seq1 = pF1KSDA1559.tfa, 1599 bp
seq2 = pF1KSDA1559/gi568815579r_36240227.tfa (gi568815579r:36240227_36462238), 222012 bp

>pF1KSDA1559 1599
>gi568815579r:36240227_36462238 (Chr19)

(complement)

7-136  (99998-100127)   99% ->
137-235  (101706-101804)   100% ->
236-1599  (120649-122012)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 CATGGTTCAGTGACATTCAGGGATGTGGCCATAGACTTCTCACAGGAAGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CAGGGTTCAGTGACATTCAGGGATGTGGCCATAGACTTCTCACAGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 ATGGGAATTCCTGGATCCTGCTCAGAGGGACTTATATAGGGATGTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 ATGGGAATTCCTGGATCCTGCTCAGAGGGACTTATATAGGGATGTAATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 GGGAGAACTACAGCAACTTCATTTCACTAG         GACCTTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100098 GGGAGAACTACAGCAACTTCATTTCACTAGGTA...CAGGACCTTCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 TCTAAACCAGATGTGATTACCTTATTGGATGAAGAAAGGAAGGAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101717 TCTAAACCAGATGTGATTACCTTATTGGATGAAGAAAGGAAGGAACCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 GATGGTTGTGAGGGAAGGGACAAGAAGATACTGCCCTG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101767 GATGGTTGTGAGGGAAGGGACAAGAAGATACTGCCCTGGTG...CAGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 TGGAGTCCAGATACAGGACCAATACTTTATCTCCAGAAAAGGACATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120652 TGGAGTCCAGATACAGGACCAATACTTTATCTCCAGAAAAGGACATTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 GAAATATATTCATTTCAGTGGGATATAATGGAAAGAATTAAAAGCTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120702 GAAATATATTCATTTCAGTGGGATATAATGGAAAGAATTAAAAGCTATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 CCTTCAGGGTTCCATTTTTAGGAATGATTGGGAATGCAAAAGCAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120752 CCTTCAGGGTTCCATTTTTAGGAATGATTGGGAATGCAAAAGCAAGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 AGGGGGAAAAGGAACAACAAGAGGGATATTTTGGGCAAGTGAAAATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120802 AGGGGGAAAAGGAACAACAAGAGGGATATTTTGGGCAAGTGAAAATTACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 TCTGAAAAAATGACCACTTACAAAAGGCACAATTTTCTTACTGAGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120852 TCTGAAAAAATGACCACTTACAAAAGGCACAATTTTCTTACTGAGTATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 GATCGTTCATAATGGAGAAAAGGTGTATGAGTGTAAGGAGTGTAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120902 GATCGTTCATAATGGAGAAAAGGTGTATGAGTGTAAGGAGTGTAGGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 CCTTTATTCGTCGCTCAACACTTAGTCAACACCTGAGAATTCATACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120952 CCTTTATTCGTCGCTCAACACTTAGTCAACACCTGAGAATTCATACTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 GAGAAACCTTATAAGTGTAAGGAATGTGGGCAGGCCTTTAGACAGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121002 GAGAAACCTTATAAGTGTAAGGAATGTGGGCAGGCCTTTAGACAGCGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639 ACATCTTATTCGACATCACAAACTTCACACCGGTGAGAAACCCTATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121052 ACATCTTATTCGACATCACAAACTTCACACCGGTGAGAAACCCTATGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689 GTAAGGAGTGTGGGAAGGCCTTTACAGTGCTCCAAGAACTTACTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121102 GTAAGGAGTGTGGGAAGGCCTTTACAGTGCTCCAAGAACTTACTCAACAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 CAGAGACTTCATACGGGTGAAAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121152 CAGAGACTTCATACGGGTGAAAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    789 GGCCTTTAGAGTACATCAGCAACTGGCTCGACATCAGAGAATTCACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121202 GGCCTTTAGAGTACATCAGCAACTGGCTCGACATCAGAGAATTCACACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839 GTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGACTGTGGAAAGACCTTTAGACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121252 GTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGACTGTGGAAAGACCTTTAGACAGTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889 ACACACCTTACACGCCATCAGAGACTTCATACTGCTGAAAAGCTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121302 ACACACCTTACACGCCATCAGAGACTTCATACTGCTGAAAAGCTCTATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939 ATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCGTATGTGGTCCAGACCTTAGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121352 ATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCGTATGTGGTCCAGACCTTAGAGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989 ATCAGAAAATTCATTTTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121402 ATCAGAAAATTCATTTTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039 AAGGCTTTTAGAATATGCCAACAACTTACTGTTCATCAGAGTATTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121452 AAGGCTTTTAGAATATGCCAACAACTTACTGTTCATCAGAGTATTCATAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1089 TGGTGAGAAACCCTACGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACTTTTAGATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121502 TGGTGAGAAACCCTACGAATGTAAGGAATGTGGGAAGACTTTTAGATTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1139 GACAACAACTAGTTCGCCATCAGAGAATACATACTCGTGAGAAACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121552 GACAACAACTAGTTCGCCATCAGAGAATACATACTCGTGAGAAACCCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1189 GAATGTATGGAATGTTGGAAGACCTTTAGTAGTTACTCACAGCTTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121602 GAATGTATGGAATGTTGGAAGACCTTTAGTAGTTACTCACAGCTTATTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1239 ACACCAGAGCATTCATATTGGTGAGAGACCCTATGAATGTGAAGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121652 ACACCAGAGCATTCATATTGGTGAGAGACCCTATGAATGTGAAGAGTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289 GAAAGGCCTTTAGACTGCTCTCACAACTTACTCAGCATCAAAGTATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121702 GAAAGGCCTTTAGACTGCTCTCACAACTTACTCAGCATCAAAGTATTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1339 ACTGGTGAGAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTAGAAAACCTTTTAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121752 ACTGGTGAGAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTAGAAAACCTTTTAGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1389 GCTCTCACAACTTACCCAACATCAGAGTATTCACACTGGTGAGAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121802 GCTCTCACAACTTACCCAACATCAGAGTATTCACACTGGTGAGAAACCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439 ATGAATGTAAGGAATGTGGTAAGGCTTTTAGACTTTATTCATTTCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121852 ATGAATGTAAGGAATGTGGTAAGGCTTTTAGACTTTATTCATTTCTTACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 CAACACCAGAGAATTCATACTGGTGAGAAGCCCTACAAGTGTAAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121902 CAACACCAGAGAATTCATACTGGTGAGAAGCCCTACAAGTGTAAGGAGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1539 TAAGAAGGCCTTTAGACAGCATTCACACCTTACTCAGCATCAGAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121952 TAAGAAGGCCTTTAGACAGCATTCACACCTTACTCAGCATCAGAAGATTC

   1600     .    :
   1589 ATAATGGAATT
        |||||||||||
 122002 ATAATGGAATT