seq1 = pF1KSDA1368.tfa, 3141 bp
seq2 = pF1KSDA1368/gi568815593r_116346616.tfa (gi568815593r:116346616_116604944), 258329 bp

>pF1KSDA1368 3141
>gi568815593r:116346616_116604944 (Chr5)

(complement)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-218  (102618-102735)   100% ->
219-279  (107558-107618)   100% ->
280-342  (108632-108694)   100% ->
343-444  (109431-109532)   100% ->
445-535  (113115-113205)   100% ->
536-655  (115938-116057)   100% ->
656-744  (116749-116837)   100% ->
745-962  (117979-118196)   100% ->
963-1094  (122370-122501)   100% ->
1095-1250  (124668-124823)   100% ->
1251-1427  (126227-126403)   100% ->
1428-1568  (126791-126931)   100% ->
1569-1649  (127019-127099)   100% ->
1650-1708  (129342-129400)   100% ->
1709-1729  (131852-131872)   100% ->
1730-1780  (132010-132060)   100% ->
1781-1945  (137198-137362)   100% ->
1946-3141  (157134-158329)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTCAGAAGCCTTGCTGCTATATTTCACACTGCTACACTTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGTCAGAAGCCTTGCTGCTATATTTCACACTGCTACACTTTGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGGTTTCCCAGAAGATTCTGAGCCAATCAGTATTTCGCATGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGGTTTCCCAGAAGATTCTGAGCCAATCAGTATTTCGCATGGCAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          ATACAAAACAGTATCCGGTGTTTGTGGGCCACAAGCCAGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGATACAAAACAGTATCCGGTGTTTGTGGGCCACAAGCCAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGAACACCACACAGAGGCACAGGCTGGACATCCAGATGATTATGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102659 CGGAACACCACACAGAGGCACAGGCTGGACATCCAGATGATTATGATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACGGAACCCTCTACATTGCTGCTAG         GGACCATATTTATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102709 GAACGGAACCCTCTACATTGCTGCTAGGTA...TAGGGACCATATTTATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTTGATATAGACACATCACACACGGAAGAAATTTATTGTAGCAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107572 CTGTTGATATAGACACATCACACACGGAAGAAATTTATTGTAGCAAAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       AAACTGACATGGAAATCTAGACAGGCCGATGTAGACACATGCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107622 ...CAGAAACTGACATGGAAATCTAGACAGGCCGATGTAGACACATGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATGAAGGGAAAACATAAG         GATGAGTGCCACAACTTTATTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108676 AATGAAGGGAAAACATAAGGTA...CAGGATGAGTGCCACAACTTTATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGTTCTTCTAAAGAAAAACGATGATGCATTGTTTGTCTGTGGAACTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109453 AAGTTCTTCTAAAGAAAAACGATGATGCATTGTTTGTCTGTGGAACTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTTCAACCCTTCCTGCAGAAACTATAAG         ATGGATACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109503 GCCTTCAACCCTTCCTGCAGAAACTATAAGGTA...TAGATGGATACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGAACCATTCGGGGATGAATTCAGCGGAATGGCCAGATGCCCATATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113126 GGAACCATTCGGGGATGAATTCAGCGGAATGGCCAGATGCCCATATGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAAACATGCCAACGTTGCACTGTTTGCAG         ATGGAAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113176 CCAAACATGCCAACGTTGCACTGTTTGCAGGTA...AAGATGGAAAACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TACTCAGCCACAGTGACTGACTTCCTTGCCATTGACGCAGTCATTTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115949 TACTCAGCCACAGTGACTGACTTCCTTGCCATTGACGCAGTCATTTACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAGTCTTGGAGAAAGCCCTACCCTGCGGACCGTCAAGCACGATTCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115999 GAGTCTTGGAGAAAGCCCTACCCTGCGGACCGTCAAGCACGATTCAAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGTTGAAAG         AACCATACTTTGTTCAAGCCGTGGATTACGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116049 GGTTGAAAGGTG...CAGAACCATACTTTGTTCAAGCCGTGGATTACGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATTATATCTACTTCTTCTTCAGGGAAATAGCAGTGGAGTATAACACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116781 GATTATATCTACTTCTTCTTCAGGGAAATAGCAGTGGAGTATAACACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGAAAG         GTAGTTTTCCCAAGAGTGGCTCAGGTTTGTAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116831 GGGAAAGGTA...CAGGTAGTTTTCCCAAGAGTGGCTCAGGTTTGTAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGATATGGGAGGATCTCAAAGAGTCCTGGAGAAACAGTGGACGTCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118013 ATGATATGGGAGGATCTCAAAGAGTCCTGGAGAAACAGTGGACGTCGTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGAAGGCGCGCTTGAACTGCTCAGTTCCTGGAGACTCTCATTTTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118063 CTGAAGGCGCGCTTGAACTGCTCAGTTCCTGGAGACTCTCATTTTTATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAACATTCTCCAGGCAGTTACAGATGTGATTCGTATCAACGGGCGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118113 