seq1 = pF1KSDA1387.tfa, 2547 bp
seq2 = pF1KSDA1387/gi568815596r_55449914.tfa (gi568815596r:55449914_55717285), 267372 bp

>pF1KSDA1387 2547
>gi568815596r:55449914_55717285 (Chr2)

(complement)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-198  (101780-101835)   100% ->
199-297  (113210-113308)   100% ->
298-921  (118247-118870)   99% ->
922-999  (128330-128407)   100% ->
1000-1116  (130552-130668)   100% ->
1117-1233  (132119-132235)   100% ->
1234-1365  (135588-135719)   100% ->
1366-1468  (137505-137607)   100% ->
1469-1564  (138944-139039)   98% ->
1565-1606  (139930-139971)   100% ->
1607-1765  (143509-143667)   100% ->
1766-1935  (148923-149092)   100% ->
1936-2075  (152245-152384)   100% ->
2076-2260  (152789-152973)   100% ->
2261-2454  (158318-158511)   100% ->
2455-2547  (167280-167372)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGATACGCGGCGGCGAGTGAAGGTCTATACCCTGAACGAAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGATACGCGGCGGCGAGTGAAGGTCTATACCCTGAACGAAGACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAATGGGACGACCGAGGCACCGGGCACGTCTCCTCCACTTACGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAATGGGACGACCGAGGCACCGGGCACGTCTCCTCCACTTACGTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTCAAGGGGATGTCGCTGCTGGTTCGGGCAGAGTCCGACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 AGCTCAAGGGGATGTCGCTGCTGGTTCGGGCAGAGTCCGACGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  GATCACTACTCTTGGAATCAAAGATAAATCCAAATACTGCATATCAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101779 GGATCACTACTCTTGGAATCAAAGATAAATCCAAATACTGCATATCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAACAG         GATACATTAATTGTTTGGTCAGAAGCAGAGAACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101829 ACAACAGGCA...CAGGATACATTAATTGTTTGGTCAGAAGCAGAGAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGATTTGGCTCTGAGTTTTCAGGAGAAAGCTGGCTGTGATGAGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113244 ATGATTTGGCTCTGAGTTTTCAGGAGAAAGCTGGCTGTGATGAGATCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAAATTTGTCAG         GTTCAAGGTAAAGACCCATCAGTGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113294 GAAAAAATTTGTCAGGTA...TAGGTTCAAGGTAAAGACCCATCAGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTCACACAGGACCTCATTGATGAATCTGAAGAAGAACGATTTGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118273 AGTCACACAGGACCTCATTGATGAATCTGAAGAAGAACGATTTGAAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCCTGAAACTAGTCATCTGATTGACCTGCCCACGTGTGAACTCAATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 118323 TGCCTGAAACTAGTCATCTGATTGACCTGCCCACATGTGAACTCAATAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTGAAGAGATTGCTGACTTAGTTACCTCAGTGCTCTCCTCACCTATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118373 CTTGAAGAGATTGCTGACTTAGTTACCTCAGTGCTCTCCTCACCTATCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGGGAAAAGCTGGCTCTCGCCTTGGAAAATGAAGGCTATATTAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118423 TAGGGAAAAGCTGGCTCTCGCCTTGGAAAATGAAGGCTATATTAAAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TATTGCAGCTGTTCCAAGCTTGCGAGAACCTAGAAAACACTGAAGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118473 TATTGCAGCTGTTCCAAGCTTGCGAGAACCTAGAAAACACTGAAGGCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACCATTTGTATGAAATTATTAGAGGAATCTTATTCCTAAATAAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118523 CACCATTTGTATGAAATTATTAGAGGAATCTTATTCCTAAATAAGGCAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCTTTTTGAGGTAATGTTTTCTGATGAGTGTATCATGGATGTCGTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118573 TCTTTTTGAGGTAATGTTTTCTGATGAGTGTATCATGGATGTCGTGGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCTTGAATATGACCCTGCTTTGGCTCAGCCAAAAAGACATAGAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118623 