seq1 = pF1KSDA1293.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KSDA1293/gi568815597f_155209790.tfa (gi568815597f:155209790_155420606), 210817 bp

>pF1KSDA1293 1257
>gi568815597f:155209790_155420606 (Chr1)

1-176  (100001-100176)   100% ->
177-339  (100254-100416)   100% ->
340-480  (102466-102606)   100% ->
481-561  (108152-108232)   100% ->
562-684  (108380-108502)   100% ->
685-773  (108876-108964)   100% ->
774-846  (109067-109139)   100% ->
847-924  (109822-109899)   100% ->
925-1059  (110005-110139)   100% ->
1060-1257  (110620-110817)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCTGTCCCGCTGGTTGAGATCTGTGGGGGTCTTCCTGCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCCTGTCCCGCTGGTTGAGATCTGTGGGGGTCTTCCTGCTGCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCTACTGGGCACCCCGGGAGAGGTGGCTGGGTTCCCTACGGCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCTACTGGGCACCCCGGGAGAGGTGGCTGGGTTCCCTACGGCGGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGGTGCACGGGTACCCAGTCCTGGCCTGGCACAGTGCCCGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGGTGCACGGGTACCCAGTCCTGGCCTGGCACAGTGCCCGCTGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCAAGCGTGGACAGAGGAACCTCG         AGCCCTTTGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 TGCCAAGCGTGGACAGAGGAACCTCGGTG...TAGAGCCCTTTGCTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCAGAATGAACGGAGACCAGAATTCAGATGTTTATGCCCAAGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 CCTCAGAATGAACGGAGACCAGAATTCAGATGTTTATGCCCAAGAAAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGATTTCGTTCAGCACTTCTCCCAGATCGTTAGGGTGCTGACTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 AGGATTTCGTTCAGCACTTCTCCCAGATCGTTAGGGTGCTGACTGAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGATGGGGCACCCAGAGATAGGAGATGCTATTGCCCGGCTCAAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100369 GAGATGGGGCACCCAGAGATAGGAGATGCTATTGCCCGGCTCAAGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        GTCCTGGAGTACAATGCCATTGGAGGCAAGTATAACCGGGGTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100419 G...CAGGTCCTGGAGTACAATGCCATTGGAGGCAAGTATAACCGGGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACGGTGGTAGTAGCATTCCGGGAGCTGGTGGAGCCAAGGAAACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102509 TGACGGTGGTAGTAGCATTCCGGGAGCTGGTGGAGCCAAGGAAACAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGATAGTCTCCAGCGGGCCTGGACTGTGGGCTGGTGTGTGGAACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102559 GCTGATAGTCTCCAGCGGGCCTGGACTGTGGGCTGGTGTGTGGAACTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        CTGCAAGCTTTCTTCCTGGTGGCAGATGACATCATGGATTCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 G...TAGCTGCAAGCTTTCTTCCTGGTGGCAGATGACATCATGGATTCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCTTACCCGCCGGGGACAGATCTGCTGGTATCAGAAG         CCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108195 CCCTTACCCGCCGGGGACAGATCTGCTGGTATCAGAAGGTA...CAGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCGTGGGTTTGGATGCCATCAATGATGCTAACCTCCTGGAAGCATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108383 GGCGTGGGTTTGGATGCCATCAATGATGCTAACCTCCTGGAAGCATGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACCGCCTGCTGAAGCTCTATTGCCGGGAGCAGCCCTATTACCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108433 CTACCGCCTGCTGAAGCTCTATTGCCGGGAGCAGCCCTATTACCTGAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGATCGAGCTCTTCCTGCAG         AGTTCCTATCAGACTGAGATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108483 TGATCGAGCTCTTCCTGCAGGTG...TAGAGTTCCTATCAGACTGAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGGCAGACCCTGGACCTCCTCACAGCCCCCCAGGGCAATGTGGATCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108897 GGGCAGACCCTGGACCTCCTCACAGCCCCCCAGGGCAATGTGGATCTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGATTCACTGAAAAGAG         GTACAAATCTATTGTCAAGTACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108947 CAGATTCACTGAAAAGAGGTG...CAGGTACAAATCTATTGTCAAGTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGACAGCTTTCTACTCCTTCTACCTTCCTATAGCTGCAGCCATGTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109090 AGACAGCTTTCTACTCCTTCTACCTTCCTATAGCTGCAGCCATGTACATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GCAGGAATTGATGGCGAGAAGGAGCACGCCAATGCCAAGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109140 GTG...CAGGCAGGAATTGATGGCGAGAAGGAGCACGCCAATGCCAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATCCTGCTGGAGATGGGGGAGTTCTTTCAGATTCAG         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109863 GATCCTGCTGGAGATGGGGGAGTTCTTTCAGATTCAGGTA...CAGGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTACCTTGACCTCTTTGGGGACCCCAGTGTGACCGGCAAAATTGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110009 ATTACCTTGACCTCTTTGGGGACCCCAGTGTGACCGGCAAAATTGGCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GACATCCAGGACAACAAATGCAGCTGGCTGGTGGTTCAGTGTCTGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110059 GACATCCAGGACAACAAATGCAGCTGGCTGGTGGTTCAGTGTCTGCAACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCCACTCCAGAACAGTACCAGATCCTGAAG         GAAAATTACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110109 GGCCACTCCAGAACAGTACCAGATCCTGAAGGTG...CAGGAAAATTACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGCAGAAGGAGGCTGAGAAAGTGGCCCGGGTGAAGGCGCTATATGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110630 GGCAGAAGGAGGCTGAGAAAGTGGCCCGGGTGAAGGCGCTATATGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGGATCTGCCAGCAGTGTTCTTGCAATATGAGGAAGACAGTTACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110680 CTGGATCTGCCAGCAGTGTTCTTGCAATATGAGGAAGACAGTTACAGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATTATGGCTCTCATTGAACAGTACGCAGCACCCCTGCCCCCAGCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110730 CATTATGGCTCTCATTGAACAGTACGCAGCACCCCTGCCCCCAGCCGTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1220 TTCTGGGGCTTGCGCGCAAAATCTACAAGCGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110780 TTCTGGGGCTTGCGCGCAAAATCTACAAGCGGAGAAAG