seq1 = pF1KSDA1458.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KSDA1458/gi568815594f_48241740.tfa (gi568815594f:48241740_48522074), 280335 bp

>pF1KSDA1458 1743
>gi568815594f:48241740_48522074 (Chr4)

1-389  (100001-100389)   100% ->
390-538  (128110-128258)   100% ->
539-703  (136157-136321)   100% ->
704-862  (137951-138109)   100% ->
863-1222  (140829-141188)   100% ->
1223-1360  (141908-142045)   100% ->
1361-1679  (178386-178704)   100% ->
1680-1743  (180272-180335)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACGTTAACTCCAACGTGAACGCGGACCAGGAGGTGCGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACGTTAACTCCAACGTGAACGCGGACCAGGAGGTGCGGAAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGAGCTGGTGAAGAAGCTGGAGAAGCAGAACGAACAGCTGAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGAGCTGGTGAAGAAGCTGGAGAAGCAGAACGAACAGCTGAGGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCGGGGGCCGTGCAGGGCGCCGGCTCCCTTGGGCCCGGCAGCCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCGGGGGCCGTGCAGGGCGCCGGCTCCCTTGGGCCCGGCAGCCCGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGCCGGCGCGTCCATTCCCTCCTCCGGCGCGGCGTCTCCTCGGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGCCGGCGCGTCCATTCCCTCCTCCGGCGCGGCGTCTCCTCGGGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCTTGGGCCTCAGCGCCAAGTCGGGCGGCGGGCCCGGGTCGGGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCTTGGGCCTCAGCGCCAAGTCGGGCGGCGGGCCCGGGTCGGGCCCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCGGACGAGTAGCGAAGAGCTGCGGGACGCCACCTCCTTGCTAGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCGGACGAGTAGCGAAGAGCTGCGGGACGCCACCTCCTTGCTAGCGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGAGGGCGGCTTGCTGGACGAGGTGGAGCCGCTGCGGCCCGACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCGAGGGCGGCTTGCTGGACGAGGTGGAGCCGCTGCGGCCCGACGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCGCCTGTCAGGCTGGGAGGAGGAGGAGGAGAGCTG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100351 GGAGCGCCTGTCAGGCTGGGAGGAGGAGGAGGAGAGCTGGTG...TAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTATTCATCACCAAAGAAAAAACTTACACCAATGCAGAAATCGGTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128112 TGTATTCATCACCAAAGAAAAAACTTACACCAATGCAGAAATCGGTTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCATTAGTTTGGTGCAGGCAAGTTTTGGATTACCCAAGTCCTGATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128162 CCATTAGTTTGGTGCAGGCAAGTTTTGGATTACCCAAGTCCTGATGTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTGTGCTAAAAAATCTCTTATCCACAAACTTGATCAAACTATGTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128212 GTGTGCTAAAAAATCTCTTATCCACAAACTTGATCAAACTATGTCAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539       CTCTCAAGAGGCAGAATTTATATAATAATCCTTTCAACTCTATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128262 ...CAGCTCTCAAGAGGCAGAATTTATATAATAATCCTTTCAACTCTATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGTTACACCAGTCCTTACAGTCCAAATGCCAGTAGCCCATACAGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136201 AGTTACACCAGTCCTTACAGTCCAAATGCCAGTAGCCCATACAGCAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTCAATTCTCCATCCTCAACCCCAGTGCGACCTCCTATAGTCAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136251 CTTCAATTCTCCATCCTCAACCCCAGTGCGACCTCCTATAGTCAAACAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTATACTTCCTGGAAATTCAG         GTAACTTGAAAAGCTCAGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136301 TTATACTTCCTGGAAATTCAGGTA...AAGGTAACTTGAAAAGCTCAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGAAATCCTCCACTCAGTCCTCAGTCCTCTATAGATAGTGAGTTAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137971 AGAAATCCTCCACTCAGTCCTCAGTCCTCTATAGATAGTGAGTTAAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTCAGAATTAGATGAAGATTCAATTGGATCCAATTATAAGCTAAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138021 TTCAGAATTAGATGAAGATTCAATTGGATCCAATTATAAGCTAAATGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TAACTGATGTACAGATTCTAGCCCGGATGCAGGAAGAAA         