seq1 = pF1KSDA1322.tfa, 2079 bp
seq2 = pF1KSDA1322/gi568815594f_6823390.tfa (gi568815594f:6823390_7130389), 307000 bp

>pF1KSDA1322 2079
>gi568815594f:6823390_7130389 (Chr4)

1-722  (100001-100722)   99% ->
723-843  (143915-144035)   100% ->
844-962  (170795-170913)   100% ->
963-1045  (172936-173018)   100% ->
1046-1163  (175696-175813)   100% ->
1164-1270  (177756-177862)   100% ->
1271-1351  (181455-181535)   100% ->
1352-1446  (183243-183337)   100% ->
1447-1518  (186488-186559)   100% ->
1519-1647  (187264-187392)   100% ->
1648-1757  (191059-191168)   100% ->
1758-2016  (201615-201873)   100% ->
2017-2079  (206938-207000)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGATGGAAAACTCTCCACCTCTACAAATGGCGTAGCCTTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGATGGAAAACTCTCCACCTCTACAAATGGCGTAGCCTTCATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATTCTGGATGGTCGACCAGGAAACCCCCTTCAGAACCTGCAACACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATTCTGGATGGTCGACCAGGAAACCCCCTTCAGAACCTGCAACACGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTCAAGGCGCCCCGACTCGTCTCCGCGCCTGAGTACGGGCCCAAGCTG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTCAAGGCGCCCCGACTCCTCTCCGCGCCTGAGTACGGGCCCAAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAACTCAGGGCTTTAGAAGACCGGCACAGCCTCCAGTCCGTGGACTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAACTCAGGGCTTTAGAAGACCGGCACAGCCTCCAGTCCGTGGACTCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATTCCTACCCTGGAGATCGGGAACCCGGAGCCTGTACCCTGCAGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATTCCTACCCTGGAGATCGGGAACCCGGAGCCTGTACCCTGCAGCGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCACGTGAGGAGGAAGCAGTCCGACTCCGACCTCATCCCCGAGCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCACGTGAGGAGGAAGCAGTCCGACTCCGACCTCATCCCCGAGCGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCCAGAGCGCCTGCGCGCTGCCATCCTGTGCGCCACCAGCTCCTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCCAGAGCGCCTGCGCGCTGCCATCCTGTGCGCCACCAGCTCCTAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCGAGCGGGAACAGAGCGTGCGCAAATCCTCCACGTTTCCCAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCGAGCGGGAACAGAGCGTGCGCAAATCCTCCACGTTTCCCAGGACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCTATGACTCGGTAAAGCTCTATAGCCCGACCTCCAAAGCCCTGACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCTATGACTCGGTAAAGCTCTATAGCCCGACCTCCAAAGCCCTGACCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCGATGATGTCTCCGTCTGCAGCGTGTCCAGTCTTGGGACAGAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCGATGATGTCTCCGTCTGCAGCGTGTCCAGTCTTGGGACAGAGCTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACCACGCTGTCCGTCAGCAATGAGGACATCTTGGACCTTGTGGTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACCACGCTGTCCGTCAGCAATGAGGACATCTTGGACCTTGTGGTCACGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCAGCTCCAGTGCCATTGTGACCCTGGAGAATGACGATGACCCACAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCAGCTCCAGTGCCATTGTGACCCTGGAGAATGACGATGACCCACAGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCAACGTCACCTTGAGCTCTATCAAGGAAACCCGTGGCTTACACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCAACGTCACCTTGAGCTCTATCAAGGAAACCCGTGGCTTACACCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGACTGTGTTCATGAAGCTGAGGAGGGGAGTAAATTGAAAATATTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGACTGTGTTCATGAAGCTGAGGAGGGGAGTAAATTGAAAATATTGGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CATTTAGTAACTTCTTTGCAAG         GAACTTGCTTGCTAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100701 CATTTAGTAACTTCTTTGCAAGGTA...TAGGAACTTGCTTGCTAGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAAAGTGCAAGGCTTGACAAACACAATGACTTGGGATGGAAGTTATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143934 CAAAGTGCAAGGCTTGACAAACACAATGACTTGGGATGGAAGTTATTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAAGCGCCACTCCGAGAGAATGCCCAGAAGGATTCAAAGAGAATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143984 GAAAGCGCCACTCCGAGAGAATGCCCAGAAGGATTCAAAGAGAATACAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AG         GAATATGAAGACAAGGCTGGAAGACCTAGCAAGCCACCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144034 AGGTA...TAGGAATATGAAGACAAGGCTGGAAGACCTAGCAAGCCACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCTCCAAAGCAGAATGTGAGGAAGAATCTTGACTTTGAACCACTTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170834 TCTCCAAAGCAGAATGTGAGGAAGAATCTTGACTTTGAACCACTTTCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CACCGCACTCATCCTCGAGGACAGACCAGC         AAATCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 170884 CACCGCACTCATCCTCGAGGACAGACCAGCGTG...AAGAAATCTCCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CAAAACCAGCTGAAGAAGCTCAGAAGCACAGACAGCAGTATGAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172947 