seq1 = pF1KSDA1348.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KSDA1348/gi568815582f_66784285.tfa (gi568815582f:66784285_66985871), 201587 bp

>pF1KSDA1348 1587
>gi568815582f:66784285_66985871 (Chr16)

1-1587  (100001-101587)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAGTACTGTGTCCTACTGGATCTTAAATTCTACAAGGAACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAGTACTGTGTCCTACTGGATCTTAAATTCTACAAGGAACAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCACATTGCAAGGGGGTAGACGCTTATACTCCAGGTATGTCTCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCACATTGCAAGGGGGTAGACGCTTATACTCCAGGTATGTCTCAAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAATAAATTAAAATGGAGGCTCTTTTCCCGGGTGCCACCCACCCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAATAAATTAAAATGGAGGCTCTTTTCCCGGGTGCCACCCACCCTAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTTCCCCATGTGGTGGCTTTACTCTGTGCAAAGCCTACAGACACACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTTCCCCATGTGGTGGCTTTACTCTGTGCAAAGCCTACAGACACACATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACAGAGGAAGATGATTTTCACTTGCAACTCAGCCCTGAGCAGATAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACAGAGGAAGATGATTTTCACTTGCAACTCAGCCCTGAGCAGATAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGTGCTTCGAGCTGGCGAGACAACCCACAAGATTCTTGACCTTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGTGCTTCGAGCTGGCGAGACAACCCACAAGATTCTTGACCTTGAAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGAGTCCCAAATTCAGTGTTGCGGTTTGAGAGCAACCAGCTGGCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGAGTCCCAAATTCAGTGTTGCGGTTTGAGAGCAACCAGCTGGCTGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCCCCAGTGGAGGACCGGCGAGGTGTAGCCTCCTGCCTGCAAACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCCCCAGTGGAGGACCGGCGAGGTGTAGCCTCCTGCCTGCAAACCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GACTGATGTTTGGCATCTTCGATGGACATGGTGGTCATGCATGTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GACTGATGTTTGGCATCTTCGATGGACATGGTGGTCATGCATGTGCCCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCAGTGAGCGAGAGGCTCTTCTACTATGTGGCAGTGTCCCTGATGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCAGTGAGCGAGAGGCTCTTCTACTATGTGGCAGTGTCCCTGATGTCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAGACCCTGGAGCACATGGAGGGAGCTATGGAAAGCATGAAACCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCAGACCCTGGAGCACATGGAGGGAGCTATGGAAAGCATGAAACCCTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCCCATCCTGCATTGGCTCAAGCACCCAGGGGACAGTATCTACAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCCCATCCTGCATTGGCTCAAGCACCCAGGGGACAGTATCTACAAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCACATCTGTGCATCTTGACCACCTCCGTGTCTATTGGCAGGAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCACATCTGTGCATCTTGACCACCTCCGTGTCTATTGGCAGGAACTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGATTTGCACATGGAAATGGGACTAAGCATTGAAGAAGCATTAATGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGATTTGCACATGGAAATGGGACTAAGCATTGAAGAAGCATTAATGTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTTCCAGAGACTGGATTCTGACATCTCGCTGGAAATCCAGGCCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTTCCAGAGACTGGATTCTGACATCTCGCTGGAAATCCAGGCCCCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAAGATGAGGTGACAAGGAACCTGTCACTCCAGGTTGCTTTCTCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAAGATGAGGTGACAAGGAACCTGTCACTCCAGGTTGCTTTCTCTGGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AACAGCTTGCATGGCCCATGTTGATGGAATTCACTTGCACGTGGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AACAGCTTGCATGGCCCATGTTGATGGAATTCACTTGCACGTGGCAAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGGTGACTGCCGAGCCATCCTTGGTGTCCAAGAGGACAATGGCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGGTGACTGCCGAGCCATCCTTGGTGTCCAAGAGGACAATGGCATGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTTGTCTGCCCCTTACACGTGACCACAATGCCTGGAACCAGGCCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCTTGTCTGCCCCTTACACGTGACCACAATGCCTGGAACCAGGCCGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GTCCCGGCTAAAGAGGGAGCACCCTGAGTCAGAGGACAGGACGATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTCCCGGCTAAAGAGGGAGCACCCTGAGTCAGAGGACAGGACGATCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGGAGGACAGGCTACTGGGCGTCCTCATCCCCTGCAGGGCCTTTGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGGAGGACAGGCTACTGGGCGTCCTCATCCCCTGCAGGGCCTTTGGGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTTCAGCTGAAGTGGAGTAAAGAGTTGCAGCGCAGCATTCTGGAGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GTTCAGCTGAAGTGGAGTAAAGAGTTGCAGCGCAGCATTCTGGAGAGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTCAATACCGAGGCCCTCAACATTTACCAGTTCACACCCCCACACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTTCAATACCGAGGCCCTCAACATTTACCAGTTCACACCCCCACACTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACACTCCACCCTACCTGACTGCTGAGCCTGAGGTCACATACCACAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACACTCCACCCTACCTGACTGCTGAGCCTGAGGTCACATACCACAGGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGGCCCCAGGATAAGTTCCTTGTGCTGGCCTCAGATGGCCTGTGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AGGCCCCAGGATAAGTTCCTTGTGCTGGCCTCAGATGGCCTGTGGGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCTGAGCAATGAGGACGTGGTAAGGCTGGTGGTGGGGCACCTGGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCTGAGCAATGAGGACGTGGTAAGGCTGGTGGTGGGGCACCTGGCTGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CAGATTGGCACAAGACAGACCTGGCCCAGAGACCCGCCAACTTGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CAGATTGGCACAAGACAGACCTGGCCCAGAGACCCGCCAACTTGGGGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ATGCAGAGCCTGCTGCTGCAGAGGAAAGCCAGCGGGCTCCACGAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ATGCAGAGCCTGCTGCTGCAGAGGAAAGCCAGCGGGCTCCACGAGGCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCAAAATGCAGCCACGCGGCTGATCAGACATGCCATCGGGAACAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCAAAATGCAGCCACGCGGCTGATCAGACATGCCATCGGGAACAATGAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ATGGGGAGATGGAGGCAGAGCGGCTGGCGGCGATGCTGACATTGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ATGGGGAGATGGAGGCAGAGCGGCTGGCGGCGATGCTGACATTGCCAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GACTTGGCGAGGATGTACAGGGATGATATCACTGTCACTGTGGTGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GACTTGGCGAGGATGTACAGGGATGATATCACTGTCACTGTGGTGTATTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1551 TAACTCAGAATCAATCGGTGCATATTACAAGGGGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 TAACTCAGAATCAATCGGTGCATATTACAAGGGGGGT