seq1 = pF1KSDA1519.tfa, 1941 bp
seq2 = pF1KSDA1519/gi568815593f_512362.tfa (gi568815593f:512362_753150), 240789 bp

>pF1KSDA1519 1941
>gi568815593f:512362_753150 (Chr5)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-210  (106629-106756)   100% ->
211-403  (107708-107900)   100% ->
404-512  (112110-112218)   100% ->
513-691  (121408-121586)   100% ->
692-904  (123011-123223)   100% ->
905-1206  (125156-125457)   100% ->
1207-1342  (126728-126863)   100% ->
1343-1539  (128047-128243)   99% ->
1540-1666  (131938-132064)   100% ->
1667-1778  (135444-135555)   100% ->
1779-1941  (140627-140789)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGGGCTGGCCCTCGGCTGGTGCTGAGCGAGGAGGCGGTTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCGGGCTGGCCCTCGGCTGGTGCTGAGCGAGGAGGCGGTTCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGAGCGGCTTAGGGCCTCACCGCGACCTGG         CTGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GAAGAGCGGCTTAGGGCCTCACCGCGACCTGGGTG...TAGCTGAGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTCATTGTCTATTCCTGGAACTTACCAAGAGAAGATCACCCACCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106638 AGTCATTGTCTATTCCTGGAACTTACCAAGAGAAGATCACCCACCTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTCTCTGATGAGTTTAACAGGTCTGAAATCTTTGGATCTCTCGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106688 CATTCTCTGATGAGTTTAACAGGTCTGAAATCTTTGGATCTCTCGCGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCTTGGTTAGTCTGGAG         GGCATTCAGTACCTGACTGCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106738 CTCCTTGGTTAGTCTGGAGGTA...CAGGGCATTCAGTACCTGACTGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAGAGTCTCAATCTCTACTACAACTGCATCTCCTCGTTGGCAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107730 TGGAGAGTCTCAATCTCTACTACAACTGCATCTCCTCGTTGGCAGAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTCGGCTCCACGCCTTAACCGAGCTCGTGGATGTGGACTTCCGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107780 TTTCGGCTCCACGCCTTAACCGAGCTCGTGGATGTGGACTTCCGGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCGTGGTGAAGGTTGAGCCTGACTACCGCCTTTTTGTTGTGCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107830 CCCCGTGGTGAAGGTTGAGCCTGACTACCGCCTTTTTGTTGTGCACCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCCAAGCTCCAGCAGCTGG         ACGATCGCCCCGTGAGAGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107880 TCCCCAAGCTCCAGCAGCTGGGTA...TAGACGATCGCCCCGTGAGAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCGAGCGGAAGGCTTCCCGACTGCATTTTGCATCAGAGGACTCACTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112130 AGCGAGCGGAAGGCTTCCCGACTGCATTTTGCATCAGAGGACTCACTCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCCAAAGAGAGCGTCCCAGCTTCTTTGAAAGAGGGCAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112180 CTCCAAAGAGAGCGTCCCAGCTTCTTTGAAAGAGGGCAGGTA...CAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACACCACCCCAGAGCCAAGTGCACCGAGGCCTTGGCCAAGCAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121410 CACACCACCCCAGAGCCAAGTGCACCGAGGCCTTGGCCAAGCAGAGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCATGGATGCGGATGACGAGGCAGTCCTGAACCTCATTGCAGAGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121460 GTCATGGATGCGGATGACGAGGCAGTCCTGAACCTCATTGCAGAGTGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGGGACCTCGGCAGGCCTCCCGGGAGCACGAGCTTCAGCCAGAAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121510 GTGGGACCTCGGCAGGCCTCCCGGGAGCACGAGCTTCAGCCAGAAGGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGAGGCCGACTCTCGTGGTTCCCAAG         AATCCAGACATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121560 GTGAGGCCGACTCTCGTGGTTCCCAAGGTG...TAGAATCCAGACATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGAGCCCGCAGTTGGTACAGTACCAGTGTGGGGACTCTGGGAAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123025 TTGAGCCCGCAGTTGGTACAGTACCAGTGTGGGGACTCTGGGAAGCAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGTGAGACGAGGAGGAGCAGCTGCAGAGGGTGCTGTCTGGAGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123075 CCGTGAGACGAGGAGGAGCAGCTGCAGAGGGTGCTGTCTGGAGAAGATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTTGGAGCCAGCTCTGTGGAGAGCTTCCGCCACTGTACGGAGCGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123125 CTTGGAGCCAGCTCTGTGGAGAGCTTCCGCCACTGTACGGAGCGGAGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGGCCTCCCGTGCCCCCAGGCCACACACGTACTTCACCCCACACCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123175 GAGGCCTCCCGTGCCCCCAGGCCACACACGTACTTCACCCCACACCCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905         