CAACATTCTCCAGGCAGTTACAGATGTGATTCGTATCAACGGGCGTGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGTCCTGGCAACGTTTTCTACACCTTATAACAG         CATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118163 TTGTCCTGGCAACGTTTTCTACACCTTATAACAGGTA...TAGCATCCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGGTCTGCAGTCTGTGCCTATGACATGCTTGACATTGCCAGTGTTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122377 GGGTCTGCAGTCTGTGCCTATGACATGCTTGACATTGCCAGTGTTTTTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGGAGATTCAAGGAACAGAAGTCTCCTGATTCCACCTGGACACCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122427 TGGGAGATTCAAGGAACAGAAGTCTCCTGATTCCACCTGGACACCAGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGATGAACGAGTTCCTAAGCCCAG         GCCAGGTTGCTGTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122477 CTGATGAACGAGTTCCTAAGCCCAGGTA...TAGGCCAGGTTGCTGTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGCTCATCCTCCTTAGAAAGATATGCAACCTCCAATGAGTTCCCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124684 GGCTCATCCTCCTTAGAAAGATATGCAACCTCCAATGAGTTCCCTGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TACCCTGAACTTCATCAAGACGCACCCGCTCATGGATGAGGCAGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124734 TACCCTGAACTTCATCAAGACGCACCCGCTCATGGATGAGGCAGTGCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCATCTTCAACAGGCCATGGTTCCTGAGAACAATGGTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124784 CCATCTTCAACAGGCCATGGTTCCTGAGAACAATGGTCAGGTG...TAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TACCGCCTTACCAAAATTGCAGTGGACACAGCTGCTGGGCCATATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126228 TACCGCCTTACCAAAATTGCAGTGGACACAGCTGCTGGGCCATATCAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TCACACTGTGGTTTTTCTGGGATCAGAGAAGGGAATCATCTTGAAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126278 TCACACTGTGGTTTTTCTGGGATCAGAGAAGGGAATCATCTTGAAGTTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGCCAGAATAGGAAATAGTGGTTTTCTAAATGACAGCCTTTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126328 TGGCCAGAATAGGAAATAGTGGTTTTCTAAATGACAGCCTTTTCCTGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGATGAGTGTTTACAACTCTGAAAA         ATGCAGCTATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126378 GAGATGAGTGTTTACAACTCTGAAAAGTA...TAGATGCAGCTATGATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGTCGAAGACAAAAGGATCATGGGCATGCAGCTGGACAGAGCAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126806 AGTCGAAGACAAAAGGATCATGGGCATGCAGCTGGACAGAGCAAGCAGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTCTGTATGTTGCGTTCTCTACCTGTGTGATAAAGGTTCCCCTTGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126856 CTCTGTATGTTGCGTTCTCTACCTGTGTGATAAAGGTTCCCCTTGGCCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TGTGAACGACATGGGAAGTGTAAAAA         AACCTGTATTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126906 TGTGAACGACATGGGAAGTGTAAAAAGTA...CAGAACCTGTATTGCCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAGAGACCCATATTGTGGATGGATAAAGGAAGGTGGTGCCTGCAGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127034 CAGAGACCCATATTGTGGATGGATAAAGGAAGGTGGTGCCTGCAGCCATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TATCACCCAACAGCAG         ACTGACTTTTGAGCAGGACATAGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127084 TATCACCCAACAGCAGGTA...AAGACTGACTTTTGAGCAGGACATAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CGTGGCAATACAGATGGTCTGGGGGACTGTCACA         ATTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129367 CGTGGCAATACAGATGGTCTGGGGGACTGTCACAGTA...CAGATTCCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGTGGCACTGAATG         ACATTTCAACTCCTCTACCAGATAATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 131859 TGTGGCACTGAATGGTA...TAGACATTTCAACTCCTCTACCAGATAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AAATGTCTTACAACACAGTGTATG         GGCATTCCAGTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 132037 AAATGTCTTACAACACAGTGTATGGTC...CAGGGCATTCCAGTTCCCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 TTGCCCAGCACAACCACATCAGATTCGACGGCTCAAGAGGGGTATGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137215 TTGCCCAGCACAACCACATCAGATTCGACGGCTCAAGAGGGGTATGAGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 TAGGGGAGGAATGCTGGACTGGAAGCATCTGCTTGACTCACCTGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137265 TAGGGGAGGAATGCTGGACTGGAAGCATCTGCTTGACTCACCTGACAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CAGACCCTTTGGGGGCAGTGTCTTCCCATAATCACCAAGACAAGAAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 137315 CAGACCCTTTGGGGGCAGTGTCTTCCCATAATCACCAAGACAAGAAGGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946        GAGTGATTCGGGAAAGTTACCTCAAAGGCCACGACCAGCTGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137365 