seq1 = pF1KSDA1397.tfa, 2034 bp
seq2 = pF1KSDA1397/gi568815592f_158214017.tfa (gi568815592f:158214017_158598815), 384799 bp

>pF1KSDA1397 2034
>gi568815592f:158214017_158598815 (Chr6)

1-252  (100001-100252)   99% ->
253-381  (199049-199177)   100% ->
382-543  (215720-215881)   100% ->
544-724  (234980-235160)   100% ->
725-859  (238118-238252)   100% ->
860-1026  (247547-247713)   100% ->
1027-1251  (265735-265959)   100% ->
1252-1486  (267039-267273)   100% ->
1487-1631  (275572-275716)   100% ->
1632-1776  (279557-279701)   100% ->
1777-1870  (280737-280830)   100% ->
1871-2014  (284653-284796)   100% ->
2015-2034  (292562-292581)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGCAGCAGTGGAACATGGGCCTGTGCTTTGCAGTGACTCCAACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
 100001 ATGTATGCAGCAGTGGAACATGGGCCTGTGCTTTGCAGCGATTCCAACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTGCCTGTCCTGGAAGGGGCGTGTCCCCAAGAGTGAGAAGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGTGCCTGTCCTGGAAGGGGCGTGTCCCCAAGAGTGAGAAGGAGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGTGCAGGAGACGCTACTATGAGGAAGGCTGGCTGGCCACGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTGTGCAGGAGACGCTACTATGAGGAAGGCTGGCTGGCCACGGGCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCGAGGAGTGGTTGGGGTGACTTTCACCTCTAGTCACTGTCGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCGAGGAGTGGTTGGGGTGACTTTCACCTCTAGTCACTGTCGCAGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGGAGTACTCCACAGAGGATAAATTTCAACCTCCGGGGCCACAATAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGGAGTACTCCACAGAGGATAAATTTCAACCTCCGGGGCCACAATAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AG         GTTGTGCTGGTGAGGTGGAATGAGCCCTACCAGAAACTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTG...TAGGTTGTGCTGGTGAGGTGGAATGAGCCCTACCAGAAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCACGTGCGATGCGGACGGAGGCATATTCGTGTGGATTCAGTACGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199088 GCCACGTGCGATGCGGACGGAGGCATATTCGTGTGGATTCAGTACGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGGTGGTCTGTGGAGCTGGTCAACGACCGCGGGGCGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 199138 CAGGTGGTCTGTGGAGCTGGTCAACGACCGCGGGGCGCAGGTG...AAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGTGATTTCACGTGGAGCCATGATGGAACTCAAGCACTTATTTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215721 TGAGTGATTTCACGTGGAGCCATGATGGAACTCAAGCACTTATTTCCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGAGATGGGTTTGTCCTGGTTGGGTCTGTCAGTGGACAAAGACACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215771 CGAGATGGGTTTGTCCTGGTTGGGTCTGTCAGTGGACAAAGACACTGGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATCCGAAATCAACTTGGAAAGTCAAATTACGTGTGGCATATGGACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215821 ATCCGAAATCAACTTGGAAAGTCAAATTACGTGTGGCATATGGACTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACGACCAACAG         GTGCTGTTTGGCACGGCCGATGGGCAGGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 215871 ACGACCAACAGGTA...CAGGTGCTGTTTGGCACGGCCGATGGGCAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTGTCATGGATTGCCACGGCAGAATGCTGGCCCACGTCCTCTTGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235010 ATTGTCATGGATTGCCACGGCAGAATGCTGGCCCACGTCCTCTTGCACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTCAGACGGTGTCCTCGGCATGTCCTGGAACTACCCGATCTTCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235060 GTCAGACGGTGTCCTCGGCATGTCCTGGAACTACCCGATCTTCCTGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGACAGCAGCGAGAGCGACACGGACTCAGATGACTACGCCCCTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235110 AGGACAGCAGCGAGAGCGACACGGACTCAGATGACTACGCCCCTCCCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 G         ATGGTCCGGCAGCATATCCCATCCCAGTGCAGAACATCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235160 GGTA...CAGATGGTCCGGCAGCATATCCCATCCCAGTGCAGAACATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCTCTGCTCACCGTCAGCTTCACCTCGGGAGACATCAGCTTAATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238158 GCCTCTGCTCACCGTCAGCTTCACCTCGGGAGACATCAGCTTAATGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTACGATGACTTGTCTCCCACGGTCATCCGCTCAGGGCTGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 238208 ACTACGATGACTTGTCTCCCACGGTCATCCGCTCAGGGCTGAAAGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860     AGGTGGTAGCCCAGTGGTGCACACAGGGGGACTTGCTGGCAGTCGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238258 .CAGAGGTGGTAGCCCAGTGGTGCACACAGGGGGACTTGCTGGCAGTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGGGATGGAACGGCAGACCCAGCTTGGTGAGCTTCCCAATGGTCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247593 