seq1 = pF1KSDA1442.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KSDA1442/gi568815578f_2593660.tfa (gi568815578f:2593660_2852545), 258886 bp

>pF1KSDA1442 1620
>gi568815578f:2593660_2852545 (Chr20)

1-125  (100000-100123)   99% ->
126-282  (111918-112074)   100% ->
283-346  (112315-112378)   100% ->
347-402  (112550-112605)   100% ->
403-476  (114288-114361)   100% ->
477-545  (115915-115983)   100% ->
546-627  (154890-154971)   100% ->
628-745  (155742-155859)   100% ->
746-879  (155961-156094)   100% ->
880-1006  (156188-156314)   100% ->
1007-1095  (158041-158129)   100% ->
1096-1161  (158263-158328)   100% ->
1162-1339  (158427-158604)   99% ->
1340-1528  (158698-158886)   100% ->
1529-1616  (162084-162171)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCTCTGCCCCGCAGCGGGCTGAACCTGAAGGAGGAGCCGCTGCT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGACGCTCTGCCCCGCAGCGGGCTGAACCTGAAGGAGGAGCCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGCCGGCCTGGGCTCAGTGCGCTCCTGGATGCAGGGCGCGGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GCCCGCCGGCCTGGGCTCAGTGCGCTCCTGGATGCAGGGCGCGGGCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACGCCAGCACCGCGGCGCAGAG         TGGCGTGGGTCTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100099 TGGACGCCAGCACCGCGGCGCAGAGGTA...CAGTGGCGTGGGTCTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGAGCACATTTTGAGAAGCAGCCTCCCTCCAACCTCAGGAAATCCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111934 CGAGCACATTTTGAGAAGCAGCCTCCCTCCAACCTCAGGAAATCCAACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCCACTTCGTGCTGGCCATGTACGACCGGCAGGGGCAGCCCGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111984 CTTCCACTTCGTGCTGGCCATGTACGACCGGCAGGGGCAGCCCGTGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGCGCACAGCCTTCATCGACTTCGTGGAAAAGGACCGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112034 TGGAGCGCACAGCCTTCATCGACTTCGTGGAAAAGGACCGAGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCCCGGGGCGGAAAAGACTAACAATGGGATCCATTACCGCCTCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112315 GAGCCCGGGGCGGAAAAGACTAACAATGGGATCCATTACCGCCTCCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGTATAACAATG         GACTGCGGACAGAGCAAGACCTCTACG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112365 GGTGTATAACAATGGTG...TAGGACTGCGGACAGAGCAAGACCTCTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCGTCTCATCGACTCCATGTCCAAACAG         GCCATCATCTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112577 TGCGTCTCATCGACTCCATGTCCAAACAGGTG...CAGGCCATCATCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGGGCAGGACAAGAACCCCGAAATGTGCCGAGTGCTGCTCACCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114300 GAGGGGCAGGACAAGAACCCCGAAATGTGCCGAGTGCTGCTCACCCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATCATGTGCAG         CCGGTGCTGTGACCGGAAGAGCTGTGGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114350 GATCATGTGCAGGTG...CAGCCGGTGCTGTGACCGGAAGAGCTGTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACCGGAATGAGACGCCCTCAGACCCCGTCATCATTGACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115944 ACCGGAATGAGACGCCCTCAGACCCCGTCATCATTGACAGGTA...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTCTTCCTCAAGTTCTTCCTCAAATGCAACCAGAACTGCCTGAAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154891 TTCTTCCTCAAGTTCTTCCTCAAATGCAACCAGAACTGCCTGAAGAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGGGAATCCCAGAGACATGCGCCGCTTCCAG         GTGGTGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 154941 GGGGAATCCCAGAGACATGCGCCGCTTCCAGGTG...CAGGTGGTGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCACGACGGTGAGCGTGGACGGACACGTGCTGGCCGTGTCCGACAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155752 CCACGACGGTGAGCGTGGACGGACACGTGCTGGCCGTGTCCGACAACATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTTGTGCACAACAACTCCAAGCATGGCCGCAGGGCGCGCCGCCTGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155802 