seq1 = pF1KSDA1334.tfa, 2940 bp
seq2 = pF1KSDA1334/gi568815593f_34657468.tfa (gi568815593f:34657468_34930762), 273295 bp

>pF1KSDA1334 2940
>gi568815593f:34657468_34930762 (Chr5)

1-36  (29453-29488)   100% ->
37-167  (100001-100131)   100% ->
168-256  (138472-138560)   100% ->
257-321  (146245-146309)   100% ->
322-379  (150333-150390)   98% ->
380-450  (151117-151187)   100% ->
451-557  (153545-153651)   99% ->
558-736  (154300-154478)   100% ->
737-765  (154713-154741)   100% ->
766-852  (156107-156193)   100% ->
853-939  (157116-157202)   100% ->
940-994  (161330-161384)   100% ->
995-1113  (164265-164383)   100% ->
1114-2649  (165489-167024)   99% ->
2650-2799  (168863-169012)   100% ->
2800-2865  (172265-172330)   100% ->
2866-2940  (173221-173295)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGCTTGAAAGCGAAGTTCAGGAAGAGTGAC         ACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  29453 ATGAAGAGCTTGAAAGCGAAGTTCAGGAAGAGTGACGTG...CAGACCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAGTGGAACAAGAATGATGACCGGCTACTGCAGGCCGTGGAGAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 TGAGTGGAACAAGAATGATGACCGGCTACTGCAGGCCGTGGAGAATGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGCGGAGAAGGTGGCCTCACTGCTCGGCAAGAAGGGGGCCAGTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100056 ATGCGGAGAAGGTGGCCTCACTGCTCGGCAAGAAGGGGGCCAGTGCCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAACACGACAGTGAGGGCAAGACCGC         TTTCCATCTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100106 AAACACGACAGTGAGGGCAAGACCGCGTA...CAGTTTCCATCTTGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCAAAAGGACACGTGGAATGCCTCAGGGTCATGATTACACATGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138487 TGCAAAAGGACACGTGGAATGCCTCAGGGTCATGATTACACATGGTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTGACAGCCCAAGATACTACCG         GACACAGCGCCTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 138537 ATGTGACAGCCCAAGATACTACCGGTA...TAGGACACAGCGCCTTACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTCGCAGCCAAGAACAGCCACCATGAATGCATCAGGAAGCTGCTTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 146262 CTCGCAGCCAAGAACAGCCACCATGAATGCATCAGGAAGCTGCTTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        TCTAAATGCCCAGCCGAAAGTGTTGACAGCTCTGGGAAAACAG
        >...>>>||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 146312 A...TAGTCTAAATGCCCAGCCGAAAGTGTCGACAGCTCTGGGAAAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTTTACATTATGCAG         CGGCTCAGGGCTGCCTTCAAGCTGTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 150376 CTTTACATTATGCAGGTA...CAGCGGCTCAGGGCTGCCTTCAAGCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGATTCTCTGCGAACACAAGAGCCCCATAAACCTCAAAGATTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 151143 CAGATTCTCTGCGAACACAAGAGCCCCATAAACCTCAAAGATTTGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451     GATGGGAATATACCGCTGCTGCTTGCTGTACAAAATGGTCACAGTG
        .>>>|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 151193 .TAGGATGGGAATATACCGCTGCTTCTTGCTGTACAAAATGGTCACAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGATCTGTCACTTTCTCCTGGATCATGGAGCAGATGTCAATTCCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153591 AGATCTGTCACTTTCTCCTGGATCATGGAGCAGATGTCAATTCCAGGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAAAGTGGAAG         AACTGCTCTCATGCTGGCCTGTGAGATTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 153641 AAAAGTGGAAGGTA...TAGAACTGCTCTCATGCTGGCCTGTGAGATTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CAGCTCTAACGCTGTGGAAGCCTTAATTAAAAAGGGTGCAGACCTAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154330 CAGCTCTAACGCTGTGGAAGCCTTAATTAAAAAGGGTGCAGACCTAAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTGTAGATTCTCTTGGATACAATGCCTTACATTATTCCAAACTCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154380 TTGTAGATTCTCTTGGATACAATGCCTTACATTATTCCAAACTCTCAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AATGCAGGAATTCAAAGCCTTCTATTATCAAAAATCTCTCAGGATGCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 154430 AATGCAGGAATTCAAAGCCTTCTATTATCAAAAATCTCTCAGGATGCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737         ATTTAAAGACCCCAACAAAACCAAAGCAG         CATG
