seq1 = pF1KSDA1456.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KSDA1456/gi568815590f_12912791.tfa (gi568815590f:12912791_13122041), 209251 bp

>pF1KSDA1456 1101
>gi568815590f:12912791_13122041 (Chr8)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-1101  (108218-109251)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTATGTGACAACCTTAATCTCCCCTTTAGGGATGAGGGCTTCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTATGTGACAACCTTAATCTCCCCTTTAGGGATGAGGGCTTCGATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCATCTCCATAGGAG         TCATACATCATTTTTCTACAAAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCATCTCCATAGGAGGTA...CAGTCATACATCATTTTTCTACAAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGAAGAATCAGAGCAATAAAAGAAATGGCCAGGGTCTTAGTTCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108242 AAAGAAGAATCAGAGCAATAAAAGAAATGGCCAGGGTCTTAGTTCCCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCAACTGATGATTTACGTTTGGGCAATGGAACAAAAGAACCGTCGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 108292 GGCCAACTGATGATTTACGTTTGGGCAATGGAACAAAAGAACCGTCACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGAAGCAAGACGTGCTTGTTCCATGGAACAGGGCCCTGTGTTCCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 108342 TGAGAAGCAAGACGTGCTTGTTCCATGGAACAGGGCTCTGTGTTCCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTCTCAGAGTCCAGCCAGTCTGGGAGGAAGAGGCAGTGTGGATACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108392 TCTTCTCAGAGTCCAGCCAGTCTGGGAGGAAGAGGCAGTGTGGATACCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAGAGGCCATCCCTACCATCCTCCTTGCTCTGAGTGTAGCTGTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108442 GAAAGAGGCCATCCCTACCATCCTCCTTGCTCTGAGTGTAGCTGTTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTGTTTTAAAGAGCAGGGTGGTTCAAAACGGTCCCACAGCGTGGGCTATG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 108492 TTGTTTTAAAGAGCAGTGTGGTTCAAAACGGTCCCACAGCGTGGGCTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACCTGCTATGGCAAGAACCTGTTTTGCAAATATTTCTAAGGAAGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108542 AACCTGCTATGGCAAGAACCTGTTTTGCAAATATTTCTAAGGAAGGCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAGAATATGGATTTTACAGCACATTAGGAAAATCGTTTCGTTCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108592 GAAGAATATGGATTTTACAGCACATTAGGAAAATCGTTTCGTTCCTGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTCTCCAGATCTTTGGATGAATCGACTCTGAGGAAGCAAATTGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108642 TTTCTCCAGATCTTTGGATGAATCGACTCTGAGGAAGCAAATTGAAAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TAAGACCCTTGAAAAACACAGAAGTTTGGGCCAGTAGCACTGTAACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108692 TAAGACCCTTGAAAAACACAGAAGTTTGGGCCAGTAGCACTGTAACAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGCCTTCCAGACACTCTAGTCTAGACTTTGATCACCAAGAGCCATTTTC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 108742 CAGCCTTCCAGACACTCTAGTTTAGACTTTGATCACCAAGAGCCATTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AACAAAAGAGCAAAGTTTAGATGAGGAAGTGTTTGTGGAATCTTCTTCTG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108792 AACAAAAGGGCAAAGTTTAGATGAGGAAGTGTTTGTGGAATCTTCTTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GAAAACACTTGGAGTGGCTGAGAGCACCAGGCACTCTGAAACATTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108842 GAAAACACTTGGAGTGGCTGAGAGCACCAGGCACTCTGAAACATTTAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGAGACCATCAAGGGGAAATGAGGAGAAATGGAGGGGGAAATTTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108892 GGAGACCATCAAGGGGAAATGAGGAGAAATGGAGGGGGAAATTTTCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TAGCACTAATACTGGTGTGAATTGTGTGGATGCAGGCAACATAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108942 TAGCACTAATACTGGTGTGAATTGTGTGGATGCAGGCAACATAGAAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATAATCCTTCTGCTAGTAAAATATTGAGAAGGATTTCTGCAGTCGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 108992 ATAATCCTTCTGCTAGTAAAATATTGAGAAGGATTTCTGCAGTTGATTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACAGATTTCAACCCAGATGATACAATGTCTGTCGAAGATCCACAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109042 ACAGATTTCAACCCAGATGATACAATGTCTGTCGAAGATCCACAGACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTTTTGGACTCCACAGCCTTTATGCGCTACTACCATGTGTTTCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109092 TGTTTTGGACTCCACAGCCTTTATGCGCTACTACCATGTGTTTCGAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGGAGCTCTGCAGTCTGCTCAAGGAGAATGTGTCAGAGCTCCGTATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109142 GGGAGCTCTGCAGTCTGCTCAAGGAGAATGTGTCAGAGCTCCGTATCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGTTCTGGGAATGATCATGGTAACTGGTGTATCATTGCAGAGAAAAAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 109192 AGTTCTGGGAATGATCATGGTAACTGGTGTATCATTGCAGAGAAAAAGAG

   1100     .    :
   1092 AGGTTGTGAT
        ||||||||||
 109242 AGGTTGTGAT