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 138071 TAACTGATGTACAGATTCTAGCCCGGATGCAGGAAGAAAGTA...CAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCCGGCAAGAATATGCAGCCACCACGTCTCGGCGCAGTTCTGGTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140831 CTCCGGCAAGAATATGCAGCCACCACGTCTCGGCGCAGTTCTGGTTCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTGCAATTCTACAAGACGGGGTACTTTTAGTGATCAGGAACTTGATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140881 TTGCAATTCTACAAGACGGGGTACTTTTAGTGATCAGGAACTTGATGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AAAGTTTAGATGATGAAGATGACAATATGCATCATGCAGTATACCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140931 AAAGTTTAGATGATGAAGATGACAATATGCATCATGCAGTATACCCTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTTAACAGGTTTTCACCATCACCACGCAATTCACCTCGACCGTCACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140981 GTTAACAGGTTTTCACCATCACCACGCAATTCACCTCGACCGTCACCTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCAGTCACCCAGAAATTCACCTCGTTCACGATCTCCTGCTCGGGGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141031 GCAGTCACCCAGAAATTCACCTCGTTCACGATCTCCTGCTCGGGGAATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AATATAGTAGAGTGTCCCCACAGCCTATGATTAGCCGCTTACAGCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141081 AATATAGTAGAGTGTCCCCACAGCCTATGATTAGCCGCTTACAGCAACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CGCCTTTCACTTCAAGGCCATCCCACAGATTTACAGACAAGCAATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141131 CGCCTTTCACTTCAAGGCCATCCCACAGATTTACAGACAAGCAATGTTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAATGAAG         AAAAACTAAGACGCAGTCTTCCAAACCTGTCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 141181 AAATGAAGGTA...CAGAAAAACTAAGACGCAGTCTTCCAAACCTGTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GAACATCTAATACACAAGTTGACTCAGTGAAAAGCAGCAGAAGTGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141941 GAACATCTAATACACAAGTTGACTCAGTGAAAAGCAGCAGAAGTGACTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AATTTTCAAGTGCCAAACGGAGGAATACCTCGTATGCAACCTCAGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141991 AATTTTCAAGTGCCAAACGGAGGAATACCTCGTATGCAACCTCAGGCTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AGCCA         TACCTTCTCCAGGCAAATTCCGTTCCCCTGCAGCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142041 AGCCAGTA...CAGTACCTTCTCCAGGCAAATTCCGTTCCCCTGCAGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CATCTCCTTTGGCTCTTCGGCAACCAGTGAAAGCATTTAGTAACCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178422 CATCTCCTTTGGCTCTTCGGCAACCAGTGAAAGCATTTAGTAACCATGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TCTGGTTCTCCTGGTAGCCAAGAAATAACACAGCTCACACAAACCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178472 TCTGGTTCTCCTGGTAGCCAAGAAATAACACAGCTCACACAAACCACCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CTCACCTGGGCCTCCTATGGTTCAGAGCACAGTCTCAGCAAATCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178522 CTCACCTGGGCCTCCTATGGTTCAGAGCACAGTCTCAGCAAATCCTCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GCAATATCAACAGCGCTACTCTAACCAGACCTGCAGGGACAACTGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178572 GCAATATCAACAGCGCTACTCTAACCAGACCTGCAGGGACAACTGCAATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AGAAGTGGCTTGCCCAGACCCAGTGCCCCTTCTGCTGGGGGCATACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178622 AGAAGTGGCTTGCCCAGACCCAGTGCCCCTTCTGCTGGGGGCATACCAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GCCTCGCAGCAAACTTGCACAGCCTGTTCGCAG         ATCCTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 178672 GCCTCGCAGCAAACTTGCACAGCCTGTTCGCAGGTA...CAGATCCTTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CAGCTCCTAAAACCTATGGTAGCATGAAAGATGACAGTTGGAAAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180280 CAGCTCCTAAAACCTATGGTAGCATGAAAGATGACAGTTGGAAAGATGGC

   1800     .
   1738 TGTTAC
        ||||||
 180330 TGTTAC