seq1 = pF1KSDA1486.tfa, 1959 bp
seq2 = pF1KSDA1486/gi568815596f_225308881.tfa (gi568815596f:225308881_225751562), 442682 bp

>pF1KSDA1486 1959
>gi568815596f:225308881_225751562 (Chr2)

1-221  (100001-100221)   99% ->
222-523  (204491-204792)   100% ->
524-1618  (273061-274155)   100% ->
1619-1828  (318037-318246)   99% ->
1829-1959  (342552-342682)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATATCCTCCAAGATGATGAGTTCTAATCCTGAGGAAGACCCTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATATCCTCCAAGATGATGAGTTCTAATCCTGAGGAAGACCCTTTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACATTTCTCCAGTACATTGAGGATATGGGGATGAAGGCCTACGATGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100051 CACATTTCTCCAGTACATTGAGGATATGGGGATGAAGGCCTATGATGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTTATTCAGAATGCGTCAGATATTGCTCGAGAGAATGATCGCTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTTATTCAGAATGCGTCAGATATTGCTCGAGAGAATGATCGCTTGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGAAACTAACCTAGCCTATTTGAAAGAGAAGAATGAAAAACGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGAAACTAACCTAGCCTATTTGAAAGAGAAGAATGAAAAACGCCGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAAGAAGAAGCAATAAAGCG         CATAGGTGGAGAAGTAGGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100201 ACAAGAAGAAGCAATAAAGCGGTA...CAGCATAGGTGGAGAAGTAGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGGCCACGAAGGAAGTTACGTGGGCAAACATTTCCGCATGGGATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204511 GAGGCCACGAAGGAAGTTACGTGGGCAAACATTTCCGCATGGGATTCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAATGCCTGCTCCTCAGGACAGACTTCCCCATCCTTGCTCCAGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204561 ACAATGCCTGCTCCTCAGGACAGACTTCCCCATCCTTGCTCCAGTGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCTGTGAGATCACAGTCCCTGCACTCGGTTGGGGGCACAGACGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204611 TTCTGTGAGATCACAGTCCCTGCACTCGGTTGGGGGCACAGACGATGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAGCTGTGGCTCACGGAGACAACCACCACCCAAACCCAAGAGGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204661 GCAGCTGTGGCTCACGGAGACAACCACCACCCAAACCCAAGAGGGACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCACCAAGCTGAGCACCTCATCAGAGACAGTCAGCAGCACTGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204711 AGCACCAAGCTGAGCACCTCATCAGAGACAGTCAGCAGCACTGCAGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAAGAGCGGGAAAACCCCTGAGAGGACTGAAG         CGTCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 204761 TAAGAGCGGGAAAACCCCTGAGAGGACTGAAGGTA...TAGCGTCAGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AACCAAGACCCCACAGCGATGAATATTCCAAGAAGATTCCTCCTCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273070 AACCAAGACCCCACAGCGATGAATATTCCAAGAAGATTCCTCCTCCCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCGAAGCGAAATCCGAACACTCAGCTGAGCACATCTTTCGATGAAACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273120 CCGAAGCGAAATCCGAACACTCAGCTGAGCACATCTTTCGATGAAACGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCAAAAAGCATGGGCCCCGGAGGACGTCGCTGCCGCGGGACTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273170 CATCAAAAAGCATGGGCCCCGGAGGACGTCGCTGCCGCGGGACTCCTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGTCCCAGATGGGCAGCCCCGCGGGAGACCCCGAGGAAGAGGAGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273220 TGTCCCAGATGGGCAGCCCCGCGGGAGACCCCGAGGAAGAGGAGCCCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TACATCGAGATGGTGGGGAACATTCTCAGAGACTTCAGGAAGGAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273270 TACATCGAGATGGTGGGGAACATTCTCAGAGACTTCAGGAAGGAGGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGACCAGAGCGAGGCCGTCTACGAGGAAATGAAGTACCCTATCTTTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273320 TGACCAGAGCGAGGCCGTCTACGAGGAAATGAAGTACCCTATCTTTGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACTTGGGCCAAGACGCCAAATGTGACTTCGACCATCACAGCTGTTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273370 ACTTGGGCCAAGACGCCAAATGTGACTTCGACCATCACAGCTGTTCTTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CAGTGTGCTACTCCCACGGTGCCTGACTTGGACTTCGCCAAGGCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273420 CAGTGTGCTACTCCCACGGTGCCTGACTTGGACTTCGCCAAGGCCTCAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCCATGCCCCCCCAAGGGGCTGCTTTGCGACATCCCTCCGCCCTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273470 