seq1 = pF1KSDA1400.tfa, 3120 bp
seq2 = pF1KSDA1400/gi568815594f_133050141.tfa (gi568815594f:133050141_133263282), 213142 bp

>pF1KSDA1400 3120
>gi568815594f:133050141_133263282 (Chr4)

1-2631  (100001-102631)   100% ->
2632-2690  (104167-104225)   100% ->
2691-2797  (104777-104883)   100% ->
2798-3103  (112837-113142)   100% ->
3104-3120  (140001-140017)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGTGCTATTATTGTTTGCCTTGCTCTGGATGGTGGAAGGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGTGCTATTATTGTTTGCCTTGCTCTGGATGGTGGAAGGAGTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCAGCTTCACTACACGGTACAGGAGGAGCAGGAACATGGCACTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCCAGCTTCACTACACGGTACAGGAGGAGCAGGAACATGGCACTTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGAATATCGCTGAAGATCTGGGTCTGGACATTACAAAACTTTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGAATATCGCTGAAGATCTGGGTCTGGACATTACAAAACTTTCGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGGGTTTCAGACGGTGCCCAACTCAAGGACCCCTTACTTAGACCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCGGGTTTCAGACGGTGCCCAACTCAAGGACCCCTTACTTAGACCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGAGACAGGGGTGCTGTACGTGAACGAGAAAATAGACCGCGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGAGACAGGGGTGCTGTACGTGAACGAGAAAATAGACCGCGAACAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGCAAACAGAGCCCCTCCTGTGTCCTGCACCTGGAGGTCTTTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGCAAACAGAGCCCCTCCTGTGTCCTGCACCTGGAGGTCTTTCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCCCCTGGAGCTGTTCCAGGTGGAGATCGAGGTGCTGGACATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCCCCTGGAGCTGTTCCAGGTGGAGATCGAGGTGCTGGACATTAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAACCCCCCCTCTTTCCCGGAGCCAGACCTGACGGTGGAAATCTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAACCCCCCCTCTTTCCCGGAGCCAGACCTGACGGTGGAAATCTCTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCCACGCCAGGCACTCGCTTCCCCTTGGAGAGCGCATTCGACCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGCCACGCCAGGCACTCGCTTCCCCTTGGAGAGCGCATTCGACCCAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGGGCACCAACTCCTTGCGCGACTACGAGATCACCCCCAACAGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTGGGCACCAACTCCTTGCGCGACTACGAGATCACCCCCAACAGCTACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCCCTGGACGTGCAGACCCAGGGGGATGGCAACCGATTCGCTGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCCCTGGACGTGCAGACCCAGGGGGATGGCAACCGATTCGCTGAGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCTGGAGAAGCCACTGGACCGAGAGCAGCAAGCGGTGCACCGCTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCTGGAGAAGCCACTGGACCGAGAGCAGCAAGCGGTGCACCGCTACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGACCGCGGTGGACGGAGGAGGTGGGGGAGGAGTAGGAGAAGGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGACCGCGGTGGACGGAGGAGGTGGGGGAGGAGTAGGAGAAGGAGGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGTGGCGGGGGAGCAGGCCTGCCCCCCCAGCAGCAGCGCACCGGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGGTGGCGGGGGAGCAGGCCTGCCCCCCCAGCAGCAGCGCACCGGCACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTACTCACCATCCGAGTGCTGGACTCCAATGACAATGTGCCCGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTACTCACCATCCGAGTGCTGGACTCCAATGACAATGTGCCCGCTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACCAACCCGTCTACACTGTGTCCCTACCAGAGAACTCTCCCCCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GACCAACCCGTCTACACTGTGTCCCTACCAGAGAACTCTCCCCCAGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTCGTGATCCAGCTCAACGCCACCGACCCGGACGAGGGCCAGAACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTCGTGATCCAGCTCAACGCCACCGACCCGGACGAGGGCCAGAACGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGTCGTGTACTCCTTCAGCAGCCACATTTCGCCCCGGGCGCGGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGTCGTGTACTCCTTCAGCAGCCACATTTCGCCCCGGGCGCGGGAGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTCGGACTCTCGCCGCGCACTGGCAGACTGGAGGTAAGCGGCGAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTCGGACTCTCGCCGCGCACTGGCAGACTGGAGGTAAGCGGCGAGTTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTATGAAGAGAGCCCAGTGTACCAAGTGTACGTGCAAGCCAAGGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTATGAAGAGAGCCCAGTGTACCAAGTGTACGTGCAAGCCAAGGACCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCCCCAACGCCGTGCCTGCGCACTGCAAGGTGCTAGTGCGAGTACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCCCCAACGCCGTGCCTGCGCACTGCAAGGTGCTAGTGCGAGTACTGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCTAATGACAACGCGCCAGAGATCAGCTTCAGCACCGTGAAGGAAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCTAATGACAACGCGCCAGAGATCAGCTTCAGCACCGTGAAGGAAGCGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAGTGAGGGCGCGGCGCCCGGCACTGTGGTGGCCCTTTTCAGCGTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GAGTGAGGGCGCGGCGCCCGGCACTGTGGTGGCCCTTTTCAGCGTGACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACCGCGACTCAGAGGAGAATGGGCAGGTGCAGTGCGAGCTACTGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACCGCGACTCAGAGGAGAATGGGCAGGTGCAGTGCGAGCTACTGGGAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GTGCCTTTCCGCCTCAAGTCTTCCTTTAAGAATTACTACACCATCGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GTGCCTTTCCGCCTCAAGTCTTCCTTTAAGAATTACTACACCATCGTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CGAAGCCCCCCTGGACCGAGAGGCGGGGGACTCCTACACCCTGACTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CGAAGCCCCCCTGGACCGAGAGGCGGGGGACTCCTACACCCTGACTGTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGGCTCGGGACCGGGGCGAGCCTGCGCTCTCCACCAGTAAGTCGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGGCTCGGGACCGGGGCGAGCCTGCGCTCTCCACCAGTAAGTCGATCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GTACAAGTGTCGGATGTGAACGACAACGCGCCGCGTTTCAGCCAGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GTACAAGTGTCGGATGTGAACGACAACGCGCCGCGTTTCAGCCAGCCGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CTACGACGTGTATGTGACTGAAAACAACGTGCCTGGCGCCTACATCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CTACGACGTGTATGTGACTGAAAACAACGTGCCTGGCGCCTACATCTACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CGGTGAGCGCCACCGACCGGGATGAGGGCGCCAACGCCCAGCTTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CGGTGAGCGCCACCGACCGGGATGAGGGCGCCAACGCCCAGCTTGCCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TCTATCCTCGAGTGCCAGATCCAGGGCATGAGCGTCTTCACCTACGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TCTATCCTCGAGTGCCAGATCCAGGGCATGAGCGTCTTCACCTACGTTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TATCAACTCTGAGAACGGCTACTTGTACGCCCTGCGCTCCTTCGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TATCAACTCTGAGAACGGCTACTTGTACGCCCTGCGCTCCTTCGACTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 AGCAGCTGAAGGACTTCAGTTTTCAGGTGGAAGCCCGGGACGCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 AGCAGCTGAAGGACTTCAGTTTTCAGGTGGAAGCCCGGGACGCTGGCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CCCCAGGCGCTGGCTGGTAACGCCACTGTCAACATCCTCATAGTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CCCCAGGCGCTGGCTGGTAACGCCACTGTCAACATCCTCATAGTGGATCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 AAATGACAACGCCCCTGCCATCGTGGCGCCTCTACCAGGGCGCAACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 AAATGACAACGCCCCTGCCATCGTGGCGCCTCTACCAGGGCGCAACGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 CTCCAGCGCGTGAGGTGCTGCCCCGCTCGGCGGAGCCGGGTTACCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 CTCCAGCGCGTGAGGTGCTGCCCCGCTCGGCGGAGCCGGGTTACCTGCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 ACCCGCGTGGCCGCCGTGGACGCGGACGACGGCGAGAACGCCCGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 ACCCGCGTGGCCGCCGTGGACGCGGACGACGGCGAGAACGCCCGGCTCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TTACAGCATCGTGCGTGGCAACGAAATGAACCTCTTTCGCATGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 TTACAGCATCGTGCGTGGCAACGAAATGAACCTCTTTCGCATGGACTGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 GCACCGGGGAGCTGCGCACAGCACGCCGAGTCCCGGCCAAGCGCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 GCACCGGGGAGCTGCGCACAGCACGCCGAGTCCCGGCCAAGCGCGACCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CAGCGGCCTTATGAGCTGGTGATCGAGGTGCGCGACCATGGGCAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CAGCGGCCTTATGAGCTGGTGATCGAGGTGCGCGACCATGGGCAGCCGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CCTTTCCTCCACCGCCACCCTGGTGGTTCAGCTGGTGGATGGCGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CCTTTCCTCCACCGCCACCCTGGTGGTTCAGCTGGTGGATGGCGCCGTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 AGCCCCAGGGCGGGGGCGGGAGCGGAGGCGGAGGGTCAGGAGAGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 AGCCCCAGGGCGGGGGCGGGAGCGGAGGCGGAGGGTCAGGAGAGCACCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CGCCCCAGTCGCTCTGGCGGCGGGGAAACCTCGCTAGACCTCACCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 