seq1 = pF1KSDA1433.tfa, 1917 bp
seq2 = pF1KSDA1433/gi568815597f_112316166.tfa (gi568815597f:112316166_112557409), 241244 bp

>pF1KSDA1433 1917
>gi568815597f:112316166_112557409 (Chr1)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-330  (132777-133007)   99% ->
331-438  (138284-138391)   100% ->
439-1917  (139766-141244)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCTGGAAAAACTCAGCAAGCCTGAACTCCTGACACTATTTAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCTGGAAAAACTCAGCAAGCCTGAACTCCTGACACTATTTAGTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTGAAGGAGAGCTTGAAGCAAGGGACCTTGTTATAGAAGCCTTAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 TCTTGAAGGAGAGCTTGAAGCAAGGGACCTTGTTATAGAAGCCTTAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GCCCAACACAGAGATACTTTCATTGAAGAACGCTATGGAAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...CAGGCCCAACACAGAGATACTTTCATTGAAGAACGCTATGGAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATAACATCAGTGATCCTTTAATGGCTCTACAGAGAGATTTTGAAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132819 TATAACATCAGTGATCCTTTAATGGCTCTACAGAGAGATTTTGAAACACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGGAGAAAAATGATGGCGAAAAGCAGCCAGTCTGCACAAACCCACTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 132869 GAAGGAGAAAAATGATGGCGAAAAGCAGCCAGTCTGCACAAATCCACTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTATTCTTAAGGTTGTGATGAAGCAGTGCAAGAACATGCAGGAGCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132919 CTATTCTTAAGGTTGTGATGAAGCAGTGCAAGAACATGCAGGAGCGCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTCCCAGCTGGCTGCTGCTGAGAGCAGGCACCGAAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 132969 CTGTCCCAGCTGGCTGCTGCTGAGAGCAGGCACCGAAAGGTA...AAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCCTAGACCTTGAGGAAGAAAGGCAGCGGCATGCACAGGATACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138286 GATCCTAGACCTTGAGGAAGAAAGGCAGCGGCATGCACAGGATACGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGGAGATGATGTCACCTACATGCTAGAGAAGGAAAGAGAGAGGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138336 AAGGAGATGATGTCACCTACATGCTAGAGAAGGAAAGAGAGAGGCTGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAACAG         TTGGAATTTGAAAAATCCCAAGTGAAAAAGTTTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138386 CAACAGGTA...TAGTTGGAATTTGAAAAATCCCAAGTGAAAAAGTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAAGAACAGAAGAAGCTCTCTAGTCAGCTGGAAGAGGAGCGCTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139801 AAAAGAACAGAAGAAGCTCTCTAGTCAGCTGGAAGAGGAGCGCTCCCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAAGCAGCTCTCATCCATGCTAGTGCTTGAGTGCAAGAAAGCCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139851 ACAAGCAGCTCTCATCCATGCTAGTGCTTGAGTGCAAGAAAGCCACCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGGCAGCCGAGGAAGGACAGAAGGCAGGAGAGCTGAGCCTGAAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139901 AAGGCAGCCGAGGAAGGACAGAAGGCAGGAGAGCTGAGCCTGAAATTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGGAGAAGAGCCGGGTGAGTAAACTGGAAGAAGAGTTGGCAGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139951 GAAGGAGAAGAGCCGGGTGAGTAAACTGGAAGAAGAGTTGGCAGCTGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAAAGAGAGGCTTGCAGACTGAGGCCCAGGTAGAGAAGCAGTTATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140001 GAAAGAGAGGCTTGCAGACTGAGGCCCAGGTAGAGAAGCAGTTATCAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTTGACATCGAAAGGGAACAACTGAGAGCAAAACTGAACCGAGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140051 TTTGACATCGAAAGGGAACAACTGAGAGCAAAACTGAACCGAGAAGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCGGACCAAAACCCTGAAAGAAGAAATGGAAAGTTTAAAGAAGATAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140101 CCGGACCAAAACCCTGAAAGAAGAAATGGAAAGTTTAAAGAAGATAGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGACCTAGAGGCTTCCCACCAGCACAGTAGCCCTAATGAGCAATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140151 AGGACCTAGAGGCTTCCCACCAGCACAGTAGCCCTAATGAGCAATTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAACCAGTAACCGTGTCCAAAGGCACAGCAACTGAGCCTCTCATGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140201 