GCCATGCCCCCCCAAGGGGCTGCTTTGCGACATCCCTCCGCCCTTCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCTGCTTTCTCACAGACCCCCGCTGCTGGTATTTCCCCCCGCCCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273520 ACCTGCTTTCTCACAGACCCCCGCTGCTGGTATTTCCCCCCGCCCCCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CATTGCTCCCCCAACTCCGACGAGTCCCCGCTTACCCCTCTGGAGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273570 CATTGCTCCCCCAACTCCGACGAGTCCCCGCTTACCCCTCTGGAGGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GAAGCTTCCCGTGCTGGAAAACGTGTCTTACATGAAACAGCCAGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273620 GAAGCTTCCCGTGCTGGAAAACGTGTCTTACATGAAACAGCCAGCCGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CGTCGCCCTCCACGCTGCCGTCCCACGTCCCCGGCCATGCGAAACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273670 CGTCGCCCTCCACGCTGCCGTCCCACGTCCCCGGCCATGCGAAACTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAAGAGCAGGCCGCGGCCCTGGGACCTGCCTCTGCCACCCCTGCGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273720 AAAGAGCAGGCCGCGGCCCTGGGACCTGCCTCTGCCACCCCTGCGCTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTCGTCGCCCCCACCCCCGTCTACGCTGTACCGAACCCAGTCTCCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273770 CTCGTCGCCCCCACCCCCGTCTACGCTGTACCGAACCCAGTCTCCCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GCTACCCTAAAAGTCACTCCACCTCTCCCTCCCCCGTCAGCATGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273820 GCTACCCTAAAAGTCACTCCACCTCTCCCTCCCCCGTCAGCATGGGGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCCCTGACTCCCCTGAGCCTCAAAAGGCCTCCCCCTTACGACGCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273870 TCCCTGACTCCCCTGAGCCTCAAAAGGCCTCCCCCTTACGACGCTGTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TTCGGGCAGCCTCTCAAGGAGCTCTCCTTCAGTGCCTCACTCGACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273920 TTCGGGCAGCCTCTCAAGGAGCTCTCCTTCAGTGCCTCACTCGACCCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GACCCGTGTCGCAAGATGGGGCCAAGATGGTCAACGCCGCGGTGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273970 GACCCGTGTCGCAAGATGGGGCCAAGATGGTCAACGCCGCGGTGAACACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TACGGGGCAGCCCCGGGTGGCTCCCGGTCCCGGACACCCACGAGCCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274020 TACGGGGCAGCCCCGGGTGGCTCCCGGTCCCGGACACCCACGAGCCCGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GGAGGAGCTGACCAGCCTCTTCTCCTCCGGCCGCAGCCTGCTGCGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274070 GGAGGAGCTGACCAGCCTCTTCTCCTCCGGCCGCAGCCTGCTGCGCAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 CGTCCAGTGGCCGGCGCTCCAAAGAGCCTGCAGAGA         AATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 274120 CGTCCAGTGGCCGGCGCTCCAAAGAGCCTGCAGAGAGTA...CAGAATCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 ACAGAGGAACTGAAAGTCCGAAGCCACAGCACGGAGCCATTACCAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318042 ACAGAGGAACTGAAAGTCCGAAGCCACAGCACGGAGCCATTACCAAAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GGACAACAAGGAAAGAGGCCACCATGGGGCGTCTTCCTCCAGAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318092 GGACAACAAGGAAAGAGGCCACCATGGGGCGTCTTCCTCCAGAGAGCCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TCAAAGCTCAGGAATGGGATGGAACACCAGGGCCACCTGTGGTCACCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 318142 TCAAAGCTCAGGAATGGGATGGAACACCAGGGACACCTGTGGTCACCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CGACTAGGAAGATGCTCTGTGAGCCCCACCTTGTTAGCGGGAAACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318192 CGACTAGGAAGATGCTCTGTGAGCCCCACCTTGTTAGCGGGAAACCACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TTCAG         AGCCTAAAGTAAGCTGCAAATTAGGCCGGTCTGCGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318242 TTCAGGTA...CAGAGCCTAAAGTAAGCTGCAAATTAGGCCGGTCTGCGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 CGACGTCAGGTGTGCCTCCTCCATCAGTCACTCCCCTCAGGCAAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342588 CGACGTCAGGTGTGCCTCCTCCATCAGTCACTCCCCTCAGGCAAAGCAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1915 GACCTGCAACAGAGCCAGGTACCATCATCGTTAGCCAATCGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342638 GACCTGCAACAGAGCCAGGTACCATCATCGTTAGCCAATCGTGAT