seq1 = pF1KSDA1383.tfa, 2715 bp
seq2 = pF1KSDA1383/gi568815597f_232705450.tfa (gi568815597f:232705450_232908164), 202715 bp

>pF1KSDA1383 2715
>gi568815597f:232705450_232908164 (Chr1)

1-2715  (100001-102715)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTCGCTGTCCGAGCGGCTCTTCTCGCTGGAGCTGCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCTCGCTGTCCGAGCGGCTCTTCTCGCTGGAGCTGCTGGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGTGCGTTTGGAAGCCCGGCTGCTGCCGTCCCCCGCTGCCGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGTGCGTTTGGAAGCCCGGCTGCTGCCGTCCCCCGCTGCCGCAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGGAGGAGGAAGAGGAGGAAAAGGAGCAGGGGGAGGCCTCGTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGGAGGAGGAAGAGGAGGAAAAGGAGCAGGGGGAGGCCTCGTCGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGGTCTGTGCCCCGCCGTGGCCTTCCGCCTGCTGGACTTCCCCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCGGTCTGTGCCCCGCCGTGGCCTTCCGCCTGCTGGACTTCCCCACGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTGGTTTACCCTCCTGACGGCCCCGGCGCTCCCGCCGCCGAACCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTGGTTTACCCTCCTGACGGCCCCGGCGCTCCCGCCGCCGAACCGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGTGTCATCCGCTTCGGTCGCGGCAAGTCCTGCCTCTTCCGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGGTGTCATCCGCTTCGGTCGCGGCAAGTCCTGCCTCTTCCGCCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTGCTACCCTGCACTGCCGGCTCCTGCGGACCCCGCTTGCCACCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTGCTACCCTGCACTGCCGGCTCCTGCGGACCCCGCTTGCCACCTTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCAGCTGCCCCCTGGGCGCCCGACGCCCACCCCACAGCTCCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGCAGCTGCCCCCTGGGCGCCCGACGCCCACCCCACAGCTCCTGGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTGCGACATTTCGCTGGCCACCGCAGCGCACAGGGTCGTGGGGCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTGCGACATTTCGCTGGCCACCGCAGCGCACAGGGTCGTGGGGCCGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCTCCGGATGCTCCCACCGTCACCGGGGACGTTTCCCCCTGCATAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCTCCGGATGCTCCCACCGTCACCGGGGACGTTTCCCCCTGCATAATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTGGGCGAGCGGACTGGGGACATTGCACTGGCCTACCGCCTGACTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTGGGCGAGCGGACTGGGGACATTGCACTGGCCTACCGCCTGACTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGAAGCCGCCTGCTGAGCCAACTTGAGCGGCCCCTCACCTTCACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGAAGCCGCCTGCTGAGCCAACTTGAGCGGCCCCTCACCTTCACCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACAGGAGGAGGAGCGGAGGTCAGTCCCCAAACCCAGCAGGAAAGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACAGGAGGAGGAGCGGAGGTCAGTCCCCAAACCCAGCAGGAAAGACAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGCAGCAGCCAGCCTCACAGCCAAGCCCAAAAGAGGCTGATAAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGCAGCAGCCAGCCTCACAGCCAAGCCCAAAAGAGGCTGATAAGCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGGGGAGTTAGAAATCCCAGAGGCACAGAAGGATTTGAAGGAAATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGGGGAGTTAGAAATCCCAGAGGCACAGAAGGATTTGAAGGAAATGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAAAGTAAGGCCGAATGTGATAATGTGGGTTCTGTGGAGAATGGCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAAAGTAAGGCCGAATGTGATAATGTGGGTTCTGTGGAGAATGGCAAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAATTCTGTTGTTACATGTTCAGGTGCTGGCAATGGGAGAAATGTTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAATTCTGTTGTTACATGTTCAGGTGCTGGCAATGGGAGAAATGTTAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCTAAATGAGGAAGTCACAGAATTGGACATGGAGACCAATATATTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCTAAATGAGGAAGTCACAGAATTGGACATGGAGACCAATATATTTTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCTCCTCCTTTGTATTACACTAACTTGACCCAAGAAAAACCGCCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCTCCTCCTTTGTATTACACTAACTTGACCCAAGAAAAACCGCCCCCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ACAGGCTAAAATCACCATTGAGCCTCAAATGAATGCACCTGAGGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ACAGGCTAAAATCACCATTGAGCCTCAAATGAATGCACCTGAGGAAATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGATGCTTCTCCTGAAAAAAAGCGTGTAAATCCCCCAGCACACAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATGATGCTTCTCCTGAAAAAAAGCGTGTAAATCCCCCAGCACACAGGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGTCTAAAGCATCCAAGTTCTGCAGCACACGAACATCCTCCAATGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGTCTAAAGCATCCAAGTTCTGCAGCACACGAACATCCTCCAATGCTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AAATCCTCCACATATTCAGAATATAGGAGCAACTAATCAAACATGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AAATCCTCCACATATTCAGAATATAGGAGCAACTAATCAAACATGTCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTGAACAAAATCGAATTAATACAATAAGGCAGTTGCCTTTGTTAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CTGAACAAAATCGAATTAATACAATAAGGCAGTTGCCTTTGTTAAATGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTGTTAGTTGAGTTGTCCTTGTTATATGACCAACCTGTGACAAGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TTGTTAGTTGAGTTGTCCTTGTTATATGACCAACCTGTGACAAGTCCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TCATATACATCCTCACCTAGCCTGGTTATATAGGACTGAGGATAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TCATATACATCCTCACCTAGCCTGGTTATATAGGACTGAGGATAAGAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CACCCGAATCTTCTGCCAAATCCACATGCCGGTCTGAAGCCAAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CACCCGAATCTTCTGCCAAATCCACATGCCGGTCTGAAGCCAAGAAGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AAGCGTTCTGTGGGGGGATGTGAAAAGTCAGTGAGTCTTCAGTATAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AAGCGTTCTGTGGGGGGATGTGAAAAGTCAGTGAGTCTTCAGTATAAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GAACCAAATTGAAAACTATAAGGAAGATAAATATTCTGAAAAGAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GAACCAAATTGAAAACTATAAGGAAGATAAATATTCTGAAAAGAGCAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GTGCCCTCCATAAAAGAGTTCCAAAAGGGAGGCTACTTTATGGCTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GTGCCCTCCATAAAAGAGTTCCAAAAGGGAGGCTACTTTATGGCTTAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AATACACTAAGACTACGTTTAAAGCTGACAAATCCTGATATGTTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 AATACACTAAGACTACGTTTAAAGCTGACAAATCCTGATATGTTGGTGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 ACATGAAAAAAGAGAACTATATAGAAAAAGACAATCACAAATGTTGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 ACATGAAAAAAGAGAACTATATAGAAAAAGACAATCACAAATGTTGGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CAAAATTCAGAATTCCGTCATCCAAAGTTAAACTATTAAGCTCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CAAAATTCAGAATTCCGTCATCCAAAGTTAAACTATTAAGCTCTGCAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CAAAGTCAGAAGCCACAACTGCCTGAAGATAAGTATTTAGATTCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CAAAGTCAGAAGCCACAACTGCCTGAAGATAAGTATTTAGATTCAGATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 ATCTTTCACTGAAAATAGTGATACCTCAAGACAAATCAGTGGAGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 ATCTTTCACTGAAAATAGTGATACCTCAAGACAAATCAGTGGAGTTTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ATGAGCCCAGCACAAGTAAAGAAACTAAACTGAAATATGCAACTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ATGAGCCCAGCACAAGTAAAGAAACTAAACTGAAATATGCAACTGAAAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 