ACTCCATGGATACCGAGGACTCGGCCTCTTCTCAGAAGTTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123225 TA...CAGACTCCATGGATACCGAGGACTCGGCCTCTTCTCAGAAGTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATTTGTCAGGAGAAATGGTGCCTGGTCCCCTGCCAGCCCCCGGAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125198 ATTTGTCAGGAGAAATGGTGCCTGGTCCCCTGCCAGCCCCCGGAAAGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGGAAGCGAAGAATGCCTGTTGGAAGATTCCAGACGTTTTCGGACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125248 AGGAAGCGAAGAATGCCTGTTGGAAGATTCCAGACGTTTTCGGACCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGGTTTGGGCTGCCCGGAGAGAACTCATGGGTCCTCCGTGCCCAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125298 GGGTTTGGGCTGCCCGGAGAGAACTCATGGGTCCTCCGTGCCCAAGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCCTGAGCAGACAGGACAGCTCAGAAAGCAGGAACGGGAGGACCTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125348 GCCTGAGCAGACAGGACAGCTCAGAAAGCAGGAACGGGAGGACCTTGTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGCCTGAGGCCTCGGAGACTGAGGAGCAGAGGTCTCGGGGTGTGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125398 CAGCCTGAGGCCTCGGAGACTGAGGAGCAGAGGTCTCGGGGTGTGACCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CACCAGAGAG         CCGTCTCCCGGGTCACACTCGGCTCTACCCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125448 CACCAGAGAGGTG...CAGCCGTCTCCCGGGTCACACTCGGCTCTACCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGAAGAAGACGGCCCTGCAGGCGGCGCTCCTGGAGACGCTCTTGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126759 GGAAGAAGACGGCCCTGCAGGCGGCGCTCCTGGAGACGCTCTTGGACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTGGACAGGAGCTGGGGCGGCTGCAGGTCCCTGCACAGCAACGAGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126809 GTGGACAGGAGCTGGGGCGGCTGCAGGTCCCTGCACAGCAACGAGGCATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCTTG         CTCAGGCAAGACACATCTTGTCATCTGTTGAAGAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126859 CCTTGGTG...TAGCTCAGGCAAGACACATCTTGTCATCTGTTGAAGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCACAGCAGCTCAGGACAGCTCTGCGATGGTGGGTGAAGATGTCGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128083 TCACAGCAGCTCAGGACAGCTCTGCGATGGTGGGTGAAGATGTCGGCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTGGCTCTGGAGAGTAAGTCCCTGCAAAGCCGCCTTGCTGAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128133 CTGGCTCTGGAGAGTAAGTCCCTGCAAAGCCGCCTTGCTGAGCAGCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCAGCACGCCCGGGAGATGAGCGAGGTGACGGCGGAGCTGCACCACGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 128183 GCAGCACGCCCGGGAGATGAGCGAGGTGACGGCGGAGCTGCACCACACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACAAGGAGCTG         GATGATTTGAGACAACATTTAGATAAATCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 128233 ACAAGGAGCTGGTG...CAGGATGATTTGAGACAACATTTAGATAAATCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TTGGAAGAGAACAGTAGGTTAAAATCGCTTTTGTTGAGTATGAAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131968 TTGGAAGAGAACAGTAGGTTAAAATCGCTTTTGTTGAGTATGAAAAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGTGAAGAGTGCAGACACTGCAGCCACGTTAAATTTGCAGATCGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 132018 AGTGAAGAGTGCAGACACTGCAGCCACGTTAAATTTGCAGATCGCTGGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1667       GACTTCAAACAAGTGTGAAGAGGCTGTGTGGCGAGATTGTGGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132068 ...CAGGACTTCAAACAAGTGTGAAGAGGCTGTGTGGCGAGATTGTGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTGAAGCAGCACCTGGAGCACTACGACAAGATCCAGGAGCTCACGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135488 CTGAAGCAGCACCTGGAGCACTACGACAAGATCCAGGAGCTCACGCAGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GCTGCAGGAGAGCCACAG         CTCCCTGGTCAGCACCAATGAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 135538 GCTGCAGGAGAGCCACAGGTG...CAGCTCCCTGGTCAGCACCAATGAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ACCTGCTGCAGGAGCTGAGCCAGGTGCGGGCGCAGCACAGAGCCGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140650 ACCTGCTGCAGGAGCTGAGCCAGGTGCGGGCGCAGCACAGAGCCGAGGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GAGCAGATGCACTGGAGCTACCAGGAGCTCAAGAAGACCATGGCCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140700 GAGCAGATGCACTGGAGCTACCAGGAGCTCAAGAAGACCATGGCCCTGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TCCACACAGCAGCGCCAGCCATGGAGGCTGCCAGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140750 TCCACACAGCAGCGCCAGCCATGGAGGCTGCCAGGCCTGC