seq1 = pF1KSDA1341.tfa, 1800 bp
seq2 = pF1KSDA1341/gi568815583r_48042911.tfa (gi568815583r:48042911_48278237), 235327 bp

>pF1KSDA1341 1800
>gi568815583r:48042911_48278237 (Chr15)

(complement)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-370  (109399-109607)   99% ->
371-431  (110837-110898)   91% ->
432-525  (112212-112305)   100% ->
526-717  (118434-118625)   100% ->
718-871  (119316-119469)   100% ->
872-921  (120014-120063)   100% ->
922-985  (120182-120245)   100% ->
986-1087  (124345-124446)   100% ->
1088-1138  (125954-126004)   100% ->
1139-1207  (126296-126364)   100% ->
1208-1306  (126667-126765)   100% ->
1307-1378  (127067-127138)   100% ->
1379-1587  (128867-129075)   100% ->
1588-1639  (129155-129206)   100% ->
1640-1800  (135167-135327)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGCCAACAAGGCCGAGGTGCCCGGGGCCACTGGTGGCGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGCCAACAAGGCCGAGGTGCCCGGGGCCACTGGTGGCGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGCACCTGCAGCCCGCAGAGCCGCCGGGCGAGCCGCGGCGAGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGCACCTGCAGCCCGCAGAGCCGCCGGGCGAGCCGCGGCGAGAGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCCGCGGAGGCGGAGAAGCAGCAGCCGCAGCACAGCAGCAGCTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCCGCGGAGGCGGAGAAGCAGCAGCCGCAGCACAGCAGCAGCTCCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGTTAAAAT         GGAGAATGATGAATCAGCAAAAGAAGAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGTTAAAATGTA...CAGGGAGAATGATGAATCAGCAAAAGAAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCTGACTTAAAGGAAAAATCTACAGGAAGTAAGAAGGCCAATAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109429 ATCTGACTTAAAGGAAAAATCTACAGGAAGTAAGAAGGCCAATAGATTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCCTTATTCAAAAGACAAGAATTCGGGCACTGGAGAAAAGAAGGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 109479 ATCCTTATTCAAAAGACAAGAATTCGGGCGCTGGAGAAAAGAAGGGTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATCGTAACAGAGTTTTCATTAGCAACATCCCATATGACATGAAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109529 AATCGTAACAGAGTTTTCATTAGCAACATCCCATATGACATGAAATGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCTATTAAAGATCTAATGAGAGAGAAAG         TTGGTGAGGTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109579 AGCTATTAAAGATCTAATGAGAGAGAAAGGTA...TAGTTGGTGAGGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATACGTGGAGCTCTTTAAGGATGCGGAAGGAAAATCAAGGGGTTGTG G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||- 
 110849 CATACGTGGAGCTCTTTAAGGATGCGGAAGGAAAATCAAGGGTAAGTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432          TGTGGTTGAATTCAAAGATGAAGAATTTGTAAAGAAAGCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110899 GTG...AAGTGTGGTTGAATTCAAAGATGAAGAATTTGTAAAGAAAGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 TAGAAACTATGAACAAATATGATCTTAGTGGAAGACCCCTTAATATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112253 TAGAAACTATGAACAAATATGATCTTAGTGGAAGACCCCTTAATATTAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 GAG         GATCCTGATGGAGAAAATGCTCGTAGGGCATTGCAGCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112303 GAGGTA...TAGGATCCTGATGGAGAAAATGCTCGTAGGGCATTGCAGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 AACAGGAGGATCATTTCCAGGAGGACACGTCCCTGATATGGGATCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118472 AACAGGAGGATCATTTCCAGGAGGACACGTCCCTGATATGGGATCAGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 TGATGAATTTACCACCTTCCATACTCAATAATCCAAACATTCCTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118522 TGATGAATTTACCACCTTCCATACTCAATAATCCAAACATTCCTCCTGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GTCATCAGTAATTTGCAGGCCGGTAGACTTGGTTCCACAATTTTTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118572 GTCATCAGTAATTTGCAGGCCGGTAGACTTGGTTCCACAATTTTTGTTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 CAAT         CTTGACTTCAAAGTTGGTTGGAAGAAGCTAAAGGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118622 CAATGTA...AAGCTTGACTTCAAAGTTGGTTGGAAGAAGCTAAAGGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 TGTTCAGCATAGCTGGAACTGTGAAGCGGGCAGATATTAAAGAAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119353 TGTTCAGCATAGCTGGAACTGTGAAGCGGGCAGATATTAAAGAAGACAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 GATGGCAAGAGCAGAGGAATGGGCACTGTCACTTTTGAGCAAGCAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119403 