seq1 = pF1KSDA1443.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KSDA1443/gi568815584r_23175690.tfa (gi568815584r:23175690_23385952), 210263 bp

>pF1KSDA1443 1647
>gi568815584r:23175690_23385952 (Chr14)

(complement)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-1647  (108766-110375)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCGAGGCTGGGAGCCGCCGCCCGGGCTGGACTGCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGTGCGAGGCTGGGAGCCGCCGCCCGGGCTGGACTGCGGTG...CAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TATCTCTGAAGGGCACAAATCAGAAGGCACCATGCCTCCTAATAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108767 TATCTCTGAAGGGCACAAATCAGAAGGCACCATGCCTCCTAATAAAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGCGGTCTCAGTAGTTCACCAGCGGGGCTCATCTGCCTCCCTCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108817 CCAGCGGTCTCAGTAGTTCACCAGCGGGGCTCATCTGCCTCCCTCCAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGAGGAGCTACAGCTTGTGTGGACGCAAGCAGCCCAGACCAGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108867 TCTGAGGAGCTACAGCTTGTGTGGACGCAAGCAGCCCAGACCAGTGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACAGCAATGAACACCTGCTCAAAACCTTCAGCTACTTTCCCTATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108917 AGACAGCAATGAACACCTGCTCAAAACCTTCAGCTACTTTCCCTATCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCTAGCAGACATTGCCCTTCTCTGCCTACGTTATGGGTTGCAGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108967 GCCTAGCAGACATTGCCCTTCTCTGCCTACGTTATGGGTTGCAGATGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGTCAAGACTTGGTTTATGGCCCAGCGCCTCCGCTGTGGTATTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109017 AAAGTCAAGACTTGGTTTATGGCCCAGCGCCTCCGCTGTGGTATTAGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCATCTGAAGAAATAGAAGAGACTCGAGCCCGAGTAGTCTACCGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109067 GTCATCTGAAGAAATAGAAGAGACTCGAGCCCGAGTAGTCTACCGTCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCAACTCCATTTCAAATCCCTTCTCTCTTTTACTCATCATGCGGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109117 ACCAACTCCATTTCAAATCCCTTCTCTCTTTTACTCATCATGCGGGACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCCCAGAGGAGGTGCCTCCTCCTCCAGTGCCAGCTCCAGAGCAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109167 CCCCCAGAGGAGGTGCCTCCTCCTCCAGTGCCAGCTCCAGAGCAAGTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TATTGGAATAGGTCCTCCAACTCTTAGCAAGCCTACCCAGACGAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109217 TATTGGAATAGGTCCTCCAACTCTTAGCAAGCCTACCCAGACGAAAGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAAGGTAGAGCCTGAGGAGCCCTCTCAGATGCCACCACTGCCACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109267 TGAAGGTAGAGCCTGAGGAGCCCTCTCAGATGCCACCACTGCCACAGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CACCAGAAATTAAAGGAGTCCCTGATGACACCTGGCAGTGGAGCATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109317 CACCAGAAATTAAAGGAGTCCCTGATGACACCTGGCAGTGGAGCATTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTACCAATCAGATTTTTGGCAACATCTTCAAAGCAGTGGCCTCTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109367 CTACCAATCAGATTTTTGGCAACATCTTCAAAGCAGTGGCCTCTCAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCAGGCAGGCAGGGGTCCCAACCAGTCACATGGCATAGGTACTGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109417 AGCAGGCAGGCAGGGGTCCCAACCAGTCACATGGCATAGGTACTGCTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGAACCACTCCACAACCGTCCCCCAGCCACAAGCTCGGGATAAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109467 TGGAACCACTCCACAACCGTCCCCCAGCCACAAGCTCGGGATAAACCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACCAATTGCATTAATTGCCAGTAGTTGTAAGGAGGAGTCAGCATCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109517 ACCAATTGCATTAATTGCCAGTAGTTGTAAGGAGGAGTCAGCATCTAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTACTCCCTCTTCTTCCTCTACCTCTTCTTCTTTCCAGGTACTGGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109567 TTACTCCCTCTTCTTCCTCTACCTCTTCTTCTTTCCAGGTACTGGCTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGAGCTACTGCCGCCTCTAAACCCCTCCAGCCACTAGGCTGTGTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109617 GGAGCTACTGCCGCCTCTAAACCCCTCCAGCCACTAGGCTGTGTCCCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTCAGTGTCACCCAGTGAACAGGCATTACCCCCACATCTGGAACCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109667 GTCAGTGTCACCCAGTGAACAGGCATTACCCCCACATCTGGAACCAGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGCCCCAAGGGCTACGGCATAACTCAGTACCAGGTAGAGTTGGCCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109717 GGCCCCAAGGGCTACGGCATAACTCAGTACCAGGTAGAGTTGGCCCCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAGTACCTTTCCCCAGATATGCAACGCCAGCGAAAGACCAAGCGCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109767 GAGTACCTTTCCCCAGATATGCAACGCCAGCGAAAGACCAAGCGCAAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAAAGAGCAGCTGGCTATCCTTAAATCCTTTTTTTTACAGTGCCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109817 CAAAGAGCAGCTGGCTATCCTTAAATCCTTTTTTTTACAGTGCCAGTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CACGGCGTGAGGATTACCAAAAGTTAGAACAGATCACTGGTTTACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109867 CACGGCGTGAGGATTACCAAAAGTTAGAACAGATCACTGGTTTACCTCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCTGAGATCATTCAGTGGTTTGGTGACACACGCTATGCCTTGAAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109917 CCTGAGATCATTCAGTGGTTTGGTGACACACGCTATGCCTTGAAGCATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCAACTAAAGTGGTTTCGGGACAACGCAGTACCTGGTGCCCCTAGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109967 GCAACTAAAGTGGTTTCGGGACAACGCAGTACCTGGTGCCCCTAGTTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AAGACCCAGCAATTCCTACACCACCACCATCAACCCGCTCCTTGAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110017 AAGACCCAGCAATTCCTACACCACCACCATCAACCCGCTCCTTGAACGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AGGGCTGAGACACCACCTCTGCCGATCCCTCCACCCCCACCGGATATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110067 AGGGCTGAGACACCACCTCTGCCGATCCCTCCACCCCCACCGGATATACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 ACCCTTGGAGAGGTACTGGGCAGCCCACCAACAGCTACGGGAAACTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110117 ACCCTTGGAGAGGTACTGGGCAGCCCACCAACAGCTACGGGAAACTGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TCCCTCAATTGAGTCAGGCATCAAGGCTTAGCACCCAGCAGGTGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110167 TCCCTCAATTGAGTCAGGCATCAAGGCTTAGCACCCAGCAGGTGCTGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TGGTTTGACTCTCGATTACCTCAGCCAGCTGAGGTGGTAGTTTGTCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110217 TGGTTTGACTCTCGATTACCTCAGCCAGCTGAGGTGGTAGTTTGTCTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAACTGCCAGAAGATGATGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110267 TGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAACTGCCAGAAGATGATGAGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 AGGAGGAGGAGGAGGA  A GATGATGATGATGATGATGATGATGTGATC
        ||||||||||||||||--|-||||||||||||||||||||||||||||||
 110317 AGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGATGATGATGATGATGATGATGATGTGATC

   1650     .
   1639 ATACAAGAC
        |||||||||
 110367 ATACAAGAC