seq1 = pF1KSDA1470.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KSDA1470/gi568815597r_17309093.tfa (gi568815597r:17309093_17538514), 229422 bp

>pF1KSDA1470 1566
>gi568815597r:17309093_17538514 (Chr1)

(complement)

1-285  (100001-100285)   100% ->
286-379  (109316-109409)   100% ->
380-523  (112831-112974)   100% ->
524-655  (115679-115810)   100% ->
656-744  (116224-116312)   100% ->
745-859  (117687-117801)   100% ->
860-1026  (121869-122035)   100% ->
1027-1207  (124798-124978)   100% ->
1208-1313  (125337-125442)   99% ->
1314-1386  (126321-126393)   100% ->
1387-1464  (128464-128541)   100% ->
1465-1566  (129321-129422)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGGAAGAAGGCGGCGGCGGCGGCCTGGGAGGAGCCGAGCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGGAAGAAGGCGGCGGCGGCGGCCTGGGAGGAGCCGAGCTCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACGGCACTGCCCGCGCCGGGCCCAGGAAACGCGGCGGCCCGGCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACGGCACTGCCCGCGCCGGGCCCAGGAAACGCGGCGGCCCGGCGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAGCGCGAGCGGCCCGAGCGCTGCAGTAGCAGCAGCGGCGGCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAGCGCGAGCGGCCCGAGCGCTGCAGTAGCAGCAGCGGCGGCGGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGGCGACGAGGACGGCCTGGAGCTCGACGGGGCCCCCGGCGGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGGCGACGAGGACGGCCTGGAGCTCGACGGGGCCCCCGGCGGGGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGCGCGGCGCGGCCGGCGACAGCAGGCAAGGCGGGCGGCGCGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGCGCGGCGCGGCCGGCGACAGCAGGCAAGGCGGGCGGCGCGGCCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCATCACCGAACCCGAGCACACCAAGGAGCGCGTC         AAACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100251 TCATCACCGAACCCGAGCACACCAAGGAGCGCGTCGTG...CAGAAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGGGTCAAAGTGCAAAGGGCAGCTTTTGATTTTTGGGGCAACCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109322 GAAGGGTCAAAGTGCAAAGGGCAGCTTTTGATTTTTGGGGCAACCAACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGACTTGATTGGTCGAAAAGAAGTGCCTAAACAGCAAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109372 GGACTTGATTGGTCGAAAAGAAGTGCCTAAACAGCAAGGTA...CAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTACCGCAATCTCGGTCAGAATTTGTGGGGGCCCCACAGATATGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112834 CTTACCGCAATCTCGGTCAGAATTTGTGGGGGCCCCACAGATATGGGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGCGGGGGTCCGGGTGCGGACAGTGGTCTCGGGCTCGTGTGCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112884 CTGGCGGGGGTCCGGGTGCGGACAGTGGTCTCGGGCTCGTGTGCTGCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCCTCCTCATCACCACGGAAGGGAAGCTGTGGAGCTGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112934 CAGCCTCCTCATCACCACGGAAGGGAAGCTGTGGAGCTGGGGTG...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGAAATGAGAAGGGGCAGCTGGGACATGGTGACACCAAGAGAGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115679 GTCGAAATGAGAAGGGGCAGCTGGGACATGGTGACACCAAGAGAGTAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCCCTAGACTCATCGAGGGTCTTAGCCACGAAGTGATTGTGTCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115729 GCCCCTAGACTCATCGAGGGTCTTAGCCACGAAGTGATTGTGTCTGCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ATGTGGGCGGAACCACACCTTGGCCTTGACGG         AAACGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115779 ATGTGGGCGGAACCACACCTTGGCCTTGACGGGTA...CAGAAACGGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCGTGTTTGCGTTTGGGGAAAACAAGATGGGGCAGCTGGGCCTTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116233 CCGTGTTTGCGTTTGGGGAAAACAAGATGGGGCAGCTGGGCCTTGGCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGACAGACGCTGTTCCCAGCCCCGCGCAG         ATAATGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116283 CAGACAGACGCTGTTCCCAGCCCCGCGCAGGTG...CAGATAATGTACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGCCAGCCAATTACCAAAATGGCCTGTGGGGCTGAATTCAGTATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117698 CGGCCAGCCAATTACCAAAATGGCCTGTGGGGCTGAATTCAGTATGATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGACTGCAAAGGAAACCTCTATTCCTTTGGGTGCCCTGAATATGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117748 TGGACTGCAAAGGAAACCTCTATTCCTTTGGGTGCCCTGAATATGGTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGG         GACACAACTCAGATGGGAAGTTCATCGCCCGGGCACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117798 CTGGGTA...CAGGACACAACTCAGATGGGAAGTTCATCGCCCGGGCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCGGATAGAGTACGACTGTGAACTAGTTCCCCGGCGAGTGGCCATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121906 GCGGATAGAGTACGACTGTGAACTAGTTCCCCGGCGAGTGGCCATCTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTGAGAAGACGAAAGATGGACAGATTCTGCCTGTACCAAACGTGGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121956 TTGAGAAGACGAAAGATGGACAGATTCTGCCTGTACCAAACGTGGTTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGAGACGTGGCCTGTGGCGCTAACCACACG         CTGGTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122006 CGAGACGTGGCCTGTGGCGCTAACCACACGGTG...CAGCTGGTCCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCCCAGAAGCGAGTCTTCTCCTGGGGCTTTGGTGGCTATGGCCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124809 CTCCCAGAAGCGAGTCTTCTCCTGGGGCTTTGGTGGCTATGGCCGGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCCACGCAGAGCAGAAGGATGAGATGGTCCCCCGCCTGGTGAAGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124859 GCCACGCAGAGCAGAAGGATGAGATGGTCCCCCGCCTGGTGAAGCTGTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACTTCCCTGGGCGTGGGGCTTCCCAGATCTATGCTGGTTACACCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124909 GACTTCCCTGGGCGTGGGGCTTCCCAGATCTATGCTGGTTACACCTGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTTTGCTGTCAGTGAAGTGG         GTGGTCTGTTTTTCTGGGGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 124959 CTTTGCTGTCAGTGAAGTGGGTT...TAGGTGGTCTGTTTTTCTGGGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCACCAACACCTCCCGTGAATCTACCATGTACCCAAAAGCAGTGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125358 CCACCAACACCTCCCGTGAATCTACCATGTACCCAAAAGCAGTGCAGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTCTGCGGCTGGAGAATTCGGAGCCTGGCTTGTGG         GAAGAG
        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125408 CTCTGCGGCTGGAGAATCCGGAGCCTGGCTTGTGGGTA...CAGGAAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGCATCATTGTGGCCGCCGATGAGAGCACCATCAGCTGGGGTCCGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126327 CAGCATCATTGTGGCCGCCGATGAGAGCACCATCAGCTGGGGTCCGTCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CGACCTTTGGGGAACTG         GGCTACGGGGACCACAAGCCCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 126377 CGACCTTTGGGGAACTGGTA...CAGGGCTACGGGGACCACAAGCCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCTTCCACTGCAGCCCAGGAGGTAAAGACTCTGGATGGCATTTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128488 TCTTCCACTGCAGCCCAGGAGGTAAAGACTCTGGATGGCATTTTCTCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCAG         GTCGCCATGGGCTACTCACACTCCTTGGTGATAGCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128538 GCAGGTG...CAGGTCGCCATGGGCTACTCACACTCCTTGGTGATAGCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GAGATGAAAGTGAGACTGAGAAAGAGAAGATCAAGAAACTGCCAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129358 GAGATGAAAGTGAGACTGAGAAAGAGAAGATCAAGAAACTGCCAGAATAC

   1650     .    :    .
   1552 AACCCCCGAACCCTC
        |||||||||||||||
 129408 AACCCCCGAACCCTC