seq1 = pF1KSDA1399.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KSDA1399/gi568815596r_216159315.tfa (gi568815596r:216159315_216470196), 310882 bp

>pF1KSDA1399 1230
>gi568815596r:216159315_216470196 (Chr2)

(complement)

1-516  (99937-100452)   100% ->
517-672  (186468-186623)   100% ->
673-865  (192333-192525)   100% ->
866-1230  (210518-210882)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGATGCCCCTGTGTGGGCTGCTCTGGTGGTGGTGGTGCTGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99937 ATGCTGATGCCCCTGTGTGGGCTGCTCTGGTGGTGGTGGTGCTGCTGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTGGTACTGCTATGGATTGTGTGCCCCAGCCCCCCAGATGTTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99987 CGGCTGGTACTGCTATGGATTGTGTGCCCCAGCCCCCCAGATGTTGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGGGTCTCCTCAAGTGCCGCTGCCGCATGCTCTTCAATGACCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100037 ACCAGGGTCTCCTCAAGTGCCGCTGCCGCATGCTCTTCAATGACCTGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTTTCTTACTGCGGCGCCCTCCTCAAGCGCCCCTGCCCATGCACGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100087 GTTTTCTTACTGCGGCGCCCTCCTCAAGCGCCCCTGCCCATGCACGGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCCAGCCCCCCGGTTTGGCGGCCAACAACACCCTTCCGGCTCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100137 CCCCCAGCCCCCCGGTTTGGCGGCCAACAACACCCTTCCGGCTCTGGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGGGGGTGGGCAGGCTGGAGGGGCCCCCGAGAAGTGGTGGGCAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100187 CCGGGGGGTGGGCAGGCTGGAGGGGCCCCCGAGAAGTGGTGGGCAGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCCTCCTGTGCCACCTCCACCCCCCTTGCCACCTTCTTCTGTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100237 CCCCCTCCTGTGCCACCTCCACCCCCCTTGCCACCTTCTTCTGTGGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGACTGGGGTGGCCCAGCCACAGAGCCACCTGCCTCGCTGCTCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100287 TGACTGGGGTGGCCCAGCCACAGAGCCACCTGCCTCGCTGCTCAGCAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTCCTCAGATGACTTCTGTAAGGAGAAGACCGAGGATCGCTACTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100337 CCTCCTCAGATGACTTCTGTAAGGAGAAGACCGAGGATCGCTACTCACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAGCAGCTTGGACAGTGGTATGAGGACCCCACTCTGCCGCATCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100387 GGCAGCAGCTTGGACAGTGGTATGAGGACCCCACTCTGCCGCATCTGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAGGGGCCAGAACAG         GGGGAGCTGCTGAGCCCATGCCGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100437 CCAGGGGCCAGAACAGGTG...CAGGGGGAGCTGCTGAGCCCATGCCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGATGGCTCGGTCAAGTGCACACACCAGCCTTGCCTCATCAAGTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186493 GTGATGGCTCGGTCAAGTGCACACACCAGCCTTGCCTCATCAAGTGGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCGAGCGGGGCTGCTGGAGCTGCGAGCTGTGCTACTACAAGTACCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186543 AGCGAGCGGGGCTGCTGGAGCTGCGAGCTGTGCTACTACAAGTACCACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATCGCCATAAGCACAAAAAATCCTCTGCAG         TGGCAGGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 186593 CATCGCCATAAGCACAAAAAATCCTCTGCAGGTA...CAGTGGCAGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCTCTCTGACGGTCATTGAGAAGGTTCAGGTTGCAGCCGCCATCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192343 TCTCTCTGACGGTCATTGAGAAGGTTCAGGTTGCAGCCGCCATCCTGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCCCTCTTCCTCATCGCCAGTATTTCTTGGCTCATCTGGTCAACTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192393 TCCCTCTTCCTCATCGCCAGTATTTCTTGGCTCATCTGGTCAACTTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCCCTCGGCAAGATGGCAGCGCCAAGACCTTCTCTTCCAGATCTGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192443 CCCCTCGGCAAGATGGCAGCGCCAAGACCTTCTCTTCCAGATCTGCTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GGATGTATGGCTTCATGGACGTGGTGTGCATAG         GTCTCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 192493 GGATGTATGGCTTCATGGACGTGGTGTGCATAGGTG...CAGGTCTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATCCATGAAGGACCCTCGGTGTACCGCATCTTTAAACGGTGGCAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210526 ATCCATGAAGGACCCTCGGTGTACCGCATCTTTAAACGGTGGCAGGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAACCAGCAGTGGAAAGTGCTGAACTATGACAAGACAAAAGACCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210576 CAACCAGCAGTGGAAAGTGCTGAACTATGACAAGACAAAAGACCTGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATCAAAAGGCAGGAGGCAGGACCAACCCCCGGACCTCCTCATCCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210626 ATCAAAAGGCAGGAGGCAGGACCAACCCCCGGACCTCCTCATCCACCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCCAATATCCCCTCCTCGGAAGAGGAGACCGCAGGCACCCCTGCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210676 GCCAATATCCCCTCCTCGGAAGAGGAGACCGCAGGCACCCCTGCCCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCAGGGCCCTGCCCAGGCTGCCGGCCACCCCTCAGGCCCTCTGTCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210726 GCAGGGCCCTGCCCAGGCTGCCGGCCACCCCTCAGGCCCTCTGTCCCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ACCACTGTGCTTATACCATCCTGCACATCCTGAGTCACTTGAGACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210776 ACCACTGTGCTTATACCATCCTGCACATCCTGAGTCACTTGAGACCTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAACAGCGAAGTCCCCCAGGCAGCAGCCGAGAGCTGGTCATGAGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210826 GAACAGCGAAGTCCCCCAGGCAGCAGCCGAGAGCTGGTCATGAGAGTCAC

   1250     .
   1224 GACAGTG
        |||||||
 210876 GACAGTG