seq1 = pF1KSDA1572.tfa, 1323 bp
seq2 = pF1KSDA1572/gi568815589r_122818612.tfa (gi568815589r:122818612_123019934), 201323 bp

>pF1KSDA1572 1323
>gi568815589r:122818612_123019934 (Chr9)

(complement)

1-1323  (100001-101323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAAAGATCAGATCTCCTTCACTTCAAGTTTGAAAATTATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGAAAGATCAGATCTCCTTCACTTCAAGTTTGAAAATTATGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAATGTTACAAAAAATGAACAAATTAAGAGAAGAGAATAAATTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCAATGTTACAAAAAATGAACAAATTAAGAGAAGAGAATAAATTTTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTTACAGTTCTCATAGATGATATTGAGGTACAGGGACATAAAATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGTTACAGTTCTCATAGATGATATTGAGGTACAGGGACATAAAATTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGCTGCAGGTTCCCCCTTCTTAAGAGACCAATTTTTACTGAATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGCTGCAGGTTCCCCCTTCTTAAGAGACCAATTTTTACTGAATGATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGAGAGGTGAAAATCTCCATATTACAGAGTTCCGAAGTGGGGAGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGAGAGGTGAAAATCTCCATATTACAGAGTTCCGAAGTGGGGAGACAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTCTTATCCTGTTATAGTGGTGTGCTGGAATTCCCTGAGATGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTCTTATCCTGTTATAGTGGTGTGCTGGAATTCCCTGAGATGGAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTAAATTACTTGACTGCTGCAAGTTTTCTTCAGATGAGCCACATTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTAAATTACTTGACTGCTGCAAGTTTTCTTCAGATGAGCCACATTGTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACGGTGCACACAGGCCCTGTGGAAGTTTATAAAGCCAAAACAACCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACGGTGCACACAGGCCCTGTGGAAGTTTATAAAGCCAAAACAACCAATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATAGTAAAGAGGGATGTGAACCACAGAGTGCTTCTCCCCAGTCAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATAGTAAAGAGGGATGTGAACCACAGAGTGCTTCTCCCCAGTCAAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCAGGGAGATGCCAGAGGCTCCCCAAAGCAGGACTCACCTTGTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGCAGGGAGATGCCAGAGGCTCCCCAAAGCAGGACTCACCTTGTATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCATCTGAAGACAGTATGGATATGGAGGACAGTGATATTCAGATTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCATCTGAAGACAGTATGGATATGGAGGACAGTGATATTCAGATTGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGTAGAATCTATTGGGGATGTATCAGAGGTTAGAAGTAAAAAAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGTAGAATCTATTGGGGATGTATCAGAGGTTAGAAGTAAAAAAGATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACCAGTTTATTTCTTCTGAACCCACTGCTTTACATTCATCAGAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AACCAGTTTATTTCTTCTGAACCCACTGCTTTACATTCATCAGAGCCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCACTCCCTGATAAATTCAACTGTGGAAAACAGAGTAAGTGAAATAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCACTCCCTGATAAATTCAACTGTGGAAAACAGAGTAAGTGAAATAGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAAACCATCTCCACAATTATGCCCTTTCTTATACAGGCAGTGATAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAACCATCTCCACAATTATGCCCTTTCTTATACAGGCAGTGATAACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCATGGCCTCAAAAGATGTCTTTGGCCCTAATATTCGAGGTGTAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCATGGCCTCAAAAGATGTCTTTGGCCCTAATATTCGAGGTGTAGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGGCCTACAGTGGCATCACCAGTGCCCAAAGTGTACCAGGGTGTTTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGGCCTACAGTGGCATCACCAGTGCCCAAAGTGTACCAGGGTGTTTCGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCTGGAGAACTACGCCAACCATTTAAAAATGCACAAACTCTTTATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCTGGAGAACTACGCCAACCATTTAAAAATGCACAAACTCTTTATGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTACTCTGCGGCAAGACTTTCACTCAGAAAGGCAACCTTCATCGACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTACTCTGCGGCAAGACTTTCACTCAGAAAGGCAACCTTCATCGACACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCGTGTGCATGCCGGAATTAAACCTTTCCAGTGTAAAATCTGTGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCGTGTGCATGCCGGAATTAAACCTTTCCAGTGTAAAATCTGTGGGAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCTTTTCTCAGAAGTGTTCCTTACAGGATCATCTTAACCTTCACAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCTTTTCTCAGAAGTGTTCCTTACAGGATCATCTTAACCTTCACAGTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GATAAGCCCCATAAATGTAACTATTGTGATATGGTTTTTGCACATAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GATAAGCCCCATAAATGTAACTATTGTGATATGGTTTTTGCACATAAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGTTTTGAGGAAACACCTTAAACAGCTGCATGGCAAAAACAGCTTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGTTTTGAGGAAACACCTTAAACAGCTGCATGGCAAAAACAGCTTTGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ATGCCAATGAGAGAAATGTACAAGACCTCACAGTGGATTTTGATTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ATGCCAATGAGAGAAATGTACAAGACCTCACAGTGGATTTTGATTCTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCATGTACAACAGTCACAGACTCTAAAGGGTGTCAGCCACAACCCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCATGTACAACAGTCACAGACTCTAAAGGGTGTCAGCCACAACCCGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AACACAGGTCCTGGATGCAGGTAAACTGGCCCAAGCTGTCCTGAACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AACACAGGTCCTGGATGCAGGTAAACTGGCCCAAGCTGTCCTGAACTTAA

   1300     .    :    .    :
   1301 GAAATGATAGTACTTGTGTGAAT
        |||||||||||||||||||||||
 101301 GAAATGATAGTACTTGTGTGAAT