seq1 = pF1KSDA1439.tfa, 1527 bp
seq2 = pF1KSDA1439/gi568815597f_60988147.tfa (gi568815597f:60988147_61526556), 538410 bp

>pF1KSDA1439 1527
>gi568815597f:60988147_61526556 (Chr1)

1-27  (94646-94672)   100% ->
28-559  (100003-100534)   100% ->
560-625  (289374-289439)   100% ->
626-700  (344366-344440)   100% ->
701-818  (364304-364421)   100% ->
819-946  (371001-371128)   100% ->
947-1075  (395091-395219)   100% ->
1076-1254  (415958-416136)   100% ->
1255-1420  (418416-418581)   100% ->
1421-1512  (438319-438410)   100% ->
1513-1527  (467157-467171)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTCTCCGCTCTGTCTCACCCAG         GATGAATTTCATCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  94646 ATGTATTCTCCGCTCTGTCTCACCCAGGTA...TAGGATGAATTTCATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTCATCGAAGCACTTCTGCCCCACGTCCGAGCCTTTGCCTACACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 TTTCATCGAAGCACTTCTGCCCCACGTCCGAGCCTTTGCCTACACATGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAACCTGCAGGCCCGAAAACGAAAATACTTCAAAAAACATGAAAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 TCAACCTGCAGGCCCGAAAACGAAAATACTTCAAAAAACATGAAAAGCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTCAAAAGAAGAAGAGAGAGCCGTGAAGGATGAATTGCTAAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 ATGTCAAAAGAAGAAGAGAGAGCCGTGAAGGATGAATTGCTAAGTGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCAGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCATCTCGACTTCTGGCAAAGTTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100167 ACCAGAGGTCAAGCAGAAGTGGGCATCTCGACTTCTGGCAAAGTTGCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGATATCCGACCCGAATATCGAGAGGATTTTGTTCTTACAGTTACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100217 AAGATATCCGACCCGAATATCGAGAGGATTTTGTTCTTACAGTTACAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAAAACCTCCATGTTGTGTTCTTTCCAACCCAGACCAGAAAGGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100267 AAAAAACCTCCATGTTGTGTTCTTTCCAACCCAGACCAGAAAGGCAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGAAGAATTGACTGCCTCCGCCAGGCAGATAAAGTCTGGAGGTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100317 GCGAAGAATTGACTGCCTCCGCCAGGCAGATAAAGTCTGGAGGTTGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGTTATGGTGATTTTGTTTAAAGGTATTCCGCTGGAAAGTACTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100367 TTGTTATGGTGATTTTGTTTAAAGGTATTCCGCTGGAAAGTACTGATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCGCCTTGTAAAGTCCCCACAATGCTCTAATCCAGGGCTCTGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100417 GAGCGCCTTGTAAAGTCCCCACAATGCTCTAATCCAGGGCTCTGTGTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACCCCATCACATAGGGGTTTCTGTTAAGGAACTCGATTTATATTTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100467 ACCCCATCACATAGGGGTTTCTGTTAAGGAACTCGATTTATATTTGGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTTTGTGCATGCAGCAG         ATTCAAGTCAATCTGAAAGTCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100517 ACTTTGTGCATGCAGCAGGTA...CAGATTCAAGTCAATCTGAAAGTCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCCAGCCAAGTGACGCTGACATTAAGGACCAGCCAGAAAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 289397 AGCCAGCCAAGTGACGCTGACATTAAGGACCAGCCAGAAAATGGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   GACATTTGGGCTTCCAGGACAGTTTTGTCACATCAGGTGTTTTTAGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 344364 AGGACATTTGGGCTTCCAGGACAGTTTTGTCACATCAGGTGTTTTTAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCACTGAGCTAGTAAGAGTGTCACAGA         CACCAATAGCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 344414 TCACTGAGCTAGTAAGAGTGTCACAGAGTA...TAGCACCAATAGCTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGAACTGGCCCAAATTTTTCTCTCTCAGATTTGGAAAGTTCTTCATACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364318 GGAACTGGCCCAAATTTTTCTCTCTCAGATTTGGAAAGTTCTTCATACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGCATGAGTCCAGGAGCAATGAGGAGGTCTTTACCCAGCACATCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364368 CAGCATGAGTCCAGGAGCAATGAGGAGGTCTTTACCCAGCACATCCTCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGAG         CTCCACAAAGCGCCTCAAGTCTGTGGAGGATGAAATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 364418 CGAGGTA...CAGCTCCACAAAGCGCCTCAAGTCTGTGGAGGATGAAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACAGTCCTGGTGAGGAGCCATTTTATACAGGCCAAGGGCGCTCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371038 GACAGTCCTGGTGAGGAGCCATTTTATACAGGCCAAGGGCGCTCCCCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAGTGGCAGTCAGTCAAGTGGATGGCATGAAGTGGAGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 371088 AAGTGGCAGTCAGTCAAGTGGATGGCATGAAGTGGAGCCAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAATGCCATCTCCAACCACACTGAAGAAGTCGGAGAAGTCTGGTTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395091 GAATGCCATCTCCAACCACACTGAAGAAGTCGGAGAAGTCTGGTTTCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGCCCCTCCCCTTCACAGACCTCCTCCCTGGGAACGGCGTTCACACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395141 AGCCCCTCCCCTTCACAGACCTCCTCCCTGGGAACGGCGTTCACACAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCACCGACCTGTCATTACAGGACCCAGAG         CAAGTCCGCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 395191 TCACCGACCTGTCATTACAGGACCCAGAGGTG...CAGCAAGTCCGCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAACACCATCGACTCTTCATTTCCCGACATCACCCATTATCCAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 415970 CAACACCATCGACTCTTCATTTCCCGACATCACCCATTATCCAGCAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGGCCTTACTTCTCACACCCAGCCATCCGCTATCACCCTCAGGAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416020 GGGCCTTACTTCTCACACCCAGCCATCCGCTATCACCCTCAGGAGACGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAAGAATTTGTCCAACTTGTCTGCCCTGATGCTGGTCAGCAGGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 416070 GAAAGAATTTGTCCAACTTGTCTGCCCTGATGCTGGTCAGCAGGCTGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGGTGGGGTTCCTCAAT         CCCAATGGGAGCAGCCAAGGCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 416120 AGGTGGGGTTCCTCAATGTA...CAGCCCAATGGGAGCAGCCAAGGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTGCACAACCCATTCCTTCCCACCCCAATGTTGCCACCGCCACCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 418440 GTGCACAACCCATTCCTTCCCACCCCAATGTTGCCACCGCCACCGCCACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 ACCGATGGCCAGGCCTGTGCCTCTGCCGGTGCCAGACACAAAGCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 418490 ACCGATGGCCAGGCCTGTGCCTCTGCCGGTGCCAGACACAAAGCCTCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCACGTCAACAGAAGGAGGTGCAGCCTCCCCCACGTCACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 418540 CCACGTCAACAGAAGGAGGTGCAGCCTCCCCCACGTCACCAAGTA...CA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1421  CCTACTCGACACCCAGCACCTCCCCCGCAAACCGATTCGTCAGTGTTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 438318 GCCTACTCGACACCCAGCACCTCCCCCGCAAACCGATTCGTCAGTGTTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ACCACGGGATCCAAGCTTTGTAAATATCCCTCAACAGACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 438368 ACCACGGGATCCAAGCTTTGTAAATATCCCTCAACAGACACAGGTG...C

   1600     .    :    .
   1513   TCCTGGTACCTGGGA
        >>|||||||||||||||
 467155 AGTCCTGGTACCTGGGA