seq1 = pF1KSDA1436.tfa, 2637 bp
seq2 = pF1KSDA1436/gi568815597f_116810204.tfa (gi568815597f:116810204_117086964), 276761 bp

>pF1KSDA1436 2637
>gi568815597f:116810204_117086964 (Chr1)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-418  (131512-131880)   100% ->
419-832  (134476-134889)   99% ->
833-1213  (138989-139369)   100% ->
1214-1639  (151040-151465)   100% ->
1640-2059  (156708-157127)   100% ->
2060-2167  (164013-164120)   100% ->
2168-2473  (174477-174782)   100% ->
2474-2637  (176598-176761)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCGCCTGGCCTCGAGGCCGCTGCTGCTGGCGCTCCTGTCGTTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGGGCGCCTGGCCTCGAGGCCGCTGCTGCTGGCGCTCCTGTCGTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         CTCTTTGCCGAGGGCGTGTGGTGAGAGTCCCCACAGCGACCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGCTCTTTGCCGAGGGCGTGTGGTGAGAGTCCCCACAGCGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTTCGAGTGGTGGGCACTGAGCTGGTCATCCCCTGCAACGTCAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131554 TGGTTCGAGTGGTGGGCACTGAGCTGGTCATCCCCTGCAACGTCAGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGATGGCCCCAGCGAGCAAAACTTTGACTGGAGCTTCTCATCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131604 TATGATGGCCCCAGCGAGCAAAACTTTGACTGGAGCTTCTCATCTTTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCAGCTTTGTGGAGCTTGCAAGCACCTGGGAGGTGGGGTTCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131654 GAGCAGCTTTGTGGAGCTTGCAAGCACCTGGGAGGTGGGGTTCCCAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTGTACCAGGAGCGGCTGCAGAGGGGCGAGATCCTGTTAAGGCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131704 AGCTGTACCAGGAGCGGCTGCAGAGGGGCGAGATCCTGTTAAGGCGGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAACGACGCCGTGGAGCTCCACATAAAGAACGTCCAGCCTTCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131754 GCCAACGACGCCGTGGAGCTCCACATAAAGAACGTCCAGCCTTCAGACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGCCACTACAAATGTTCAACCCCCAGCACAGATGCCACTGTCCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131804 AGGCCACTACAAATGTTCAACCCCCAGCACAGATGCCACTGTCCAGGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACTATGAGGACACAGTGCAGGTTAAAG         TGCTGGCCGACTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131854 ACTATGAGGACACAGTGCAGGTTAAAGGTA...CAGTGCTGGCCGACTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGCACGTGGGCCCCAGCGCGCGGCCCCCGCCGAGCCTGAGCCTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134490 CTGCACGTGGGCCCCAGCGCGCGGCCCCCGCCGAGCCTGAGCCTGCGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGGGAGCCCTTCGAGCTGCGCTGCACTGCCGCCTCCGCCTCGCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 134540 GGGGGAGCCCTTCGAGCTGCGCTGCACCGCCGCCTCCGCCTCGCCGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACACGCACCTGGCGCTGCTGTGGGAGGTGCACCGCGGCCCGGCCAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134590 ACACGCACCTGGCGCTGCTGTGGGAGGTGCACCGCGGCCCGGCCAGGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCGTCCTCGCCCTGACCCACGAGGGCAGGTTCCACCCGGGCCTGGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134640 AGCGTCCTCGCCCTGACCCACGAGGGCAGGTTCCACCCGGGCCTGGGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGAGCAGCGCTACCACAGTGGGGACGTGCGCCTCGACACCGTGGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134690 CGAGCAGCGCTACCACAGTGGGGACGTGCGCCTCGACACCGTGGGCAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACGCCTACCGCCTCTCAGTGTCCCGGGCTCTGTCTGCCGACCAGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134740 ACGCCTACCGCCTCTCAGTGTCCCGGGCTCTGTCTGCCGACCAGGGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TACAGGTGTATCGTCAGCGAGTGGATCGCCGAGCAGGGCAACTGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134790 TACAGGTGTATCGTCAGCGAGTGGATCGCCGAGCAGGGCAACTGGCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AATCCAAGAAAAGGCCGTGGAAGTTGCCACCGTGGTGATCCAGCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134840 