seq1 = pF1KSDA1540.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KSDA1540/gi568815587r_94280152.tfa (gi568815587r:94280152_94501247), 221096 bp

>pF1KSDA1540 1269
>gi568815587r:94280152_94501247 (Chr11)

(complement)

1-387  (100001-100387)   100% ->
388-513  (104724-104849)   100% ->
514-647  (107630-107763)   100% ->
648-1269  (120475-121096)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCCTCACCTCTTGCTGCTCTGTCTCCTCCCCTTGGTGCGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCCTCACCTCTTGCTGCTCTGTCTCCTCCCCTTGGTGCGAGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGCCCCACGAGGGCCGGGCCGACGAGCAGAGCGCGGAGGCGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGCCCCACGAGGGCCGGGCCGACGAGCAGAGCGCGGAGGCGGCCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGCCCAATGCCTCGCACTTCTTCTCTTGGAACAACTACACCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTGCCCAATGCCTCGCACTTCTTCTCTTGGAACAACTACACCTTCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTGGCAGAACTTTGTGGGCAGGAGGCGCTACGGCGCTGAGTCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTGGCAGAACTTTGTGGGCAGGAGGCGCTACGGCGCTGAGTCCCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCACGGTGAAAGCCCTGCTCATTGTGGCTTACTCCTTCATCATTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCACGGTGAAAGCCCTGCTCATTGTGGCTTACTCCTTCATCATTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCACTCTTTGGCAACGTCCTGGTCTGTCATGTCATCTTCAAGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCACTCTTTGGCAACGTCCTGGTCTGTCATGTCATCTTCAAGAACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGAATGCACTCGGCCACCAGCCTCTTCATCGTCAACCTGGCAGTTGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGAATGCACTCGGCCACCAGCCTCTTCATCGTCAACCTGGCAGTTGCCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATAATGATCACGCTGCTCAACACCCCCTTCACTTTG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100351 CATAATGATCACGCTGCTCAACACCCCCTTCACTTTGGTA...CAGGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTTTGTGAACAGCACATGGATATTTGGGAAGGGCATGTGCCATGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104728 GCTTTGTGAACAGCACATGGATATTTGGGAAGGGCATGTGCCATGTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGCTTTGCCCAGTACTGCTCACTGCACGTCTCAGCACTGACACTGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104778 CGCTTTGCCCAGTACTGCTCACTGCACGTCTCAGCACTGACACTGACAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATTGCGGTGGATCGCCACCAG         GTCATCATGCACCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104828 CATTGCGGTGGATCGCCACCAGGTG...CAGGTCATCATGCACCCCTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AACCCCGGATCTCAATCACAAAGGGTGTCATCTACATCGCTGTCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107649 AACCCCGGATCTCAATCACAAAGGGTGTCATCTACATCGCTGTCATCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACCATGGCTACGTTCTTTTCACTCCCACATGCTATCTGCCAGAAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107699 ACCATGGCTACGTTCTTTTCACTCCCACATGCTATCTGCCAGAAATTATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TACCTTCAAATACAG         TGAGGACATTGTGCGCTCCCTCTGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107749 TACCTTCAAATACAGGTG...CAGTGAGGACATTGTGCGCTCCCTCTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCCAGACTTCCCTGAGCCAGCTGACCTCTTCTGGAAGTACCTGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120501 TGCCAGACTTCCCTGAGCCAGCTGACCTCTTCTGGAAGTACCTGGACTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCACCTTCATCCTGCTCTACATCCTGCCCCTCCTCATCATCTCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120551 GCCACCTTCATCCTGCTCTACATCCTGCCCCTCCTCATCATCTCTGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTACGCTCGTGTGGCCAAGAAACTGTGGCTGTGTAATATGATTGGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120601 CTACGCTCGTGTGGCCAAGAAACTGTGGCTGTGTAATATGATTGGCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGACCACAGAGCAGTACTTTGCCCTGCGGCGCAAAAAGAAGAAGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120651 TGACCACAGAGCAGTACTTTGCCCTGCGGCGCAAAAAGAAGAAGACCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGATGTTGATGCTGGTGGTAGTCCTCTTTGCCCTCTGCTGGTTCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120701 AAGATGTTGATGCTGGTGGTAGTCCTCTTTGCCCTCTGCTGGTTCCCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAACTGCTACGTCCTCCTCCTGTCCAGCAAGGTCATCCGCACCAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120751 CAACTGCTACGTCCTCCTCCTGTCCAGCAAGGTCATCCGCACCAACAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCCTCTACTTTGCCTTCCACTGGTTTGCCATGAGCAGCACCTGCTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120801 CCCTCTACTTTGCCTTCCACTGGTTTGCCATGAGCAGCACCTGCTATAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCCTTCATATACTGCTGGCTGAACGAGAACTTCAGGATTGAGCTAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120851 CCCTTCATATACTGCTGGCTGAACGAGAACTTCAGGATTGAGCTAAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATTACTGAGCATGTGTCAAAGACCTCCCAAGCCTCAGGAGGACAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 120901 ATTACTGAGCATGTGTCAAAGACCTCCCAAGCCTCAGGAGGACAGGCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCTCCCCAGTTCCTTCCTTCAGGGTGGCCTGGACAGAGAAGAATGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120951 CCTCCCCAGTTCCTTCCTTCAGGGTGGCCTGGACAGAGAAGAATGATGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CAGAGGGCTCCCCTTGCCAATAACCTCCTGCCCACCTCCCAACTCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121001 CAGAGGGCTCCCCTTGCCAATAACCTCCTGCCCACCTCCCAACTCCAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1224 TGGGAAGACAGACCTGTCATCTGTGGAACCCATTGTGACGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121051 TGGGAAGACAGACCTGTCATCTGTGGAACCCATTGTGACGATGAGT