seq1 = pF1KSDA1392.tfa, 2778 bp
seq2 = pF1KSDA1392/gi568815594f_183806791.tfa (gi568815594f:183806791_184117281), 310491 bp

>pF1KSDA1392 2778
>gi568815594f:183806791_184117281 (Chr4)

1-166  (100001-100166)   100% ->
167-319  (194535-194687)   100% ->
320-2585  (202368-204633)   100% ->
2586-2778  (210299-210491)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGACCCGGAGCACAACCTTGCGGCGAGCCTGGCCTAGCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGACCCGGAGCACAACCTTGCGGCGAGCCTGGCCTAGCTCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCTCGGACCGGGCCTCGGACCGCATGAGGTCCCGCAGCGAGAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCTCGGACCGGGCCTCGGACCGCATGAGGTCCCGCAGCGAGAAGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGCCTGCACAAGCGTTTCCCCGCGGCCTTCGCGCCCCAGGCTTCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGCCTGCACAAGCGTTTCCCCGCGGCCTTCGCGCCCCAGGCTTCGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTACATGACATCAG         GTGATGTATCACCCATCAGTATGTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTACATGACATCAGGTT...CAGGTGATGTATCACCCATCAGTATGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCATCAGTCAGTCTCAGTTTATTCCACTCGGGGAGATCCTCTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194560 TCCCATCAGTCAGTCTCAGTTTATTCCACTCGGGGAGATCCTCTGCTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATCTCAGCAATGAACTCGGCAAGAAAGCCTGTCACCCAAGAAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194610 CCATCTCAGCAATGAACTCGGCAAGAAAGCCTGTCACCCAAGAAGCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGAGCACCTGACCACGTGCTTCCCAG         GTGTTCCAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 194660 ATGGAGCACCTGACCACGTGCTTCCCAGGTA...CAGGTGTTCCAACGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGCCAAGAAATTCTGCGGCACACGCTGAACACGCTGGTACGGGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202381 AAGCCAAGAAATTCTGCGGCACACGCTGAACACGCTGGTACGGGAGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGATCTACCCAACTCCAGATGGCTACTTCATCGTGACCCCACAGACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202431 AGATCTACCCAACTCCAGATGGCTACTTCATCGTGACCCCACAGACTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCATAACTCCTTCCCTCATAAGAACTAACAGTAAATGGTACCATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202481 TTCATAACTCCTTCCCTCATAAGAACTAACAGTAAATGGTACCATTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGAGAGGATACCTGACCGGTCTCAGTGCACCTCTCCGCAACCCGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202531 CGAGAGGATACCTGACCGGTCTCAGTGCACCTCTCCGCAACCCGGGACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCACGCCCTCTGCCTCAGGCTGTGTCAGGGAAAGGACATTGCCCCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202581 TCACGCCCTCTGCCTCAGGCTGTGTCAGGGAAAGGACATTGCCCCGAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CACTGCGACTCTTGCCACTGCTGCAGAGAAGACGTGCACAGCACGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202631 CACTGCGACTCTTGCCACTGCTGCAGAGAAGACGTGCACAGCACGCATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACCCACCCTGCAAAGGAAGTCTGCCAAGGACTGCAAAGACCCTTACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202681 ACCCACCCTGCAAAGGAAGTCTGCCAAGGACTGCAAAGACCCTTACTGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCCCTTCTCTGTGCCAGGTGCCACCCACTGAAAAGAGCAAAAGTACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202731 CCCCTTCTCTGTGCCAGGTGCCACCCACTGAAAAGAGCAAAAGTACTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AATTTTTCCTATAAGACAGAAACTCTCTCAAAACCTAAAGATAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202781 AATTTTTCCTATAAGACAGAAACTCTCTCAAAACCTAAAGATAGTGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCAGTCAAAAAAATTCGGGCTAAAGTTATTCCGGTTAAGTTTTAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202831 GCAGTCAAAAAAATTCGGGCTAAAGTTATTCCGGTTAAGTTTTAAAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACAAGACCAAACAGCTGGCCAATTTTTCTGCCCAGTTTCCTCCTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202881 