AATCCAAGAAAAGGCCGTGGAAGTTGCCACCGTGGTGATCCAGCCATCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833          TTCTGCGAGCAGCTGTGCCCAAGAATGTGTCTGTGGCTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134890 GTG...AAGTTCTGCGAGCAGCTGTGCCCAAGAATGTGTCTGTGGCTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGAAAGGAACTGGACCTGACCTGTAACATCACAACAGACCGAGCCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139030 GGAAAGGAACTGGACCTGACCTGTAACATCACAACAGACCGAGCCGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CGTCCGGCCCGAGGTGACGTGGTCCTTCAGCAGGATGCCTGACAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139080 CGTCCGGCCCGAGGTGACGTGGTCCTTCAGCAGGATGCCTGACAGCACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TACCTGGCTCCCGCGTGTTGGCGCGGCTTGACCGTGATTCCCTGGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139130 TACCTGGCTCCCGCGTGTTGGCGCGGCTTGACCGTGATTCCCTGGTGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGCTCGCCTCATGTTGCTTTGAGTCATGTGGATGCACGCTCCTACCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139180 AGCTCGCCTCATGTTGCTTTGAGTCATGTGGATGCACGCTCCTACCATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ACTGGTTCGGGATGTTAGCAAAGAAAACTCTGGCTACTATTACTGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139230 ACTGGTTCGGGATGTTAGCAAAGAAAACTCTGGCTACTATTACTGCCACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGTCCCTGTGGGCACCCGGACACAACAGGAGCTGGCACAAAGTGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139280 TGTCCCTGTGGGCACCCGGACACAACAGGAGCTGGCACAAAGTGGCAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCCGTGTCTTCCCCAGCTGGTGTGGGTGTGACCTGGCTAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139330 GCCGTGTCTTCCCCAGCTGGTGTGGGTGTGACCTGGCTAGGTG...CAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ACCAGACTACCAGGTGTACCTGAATGCTTCCAAGGTCCCCGGGTTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151041 ACCAGACTACCAGGTGTACCTGAATGCTTCCAAGGTCCCCGGGTTTGCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATGACCCCACAGAGCTGGCATGCCGGGTGGTGGACACGAAGAGTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151091 ATGACCCCACAGAGCTGGCATGCCGGGTGGTGGACACGAAGAGTGGGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GCGAATGTCCGATTCACGGTTTCGTGGTACTACAGGATGAACCGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151141 GCGAATGTCCGATTCACGGTTTCGTGGTACTACAGGATGAACCGGCGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGACAATGTGGTGACCAGCGAGCTGCTTGCAGTCATGGACGGGGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151191 CGACAATGTGGTGACCAGCGAGCTGCTTGCAGTCATGGACGGGGACTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CGCTAAAATATGGAGAGAGGAGCAAGCAGCGGGCCCAGGATGGAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151241 CGCTAAAATATGGAGAGAGGAGCAAGCAGCGGGCCCAGGATGGAGACTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ATTTTTTCTAAGGAACATACAGACACGTTCAATTTCCGGATCCAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151291 ATTTTTTCTAAGGAACATACAGACACGTTCAATTTCCGGATCCAAAGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TACAGAGGAAGACAGAGGCAATTATTACTGTGTTGTGTCTGCCTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151341 TACAGAGGAAGACAGAGGCAATTATTACTGTGTTGTGTCTGCCTGGACCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AACAGCGGAACAACAGCTGGGTGAAAAGCAAGGATGTCTTCTCCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151391 AACAGCGGAACAACAGCTGGGTGAAAAGCAAGGATGTCTTCTCCAAGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GTTAACATATTTTGGGCATTAGAAG         ATTCCGTGCTTGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 151441 GTTAACATATTTTGGGCATTAGAAGGTA...CAGATTCCGTGCTTGTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GAAGGCGAGGCAGCCAAAGCCTTTCTTTGCTGCCGGAAATACATTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156724 GAAGGCGAGGCAGCCAAAGCCTTTCTTTGCTGCCGGAAATACATTTGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TGACTTGCAAAGTATCTTCCAAGAATATTAAGTCGCCACGCTACTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156774 