GCCTTGAATATGACCCTGCTTTGGCTCAGCCAAAAAGACATAGAGAATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTGACCAAAACTGCAAAGTTCAAGGAAGTTATACCAATAACAGACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118673 TTGACCAAAACTGCAAAGTTCAAGGAAGTTATACCAATAACAGACTCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACTAAGGCAAAAAATACATCAGACTTACAGGGTACAGTACATTCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118723 ACTAAGGCAAAAAATACATCAGACTTACAGGGTACAGTACATTCAGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCATTTTGCCCACACCATCTGTTTTTGAAGAGAATTTTCTTTCTACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118773 TCATTTTGCCCACACCATCTGTTTTTGAAGAGAATTTTCTTTCTACTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACGTCTTTTATTTTCTTCAACAAAGTTGAGATAGTCAGCATGTTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118823 ACGTCTTTTATTTTCTTCAACAAAGTTGAGATAGTCAGCATGTTGCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922        GAAGATGAGAAGTTTTTGTCTGAAGTTTTTGCACAATTAACAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118873 A...CAGGAAGATGAGAAGTTTTTGTCTGAAGTTTTTGCACAATTAACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATGAGGCTACAGATGATGATAAACGGCGTGAATTG         GTTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128373 ATGAGGCTACAGATGATGATAAACGGCGTGAATTGGTA...CAGGTTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTTTCAAGGAGTTTTGTGCATTTTCTCAGACATTACAACCTCAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130558 TTTTTCAAGGAGTTTTGTGCATTTTCTCAGACATTACAACCTCAAAACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGATGCATTTTTCAAAACATTGGCAAAATTGGGAATTCTTCCTGCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130608 GGATGCATTTTTCAAAACATTGGCAAAATTGGGAATTCTTCCTGCTCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAATTGTAATG         GGCATGGATGATTTGCAAGTCAGATCAGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 130658 AAATTGTAATGGTA...CAGGGCATGGATGATTTGCAAGTCAGATCAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCTACAGATATATTTTCTTATCTAGTAGAATTTAGTCCATCTATGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132149 GCTACAGATATATTTTCTTATCTAGTAGAATTTAGTCCATCTATGGTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGAGTTTGTAATGCAAGAAGCTCAGCAGAGTGATGAC         GATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 132199 AGAGTTTGTAATGCAAGAAGCTCAGCAGAGTGATGACGTA...CAGGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTCTTCTTATTAATGTGGTAATTGAACAAATGATCTGTGATACTGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135592 TTCTTCTTATTAATGTGGTAATTGAACAAATGATCTGTGATACTGATCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGCTAGGAGGCGCTGTTCAGTTAATGGGACTTCTTCGTACTCTAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135642 GAGCTAGGAGGCGCTGTTCAGTTAATGGGACTTCTTCGTACTCTAATTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TCCAGAGAACATGCTGGCTACAACTAAT         AAAACCGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 135692 TCCAGAGAACATGCTGGCTACAACTAATGTA...CAGAAAACCGAAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GTGAATTTCTAAATTTTTTCTACAACCATTGTATGCATGTTCTCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137518 GTGAATTTCTAAATTTTTTCTACAACCATTGTATGCATGTTCTCACAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCACTTTTGACCAATACTTCAGAAGACAAATGTGAAAAGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 137568 CCACTTTTGACCAATACTTCAGAAGACAAATGTGAAAAGGGTA...CAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TTTTTTTTTAAAACATTACAGATATAGTTGGAGTTTCGTATGTACCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 138945 TTTTTTTTTAAAACATTACAGATATAGTTGGAGTTTCATATGTACCCCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CACATTCCCATTCCCATTCTACCCCCTCTTCCTCCATCTCTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138995 CACATTCCCATTCCCATTCTACCCCCTCTTCCTCCATCTCTCAAGGTA..

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565     ATAATATAGTTGGATCAAACAAAAACAACACAATTTGTCCCG    
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 139045 .TAGATAATATAGTTGGATCAAACAAAAACAACACAATTTGTCCCGGTA.

