seq1 = pF1KSDA1317.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KSDA1317/gi568815593f_144106715.tfa (gi568815593f:144106715_144574111), 467397 bp

>pF1KSDA1317 1284
>gi568815593f:144106715_144574111 (Chr5)

1-832  (100001-100832)   100% ->
833-1284  (366946-367397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGAGTGGAAACTGTAGTCGTTATTATCCTCGAGAACAAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTGAGTGGAAACTGTAGTCGTTATTATCCTCGAGAACAAGGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCAGTTCCCAACTCCTTCCCTGAGGTGGTAGAGCTGAATGTCGGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCAGTTCCCAACTCCTTCCCTGAGGTGGTAGAGCTGAATGTCGGGGGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGTTTATTTTACTCGCCATTCCACATTGATAAGCATCCCTCATTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGTTTATTTTACTCGCCATTCCACATTGATAAGCATCCCTCATTCCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGTGGAAAATGTTTTCCCCAAAGAGAGACACGGCTAATGATCTAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGTGGAAAATGTTTTCCCCAAAGAGAGACACGGCTAATGATCTAGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACTCCAAGGGAAGGTTTTTCATTGACAGAGATGGATTCTTGTTCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACTCCAAGGGAAGGTTTTTCATTGACAGAGATGGATTCTTGTTCCGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATATTCTGGACTATCTCAGGGACAGGCAGGTGGTCCTGCCTGATCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATATTCTGGACTATCTCAGGGACAGGCAGGTGGTCCTGCCTGATCACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCAGAAAAAGGAAGACTGAAAAGGGAAGCTGAATACTTCCAGCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCAGAAAAAGGAAGACTGAAAAGGGAAGCTGAATACTTCCAGCTCCCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTGGTCAAACTCCTGACCCCCGATGAAATCAAGCAAAGCCCAGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTGGTCAAACTCCTGACCCCCGATGAAATCAAGCAAAGCCCAGATGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTGCCACAGTGACTTTGAAGATGCCTCCCAAGGAAGCGACACAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTGCCACAGTGACTTTGAAGATGCCTCCCAAGGAAGCGACACAAGAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCCCCCCTTCCTCCCTGCTCCCTGCCGACCGCAAGTGGGGTTTCATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCCCCCCTTCCTCCCTGCTCCCTGCCGACCGCAAGTGGGGTTTCATTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGTGGGTTACAGAGGATCCTGCACCTTGGGCAGAGAGGGACAGGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGTGGGTTACAGAGGATCCTGCACCTTGGGCAGAGAGGGACAGGCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAAGTTTCGGAGAGTTCCCCGGATTTTGGTTTGTGGAAGGATTTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAAGTTTCGGAGAGTTCCCCGGATTTTGGTTTGTGGAAGGATTTCCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCAAAAGAAGTCTTTGGAGAAACTTTGAATGAAAGCAGAGACCCTGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCAAAAGAAGTCTTTGGAGAAACTTTGAATGAAAGCAGAGACCCTGATCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCCCAGAAAGATACACCTCCAGATTTTATCTCAAATTCAAGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCCCCAGAAAGATACACCTCCAGATTTTATCTCAAATTCAAGCACCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAAGGGCTTTTGATATGTTGTCAGAGTGTGGATTCCACATGGTGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAGGGCTTTTGATATGTTGTCAGAGTGTGGATTCCACATGGTGGCCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACTCATCGGTGACAGCATCTTTCATCAACCAATATACAGATGACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACTCATCGGTGACAGCATCTTTCATCAACCAATATACAGATGACAAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTGGTCAAGCTACACTGAATATGTCTTCTACC         GTGAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100801 CTGGTCAAGCTACACTGAATATGTCTTCTACCGTA...CAGGTGAGCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCAGATGGTCACCCTCACACTGCGATTGCTGCTGCAAGAATGGCAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 366955 CCAGATGGTCACCCTCACACTGCGATTGCTGCTGCAAGAATGGCAAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GACAAAGAAGGGGAGAGCGGCACGTCTTGCAATGACCTCTCCACATCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367005 GACAAAGAAGGGGAGAGCGGCACGTCTTGCAATGACCTCTCCACATCTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTGCGACAGCCAGTCTGAGGCCAGCTCTCCCCAGGAGACGGTCATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367055 CTGCGACAGCCAGTCTGAGGCCAGCTCTCCCCAGGAGACGGTCATCTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTCCCGTGACACGCCAGACCAACATCCAGACTCTGGACCGTCCCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367105 GTCCCGTGACACGCCAGACCAACATCCAGACTCTGGACCGTCCCATCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAGGGCCCTGTCCAGCTGATCCAACAGTCAGAGATGCGGCGGAAAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367155 AAGGGCCCTGTCCAGCTGATCCAACAGTCAGAGATGCGGCGGAAAAGCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTTACTCCGGACTCTGACTTCAGGCTCCAGGGAATCGAACATGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367205 CTTACTCCGGACTCTGACTTCAGGCTCCAGGGAATCGAACATGAGCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AAAAAAAAGCTGTTAAAGAAAAGCTCTCAATTGAGGAGGAGCTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367255 AAAAAAAAGCTGTTAAAGAAAAGCTCTCAATTGAGGAGGAGCTGGAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGTATCCAGGATTTCCTAAAAATCAAAATTCCAGATCGGTTTCCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367305 TGTATCCAGGATTTCCTAAAAATCAAAATTCCAGATCGGTTTCCTGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 AAAACATCCTTGGCAATCTGAACTTTTAAGGAAGTATCATCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 367355 AAAACATCCTTGGCAATCTGAACTTTTAAGGAAGTATCATCTA