CAAAACCAGCTGAAGAAGCTCAGAAGCACAGACAGCAGTATGAAGAAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGGTTCAGGCCAAAAAGCGAG         AGCTGAAAGAAGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 172997 GTGGTTCAGGCCAAAAAGCGAGGTA...TAGAGCTGAAAGAAGCCCAGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AAGGAAGAAGCAGCTGGAAGAAAGATGCAGAGTCGAGGAAAGCATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175715 AAGGAAGAAGCAGCTGGAAGAAAGATGCAGAGTCGAGGAAAGCATTGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACGCTGTGCTCACCTGGAATAATGAGATCTTACCTAACTGGGAAACAAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 175765 ACGCTGTGCTCACCTGGAATAATGAGATCTTACCTAACTGGGAAACAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1164         GTGGTGCTCTAGAAAAGTTCGAGATTTATGGTGGCAGGGAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175815 TA...CAGGTGGTGCTCTAGAAAAGTTCGAGATTTATGGTGGCAGGGAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCCTCCAAGTGTGAGAGGCAAAGTCTGGAGCTTAGCCATTGGCAACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177798 CCCTCCAAGTGTGAGAGGCAAAGTCTGGAGCTTAGCCATTGGCAACGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TAAATATCACCCACG         AGCTCTTTGACATCTGTCTTGCCCGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 177848 TAAATATCACCCACGGTG...CAGAGCTCTTTGACATCTGTCTTGCCCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCCAAGGAGAGGTGGCGGTCCCTTAGCACAGGAGGCTCTGAAGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181481 GCCAAGGAGAGGTGGCGGTCCCTTAGCACAGGAGGCTCTGAAGTGGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CGAAG         ATGCTGGTTTTTCAGCAGCAGACAGAGAAGCCAGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181531 CGAAGGTA...CAGATGCTGGTTTTTCAGCAGCAGACAGAGAAGCCAGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGGAGCTTATTAAACTGGACATTTCTAGAACATTTCCTAATCTCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183279 TGGAGCTTATTAAACTGGACATTTCTAGAACATTTCCTAATCTCTGCATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TTCCAGCAA         GGTGGTCCATATCATGACATGTTGCACAGTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 183329 TTCCAGCAAGTA...TAGGGTGGTCCATATCATGACATGTTGCACAGTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TTTGGGCGCTTATACTTGTTACCGGCCAGATGTGGGTTAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 186520 TTTGGGCGCTTATACTTGTTACCGGCCAGATGTGGGTTATGTA...CAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCCAGGGCATGTCCTTCATAGCAGCAGTGTTGATCTTGAACTTAGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187265 TCCAGGGCATGTCCTTCATAGCAGCAGTGTTGATCTTGAACTTAGATACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCAGATGCCTTTATTGCCTTTTCTAACCTTCTGAATAAACCCTGTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187315 GCAGATGCCTTTATTGCCTTTTCTAACCTTCTGAATAAACCCTGTCAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGCGTTTTTTAGAGTGGACCATGGCCTT         ATGTTGACTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 187365 GGCGTTTTTTAGAGTGGACCATGGCCTTGTG...TAGATGTTGACTTATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTGCTGCATTTGAAGTATTCTTTGAAGAAAATTTGCCGAAATTATTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191072 TTGCTGCATTTGAAGTATTCTTTGAAGAAAATTTGCCGAAATTATTTGCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CATTTCAAGAAGAACAACCTAACTCCAGATATCTACCTAATTGATTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 191122 CATTTCAAGAAGAACAACCTAACTCCAGATATCTACCTAATTGATTGGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1758       GATCTTTACCTTATATAGTAAATCTCTGCCCCTCGACCTGGCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191172 ...TAGGATCTTTACCTTATATAGTAAATCTCTGCCCCTCGACCTGGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GTCGTATCTGGGACGTGTTCTGTCGCGATGGGGAAGAGTTCCTGTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201659 GTCGTATCTGGGACGTGTTCTGTCGCGATGGGGAAGAGTTCCTGTTCCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ACGGCCCTGGGCATCCTGAAGCTGTTCGAGGACATCCTGACCAAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201709 ACGGCCCTGGGCATCCTGAAGCTGTTCGAGGACATCCTGACCAAGATGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CTTCATTCACATGGCCCAGTTCCTGACCCGGCTGCCCGAGGACCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201759 CTTCATTCACATGGCCCAGTTCCTGACCCGGCTGCCCGAGGACCTGCCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CCGAGGAGCTGTTTGCCTCCATCGCCACGATCCAGATGCAGAGCCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201809 CCGAGGAGCTGTTTGCCTCCATCGCCACGATCCAGATGCAGAGCCGAAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AAGAAGTGGGCTCAG         GTACTGACTGCATTGCAGAAAGACAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 201859 AAGAAGTGGGCTCAGGTC...TAGGTACTGACTGCATTGCAGAAAGACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .
   2043 CCGGGAAATGGAGAAGGGAAGTCCGTCCCTCCGACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206964 CCGGGAAATGGAGAAGGGAAGTCCGTCCCTCCGACAC