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607      ATAATTATCAAACAGCACAGCTACTTGCCTTAATTTTAGAGTTAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139976 ..TAGATAATTATCAAACAGCACAGCTACTTGCCTTAATTTTAGAGTTAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCACATTTTGTGTGGAACATCACACATATCACATAAAAAACTATATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143554 TCACATTTTGTGTGGAACATCACACATATCACATAAAAAACTATATTATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AACAAGGACTTGCTAAGAAGAGTCTTGGTCTTGATGAATTCAAAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143604 AACAAGGACTTGCTAAGAAGAGTCTTGGTCTTGATGAATTCAAAGCACAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TTTTCTGGCCTTGT         GTGCCCTTCGCTTTATGAGGCGGATAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 143654 TTTTCTGGCCTTGTGTA...TAGGTGCCCTTCGCTTTATGAGGCGGATAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TTGGACTTAAAGATGAATTTTATAATCGTTACATCACCAAGGGAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148950 TTGGACTTAAAGATGAATTTTATAATCGTTACATCACCAAGGGAAATCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TTTGAGCCAGTTATAAATGCACTTCTGGATAATGGAACTCGGTATAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149000 TTTGAGCCAGTTATAAATGCACTTCTGGATAATGGAACTCGGTATAATCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GTTGAATTCAGCTGTTATTGAGTTGTTTGAATTTATAAGAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 149050 GTTGAATTCAGCTGTTATTGAGTTGTTTGAATTTATAAGAGTGGTA...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1936   GAAGATATCAAGTCTCTTACTGCCCATATAGTTGAAAACTTTTATAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152243 AGGAAGATATCAAGTCTCTTACTGCCCATATAGTTGAAAACTTTTATAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GCACTTGAATCGATTGAATATGTTCAGACATTCAAAGGATTGAAGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152293 GCACTTGAATCGATTGAATATGTTCAGACATTCAAAGGATTGAAGACTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 ATATGAGCAAGAAAAAGACAGACAAAATCAGAAACTGAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 152343 ATATGAGCAAGAAAAAGACAGACAAAATCAGAAACTGAACAGGTA...CA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2076  TGTACCATCTATATTGCGTAGTAACAGATTTCGCAGAGATGCAAAAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152788 GTGTACCATCTATATTGCGTAGTAACAGATTTCGCAGAGATGCAAAAGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TTGGAAGAGGATGAAGAAATGTGGTTTAATGAAGATGAAGAAGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152838 TTGGAAGAGGATGAAGAAATGTGGTTTAATGAAGATGAAGAAGAGGAAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AAAAGCAGTTGTGGCACCAGTGGAAAAACCTAAGCCAGAAGATGATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152888 AAAAGCAGTTGTGGCACCAGTGGAAAAACCTAAGCCAGAAGATGATTTTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CAGATAATTATGAAAAGTTTATGGAGACTAAAAAAG         CAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 152938 CAGATAATTATGAAAAGTTTATGGAGACTAAAAAAGGTA...TAGCAAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GAAAGTGAAGACAAGGAAAACCTTCCCAAAAGGACATCTCCTGGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158323 GAAAGTGAAGACAAGGAAAACCTTCCCAAAAGGACATCTCCTGGTGGCTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CAAATTTACTTTCTCCCACTCTGCCAGTGCTGCTAATGGAACAAACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158373 CAAATTTACTTTCTCCCACTCTGCCAGTGCTGCTAATGGAACAAACAGTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AATCTGTAGTGGCTCAGATACCACCAGCAACTTCTAATGGATCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158423 AATCTGTAGTGGCTCAGATACCACCAGCAACTTCTAATGGATCCTCTTCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 AAAACCACAAACTTGCCTACGTCAGTAACAGCCACCAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 158473 AAAACCACAAACTTGCCTACGTCAGTAACAGCCACCAAGGTA...TAGGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 AAGTTTGGTTGGCTTAGTGGATTATCCAGATGATGAAGAGGAAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167282 AAGTTTGGTTGGCTTAGTGGATTATCCAGATGATGAAGAGGAAGATGAAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 AAGAAGAATCGTCCCCCAGGAAAAGACCTCGTCTTGGCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167332 AAGAAGAATCGTCCCCCAGGAAAAGACCTCGTCTTGGCTCA