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 154480 TA...TAGATTTAAAGACCCCAACAAAACCAAAGCAGGTA...CAGCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ACCAAGTCTCTAAAATAAGCTCAGAAAGAAGTGGAACTCCAAAAAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156111 ACCAAGTCTCTAAAATAAGCTCAGAAAGAAGTGGAACTCCAAAAAAACGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAAGCTCCACCACCTCCTATCAGTCCTACCCAG         TTGAGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 156161 AAAGCTCCACCACCTCCTATCAGTCCTACCCAGGTA...TAGTTGAGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TGTCTCTTCCCCAAGATCAATAACTTCGACTCCACTATCGGGAAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157124 TGTCTCTTCCCCAAGATCAATAACTTCGACTCCACTATCGGGAAAGGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CGGTATTTTTTGCTGAACCACCCTTCAAG         GCTGAGATCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 157174 CGGTATTTTTTGCTGAACCACCCTTCAAGGTA...TAGGCTGAGATCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCTATACGAGAAAACAAAGACAGACTAAGTGACAGTACTACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 161342 TCTATACGAGAAAACAAAGACAGACTAAGTGACAGTACTACAGGTA...A

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995   GTGCTGATAGCTTATTGGATATAAGTTCTGAAGCTGACCAACAAGATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164263 AGGTGCTGATAGCTTATTGGATATAAGTTCTGAAGCTGACCAACAAGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TTCTCTCTCTATTGCAAGCAAAAGTTGCTTCCCTTACCTTACACAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164313 TTCTCTCTCTATTGCAAGCAAAAGTTGCTTCCCTTACCTTACACAATAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAGTTACAAGATAAATTACAG         GCCAAATCACCCAAGGAGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 164363 GAGTTACAAGATAAATTACAGGTA...TAGGCCAAATCACCCAAGGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GGAAGCAGACCTAAGCTTTGACTCATACCATTCCACCCAAACTGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165509 GGAAGCAGACCTAAGCTTTGACTCATACCATTCCACCCAAACTGACTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GCCCATCCCTGGGAAAACCTGGTGAAACCTCTCCCCCAGACTCCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165559 GCCCATCCCTGGGAAAACCTGGTGAAACCTCTCCCCCAGACTCCAAATCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 TCTCCATCTGTCTTAATACATTCTTTAGGTAAATCCACTACTGACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165609 TCTCCATCTGTCTTAATACATTCTTTAGGTAAATCCACTACTGACAATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGTCAGAATTCAGCAACTGCAAGAGATTTTGCAAGATCTACAGAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165659 TGTCAGAATTCAGCAACTGCAAGAGATTTTGCAAGATCTACAGAAGAGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TAGAGAGCTCTGAAGCAGAGAGAAAACAGCTACAGGTCGAACTCCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165709 TAGAGAGCTCTGAAGCAGAGAGAAAACAGCTACAGGTCGAACTCCAATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CGAAGGGCAGAACTGGTATGCTTAAACAACACTGAGATTTCAGAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165759 CGAAGGGCAGAACTGGTATGCTTAAACAACACTGAGATTTCAGAGAACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTCTGACCTCAGCCAGAAACTTAAAGAAACTCAGAGCAAATACGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165809 CTCTGACCTCAGCCAGAAACTTAAAGAAACTCAGAGCAAATACGAGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CTATGAAAGAAGTCCTTAGTGTGCAGAAGCAGATGAAACTCGGTCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165859 CTATGAAAGAAGTCCTTAGTGTGCAGAAGCAGATGAAACTCGGTCTTGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCACCTGAAAGCATGGATAATTATTCACATTTCCACGAGCTGAGGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165909 TCACCTGAAAGCATGGATAATTATTCACATTTCCACGAGCTGAGGGTCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGAAGAGGAAATAAATGTGCTAAAGCAGGATCTGCAGAATGCATTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165959 GGAAGAGGAAATAAATGTGCTAAAGCAGGATCTGCAGAATGCATTAGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAAGTGAAAGAAATAAAGAGAAAGTGAGAGAGTTAGAGGAAAAACTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166009 AAAGTGAAAGAAATAAAGAGAAAGTGAGAGAGTTAGAGGAAAAACTGGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAGAGGGAGAAAGGTACAGTGATTAAGCCACCTGTGGAAGAGTACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166059 GAGAGGGAGAAAGGTACAGTGATTAAGCCACCTGTGGAAGAGTACGAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AATGAAAAGTTCATATTGCTCTGTTATTGAGAATATGAATAAGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166109 AATGAAAAGTTCATATTGCTCTGTTATTGAGAATATGAATAAGGAGAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CATTTTTGTTTGAGAAATACCAAGAAGCCCAAGAAGAAATCATGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166159 CATTTTTGTTTGAGAAATACCAAGAAGCCCAAGAAGAAATCATGAAATTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAAGACACACTAAAAAGTCAGATGACACAGGAAGCCAGTGATGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166209 