A...CAGGAGTGATTCGGGAAAGTTACCTCAAAGGCCACGACCAGCTGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 TCCCGTCACCCTCTTGGCCATTGCAGTCATCCTGGCTTTCGTCATGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157177 TCCCGTCACCCTCTTGGCCATTGCAGTCATCCTGGCTTTCGTCATGGGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CCGTCTTCTCGGGCATCACCGTCTACTGCGTCTGTGATCATCGGCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157227 CCGTCTTCTCGGGCATCACCGTCTACTGCGTCTGTGATCATCGGCGCAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GACGTGGCTGTGGTGCAGCGCAAGGAGAAGGAGCTCACCCACTCGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157277 GACGTGGCTGTGGTGCAGCGCAAGGAGAAGGAGCTCACCCACTCGCGCCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 GGGCTCCATGAGCAGCGTCACCAAGCTCAGCGGCCTCTTTGGGGACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157327 GGGCTCCATGAGCAGCGTCACCAAGCTCAGCGGCCTCTTTGGGGACACTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AATCCAAAGACCCAAAGCCGGAGGCCATCCTCACGCCACTCATGCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157377 AATCCAAAGACCCAAAGCCGGAGGCCATCCTCACGCCACTCATGCACAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GGCAAGCTCGCCACTCCCGGCAACACGGCCAAGATGCTCATTAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157427 GGCAAGCTCGCCACTCCCGGCAACACGGCCAAGATGCTCATTAAAGCAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CCAGCACCACCTGGACCTGACGGCCCTCCCCACCCCAGAGTCAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157477 CCAGCACCACCTGGACCTGACGGCCCTCCCCACCCCAGAGTCAACCCCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CGCTGCAGCAGAAGCGGAAGCCCAGCCGCGGCAGCCGCGAGTGGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157527 CGCTGCAGCAGAAGCGGAAGCCCAGCCGCGGCAGCCGCGAGTGGGAGAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 AACCAGAACCTCATCAATGCCTGCACAAAGGACATGCCCCCCATGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157577 AACCAGAACCTCATCAATGCCTGCACAAAGGACATGCCCCCCATGGGCTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 CCCTGTGATTCCCACGGACCTGCCCCTGCGGGCCTCCCCCAGCCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157627 CCCTGTGATTCCCACGGACCTGCCCCTGCGGGCCTCCCCCAGCCACATCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CCAGCGTGGTGGTCCTGCCCATCACGCAGCAGGGCTACCAGCATGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157677 CCAGCGTGGTGGTCCTGCCCATCACGCAGCAGGGCTACCAGCATGAGTAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 GTGGACCAGCCCAAAATGAGCGAGGTGGCCCAGATGGCGCTGGAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157727 GTGGACCAGCCCAAAATGAGCGAGGTGGCCCAGATGGCGCTGGAGGACCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 GGCCGCCACACTGGAGTATAAGACCATCAAGGAACATCTCAGCAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157777 GGCCGCCACACTGGAGTATAAGACCATCAAGGAACATCTCAGCAGCAAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 GTCCCAACCATGGGGTGAACCTTGTGGAGAACCTGGACAGCCTGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157827 GTCCCAACCATGGGGTGAACCTTGTGGAGAACCTGGACAGCCTGCCCCCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 AAAGTTCCACAGCGGGAGGCCTCCCTGGGTCCCCCGGGAGCCTCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157877 AAAGTTCCACAGCGGGAGGCCTCCCTGGGTCCCCCGGGAGCCTCCCTGTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 TCAGACCGGTCTAAGCAAGCGGCTGGAAATGCACCACTCCTCTTCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157927 TCAGACCGGTCTAAGCAAGCGGCTGGAAATGCACCACTCCTCTTCCTACG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 GGGTTGACTATAAGAGGAGCTACCCCACGAACTCGCTCACGAGAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157977 GGGTTGACTATAAGAGGAGCTACCCCACGAACTCGCTCACGAGAAGCCAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 CAGGCCACCACTCTCAAAAGAAACAACACTAACTCCTCCAATTCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158027 CAGGCCACCACTCTCAAAAGAAACAACACTAACTCCTCCAATTCCTCTCA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 CCTCTCCAGAAACCAGAGCTTTGGCAGGGGAGACAACCCGCCGCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158077 CCTCTCCAGAAACCAGAGCTTTGGCAGGGGAGACAACCCGCCGCCCGCCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2939 CGCAGAGGGTGGACTCCATCCAGGTGCACAGCTCCCAGCCATCTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158127 CGCAGAGGGTGGACTCCATCCAGGTGCACAGCTCCCAGCCATCTGGCCAG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2989 GCCGTGACTGTCTCGAGGCAGCCCAGCCTCAACGCCTACAACTCACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158177 GCCGTGACTGTCTCGAGGCAGCCCAGCCTCAACGCCTACAACTCACTGAC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3039 AAGGTCGGGGCTGAAGCGTACGCCCTCGCTAAAGCCGGACGTACCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158227 AAGGTCGGGGCTGAAGCGTACGCCCTCGCTAAAGCCGGACGTACCCCCCA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3089 AACCATCCTTTGCTCCCCTTTCCACATCCATGAAGCCCAATGATGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158277 AACCATCCTTTGCTCCCCTTTCCACATCCATGAAGCCCAATGATGCGTGT

   3300 
   3139 ACA
        |||
 158327 ACA