seq1 = pF1KSDA1552.tfa, 2145 bp
seq2 = pF1KSDA1552/gi568815582f_2829686.tfa (gi568815582f:2829686_3038456), 208771 bp

>pF1KSDA1552 2145
>gi568815582f:2829686_3038456 (Chr16)

1-325  (100001-100325)   100% ->
326-793  (100728-101195)   100% ->
794-1246  (103445-103897)   100% ->
1247-1510  (104031-104294)   100% ->
1511-1774  (107436-107699)   100% ->
1775-2047  (108499-108771)   100% ->
2048-2108  (110347-110407)   100% ->
2109-2145  (119003-119039)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTGCCCGAGCCCAGCGAGCAGGAGGGCGAGAGTGTGAAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTGCCCGAGCCCAGCGAGCAGGAGGGCGAGAGTGTGAAGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGAGCCATCCCCCAAGCCAGGCACGGACGTCATCCCGGCAGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGAGCCATCCCCCAAGCCAGGCACGGACGTCATCCCGGCAGCCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAGCCCAGGGAGTTCTCCAAACTGGTGCTGCTCACAGCCTCCGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAGCCCAGGGAGTTCTCCAAACTGGTGCTGCTCACAGCCTCCGACCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGAGGATGGGGTGGGATCCAAGCCCCAGGAAGTGCACTGCGTCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGAGGATGGGGTGGGATCCAAGCCCCAGGAAGTGCACTGCGTCCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGAGATGGCTGGCCCCGCCACCCTCGCCAGCACCTTGCAGATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGAGATGGCTGGCCCCGCCACCCTCGCCAGCACCTTGCAGATCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGTTGAGGAGCAGGGAGGGGTGGTCCAGCCAGCCCTAGAGATGCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGTTGAGGAGCAGGGAGGGGTGGTCCAGCCAGCCCTAGAGATGCCTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGAAGTGCAGCAAGCTGGATGCAG         CCCCTCAGTCCCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100301 CAGAAGTGCAGCAAGCTGGATGCAGGTG...CAGCCCCTCAGTCCCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTTCCTGAGGACACCATTCGGGGGCCGCCTCCTGGTGCTGGAGTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100744 GTTCCTGAGGACACCATTCGGGGGCCGCCTCCTGGTGCTGGAGTCCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTACAAGCAGGAGAAGGCAGTGGGGGACAAGGTGTACTGGAAGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100794 TGTACAAGCAGGAGAAGGCAGTGGGGGACAAGGTGTACTGGAAGTGCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAACATGCTGAGCTGGGCTGCCGGGGCCGGGCCATCACCCGAGGCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 CAACATGCTGAGCTGGGCTGCCGGGGCCGGGCCATCACCCGAGGCCTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCACAGTGATGCGGGGCCACTGCCACGCGCCCGATGAGCAAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 GGCCACAGTGATGCGGGGCCACTGCCACGCGCCCGATGAGCAAGGCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGCCCGGCGCCAGAGGGAGAAACTGCCCAGCCTGGCCCTGCCAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100944 AGGCCCGGCGCCAGAGGGAGAAACTGCCCAGCCTGGCCCTGCCAGAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGGGAGAGCCCCAGGGTCCTGAGGGCCCTGGAGGCCGAGTGGAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100994 TTGGGAGAGCCCCAGGGTCCTGAGGGCCCTGGAGGCCGAGTGGAGGAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGGAGGGGGTGGGCCCGTGGCAGTGCCCTGAGGAGCCCGAGCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101044 CCTGGAGGGGGTGGGCCCGTGGCAGTGCCCTGAGGAGCCCGAGCCCACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGGGCTGGTGCTGAGCAAGCCGGCCCTGGAGGAGGAGGAGGCACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101094 CTGGGCTGGTGCTGAGCAAGCCGGCCCTGGAGGAGGAGGAGGCACCCCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCCTGTCACTGCTGAGCCTGCCGCCCAAGAAGCGCTCGATCCTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101144 GCCCTGTCACTGCTGAGCCTGCCGCCCAAGAAGCGCTCGATCCTGGGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GG         GACAGGCCCGGCCCCTCGAGTTCCTGAGGACGTGCTACG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 GGGTG...TAGGACAGGCCCGGCCCCTCGAGTTCCTGAGGACGTGCTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGGGCAGCTTCCTGGTACACGAGTCGTTCCTCTACAAGCGGGAGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103484 GGGGCAGCTTCCTGGTACACGAGTCGTTCCTCTACAAGCGGGAGAAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTCGGGGACAAGGTGTATTGGACCTGCCGGGACCACGCGCTGCACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103534 GTCGGGGACAAGGTGTATTGGACCTGCCGGGACCACGCGCTGCACGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCGGAGCCGGGCCATCACCCAGGGACAGCGGGTGACTGTGATGCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103584 CCGGAGCCGGGCCATCACCCAGGGACAGCGGGTGACTGTGATGCGTGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACTGCCACCAGCCCGATATGGAGGGCCTGGAAGCCCGGCGGCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103634 ACTGCCACCAGCCCGATATGGAGGGCCTGGAAGCCCGGCGGCAGCAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAGGCCGTGGAGACGCTGCAGGCTGGGCAGGACGGCCCTGGGAGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103684 