seq1 = pF1KSDA1437.tfa, 2430 bp
seq2 = pF1KSDA1437/gi568815589f_128807165.tfa (gi568815589f:128807165_129016368), 209204 bp

>pF1KSDA1437 2430
>gi568815589f:128807165_129016368 (Chr9)

1-2157  (100001-102157)   99% ->
2158-2430  (108932-109204)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCCGGTGACAGAGCTCCGCTACTTTGCGGACACGCAGCCAGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTCCGGTGACAGAGCTCCGCTACTTTGCGGACACGCAGCCAGCATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGATCCTGAAGCCGTGGTGGGATGTGTTCACAGACTACATCTCTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGATCCTGAAGCCGTGGTGGGATGTGTTCACAGACTACATCTCTATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATGCTGATGATTGCCGTCTTCGGGGGGACGCTGCAGGTCACCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATGCTGATGATTGCCGTCTTCGGGGGGACGCTGCAGGTCACCCAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGATGATCTGCCTGCCTTGTAAGTGGGTCACCAAGGACTCCTGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGATGATCTGCCTGCCTTGTAAGTGGGTCACCAAGGACTCCTGCAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCGTTCCGGGGCTGGGCAGCCCCTGGCCCGGAGCCCACCTACCCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCGTTCCGGGGCTGGGCAGCCCCTGGCCCGGAGCCCACCTACCCCAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCATTCTGCCGACCCCTGACACGGGCCCCACAGGCATCAAGTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACCATTCTGCCGACCCCTGACACGGGCCCCACAGGCATCAAGTATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGACCGGCACCAGTACAACTACGTGGACGCTGTGTGCTATGAGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGACCGGCACCAGTACAACTACGTGGACGCTGTGTGCTATGAGAACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTGCACTGGTTTGCCAAGTACTTCCCCTACCTGGTGCTTCTGCACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTGCACTGGTTTGCCAAGTACTTCCCCTACCTGGTGCTTCTGCACACGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCTTCCTGGCCTGCAGCAACTTCTGGTTCAAATTCCCGCGCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCTTCCTGGCCTGCAGCAACTTCTGGTTCAAATTCCCGCGCACCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCGAAGCTGGAGCACTTTGTGTCTATCCTGCTGAAGTGCTTCGACTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCGAAGCTGGAGCACTTTGTGTCTATCCTGCTGAAGTGCTTCGACTCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGGACCACGAGGGCCCTGTCGGAGACAGTGGTGGAGGAGAGCGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGGACCACGAGGGCCCTGTCGGAGACAGTGGTGGAGGAGAGCGACCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCCGGCCTTCAGCAAGATGAATGGGTCCATGGACAAAAAGTCATCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCCGGCCTTCAGCAAGATGAATGGGTCCATGGACAAAAAGTCATCGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCAGTGAGGACGTGGAGGCCACCGTGCCCATGCTGCAGCGGACCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCAGTGAGGACGTGGAGGCCACCGTGCCCATGCTGCAGCGGACCAAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACGGATCGAGCAGGGTATCGTGGACCGCTCAGAGACGGGCGTGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACGGATCGAGCAGGGTATCGTGGACCGCTCAGAGACGGGCGTGCTGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAAGGAGGGGGAGCAAGCCAAGGCGCTGTTTGAGAAGGTGAAGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGAAGGAGGGGGAGCAAGCCAAGGCGCTGTTTGAGAAGGTGAAGAAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGACCCATGTGGAGGAGGGGGACATTGTGTACCGCCTCTACATGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGACCCATGTGGAGGAGGGGGACATTGTGTACCGCCTCTACATGCGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GACCATCATCAAGGTGATCAAGTTCATCCTCATCATCTGCTACACCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GACCATCATCAAGGTGATCAAGTTCATCCTCATCATCTGCTACACCGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACTACGTGCACAACATCAAGTTCGACGTGGACTGCACCGTGGACATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACTACGTGCACAACATCAAGTTCGACGTGGACTGCACCGTGGACATTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGCCTGACGGGCTACCGCACCTACCGCTGTGCCCACCCCCTGGCCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGCCTGACGGGCTACCGCACCTACCGCTGTGCCCACCCCCTGGCCACACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTCAAGATCCTGGCGTCCTTCTACATCAGCCTAGTCATCTTCTACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTCAAGATCCTGGCGTCCTTCTACATCAGCCTAGTCATCTTCTACGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCATCTGCATGTATACACTGTGGTGGATGCTACGGCGCTCCCTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCATCTGCATGTATACACTGTGGTGGATGCTACGGCGCTCCCTCAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TACTCGTTTGAGTCGATCCGTGAGGAGAGCAGCTACAGCGACATCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TACTCGTTTGAGTCGATCCGTGAGGAGAGCAGCTACAGCGACATCCCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGTCAAGAACGACTTCGCCTTCATGCTGCACCTCATTGACCAATACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGTCAAGAACGACTTCGCCTTCATGCTGCACCTCATTGACCAATACGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CGCTCTACTCCAAGCGCTTCGCCGTCTTCCTGTCGGAGGTGAGTGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CGCTCTACTCCAAGCGCTTCGCCGTCTTCCTGTCGGAGGTGAGTGAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAGCTGCGGCAGCTGAACCTCAACAACGAGTGGACGCTGGACAAGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAGCTGCGGCAGCTGAACCTCAACAACGAGTGGACGCTGGACAAGCTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCAGCGGCTCACCAAGAACGCGCAGGACAAGCTGGAGCTGCACCTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCAGCGGCTCACCAAGAACGCGCAGGACAAGCTGGAGCTGCACCTGTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGCTCAGTGGCATCCCTGACACTGTGTTTGACCTGGTGGAGCTGGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGCTCAGTGGCATCCCTGACACTGTGTTTGACCTGGTGGAGCTGGAGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CTCAAGCTGGAGCTGATCCCCGACGTGACCATCCCGCCCAGCATTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CTCAAGCTGGAGCTGATCCCCGACGTGACCATCCCGCCCAGCATTGCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCTCACGGGCCTCAAGGAGCTGTGGCTCTACCACACAGCGGCCAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCTCACGGGCCTCAAGGAGCTGTGGCTCTACCACACAGCGGCCAAGATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AAGCGCCCGCGCTGGCCTTCCTGCGCGAGAACCTGCGGGCGCTGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 101451 AAGCGCCCGCGCTGGCCTTCCTGCGTGAGAACCTGCGGGCGCTGCACATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AAGTTCACCGACATCAAGGAGATCCCGCTGTGGATCTATAGCCTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AAGTTCACCGACATCAAGGAGATCCCGCTGTGGATCTATAGCCTGAAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 ACTGGAGGAGCTGCACCTGACGGGCAACCTGAGCGCGGAGAACAACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 ACTGGAGGAGCTGCACCTGACGGGCAACCTGAGCGCGGAGAACAACCGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACATCGTCATCGACGGGCTGCGGGAGCTCAAACGCCTCAAGGTGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACATCGTCATCGACGGGCTGCGGGAGCTCAAACGCCTCAAGGTGCTGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTCAAGAGCAACCTAAGCAAGCTGCCACAGGTGGTCACAGATGTGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTCAAGAGCAACCTAAGCAAGCTGCCACAGGTGGTCACAGATGTGGGCGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GCACCTGCAGAAGCTGTCCATCAACAATGAGGGCACCAAGCTCATCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GCACCTGCAGAAGCTGTCCATCAACAATGAGGGCACCAAGCTCATCGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TCAACAGCCTCAAGAAGATGGCGAACCTGACTGAGCTGGAGCTGATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TCAACAGCCTCAAGAAGATGGCGAACCTGACTGAGCTGGAGCTGATCCGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TGTGACCTGGAGCGCATCCCCCACTCCATCTTCAGCCTCCACAACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TGTGACCTGGAGCGCATCCCCCACTCCATCTTCAGCCTCCACAACCTGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GGAGATTGACCTCAAGGACAACAACCTCAAGACCATCGAGGAGATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GGAGATTGACCTCAAGGACAACAACCTCAAGACCATCGAGGAGATCATCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 GCTTCCAGCACCTGCACCGCCTCACCTGCCTTAAGCTGTGGTACAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 GCTTCCAGCACCTGCACCGCCTCACCTGCCTTAAGCTGTGGTACAACCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 ATCGCCTACATCCCCATCCAGATCGGCAACCTCACCAACCTGGAGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 ATCGCCTACATCCCCATCCAGATCGGCAACCTCACCAACCTGGAGCGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CTACCTGAACCGCAACAAGATCGAGAAGATCCCCACCCAGCTCTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CTACCTGAACCGCAACAAGATCGAGAAGATCCCCACCCAGCTCTTCTACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 GCCGCAAGCTGCGCTACCTGGACCTCAGCCACAACAACCTGACCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GCCGCAAGCTGCGCTACCTGGACCTCAGCCACAACAACCTGACCTTCCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CCTGCCGACATCGGCCTCCTGCAGAACCTCCAGAACCTAGCCATCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 CCTGCCGACATCGGCCTCCTGCAGAACCTCCAGAACCTAGCCATCACGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 CAACCGG         ATCGAGACGCTCCCTCCGGAGCTCTTCCAGTGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 CAACCGGGTG...CAGATCGAGACGCTCCCTCCGGAGCTCTTCCAGTGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2192 GGAAGCTGCGGGCCCTGCACCTGGGCAACAACGTGCTGCAGTCACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108966 GGAAGCTGCGGGCCCTGCACCTGGGCAACAACGTGCTGCAGTCACTGCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 TCCAGGGTGGGCGAGCTGACCAACCTGACGCAGATCGAGCTGCGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109016 TCCAGGGTGGGCGAGCTGACCAACCTGACGCAGATCGAGCTGCGGGGCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 CCGGCTGGAGTGCCTGCCTGTGGAGCTGGGCGAGTGCCCACTGCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109066 CCGGCTGGAGTGCCTGCCTGTGGAGCTGGGCGAGTGCCCACTGCTCAAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2342 GCAGCGGCTTGGTGGTGGAGGAGGACCTGTTCAACACACTGCCACCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109116 GCAGCGGCTTGGTGGTGGAGGAGGACCTGTTCAACACACTGCCACCCGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .
   2392 GTGAAGGAGCGGCTGTGGAGGGCTGACAAGGAGCAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109166 GTGAAGGAGCGGCTGTGGAGGGCTGACAAGGAGCAGGCC