AAACCAGTAACCGTGTCCAAAGGCACAGCAACTGAGCCTCTCATGCTAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTCTGTGTTTTGCCAAACAGAGAGTTTTCCAGCAGAAAGAACCCATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140251 GTCTGTGTTTTGCCAAACAGAGAGTTTTCCAGCAGAAAGAACCCATGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCAACATAGCCAAGATGACAAACACTGGGCTGCCTGGTCCTGCCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140301 GCAACATAGCCAAGATGACAAACACTGGGCTGCCTGGTCCTGCCACTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCTTACTCATATGCAAAAACCAATGGCCATTGTGACCCAGAGATACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140351 GCTTACTCATATGCAAAAACCAATGGCCATTGTGACCCAGAGATACAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TACCAGGGAGCTGACTGCAGGCAACAATGTAGAAAACCAAGTGCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 140401 TACCAGGGAGCTGACTGCAGGCAACAATGTAGAAAACCAGGTGCCTCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GGGAAAAATCTGTGGCATTGGCCCAAGAGAAACCAGTGGAGAATGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140451 GGGAAAAATCTGTGGCATTGGCCCAAGAGAAACCAGTGGAGAATGGTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TGTCCTGTGGGGATTGAGACTCCAGTCCCAATGCCCAGTCCCCTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140501 TGTCCTGTGGGGATTGAGACTCCAGTCCCAATGCCCAGTCCCCTCTCTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CAGTGGGAGCTCACTGTCTCCCAGCAGCACTGCCTCCTCCTCTCTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140551 CAGTGGGAGCTCACTGTCTCCCAGCAGCACTGCCTCCTCCTCTCTAACAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCTCTCCTTGCTCTTCGCCGGTACTCACTAAGCGTTTATTGGGGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140601 CCTCTCCTTGCTCTTCGCCGGTACTCACTAAGCGTTTATTGGGGTCATCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCTAGCAGCCCTGGCTACCAGTCATCGTACCAAGTAGGGATCAACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140651 GCTAGCAGCCCTGGCTACCAGTCATCGTACCAAGTAGGGATCAACCAACG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GTTCCATGCAGCTCGCCACAAATTTCAGTCCCAAGCAGATCAGGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140701 GTTCCATGCAGCTCGCCACAAATTTCAGTCCCAAGCAGATCAGGACCAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AAGCCAGTGGCCTACAGAGCCCTCCATCCAGGGATTTATCCCCCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140751 AAGCCAGTGGCCTACAGAGCCCTCCATCCAGGGATTTATCCCCCACCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ATAGACAACTCTGCCGCCAAGCAGCTGGCCCGAAACACAGTCACTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140801 ATAGACAACTCTGCCGCCAAGCAGCTGGCCCGAAACACAGTCACTCAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GCTCTCCAGATTCACTAGCCAACAAGGGCCAATCAAGCCAGTCTCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140851 GCTCTCCAGATTCACTAGCCAACAAGGGCCAATCAAGCCAGTCTCTCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 ACAGCTCTCCCTTTGGCACAGACTATCGAAATCTAGCCAACACTGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140901 ACAGCTCTCCCTTTGGCACAGACTATCGAAATCTAGCCAACACTGCCAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CCAAGAGGTGACACAAGCCATTCACCTACTCCAGGGAAAGTGTCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140951 CCAAGAGGTGACACAAGCCATTCACCTACTCCAGGGAAAGTGTCCAGTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CCTGAGCCCCCTGTCTCCAGGAATCAAGTCCCCAACCATCCCCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141001 CCTGAGCCCCCTGTCTCCAGGAATCAAGTCCCCAACCATCCCCAGAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGAGAGGAAACCCTCCACCCATCCCACCCAAGAAACCTGGCCTCACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141051 AGAGAGGAAACCCTCCACCCATCCCACCCAAGAAACCTGGCCTCACCCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TCTCCATCTGCTACCACTCCATTGACCAAAACTCATTCCCAGGCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141101 TCTCCATCTGCTACCACTCCATTGACCAAAACTCATTCCCAGGCAGCCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TTTGACCACTGCAGAAGACCTTGCCAGCAGCTGCTCTTCCAATACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141151 TTTGACCACTGCAGAAGACCTTGCCAGCAGCTGCTCTTCCAATACTGTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 TAGCAAATGGTAAGGATGTTGAGTTACTTTTGCCTACCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141201 TAGCAAATGGTAAGGATGTTGAGTTACTTTTGCCTACCAGCAGC