TTTGTGCACAACAACTCCAAGCATGGCCGCAGGGCGCGCCGCCTGGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTCCGAAG         CTGCCACCCCCTGCATCAAGGCCATCAGCCCCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 155852 CTCCGAAGGTC...CAGCTGCCACCCCCTGCATCAAGGCCATCAGCCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGGAGGGCTGGACCACGGGCGGCGCCACCGTCATTGTCATCGGCGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155994 GGGAGGGCTGGACCACGGGCGGCGCCACCGTCATTGTCATCGGCGACAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTCTTCGACGGGTTGCAGGTCGTGTTCGGAAACGTGCTCGTGTGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156044 TTCTTCGACGGGTTGCAGGTCGTGTTCGGAAACGTGCTCGTGTGGAGCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 G         CTCATCACGCCCCACGCCATCCGGGTGCAGACGCCCCCGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156094 GGTG...CAGCTCATCACGCCCCACGCCATCCGGGTGCAGACGCCCCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGCACATCCCCGGGGTGGTGGAGGTGACCCTCTCCTACAAGTCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156228 GGCACATCCCCGGGGTGGTGGAGGTGACCCTCTCCTACAAGTCCAAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTTTGCAAGGGATGCCCCGGCCGCTTTGTCTACACAG         CTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 156278 TTTTGCAAGGGATGCCCCGGCCGCTTTGTCTACACAGGTA...CAGCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GAACGAGCCCACCATTGACTACGGATTCCAGAGGCTACAGAAAGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158045 GAACGAGCCCACCATTGACTACGGATTCCAGAGGCTACAGAAAGTCATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCAGACACCCCGGAGACCCCGAGAGGCTGCCCAAG         GAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 158095 CCAGACACCCCGGAGACCCCGAGAGGCTGCCCAAGGTA...CAGGAAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGCTGAAGCGGGCGGCCGACTTGGCAGAAGCCCTGTACGGAGTGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158269 CTGCTGAAGCGGGCGGCCGACTTGGCAGAAGCCCTGTACGGAGTGCCCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CAGTAACCAG         GAGCTGCTCCTGAAGCGCGCGGCGGACGTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 158319 CAGTAACCAGGTA...CAGGAGCTGCTCCTGAAGCGCGCGGCGGACGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CCGAGGCTCTGTACAGCACCCCCCGCGCACCCGGGCCGCTCGCACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158458 CCGAGGCTCTGTACAGCACCCCCCGCGCACCCGGGCCGCTCGCACCCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GCCCCGAGCCACCCACACTCCGCCGTCGTGGGCATCAACGCCTTCAGCAG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 158508 GCCCCGAGCCACCCACACCCCGCCGTCGTGGGCATCAACGCCTTCAGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCCGCTGGCCATCGCCGTCGGGGACGCCACCCCGGGGCCCGAGCCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 158558 CCCGCTGGCCATCGCCGTCGGGGACGCCACCCCGGGGCCCGAGCCGGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340       GCTACGCGCGCAGCTGCAGCAGCGCGTCCCCCCGCGGGTTCGCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158608 ...CAGGCTACGCGCGCAGCTGCAGCAGCGCGTCCCCCCGCGGGTTCGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCCAGCCCCGGCTCGCAGCAGAGCGGCTACGGCGGCGGCCTCGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158742 CCCAGCCCCGGCTCGCAGCAGAGCGGCTACGGCGGCGGCCTCGGAGCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCTGGGCGGCTACGGCGCGCCGGGCGTGGCCGGCCTCGGCGTGCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158792 CCTGGGCGGCTACGGCGCGCCGGGCGTGGCCGGCCTCGGCGTGCCTGGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCCCCAGCTTCCTCAATGGCTCCACCGCCACCTCGCCCTTCGCCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 158842 CCCCCAGCTTCCTCAATGGCTCCACCGCCACCTCGCCCTTCGCCAGTG..

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529     AGGAGCGCCTTCGCCCCCGTGCTGCGCCCCCCAAGCTCCCCACCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158892 .CAGAGGAGCGCCTTCGCCCCCGTGCTGCGCCCCCCAAGCTCCCCACCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AGGCCTGCCCCAGAGCCCACGGAGAGGGGCTTCCAGACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
 162130 AGGCCTGCCCCAGAGCCCACGGAGAGGGGCTTCCAGGTGAGT