seq1 = pF1KSDA1325.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KSDA1325/gi568815594r_185267183.tfa (gi568815594r:185267183_185478186), 211004 bp

>pF1KSDA1325 1041
>gi568815594r:185267183_185478186 (Chr4)

(complement)

1-106  (100001-100106)   99% ->
107-216  (101169-101278)   100% ->
217-330  (102461-102574)   100% ->
331-473  (103726-103868)   100% ->
474-579  (103947-104052)   100% ->
580-803  (105108-105331)   99% ->
804-978  (107373-107547)   100% ->
979-1041  (110942-111004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTGACCAGTGAAAAGTTGCCCAAGAACCCCTTTTATGCCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTGACCAGTGAAAAGTTGCCCAAGAACCCCTTTTATGCCTCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTCAGTATGCTGCTAAAAACCAAAAATTCTTCCAGTGGAAAAAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100051 ATCTCAGTATGCTGCTAAAAACCAAAAATTTTTCCAGTGGAAAAAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACTG         ATTACACCCATGCTAATTTGGTGGATAAGGCATTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGACTGGTA...CAGATTACACCCATGCTAATTTGGTGGATAAGGCATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCTCTTGAAGGAAAGAATACTGAAAGGAGACACTCTGGCATATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101204 CAGCTCTTGAAGGAAAGAATACTGAAAGGAGACACTCTGGCATATTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACGAGGTCAACTATATTTTGAAGAG         GGATGGTATGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101254 ACGAGGTCAACTATATTTTGAAGAGGTA...TAGGGATGGTATGAAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATTAGAACAGTTTGAAGAAATCAAGGAGAAAGACCATCAAGCAACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102477 CATTAGAACAGTTTGAAGAAATCAAGGAGAAAGACCATCAAGCAACTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCTAGGAGTGATGTACTATGATGGGCTGGGGACCACTCTAGACGCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102527 CAGCTAGGAGTGATGTACTATGATGGGCTGGGGACCACTCTAGACGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GAGAAAGGGGTGGACTATATGAAGAAAATTCTTGATTCTCCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102577 A...AAGGAGAAAGGGGTGGACTATATGAAGAAAATTCTTGATTCTCCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCCCAAAGCAAGACACTTAAAATTTGCAGCTGCTTACAACCTCGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103769 GTCCCAAAGCAAGACACTTAAAATTTGCAGCTGCTTACAACCTCGGAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTTATTATGAAGGAAAAGGTGTTAAACGATCAAATGAGGAAGCTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103819 GCTTATTATGAAGGAAAAGGTGTTAAACGATCAAATGAGGAAGCTGAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          ACTGTGGCTTATCGCAGCAGACAATGGAAATCCCAAAGCTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103869 GTA...TAGACTGTGGCTTATCGCAGCAGACAATGGAAATCCCAAAGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGTGAAGGCTCAAAGTATGCTCGGGCTGTATTACTCAACCAAGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103988 GTGTGAAGGCTCAAAGTATGCTCGGGCTGTATTACTCAACCAAGGAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGAGTTAGAAAAG         GCATTTTACTGGCATTCCGAAGCATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104038 AAGGAGTTAGAAAAGGTA...TAGGCATTTTACTGGCATTCCGAAGCATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGCAATGGAAATCTGGAGTCCCAGGGTGCACTTGGGCTCATGTACTTGT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 TGGCAATGGGAATCTGGAGTCCCAGGGTGCACTTGGGCTCATGTACTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGACAAGGCATCCGGCAGGATACGGAAGCTGCCCTGCAGTGCTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105184 ATGGACAAGGCATCCGGCAGGATACGGAAGCTGCCCTGCAGTGCTTAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGCAGCAGAACGCGGAAACGTCTATGCTCAAGGGAATCTCGTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105234 GAAGCAGCAGAACGCGGAAACGTCTATGCTCAAGGGAATCTCGTGGAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTACTATAAGATGAAATTTTTTACAAAGTGTGTTGCATTTTCCAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105284 TTACTATAAGATGAAATTTTTTACAAAGTGTGTTGCATTTTCCAAAAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804        GATCGCTGACTATGATGAGGTTCACGACATCCCCATGATCGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105334 G...CAGGATCGCTGACTATGATGAGGTTCACGACATCCCCATGATCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGGTCACAGACTGTCTCCCGGAGTTCATCGGCAGAGGCATGGCAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107416 CAGGTCACAGACTGTCTCCCGGAGTTCATCGGCAGAGGCATGGCAATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATCCTTCTACCACGCAAGGTGTCTTCAGCTTGGCTTGGGCATCACCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107466 ATCCTTCTACCACGCAAGGTGTCTTCAGCTTGGCTTGGGCATCACCAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGAAACAACCGCTAAACACTATTATTCTAAA         GCTTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107516 ATGAAACAACCGCTAAACACTATTATTCTAAAGTA...AAGGCTTGTCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGAATCCCGCATTGGCAGATGAACTTCACTCCTTACTTATTCGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110951 CTGAATCCCGCATTGGCAGATGAACTTCACTCCTTACTTATTCGTCAAAG

   1100 
   1038 AATT
        ||||
 111001 AATT