CGCCCCAGTCGCTCTGGCGGCGGGGAAACCTCGCTAGACCTCACCCTCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 CCTCATCATCGCGTTGGGCTCGGTGTCCTTCATCTTCCTGCTGGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 CCTCATCATCGCGTTGGGCTCGGTGTCCTTCATCTTCCTGCTGGCCATGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TCGTGCTGGCCGTGCGTTGCCAAAAAGAGAAGAAGCTCAACATCTATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TCGTGCTGGCCGTGCGTTGCCAAAAAGAGAAGAAGCTCAACATCTATACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 TGTCTGGCCAGCGATTGCTGCCTCTGCTGCTGCTGCTGCGGTGGCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 TGTCTGGCCAGCGATTGCTGCCTCTGCTGCTGCTGCTGCGGTGGCGGAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 TTCGACCTGCTGTGGCCGCCAAGCCCGGGCGCGCAAGAAGAAACTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 TTCGACCTGCTGTGGCCGCCAAGCCCGGGCGCGCAAGAAGAAACTCAGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 AGTCAGACATCATGCTGGTGCAGAGCTCCAATGTACCCAGTAACCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 AGTCAGACATCATGCTGGTGCAGAGCTCCAATGTACCCAGTAACCCGGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 CAGGTGCCGATAGAGGAGTCCGGGGGCTTTGGCTCCCACCACCACAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 CAGGTGCCGATAGAGGAGTCCGGGGGCTTTGGCTCCCACCACCACAACCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 GAATTACTGCTATCAGGTATGCCTGACCCCTGAGTCCGCCAAGACCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 GAATTACTGCTATCAGGTATGCCTGACCCCTGAGTCCGCCAAGACCGACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 TGATGTTTCTTAAGCCCTGCAGCCCTTCGCGGAGTACGGACACTGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 TGATGTTTCTTAAGCCCTGCAGCCCTTCGCGGAGTACGGACACTGAGCAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 AACCCCTGCGGGGCCATCGTCACCGGTTACACCGACCAGCAGCCTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 AACCCCTGCGGGGCCATCGTCACCGGTTACACCGACCAGCAGCCTGATAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 CATCTCCAACGGAAGCATTTTGTCCAACGAG         ACTAAACACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102601 CATCTCCAACGGAAGCATTTTGTCCAACGAGGTA...TAGACTAAACACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2642 AGCGAGCAGAGCTCAGCTATCTAGTTGACAGACCTCGCCGAGTTAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104177 AGCGAGCAGAGCTCAGCTATCTAGTTGACAGACCTCGCCGAGTTAACAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2691         TTCTGCATTCCAGGAAGCCGACATAGTAAGCTCTAAGGACAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104227 TA...TAGTTCTGCATTCCAGGAAGCCGACATAGTAAGCTCTAAGGACAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2733 TGGTCATGGAGACAGTGAACAGGGAGATAGTGATCATGATGCCACCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104819 TGGTCATGGAGACAGTGAACAGGGAGATAGTGATCATGATGCCACCAACC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2783 GTGCCCAGTCAGCTG         GTATGGATCTCTTCTCCAATTGCACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104869 GTGCCCAGTCAGCTGGTA...CAGGTATGGATCTCTTCTCCAATTGCACT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2824 GAGGAATGTAAAGCTCTGGGCCACTCAGATCGGTGCTGGATGCCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112863 GAGGAATGTAAAGCTCTGGGCCACTCAGATCGGTGCTGGATGCCTTCTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2874 TGTCCCTTCTGATGGACGCCAGGCTGCTGATTATCGCAGCAATCTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112913 TGTCCCTTCTGATGGACGCCAGGCTGCTGATTATCGCAGCAATCTGCATG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2924 TTCCTGGCATGGACTCTGTTCCAGACACTGAGGTGTTTGAAACTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112963 TTCCTGGCATGGACTCTGTTCCAGACACTGAGGTGTTTGAAACTCCAGAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2974 GCCCAGCCTGGGGCAGAGCGGTCCTTTTCCACCTTTGGCAAAGAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113013 GCCCAGCCTGGGGCAGAGCGGTCCTTTTCCACCTTTGGCAAAGAGAAGGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3024 CCTTCACAGCACTCTGGAGAGGAAGGAGCTGGATGGACTGCTGACTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113063 CCTTCACAGCACTCTGGAGAGGAAGGAGCTGGATGGACTGCTGACTAATA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3074 CGCGAGCGCCTTACAAACCACCATATTTGA         CACGGAAAAGG
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 113113 CGCGAGCGCCTTACAAACCACCATATTTGAGTA...CAGCACGGAAAAGG

   3150     .
   3115 ATATGC
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 140012 ATATGC