TGGGATGGAACGGCAGACCCAGCTTGGTGAGCTTCCCAATGGTCCCCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGAAGAGTGCCATGGTCAAGTTCTACAATGTTCGTGGGGAGCACATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247643 TGAAGAGTGCCATGGTCAAGTTCTACAATGTTCGTGGGGAGCACATCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACACTGGACACTCTCGTGCAG         CGCCCCATCATCTCCATCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 247693 ACACTGGACACTCTCGTGCAGGTA...CAGCGCCCCATCATCTCCATCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTGGGGTCACCGGGATTCGAGGCTGTTGATGGCATCAGGACCAGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265755 CTGGGGTCACCGGGATTCGAGGCTGTTGATGGCATCAGGACCAGCCCTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACGTGGTGCGTGTGGAGCACCGGGTGTCCAGCCTGCAGCTGCTGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265805 ACGTGGTGCGTGTGGAGCACCGGGTGTCCAGCCTGCAGCTGCTGTGCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGGCCATCGCCAGCACCTTGCGTGAGGACAAGGACGTCAGCAAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265855 CAGGCCATCGCCAGCACCTTGCGTGAGGACAAGGACGTCAGCAAGCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTGCCCCCCCGCCTCTGCTCCTACCTCTCCACTGCCTTCATCCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265905 TCTGCCCCCCCGCCTCTGCTCCTACCTCTCCACTGCCTTCATCCCCACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCAAG         CCCCCAATTCCAGATCCGAACAACATGAGAGACTTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265955 TCAAGGTA...CAGCCCCCAATTCCAGATCCGAACAACATGAGAGACTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTCAGCTACCCATCAGCCGGCAACGAGCGGCTGCACTGCACCATGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267075 GTCAGCTACCCATCAGCCGGCAACGAGCGGCTGCACTGCACCATGAAGCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CACAGAGGACGACCCGGAGGTGGGCGGCCCGTGCTACACGCTCTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267125 CACAGAGGACGACCCGGAGGTGGGCGGCCCGTGCTACACGCTCTACCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGTACCTGGGCGGGCTTGTGCCCATCCTCAAAGGGCGGCGCATCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267175 AGTACCTGGGCGGGCTTGTGCCCATCCTCAAAGGGCGGCGCATCAGCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGCGGCCAGAGTTCGTCATCATGGACCCGCGGACAGATAGCAAACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 267225 CTGCGGCCAGAGTTCGTCATCATGGACCCGCGGACAGATAGCAAACCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1487         ATGAAATCTATGGGAACAGCTTGATTTCTACTGTGATCGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267275 TG...CAGATGAAATCTATGGGAACAGCTTGATTTCTACTGTGATCGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCTGCAACTGCTCAGACTCCAGTGACATTGAGCTGAGTGATGACTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275614 GCTGCAACTGCTCAGACTCCAGTGACATTGAGCTGAGTGATGACTGGGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GCCAAGAAATCTCCCAAAATCTCCAGAGCTAGCAAATCACCCAAACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275664 GCCAAGAAATCTCCCAAAATCTCCAGAGCTAGCAAATCACCCAAACTCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AAG         GATCAGCATTGAGGCCCGCAAGTCACCCAAGCTGCCCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275714 AAGGTA...CAGGATCAGCATTGAGGCCCGCAAGTCACCCAAGCTGCCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GGGCTGCTCAGGAGCTCTCCCGGTCCCCACGGTTGCCCCTGCGCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279595 GGGCTGCTCAGGAGCTCTCCCGGTCCCCACGGTTGCCCCTGCGCAAGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCTGTGGGCTCGCCCAGCCTGACTCGGAGAGAGTTTCCTTTTGAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279645 TCTGTGGGCTCGCCCAGCCTGACTCGGAGAGAGTTTCCTTTTGAAGACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CACTCAG         CACAACTATCTTGCTCAGGTCACGTCTAATATCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279695 CACTCAGGTA...CAGCACAACTATCTTGCTCAGGTCACGTCTAATATCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GGGGAACCAAATTTAAGATTGTGGGCTTGGCTGCTTTCCTGCCAACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280771 GGGGAACCAAATTTAAGATTGTGGGCTTGGCTGCTTTCCTGCCAACCAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CTCGGTGCAG         TAATCTATAAAACCAGCCTCCTGCATCTCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 280821 CTCGGTGCAGGTA...CAGTAATCTATAAAACCAGCCTCCTGCATCTCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GCCGCGGCAGATGACCATTTATCTCCCAGAAGTTCGGAAAATTTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284684 GCCGCGGCAGATGACCATTTATCTCCCAGAAGTTCGGAAAATTTCCATGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ACTATATTAATTTACCTGTCTTCAACCCAAATGTTTTCAGTGAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284734 ACTATATTAATTTACCTGTCTTCAACCCAAATGTTTTCAGTGAAGATGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GATGATTTACCAG         GTGATGCAGTTTGGACGGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 284784 GATGATTTACCAGGTG...CAGGTGATGCAGTTTGGACGGAT