seq1 = pF1KSDA1363.tfa, 1224 bp
seq2 = pF1KSDA1363/gi568815595r_172533478.tfa (gi568815595r:172533478_172810984), 277507 bp

>pF1KSDA1363 1224
>gi568815595r:172533478_172810984 (Chr3)

(complement)

1-138  (100001-100138)   99% ->
139-367  (162871-163099)   100% ->
368-437  (165293-165362)   100% ->
438-609  (174898-175069)   100% ->
610-1224  (176893-177507)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTCGTCCTGTGTCCTGCTCACCGCCCTGGTGGCGCTGGCCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100001 ATGAGGTCGTCCTGTGTCCTGCTCACCGCCCTGGTGGCGCTGGCCGCCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTACGTCTACATCCCGCTGCCTGGCTCCGTGTCCGACCCCTGGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTACGTCTACATCCCGCTGCCTGGCTCCGTGTCCGACCCCTGGAAGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCTGGACGCCACTTTCCGGGGTGCACAGCAAGTG         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TGCTGCTGGACGCCACTTTCCGGGGTGCACAGCAAGTGGTG...CAGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCTGATCCACTACCTGGGACTGAGCCATCACCTGCTGGCACTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162874 AACCTGATCCACTACCTGGGACTGAGCCATCACCTGCTGGCACTGAATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATCATTGTTTCTTTTGGCAAAAAAAGCGCGTGGTCTTCTGCCCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162924 TATCATTGTTTCTTTTGGCAAAAAAAGCGCGTGGTCTTCTGCCCAAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTGACCGACACAGACTTTGATGGTGTGGAAGTCAGAGTGTTTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162974 AGGTGACCGACACAGACTTTGATGGTGTGGAAGTCAGAGTGTTTGAAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTCCGAAGCCCGAAGAGCCACTGAAACGCAGCGTCGTTTATATCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163024 CCTCCGAAGCCCGAAGAGCCACTGAAACGCAGCGTCGTTTATATCCACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGAGGCTGGGCCTTGGCAAGTGCAA         AAATCAGGTATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 163074 AGGAGGCTGGGCCTTGGCAAGTGCAAGTG...TAGAAATCAGGTATTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGAGCTGTGTACAGCAATGGCTGAGGAATTGAATGCTGTCATTGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165308 ATGAGCTGTGTACAGCAATGGCTGAGGAATTGAATGCTGTCATTGTTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGA         ATACAGGCTAGTTCCAAAGGTTTATTTTCCTGAGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165358 ATTGAGTA...CAGATACAGGCTAGTTCCAAAGGTTTATTTTCCTGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATTCATGATGTTGTACGGGCCACAAAGTATTTCCTGAAGCCAGAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174934 AATTCATGATGTTGTACGGGCCACAAAGTATTTCCTGAAGCCAGAAGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TACAGAAGTATATGGTTGATCCAGGCAGAATTTGCATTTCTGGTGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174984 TACAGAAGTATATGGTTGATCCAGGCAGAATTTGCATTTCTGGTGACAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGGTGGAAATCTGGCTGCTGCCCTTGGACAACAG         TTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 175034 GCTGGTGGAAATCTGGCTGCTGCCCTTGGACAACAGGTA...TAGTTTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAAGATGCCAGCCTAAAAAATAAGCTCAAACTACAAGCTTTAATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176898 TCAAGATGCCAGCCTAAAAAATAAGCTCAAACTACAAGCTTTAATTTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGTTCTTCAAGCTTTAGATTTTAACACACCATCTTATCAGCAAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176948 CAGTTCTTCAAGCTTTAGATTTTAACACACCATCTTATCAGCAAAATGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACACCCCAATCCTGCCCCGCTATGTCATGGTGAAGTATTGGGTGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176998 AACACCCCAATCCTGCCCCGCTATGTCATGGTGAAGTATTGGGTGGACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTCAAAGGCAACTATGACTTTGTGCAGGCAATGATCGTTAACAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177048 CTTCAAAGGCAACTATGACTTTGTGCAGGCAATGATCGTTAACAATCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTTCACTTGATGTGGAAGAGGCTGCTGCTGTCAGGGCCCGTCTAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177098 CTTCACTTGATGTGGAAGAGGCTGCTGCTGTCAGGGCCCGTCTAAACTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACATCCCTCTTGCCTGCATCCTTCACAAAGAACTACAAGCCTGTTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177148 ACATCCCTCTTGCCTGCATCCTTCACAAAGAACTACAAGCCTGTTGTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACCACAGGCAATGCCAGGATTGTCCAGGAGCTTCCTCAGTTGCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177198 GACCACAGGCAATGCCAGGATTGTCCAGGAGCTTCCTCAGTTGCTGGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCCGCTCCGCCCCACTCATTGCAGACCAGGCAGTGCTGCAGCTCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177248 CCCGCTCCGCCCCACTCATTGCAGACCAGGCAGTGCTGCAGCTCCTCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGACCTACATTCTGACGTGTGAGCATGATGTCCTCAGAGACGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177298 AAGACCTACATTCTGACGTGTGAGCATGATGTCCTCAGAGACGATGGCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CATGTATGCCAAGCGTTTGGAGAGTGCCGGTGTGGAGGTGACCCTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177348 CATGTATGCCAAGCGTTTGGAGAGTGCCGGTGTGGAGGTGACCCTGGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACTTTGAGGATGGCTTTCACGGATGTATGATTTTCACTAGCTGGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177398 ACTTTGAGGATGGCTTTCACGGATGTATGATTTTCACTAGCTGGCCCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AACTTCTCAGTGGGAATCCGGACTAGGAATAGTTACATCAAGTGGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177448 AACTTCTCAGTGGGAATCCGGACTAGGAATAGTTACATCAAGTGGCTAGA

   1250     .    :
   1215 TCAAAACCTG
        ||||||||||
 177498 TCAAAACCTG