seq1 = pF1KSDA1360.tfa, 2382 bp
seq2 = pF1KSDA1360/gi568815586f_100198130.tfa (gi568815586f:100198130_100439169), 241040 bp

>pF1KSDA1360 2382
>gi568815586f:100198130_100439169 (Chr12)

8-63  (99993-100046)   92% ->
64-213  (112915-113064)   100% ->
214-435  (114303-114524)   100% ->
436-552  (115293-115409)   100% ->
553-678  (116360-116485)   100% ->
679-862  (117429-117609)   97% ->
863-990  (119672-119796)   97% ->
991-1104  (125396-125509)   100% ->
1105-1237  (128493-128625)   100% ->
1238-1356  (131072-131190)   100% ->
1357-1457  (136037-136137)   100% ->
1458-1524  (137496-137562)   100% ->
1525-1620  (137682-137777)   100% ->
1621-1740  (139258-139377)   100% ->
1741-2382  (140399-141040)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 GAGATATAGGGGATTATAAACTTTATGATGTAGAAACCAAATATGGTTTG
        || ||-|| ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99993 GACAT TAAGG ATTATAAACTTTATGATGTAGAAACCAAATATGGTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 CTTCAG         GTTTCTGAAGGATTGTCATTCTTGCATAGCAGTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100041 CTTCAGGTA...CAGGTTTCTGAAGGATTGTCATTCTTGCATAGCAGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99 GAAAATGGTGCATGGAAATATCACTCCTGAAAATATAATTTTGAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112950 GAAAATGGTGCATGGAAATATCACTCCTGAAAATATAATTTTGAATAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 GTGGAGCCTGGAAAATAATGGGTTTTGATTTTTGTGTATCATCAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113000 GTGGAGCCTGGAAAATAATGGGTTTTGATTTTTGTGTATCATCAACCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 CCTTCTGAACAAGAG         CCTAAATTTCCTTGTAAAGAATGGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113050 CCTTCTGAACAAGAGGTA...CAGCCTAAATTTCCTTGTAAAGAATGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 CCCAAATTTACCTTCATTGTGTCTTCCAAATCCTGAATATTTGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114329 CCCAAATTTACCTTCATTGTGTCTTCCAAATCCTGAATATTTGGCTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 AATACATACTTTCTGTGAGCTGTGAAACAGCCAGTGATATGTATTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114379 AATACATACTTTCTGTGAGCTGTGAAACAGCCAGTGATATGTATTCTTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 GGAACTGTTATGTATGCTGTATTTAATAAAGGGAAACCTATATTTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114429 GGAACTGTTATGTATGCTGTATTTAATAAAGGGAAACCTATATTTGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390 CAACAAGCAAGATATTTACAAGAGTTTCAGTAGGCAGTTGGATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114479 CAACAAGCAAGATATTTACAAGAGTTTCAGTAGGCAGTTGGATCAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436      TTGAGTCGTTTAGGATCTAGTTCACTTACAAATATACCTGAGGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114529 ..TAGTTGAGTCGTTTAGGATCTAGTTCACTTACAAATATACCTGAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481 GTTCGTGAACATGTAAAGCTACTGTTAAATGTAACTCCGACTGTAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115338 GTTCGTGAACATGTAAAGCTACTGTTAAATGTAACTCCGACTGTAAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    531 AGATGCAGATCAAATGACAAAG         ATTCCCTTCTTTGATGATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 115388 AGATGCAGATCAAATGACAAAGGTG...TAGATTCCCTTCTTTGATGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572 TTGGTGCAGTAACACTGCAATATTTTGATACCTTATTCCAAAGAGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116379 TTGGTGCAGTAACACTGCAATATTTTGATACCTTATTCCAAAGAGATAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622 CTTCAGAAATCACAGTTTTTCAAAGGACTGCCAAAGGTTCTACCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116429 CTTCAGAAATCACAGTTTTTCAAAGGACTGCCAAAGGTTCTACCAAAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672 GCCCAAG         CGTGTCATTGTGCAGAGAATTTTGCCTTGTTTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116479 