AAGGCCGTGGAGACGCTGCAGGCTGGGCAGGACGGCCCTGGGAGCCAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGACACGCTGCTCCGAGGCGTGGATAGTTTGCTCTACCGCAGGGGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103734 GGACACGCTGCTCCGAGGCGTGGATAGTTTGCTCTACCGCAGGGGTCCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTCCCCTGACTCTCACCAGGCCTCGGCCCAGAAAGCGAGCAAAGGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103784 GTCCCCTGACTCTCACCAGGCCTCGGCCCAGAAAGCGAGCAAAGGTCGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GACCAGGAGCTGCCAACCCAGCCCGAGGCCCCAGACGAGCACCAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103834 GACCAGGAGCTGCCAACCCAGCCCGAGGCCCCAGACGAGCACCAGGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGACGCAGACCCGG         GAGGCCCTGAGTTCCTGAAGACGCCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103884 GGACGCAGACCCGGGTG...CAGGAGGCCCTGAGTTCCTGAAGACGCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TGGGGGGCAGCTTCCTGGTGTACGAGTCCTTCCTCTACCGGCGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104058 TGGGGGGCAGCTTCCTGGTGTACGAGTCCTTCCTCTACCGGCGGGAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCGGCTGGGGAGAAGGTGTATTGGACCTGCCGGGACCAGGCCCGCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104108 GCGGCTGGGGAGAAGGTGTATTGGACCTGCCGGGACCAGGCCCGCATGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTGCCGCAGCCGCGCCATCACCCAGGGCCGACGGGTGACTGTCATGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104158 CTGCCGCAGCCGCGCCATCACCCAGGGCCGACGGGTGACTGTCATGCGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GTCACTGCCACCCGCCCGACCTGGGAGGCCTGGAGGCCCTGAGGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104208 GTCACTGCCACCCGCCCGACCTGGGAGGCCTGGAGGCCCTGAGGCAGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGAAACGCCCCAACACGGCGCAGCGGGGGAGCCCAG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104258 GAGAAACGCCCCAACACGGCGCAGCGGGGGAGCCCAGGTA...CAGGAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCCCGAGTTCCTGAAGACGCCCCTGGGGGGCAGCTTCCTGGTGTACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107440 CCCCGAGTTCCTGAAGACGCCCCTGGGGGGCAGCTTCCTGGTGTACGAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CCTTCCTCTACCGGCGGGAGAAGGCGGCCGGGGAGAAGGTGTATTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107490 CCTTCCTCTACCGGCGGGAGAAGGCGGCCGGGGAGAAGGTGTATTGGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TGCCGGGACCAGGCCCGCATGGGCTGCCGCAGCCGCGCCATCACCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107540 TGCCGGGACCAGGCCCGCATGGGCTGCCGCAGCCGCGCCATCACCCAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CCGGCGGGTCATGGTCATGCGCAGGCACTGCCACCCACCGGACCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107590 CCGGCGGGTCATGGTCATGCGCAGGCACTGCCACCCACCGGACCTGGGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 GCCTGGAGGCCCTGCGGCAGCGGGAGCACTTCCCCAACCTGGCGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107640 GCCTGGAGGCCCTGCGGCAGCGGGAGCACTTCCCCAACCTGGCGCAGTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 GACAGCCCAG         ATCCTCTCCGGCCCCTGGAGTTCCTGAGGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107690 GACAGCCCAGGTG...CAGATCCTCTCCGGCCCCTGGAGTTCCTGAGGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TTCCCTGGGGGGCAGGTTCCTGGTGCACGAGTCCTTCCTCTACAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108530 TTCCCTGGGGGGCAGGTTCCTGGTGCACGAGTCCTTCCTCTACAGGAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 AGAAGGCGGCTGGGGAGAAGGTGTACTGGATGTGCCGGGACCAGGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 AGAAGGCGGCTGGGGAGAAGGTGTACTGGATGTGCCGGGACCAGGCTCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CTGGGCTGCCGCAGCCGCGCCATAACCCAGGGCCACCGCATCATGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 CTGGGCTGCCGCAGCCGCGCCATAACCCAGGGCCACCGCATCATGGTCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GCGCAGCCACTGCCATCAGCCTGACCTGGCAGGCCTGGAGGCCTTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 GCGCAGCCACTGCCATCAGCCTGACCTGGCAGGCCTGGAGGCCTTGAGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 AACGGGAGCGGCTCCCCACCACGGCCCAGCAGGAGGACCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108730 AACGGGAGCGGCTCCCCACCACGGCCCAGCAGGAGGACCCAGGTA...CA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048  AAAAGATTCAAGTTCAGCTGTGCTTCAAGACGTGTTCTCCTGAAAGCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110346 GAAAAGATTCAAGTTCAGCTGTGCTTCAAGACGTGTTCTCCTGAAAGCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 GCAGATTTATGG         GGACATCAAAGACGTCAGACTGGATGGCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110396 GCAGATTTATGGGTA...TAGGGACATCAAAGACGTCAGACTGGATGGCG

   2200     .
   2138 AGTCCCAG
        ||||||||
 119032 AGTCCCAG