ACAAGACCAAACAGCTGGCCAATTTTTCTGCCCAGTTTCCTCCTGAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGGCCCCTGCGAGACGAGGACACGCCAGCTACGATCCCTCGGGAAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202931 TGGCCCCTGCGAGACGAGGACACGCCAGCTACGATCCCTCGGGAAGTAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GATGGAAATCATTAGGCGCATTAACCCAGACCTGACCGTGGAAAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202981 GATGGAAATCATTAGGCGCATTAACCCAGACCTGACCGTGGAAAATGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGCGGCACACCGCGCTCATGAAGAAACTGGAAGAAGAAAAGGCCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203031 TGCGGCACACCGCGCTCATGAAGAAACTGGAAGAAGAAAAGGCCCAGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGTAAAGCCGGGTCCTCTGCCCATCACAGCGGAAGGAGTAAAAAGAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203081 AGTAAAGCCGGGTCCTCTGCCCATCACAGCGGAAGGAGTAAAAAGAGTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GACTCATCGGAAGTCCCATGGAAAGTCTCGGTCTCACAGCAAGACACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203131 GACTCATCGGAAGTCCCATGGAAAGTCTCGGTCTCACAGCAAGACACGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGTCTAAAGGAGACCCTTCCGACGGTTCACATCTGGATATCCCAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203181 TGTCTAAAGGAGACCCTTCCGACGGTTCACATCTGGATATCCCAGCTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGAGAGTATGACTTTTGTGATCCTCTTACCAGGGTGCCCAGGGAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203231 AGAGAGTATGACTTTTGTGATCCTCTTACCAGGGTGCCCAGGGAGGGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTTCATCATTGAACACAAAGGAGATAACTTCATCATGCACAGCAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203281 CTTCATCATTGAACACAAAGGAGATAACTTCATCATGCACAGCAACACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACGTGCTCGAGTCCCACTTCCCCATGACACCAGAATGGGATGTGTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203331 ACGTGCTCGAGTCCCACTTCCCCATGACACCAGAATGGGATGTGTCTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GAATTGGCTAAAAGGAGAACTGAGATGCCTTTTCCTGAACCTTCTAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203381 GAATTGGCTAAAAGGAGAACTGAGATGCCTTTTCCTGAACCTTCTAGGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AAGCTCCCACTCAAAAGTGCACCGAAGCCACAGCCATACACAGGACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203431 AAGCTCCCACTCAAAAGTGCACCGAAGCCACAGCCATACACAGGACCGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GGTCCAGGAATGAGAGATCCAACAAAGCCAAGGAGAGATCCAGGTCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203481 GGTCCAGGAATGAGAGATCCAACAAAGCCAAGGAGAGATCCAGGTCGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GATAACTCCAAAGGCCCTCTGGGTGCTTCTTCTCTAGGGACGCCGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203531 GATAACTCCAAAGGCCCTCTGGGTGCTTCTTCTCTAGGGACGCCGGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CCTTGCTGAAGGCTGCAGCCAAGACGACCAGACCCCCAGCCAATCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203581 CCTTGCTGAAGGCTGCAGCCAAGACGACCAGACCCCCAGCCAATCCTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TTGACGACAGTACTTTAAGGCCTGCACAGACCGTTAGTCTCCAAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203631 TTGACGACAGTACTTTAAGGCCTGCACAGACCGTTAGTCTCCAAAGGGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 CACATTTCGTCCACAAGCTATAAAGAGGTGTGTATTCCAGAGATAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203681 CACATTTCGTCCACAAGCTATAAAGAGGTGTGTATTCCAGAGATAGTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGGCAGCAAGGAACCGTCCAGCGCTTGCAGCCTTTTGGAGCCAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203731 TGGCAGCAAGGAACCGTCCAGCGCTTGCAGCCTTTTGGAGCCAGGAAAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CACCCGAGAGTTTGCCATCCTATGGCGAACTCAACTCTTGTCCAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203781 CACCCGAGAGTTTGCCATCCTATGGCGAACTCAACTCTTGTCCAACAAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 ACAGCCACAGATGACTATTTCCAGTGCAACACCTCTAGTGAGACGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203831 ACAGCCACAGATGACTATTTCCAGTGCAACACCTCTAGTGAGACGGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 