seq1 = pF1KSDA1382.tfa, 1518 bp
seq2 = pF1KSDA1382/gi568815586r_46261114.tfa (gi568815586r:46261114_46471293), 210180 bp

>pF1KSDA1382 1518
>gi568815586r:46261114_46471293 (Chr12)

(complement)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-198  (100437-100518)   100% ->
199-314  (100667-100782)   100% ->
315-388  (103954-104027)   100% ->
389-481  (104126-104218)   100% ->
482-563  (104349-104430)   100% ->
564-646  (106105-106187)   100% ->
647-705  (106592-106650)   100% ->
706-873  (106738-106905)   100% ->
874-953  (107291-107370)   100% ->
954-1054  (107468-107568)   100% ->
1055-1179  (108149-108273)   100% ->
1180-1324  (108656-108800)   100% ->
1325-1422  (108913-109010)   100% ->
1423-1518  (110085-110180)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGGCCGAAATGGGACGATTCAGTATTTCCCCGGATGAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGGCCGAAATGGGACGATTCAGTATTTCCCCGGATGAAGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGCTACAGTTCCAACAGCGACTTCAACTACTCCTACCCCACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGCTACAGTTCCAACAGCGACTTCAACTACTCCTACCCCACCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCTGCTCTGAAAAG         CCATTATGCAGATGTAGATCCTGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCTGCTCTGAAAAGGTG...CAGCCATTATGCAGATGTAGATCCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCAGAACTTTTTACTTGAATCGAATTTGGGGAAGAAGAAGTATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100462 AACCAGAACTTTTTACTTGAATCGAATTTGGGGAAGAAGAAGTATGAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAATTT         CATCCAGGTACTACTTCCTTTGGAATGTCAGTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100512 AGAATTTGTA...TAGCATCCAGGTACTACTTCCTTTGGAATGTCAGTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAATCTGAGCAATGCGATTGTGGGCAGTGGAATCCTTGGGCTTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTAATCTGAGCAATGCGATTGTGGGCAGTGGAATCCTTGGGCTTTCTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCATGGCTAATACTGGAATTGCTCTTTTTAT         AATTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100751 GCCATGGCTAATACTGGAATTGCTCTTTTTATGTA...CAGAATTCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACATTTGTGTCAATATTTTCCCTGTATTCTGTTCATCTCCTTTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103963 GACATTTGTGTCAATATTTTCCCTGTATTCTGTTCATCTCCTTTTGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCCAATGAAGGAG         GGTCTTTATTATATGAACAATTGGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104013 CTGCCAATGAAGGAGGTA...TAGGGTCTTTATTATATGAACAATTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATAAGGCATTTGGATTAGTTGGAAAGCTTGCAGCATCTGGATCAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104152 TATAAGGCATTTGGATTAGTTGGAAAGCTTGCAGCATCTGGATCAATTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATGCAGAACATTGGAG         CTATGTCAAGCTACCTCTTCATAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104202 AATGCAGAACATTGGAGGTA...CAGCTATGTCAAGCTACCTCTTCATAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAATATGAGTTGCCTTTGGTGATCCAGGCATTAACGAACATTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104373 TGAAATATGAGTTGCCTTTGGTGATCCAGGCATTAACGAACATTGAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAACTGG         ATTGTGGTATCTGAACGGGAACTATTTGGTTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104423 AAAACTGGGTA...TAGATTGTGGTATCTGAACGGGAACTATTTGGTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTTGGTGTCATTGGTGGTCATTCTTCCTTTGTCGCTGTTTAGAAATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106138 GTTGGTGTCATTGGTGGTCATTCTTCCTTTGTCGCTGTTTAGAAATTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647          GATATTTGGGATATACCAGTGGCCTTTCCTTGTTGTGTATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106188 GTG...TAGGATATTTGGGATATACCAGTGGCCTTTCCTTGTTGTGTATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGTTCTTTCTGATTGTG         GTCATTTGCAAGAAATTTCAGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106633 GTGTTCTTTCTGATTGTGGTG...TAGGTCATTTGCAAGAAATTTCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TCCGTGTCCTGTGGAAGCTGCTTTGATAATTAACGAAACAATAAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106761 TCCGTGTCCTGTGGAAGCTGCTTTGATAATTAACGAAACAATAAACACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCTTAACACAGCCAACAGCTCTTGTACCTGCTTTGTCACATAACGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106811 CCTTAACACAGCCAACAGCTCTTGTACCTGCTTTGTCACATAACGTGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAAATGACTCTTGCAGACCTCACTATTTTATTTTCAACTCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106861 GAAAATGACTCTTGCAGACCTCACTATTTTATTTTCAACTCACAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874     ACTGTCTATGCTGTGCCAATTCTGATCTTTTCATTTGTCTGTCATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106911 .CAGACTGTCTATGCTGTGCCAATTCTGATCTTTTCATTTGTCTGTCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGCTGTTCTTCCCATCTATGAAGAACTGAAAGA         CCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107337 CTGCTGTTCTTCCCATCTATGAAGAACTGAAAGAGTG...TAGCCGCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CGTAGAAGAATGATGAATGTGTCCAAGATTTCATTTTTTGCTATGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107475 CGTAGAAGAATGATGAATGTGTCCAAGATTTCATTTTTTGCTATGTTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CATGTATCTGCTTGCCGCCCTCTTTGGATACCTAACATTTTACG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107525 CATGTATCTGCTTGCCGCCCTCTTTGGATACCTAACATTTTACGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055    AACATGTTGAGTCAGAATTGCTTCATACCTACTCTTCTATCTTGGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108146 TAGAACATGTTGAGTCAGAATTGCTTCATACCTACTCTTCTATCTTGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ACTGATATTCTTCTTCTCATTGTCCGTCTGGCTGTGTTAATGGCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108196 ACTGATATTCTTCTTCTCATTGTCCGTCTGGCTGTGTTAATGGCTGTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCTGACAGTACCAGTAGTTATTTTCCCA         ATCCGGAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108246 CCTGACAGTACCAGTAGTTATTTTCCCAGTA...CAGATCCGGAGTTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TAACTCACTTGTTGTGTGCATCAAAAGATTTCAGTTGGTGGCGTCATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108669 TAACTCACTTGTTGTGTGCATCAAAAGATTTCAGTTGGTGGCGTCATAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTCATTACAGTGTCTATCTTGGCATTTACCAATTTACTTGTCATCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108719 CTCATTACAGTGTCTATCTTGGCATTTACCAATTTACTTGTCATCTTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCCAACTATTAGGGATATCTTTGGTTTTATTG         GTGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108769 CCCAACTATTAGGGATATCTTTGGTTTTATTGGTA...CAGGTGCATCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CAGCTTCTATGTTGATTTTTATTCTTCCTTCTGCCTTCTATATCAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108922 CAGCTTCTATGTTGATTTTTATTCTTCCTTCTGCCTTCTATATCAAGTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTGAAGAAAGAACCTATGAAATCTGTACAAAAGATTGGG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108972 GTGAAGAAAGAACCTATGAAATCTGTACAAAAGATTGGGGTG...CAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TTTGTTCTTCCTGTTAAGTGGTGTACTGGTGATGACCGGAAGCATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110087 TTTGTTCTTCCTGTTAAGTGGTGTACTGGTGATGACCGGAAGCATGGCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGATTGTTTTGGATTGGGTACACAATGCACCTGGAGGTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110137 TGATTGTTTTGGATTGGGTACACAATGCACCTGGAGGTGGCCAT