AAGACAGTTGATTGTAGTAAAAATAGAATCAATAATGTTTCATTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 AAGACAGTTGATTGTAGTAAAAATAGAATCAATAATGTTTCATTGGAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 AGTTGTGAGTCCTGCAAATTCCATTATTCCAGAAAGGCTTACCCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 AGTTGTGAGTCCTGCAAATTCCATTATTCCAGAAAGGCTTACCCCTACAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 ATATTCTGGGAGGAAATGTGGAAATGAAAATCCAAAGTCCATGTGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 ATATTCTGGGAGGAAATGTGGAAATGAAAATCCAAAGTCCATGTGTTTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CAACAGGATGCTGTTGTTGACAGAATTGTAGATAAGGAAATAGATATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CAACAGGATGCTGTTGTTGACAGAATTGTAGATAAGGAAATAGATATTAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 ACAGGTCAAAACCACAGATAATGACATTCTTATGGCTGATATAAGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 ACAGGTCAAAACCACAGATAATGACATTCTTATGGCTGATATAAGTGACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 AGAGAACAGGTAAAAATAGTTGCTATGAAAACATCTCAGAACTGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 AGAGAACAGGTAAAAATAGTTGCTATGAAAACATCTCAGAACTGAAGTAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TCAGATGATTTGTCTAGCCCTTGCTATTCTGAAGATTTCTGTACCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 TCAGATGATTTGTCTAGCCCTTGCTATTCTGAAGATTTCTGTACCAGTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GGACACCAGCAGAAGTTTCAAAGCTCATGATAGCAGTTCAAGGACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GGACACCAGCAGAAGTTTCAAAGCTCATGATAGCAGTTCAAGGACAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 ATCCAAAACATAGTCAATATACAAGCAAGTCTAGTGACACAGGAGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 ATCCAAAACATAGTCAATATACAAGCAAGTCTAGTGACACAGGAGTGTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 AAAAAGAAAAATAGTAGTGACAGGAGTTCTATCCTTAGCCCACCTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 AAAAAGAAAAATAGTAGTGACAGGAGTTCTATCCTTAGCCCACCTTTTTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 AGCCGGGTCACCTGTACACTCATACAGAAAATTTCATATTTCAAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 AGCCGGGTCACCTGTACACTCATACAGAAAATTTCATATTTCAAAGACTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 AGGATAAAAGTTTGGAGGAAGCATCTAGTATCTCTGCTAGTGATTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 AGGATAAAAGTTTGGAGGAAGCATCTAGTATCTCTGCTAGTGATTTATCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 TCAACACATTGGACTGAACAAAAAGAAAACCAGATAGATCAAAATAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 TCAACACATTGGACTGAACAAAAAGAAAACCAGATAGATCAAAATAGTAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 GCACAATTCTGAAATTACAAAGAGAGCTCAAGACATCTCTGTTAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 GCACAATTCTGAAATTACAAAGAGAGCTCAAGACATCTCTGTTAAAACAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 GAAGTAGTTGGAAATCTTTAGAAAAAAGCCAGTCACCACAAACATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 GAAGTAGTTGGAAATCTTTAGAAAAAAGCCAGTCACCACAAACATCCCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 GTGAGTTCTTACCTGCCTTCAAATGTGTCCGAACTTAATGTCCTGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 GTGAGTTCTTACCTGCCTTCAAATGTGTCCGAACTTAATGTCCTGGATAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 CAGTACATCAGATCACTTTGAAGAAGGCAATGATGATGTTGGTTCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 CAGTACATCAGATCACTTTGAAGAAGGCAATGATGATGTTGGTTCACTAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2651 ATATTTCCAAGCAATGCAAAGATATTTGTGAATTAGTAATAAATAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 ATATTTCCAAGCAATGCAAAGATATTTGTGAATTAGTAATAAATAAACTT

   2700     .    :    .
   2701 CCAGGATACACAATG
        |||||||||||||||
 102701 CCAGGATACACAATG