CACGGCACCATCACCTCTGGGAAAGAATAAGGAGGACCATGACACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203881 CACGGCACCATCACCTCTGGGAAAGAATAAGGAGGACCATGACACTCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 CTTTGGCAGAAGGGGTGAAAAAGCTCTCCCCTTCTGATAGGCAGGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203931 CTTTGGCAGAAGGGGTGAAAAAGCTCTCCCCTTCTGATAGGCAGGTCCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 CACTCCTCCAGGGAGCCTGTGGGGCACAAGGAGGAGTCACCAAAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203981 CACTCCTCCAGGGAGCCTGTGGGGCACAAGGAGGAGTCACCAAAAGGGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 GGGTGGGGGCCCCGCTGCTTCGGGAGGAGTGGCTGAAGGGATCGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204031 GGGTGGGGGCCCCGCTGCTTCGGGAGGAGTGGCTGAAGGGATCGCCAACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 GACGCCTCGTCCAGCACCATGGTGCCGAGCCCAGCAGCTTGGACAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204081 GACGCCTCGTCCAGCACCATGGTGCCGAGCCCAGCAGCTTGGACAAGAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 AAAGAGATATTTAGCAAAGACACACTGTTCAAACCTCTTCACAGCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204131 AAAGAGATATTTAGCAAAGACACACTGTTCAAACCTCTTCACAGCACCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 GTCTGTAAACAGCTATCACAAGTCGAGCCTGTCCCTCCTCAAATCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204181 GTCTGTAAACAGCTATCACAAGTCGAGCCTGTCCCTCCTCAAATCTCACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 CGAAGACACCTGCTGACACATTGCCAGGCCGATGTGAGAAACTGGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204231 CGAAGACACCTGCTGACACATTGCCAGGCCGATGTGAGAAACTGGAACCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 TCCCTGGGGACCTCGGCGGCACAAGCCATGCCTGCTTCCCAGCGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204281 TCCCTGGGGACCTCGGCGGCACAAGCCATGCCTGCTTCCCAGCGTCAGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 GGAGTCAGGAGGGAACCAGGAAGCCTCTTTTGACTATTACAACGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204331 GGAGTCAGGAGGGAACCAGGAAGCCTCTTTTGACTATTACAACGTCTCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 ATGATGACGACTCTGAGGAAGGGGCAAACAAGAACACAGAGGAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204381 ATGATGACGACTCTGAGGAAGGGGCAAACAAGAACACAGAGGAGGAGAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 AATAGAGAGGACGTAGGCACCATGCAGTGGCTCCTCGAGCGGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204431 AATAGAGAGGACGTAGGCACCATGCAGTGGCTCCTCGAGCGGGAGAAGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 AAGAGACTTGCAGAGGAAATTTGAAAAGAACCTCACCCTTCTTGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204481 AAGAGACTTGCAGAGGAAATTTGAAAAGAACCTCACCCTTCTTGCTCCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 AAGAAACCGACAGCAGCAGCAACCAGAGAGCCACCCATTCAGCCCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204531 AAGAAACCGACAGCAGCAGCAACCAGAGAGCCACCCATTCAGCCCGGCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 GACAGCATGGACAGCAGCAGCATCACAGTGGACAGTGGATTCAACTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204581 GACAGCATGGACAGCAGCAGCATCACAGTGGACAGTGGATTCAACTCCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 ACG         TACTCGGGAGAGCCTGGCTTCCAACACATCAAGCATTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204631 ACGGTA...TAGTACTCGGGAGAGCCTGGCTTCCAACACATCAAGCATTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2624 TTGAAAGTAACCGTCGTCAGAACCCCGCTTTGAGCCCGGCCCATGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210337 TTGAAAGTAACCGTCGTCAGAACCCCGCTTTGAGCCCGGCCCATGGTGGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2674 GCTGGTCCAGCCTTCAACTTCCGAGCGAGCGCGGAGCCCCCGACAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210387 GCTGGTCCAGCCTTCAACTTCCGAGCGAGCGCGGAGCCCCCGACAAATGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2724 AGCTGAGAAGCTACAGAAACCTTCCAACTGCTTGCAAGCTTCTGTTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210437 AGCTGAGAAGCTACAGAAACCTTCCAACTGCTTGCAAGCTTCTGTTACTA

   2800     .
   2774 GCGTG
        |||||
 210487 GCGTG