GCCCAAGGTT...CAGCGTGTCATTGTGCAGAGAATTTTGCCTTGTTTGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713 CTTCAGAATTTGTAAACCCTGACATGGTACCTTTTGTTTTGCCCAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117463 CTTCAGAATTTGTAAACCCTGACATGGTACCTTTTGTTTTGCCCAATGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    763 CTACTTATTGCTGAGGAATGCACCAAAGAAGAATATGTCAAATTAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117513 CTACTTATTGCTGAGGAATGCACCAAAGAAGAATATGTCAAATTAATTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    813 TCCTGAACTTGGCCCTGTGTTTAAGCAGCAGGAGCCAATCCAGGCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|| --
 117563 TCCTGAACTTGGCCCTGTGTTTAAGCAGCAGGAGCCAATCCAGG TAT  

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    863          ACATGATTTTGTTAATTTTCCTACAAAAAATGGATTTGCTA
        >>>...>>>--|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117610 GTT...AAC  A GATTTTGTTAATTTTCCTACAAAAAATGGATTTGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904 CTAACCAAAACCCCTCCTGATGAGATAAAGAACAGTGTTCTACCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119710 CTAACCAAAACCCCTCCTGATGAGATAAAGAACAGTGTTCTACCCATGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    954 TTACAGAGCACTAGAAGCTCCTTCCATTCAGATCCAG         GAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119760 TTACAGAGCACTAGAAGCTCCTTCCATTCAGATCCAGGTA...TAGGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995 TCTGTCTAAACATCATTCCAACCTTTGCAAATCTTATAGACTACCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125400 TCTGTCTAAACATCATTCCAACCTTTGCAAATCTTATAGACTACCCATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045 ATGAAAAACGCTTTGATACCAAGAATTAAAAATGCTTGTCTACAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125450 ATGAAAAACGCTTTGATACCAAGAATTAAAAATGCTTGTCTACAAACATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1095 TTCCCTTGCG         GTTCGTGTAAATTCATTAGTGTGCTTAGGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125500 TTCCCTTGCGGTA...TAGGTTCGTGTAAATTCATTAGTGTGCTTAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 AGATTTTGGAATACTTGGATAAGTGGTTTGTACTTGATGATATCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128524 AGATTTTGGAATACTTGGATAAGTGGTTTGTACTTGATGATATCCTACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 TTCTTACAACAAATTCCATCCAAGGAACCTGCGGTCCTCATGGGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128574 TTCTTACAACAAATTCCATCCAAGGAACCTGCGGTCCTCATGGGAATTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1236 AG         GTATTTACAAATGTACTTTTACTCATAAGAAGTTGGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128624 AGGTA...CAGGTATTTACAAATGTACTTTTACTCATAAGAAGTTGGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277 TCACCAAAGAGCAGCTGGCCGGAAAAGTGTTGCCTCATCTTATTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131111 TCACCAAAGAGCAGCTGGCCGGAAAAGTGTTGCCTCATCTTATTCCCCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327 AGTATTGAAAACAATCTTAATCTTAATCAG         TTCAATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131161 AGTATTGAAAACAATCTTAATCTTAATCAGGTA...CAGTTCAATTCTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368 CATTTCCGTCATAAAAGAAATGCTTAATAGATTGGAGTCTGAACATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136048 CATTTCCGTCATAAAAGAAATGCTTAATAGATTGGAGTCTGAACATAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418 CTAAACTGGAGCAACTTCATATAATGCAAGAACAGCAGAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 136098 CTAAACTGGAGCAACTTCATATAATGCAAGAACAGCAGAAGTA...CAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1459 TCTTTGGATATAGGAAATCAAATGAATGTTTCTGAGGAGATGAAAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137497 TCTTTGGATATAGGAAATCAAATGAATGTTTCTGAGGAGATGAAAGTTAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1509 AAATATTGGGAATCAG         CAAATTGACAAAGTTTTTAACAACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 137547 AAATATTGGGAATCAGGTA...CAGCAAATTGACAAAGTTTTTAACAACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550 TTGGAGCAGACCTTCTGACTGGCAGTGAGTCCGAAAATAAAGAGGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137707 TTGGAGCAGACCTTCTGACTGGCAGTGAGTCCGAAAATAAAGAGGACGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 TTACAGAATAAACATAAAAGA         GCATCACTTACACTTGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137757 TTACAGAATAAACATAAAAGAGTG...AAGGCATCACTTACACTTGAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1641 AAAACAAAAATTAGCAAAAGAACAAGAGCAGGCACAGAAGCTGAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139278 AAAACAAAAATTAGCAAAAGAACAAGAGCAGGCACAGAAGCTGAAAAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691 AGCAGCCTCTTAAACCCCAAGTGCACACACCTGTTGCTACTGTTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139328 AGCAGCCTCTTAAACCCCAAGTGCACACACCTGTTGCTACTGTTAAACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741          ACTAAGGACTTGACAGACACACTGATGGATAATATGTCATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139378 GTC...CAGACTAAGGACTTGACAGACACACTGATGGATAATATGTCATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1782 CTTGACCAGCCTTTCTGTTAGTACCCCTAAATCTTCTGCTTCAAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140440 CTTGACCAGCCTTTCTGTTAGTACCCCTAAATCTTCTGCTTCAAGTACTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1832 TCACTTCTGTTCCTTCCATGGGCATTGGTATGATGTTTTCTACACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140490 TCACTTCTGTTCCTTCCATGGGCATTGGTATGATGTTTTCTACACCAACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1882 GATAATACAAAGAGAAATTTGACAAATGGCCTAAATGCCAATATGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140540 GATAATACAAAGAGAAATTTGACAAATGGCCTAAATGCCAATATGGGCTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1932 TCAGACTTCAGGATTCAACATGCCCGTTAATACAAACCAGAACTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140590 TCAGACTTCAGGATTCAACATGCCCGTTAATACAAACCAGAACTTCTACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1982 GTAGTCCAAGCACAGTTGGAGTGACCAAGATGACTCTGGGAACACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140640 GTAGTCCAAGCACAGTTGGAGTGACCAAGATGACTCTGGGAACACCTCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2032 ACTTTGCCAAACTTCAATGCTTTGAGTGTTCCTCCTGCTGGTGCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140690 ACTTTGCCAAACTTCAATGCTTTGAGTGTTCCTCCTGCTGGTGCAAAGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2082 GACCCAACAAAGACCCACAGATATGTCTGCCCTTAATAATCTCTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140740 GACCCAACAAAGACCCACAGATATGTCTGCCCTTAATAATCTCTTTGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2132 CTCAGAAACCCAAAGTTAGCATGAACCAGTTATCACAACAGAAACCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140790 CTCAGAAACCCAAAGTTAGCATGAACCAGTTATCACAACAGAAACCAAAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2182 CAGTGGCTTAATCAGTTTGTACCTCCTCAAGGTTCTCCAACTATGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140840 CAGTGGCTTAATCAGTTTGTACCTCCTCAAGGTTCTCCAACTATGGGCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2232 TTCAGTAATGGGGACACAGATGAACGTGATAGGACAATCTGCTTTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140890 TTCAGTAATGGGGACACAGATGAACGTGATAGGACAATCTGCTTTTGGTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2282 TGCAGGGTAATCCTTTCTTTAACCCACAGAACTTTGCACAGCCACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140940 TGCAGGGTAATCCTTTCTTTAACCCACAGAACTTTGCACAGCCACCAACT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2332 ACTATGACCAATAGCAGTTCAGCTAGCAATGATTTAAAAGATCTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140990 ACTATGACCAATAGCAGTTCAGCTAGCAATGATTTAAAAGATCTTTTTGG

   2500 
   2382 G
        |
 141040 G