGAGACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288932 AGAGACCAGTGAAGCAGGGGAAGAGGAGGAGGACCACGAGGGAGACAGCG

   1300     .    :    .    :    .
   1229 AGAACAAGGAGCGGATGCCCTTTATCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 288982 AGAACAAGGAGCGGATGCCCTTTATCCAG