GATGGCAAGAGCAGAGGAATGGGCACTGTCACTTTTGAGCAAGCAATTGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 AGCAGTTCAAGCAATTT         CTATGTTCAATGGGCAGTTTTTAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119453 AGCAGTTCAAGCAATTTGTA...CAGCTATGTTCAATGGGCAGTTTTTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TTGATAGACCTATGCATGTGAAAATG         GATGACAAGTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120038 TTGATAGACCTATGCATGTGAAAATGGTG...TAGGATGACAAGTCTGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 CCTCATGAAGAGTACCGTTCACATGATGGTAAAACACCACAATTACCAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120197 CCTCATGAAGAGTACCGTTCACATGATGGTAAAACACCACAATTACCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986         GTGGTCTTGGAGGCATTGGGATGGGACTTGGTCCGGGTGGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120247 TA...TAGGTGGTCTTGGAGGCATTGGGATGGGACTTGGTCCGGGTGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 AGCCTATTAGTGCCAGCCAGTTGAACATAGGTGGAGTAATGGGAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124387 AGCCTATTAGTGCCAGCCAGTTGAACATAGGTGGAGTAATGGGAAATTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 GGTCCAGGTG         GTATGGGAATGGATGGTCCAGGTTTTGGAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124437 GGTCCAGGTGGTG...GAGGTATGGGAATGGATGGTCCAGGTTTTGGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 AATGAATAGAATTGGAGGAG         GAATAGGGTTTGGTGGTCTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125985 AATGAATAGAATTGGAGGAGGTA...TAGGAATAGGGTTTGGTGGTCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160 AAGCAATGAATAGCATGGGAGGATTTGGAGGAGTTGGCCGAATGGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126317 AAGCAATGAATAGCATGGGAGGATTTGGAGGAGTTGGCCGAATGGGAGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1208        AGCTGTACCGTGGTGCGATGACTAGTAGCATGGAGCGAGATTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126367 A...CAGAGCTGTACCGTGGTGCGATGACTAGTAGCATGGAGCGAGATTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGGACGTGGTGATATTGGAATAAATCGAGGCTTTGGAGATTCCTTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126710 TGGACGTGGTGATATTGGAATAAATCGAGGCTTTGGAGATTCCTTTGGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GACTTG         GCAGTGCAATGATTGGAGGGTTTGCAGGAAGAATA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126760 GACTTGGTA...TAGGCAGTGCAATGATTGGAGGGTTTGCAGGAAGAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GGATCTTCTAACATGGGTCCAGTAGGATCTGGAATAA         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127102 GGATCTTCTAACATGGGTCCAGTAGGATCTGGAATAAGTA...CAGGTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGGAATGGGTAGCATGAACAGTGTGACTGGAGGAATGGGGATGGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128871 TGGAATGGGTAGCATGAACAGTGTGACTGGAGGAATGGGGATGGGACTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACCGGATGAGTTCCAGCTTTGATAGAATGGGACCAGGTATAGGAGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128921 ACCGGATGAGTTCCAGCTTTGATAGAATGGGACCAGGTATAGGAGCTATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CTGGAAAGGAGCATCGATATGGATCGAGGATTTTTATCGGGTCCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128971 CTGGAAAGGAGCATCGATATGGATCGAGGATTTTTATCGGGTCCAATGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 AAGCGGAATGAGAGAGAGAATAGGCTCCAAAGGCAACCAGATATTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129021 AAGCGGAATGAGAGAGAGAATAGGCTCCAAAGGCAACCAGATATTTGTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GAAAT         CTACCTTTTGACTTGACTTGGCAGAAACTAAAAGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129071 GAAATGTA...TAGCTACCTTTTGACTTGACTTGGCAGAAACTAAAAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AAATTCAGTCAGTGTG         GTCATGTAATGTTTGCAGAAATAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 129191 AAATTCAGTCAGTGTGGTA...CAGGTCATGTAATGTTTGCAGAAATAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 AATGGAGAATGGAAAGTCAAAAGGCTGTGGAACAGTCAGATTTGACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135192 AATGGAGAATGGAAAGTCAAAAGGCTGTGGAACAGTCAGATTTGACTCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CAGAATCAGCTGAAAAAGCCTGCAGAATAATGAATGGCATAAAAATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135242 CAGAATCAGCTGAAAAAGCCTGCAGAATAATGAATGGCATAAAAATCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .
   1765 GGCAGAGAAATTGATGTTCGCTTGGATCGTAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135292 GGCAGAGAAATTGATGTTCGCTTGGATCGTAATGCA