AAAGACACACTAAAAAGTCAGATGACACAGGAAGCCAGTGATGAAGCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GGACATGAAAGAAGCCATGAATAGGATGATAGATGAACTCAATAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166259 GGACATGAAAGAAGCCATGAATAGGATGATAGATGAACTCAATAAACAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGAGCGAGCTGTCACAGCTGTACAAAGAAGCCCAGGCTGAGCTGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166309 TGAGCGAGCTGTCACAGCTGTACAAAGAAGCCCAGGCTGAGCTGGAGGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TACAGGAAGAGGAAATCTCTAGAGGATGTCACAGCTGAATATATCCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166359 TACAGGAAGAGGAAATCTCTAGAGGATGTCACAGCTGAATATATCCATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGCAGAGCATGAGAAACTGATGCAATTGACAAACGTGTCCAGGGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166409 AGCAGAGCATGAGAAACTGATGCAATTGACAAACGTGTCCAGGGCTAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CAGAAGATGCACTGTCTGAAATGAAGTCTCAGTATTCAAAAGTGTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166459 CAGAAGATGCACTGTCTGAAATGAAGTCTCAGTATTCAAAAGTGTTGAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GAGTTGACCCAGCTCAAACAACTGGTGGATGCACAAAAAGAGAACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166509 GAGTTGACCCAGCTCAAACAACTGGTGGATGCACAAAAAGAGAACTCTGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CTCTATCACAGAACATTTGCAAGTGATAACCACGCTGCGGACTGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166559 CTCTATCACAGAACATTTGCAAGTGATAACCACGCTGCGGACTGCAGCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AAGAGATGGAAGAAAAAATAAGCAATCTTAAGGAACACCTTGCAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166609 AAGAGATGGAAGAAAAAATAAGCAATCTTAAGGAACACCTTGCAAGCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 GAAGTGGAAGTAGCAAAGCTGGAGAAACAACTCTTAGAAGAGAAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166659 GAAGTGGAAGTAGCAAAGCTGGAGAAACAACTCTTAGAAGAGAAAGCTGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 TATGACTGATGCAATGGTACCTCGGTCTTCCTATGAAAAACTCCAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166709 TATGACTGATGCAATGGTACCTCGGTCTTCCTATGAAAAACTCCAGTCAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 CCTTAGAGAGTGAAGTGAGTGTGTTGGCATCGAAATTAAAGGAATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166759 CCTTAGAGAGTGAAGTGAGTGTGTTGGCATCGAAATTAAAGGAATCTGTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 AAAGAGAAAGAGAAGGTCCATTCAGAGGTTGTCCAGATTAGAAGTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166809 AAAGAGAAAGAGAAGGTCCATTCAGAGGTTGTCCAGATTAGAAGTGAGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 CTCACAGGTGAAAAGAGAAAAGGAAAATATTCAGACTCTCTTGAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166859 CTCACAGGTGAAAAGAGAAAAGGAAAATATTCAGACTCTCTTGAAATCCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 AAGAGCAAGAAGTAAATGAACTTCTGCAAAAATTCCAGCAAGCTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166909 AAGAGCAAGAAGTAAATGAACTTCTGCAAAAATTCCAGCAAGCTCAGGAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 GAACTTGCAGAAATGAAAAGATACTCTGAGAGCTCTTCAAAACTGGAGGA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 166959 GAACTTGCAGAAATGAAAAGATACGCTGAGAGCTCTTCAAAACTGGAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 AGATAAAGATAAAAAG         ATAAATGAGATGTCGAAGGAAGTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 167009 AGATAAAGATAAAAAGGTT...TAGATAAATGAGATGTCGAAGGAAGTCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 CCAAATTGAAGGAGGCCTTGAACAGCCTCTCCCAGCTCTCCTACTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168888 CCAAATTGAAGGAGGCCTTGAACAGCCTCTCCCAGCTCTCCTACTCAACA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 AGCTCATCCAAAAGGCAGAGTCAGCAGCTGGAGGCGCTGCAGCAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168938 AGCTCATCCAAAAGGCAGAGTCAGCAGCTGGAGGCGCTGCAGCAGCAAGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 CAAACAGCTCCAGAACCAGCTGGCG         GAATGCAAGAAACAAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 168988 CAAACAGCTCCAGAACCAGCTGGCGGTG...TAGGAATGCAAGAAACAAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 ACCAGGAGGTCATATCAGTTTACAGAATGCATCTTCTGTATGCTGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172281 ACCAGGAGGTCATATCAGTTTACAGAATGCATCTTCTGTATGCTGTGCAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2866          GGCCAGATGGATGAAGATGTCCAGAAAGTACTGAAGCAAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172331 GTA...TAGGGCCAGATGGATGAAGATGTCCAGAAAGTACTGAAGCAAAT

   3050     .    :    .    :    .    :
   2907 CCTTACCATGTGTAAAAACCAGTCTCAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173262 CCTTACCATGTGTAAAAACCAGTCTCAAAAGAAG