TGACTTGCAAAGTATCTTCCAAGAATATTAAGTCGCCACGCTACTCTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CTCATCATGGCTGAGAAGCCTGTCGGCGACCTCTCCAGTCCCAATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156824 CTCATCATGGCTGAGAAGCCTGTCGGCGACCTCTCCAGTCCCAATGAAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GAAGTACATCATCTCTCTGGACCAGGATTCTGTGGTGAAGCTGGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156874 GAAGTACATCATCTCTCTGGACCAGGATTCTGTGGTGAAGCTGGAGAATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GGACAGATGCATCACGGGTGGATGGCGTTGTTTTAGAAAAAGTGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156924 GGACAGATGCATCACGGGTGGATGGCGTTGTTTTAGAAAAAGTGCAGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 GATGAGTTCCGCTATCGAATGTACCAGACTCAGGTCTCAGACGCAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156974 GATGAGTTCCGCTATCGAATGTACCAGACTCAGGTCTCAGACGCAGGGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GTACCGCTGCATGGTGACAGCCTGGTCTCCTGTCAGGGGCAGCCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157024 GTACCGCTGCATGGTGACAGCCTGGTCTCCTGTCAGGGGCAGCCTTTGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 GAGAAGCAGCAACCAGTCTCTCCAATCCTATTGAGATAGACTTCCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157074 GAGAAGCAGCAACCAGTCTCTCCAATCCTATTGAGATAGACTTCCAAACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 TCAG         GTCCTATATTTAATGCTTCTGTGCATTCAGACACACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157124 TCAGGTG...CAGGTCCTATATTTAATGCTTCTGTGCATTCAGACACACC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 ATCAGTAATTCGGGGAGATCTGATCAAATTGTTCTGTATCATCACTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164050 ATCAGTAATTCGGGGAGATCTGATCAAATTGTTCTGTATCATCACTGTCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 AGGGAGCAGCACTGGATCCAG         ATGACATGGCCTTTGATGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 164100 AGGGAGCAGCACTGGATCCAGGTA...TAGATGACATGGCCTTTGATGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 TCCTGGTTTGCGGTGCACTCTTTTGGCCTGGACAAGGCTCCTGTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174497 TCCTGGTTTGCGGTGCACTCTTTTGGCCTGGACAAGGCTCCTGTGCTCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 GTCTTCCCTGGATCGGAAGGGCATCGTGACCACCTCCCGGAGGGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174547 GTCTTCCCTGGATCGGAAGGGCATCGTGACCACCTCCCGGAGGGACTGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 AGAGCGACCTCAGCCTGGAGCGCGTGAGTGTGCTGGAATTCTTGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174597 AGAGCGACCTCAGCCTGGAGCGCGTGAGTGTGCTGGAATTCTTGCTGCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 GTGCATGGCTCCGAGGACCAGGACTTTGGCAACTACTACTGTTCCGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174647 GTGCATGGCTCCGAGGACCAGGACTTTGGCAACTACTACTGTTCCGTGAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2388 TCCATGGGTGAAGTCACCAACAGGTTCCTGGCAGAAGGAGGCAGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174697 TCCATGGGTGAAGTCACCAACAGGTTCCTGGCAGAAGGAGGCAGAGATCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2438 ACTCCAAGCCCGTTTTTATAACTGTGAAGATGGATG         TGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 174747 ACTCCAAGCCCGTTTTTATAACTGTGAAGATGGATGGTA...CAGTGCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 AACGCCTTCAAGTATCCCTTGCTGATCGGCGTCGGTCTGTCCACGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176603 AACGCCTTCAAGTATCCCTTGCTGATCGGCGTCGGTCTGTCCACGGTCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2529 CGGGCTCCTGTCCTGTCTCATCGGGTACTGCAGCTCCCACTGGTGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176653 CGGGCTCCTGTCCTGTCTCATCGGGTACTGCAGCTCCCACTGGTGTTGTA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579 AGAAGGAGGTTCAGGAGACACGGCGCGAGCGCCGCAGGCTCATGTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176703 AGAAGGAGGTTCAGGAGACACGGCGCGAGCGCCGCAGGCTCATGTCGATG

   2700     .
   2629 GAGATGGAC
        |||||||||
 176753 GAGATGGAC