seq1 = pF1KSDA1290.tfa, 3030 bp
seq2 = pF1KSDA1290/gi568815588r_49635231.tfa (gi568815588r:49635231_49858592), 223362 bp

>pF1KSDA1290 3030
>gi568815588r:49635231_49858592 (Chr10)

(complement)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-375  (101647-101817)   100% ->
376-478  (105853-105955)   100% ->
479-594  (106345-106460)   99% ->
595-749  (106612-106766)   100% ->
750-896  (107608-107754)   100% ->
897-987  (108777-108867)   100% ->
988-1167  (111385-111564)   100% ->
1168-1296  (111715-111843)   100% ->
1297-1476  (112616-112795)   100% ->
1477-1629  (113097-113249)   100% ->
1630-1732  (113841-113943)   100% ->
1733-1861  (114471-114599)   100% ->
1862-2012  (115615-115765)   100% ->
2013-2140  (117756-117883)   100% ->
2141-2319  (118754-118932)   100% ->
2320-2391  (120331-120402)   100% ->
2392-2517  (120521-120646)   100% ->
2518-2590  (120735-120807)   100% ->
2591-2754  (122073-122236)   100% ->
2755-2909  (122416-122570)   100% ->
2910-3030  (123242-123362)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTCAGCTGAGGCTGCTGCCGTCCCGTCTTGGGGTACAGGCTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTCAGCTGAGGCTGCTGCCGTCCCGTCTTGGGGTACAGGCTGCGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGGCTGCACATGACGTCCCGGTGTTTGGCTGGCGCAGCAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGGCTGCACATGACGTCCCGGTGTTTGGCTGGCGCAGCAGGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGGCCACCGGCCACCTTCCCAAGCAGCAAAGGTGGAGGCGGCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGGCCACCGGCCACCTTCCCAAGCAGCAAAGGTGGAGGCGGCTCCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACATGGAGGAGATGTACTTCGCCTGGTTGGAAAACCCCCAGAGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACATGGAGGAGATGTACTTCGCCTGGTTGGAAAACCCCCAGAGTGTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAG         TCCTGGGACAGCTTCTTCAGGGAAGCCAGCGAGGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGTC...TAGTCCTGGGACAGCTTCTTCAGGGAAGCCAGCGAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTTTCTGGCTCTGCTCAGCCACGGCCCCCTTCTGTTGTCCATGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101684 CCTTTTCTGGCTCTGCTCAGCCACGGCCCCCTTCTGTTGTCCATGAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGTCTGCAGTCTCAAGTCGGACCAAGACCAGCAAATTGGTGGAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101734 AGGTCTGCAGTCTCAAGTCGGACCAAGACCAGCAAATTGGTGGAGGACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGGCTGTGCAGTCCCTGATCCGGGCCTACCAG         ATCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101784 CCTGGCTGTGCAGTCCCTGATCCGGGCCTACCAGGTG...CAGATCCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCACCATGTGGCCCAGCTGGACCCCCTGGGCATTCTGGATGCAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105860 GTCACCATGTGGCCCAGCTGGACCCCCTGGGCATTCTGGATGCAGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACTCCTTTGTGCCCTCAGACTTGATCACAACCATTGATAAACTGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105910 GACTCCTTTGTGCCCTCAGACTTGATCACAACCATTGATAAACTGGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479      CCTTCTATGACCTTCAGGAGGCTGACCTTGATAAGGAGTTCCAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105960 ..CAGCCTTCTATGACCTTCAGGAGGCTGACCTTGATAAGGAGTTCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCCGACAACCACCTTCATTGGGGGCTCTGAAAACACCCTTTCTCTGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 106390 TGCCGACAACCACCTTCATTGGGGGCTCTGAAAACACCCTCTCTCTGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGATCATTCGGCGCCTGGAG         AACACCTACTGCCAGCACAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106440 GAGATCATTCGGCGCCTGGAGGTG...CAGAACACCTACTGCCAGCACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGCCTGGAGTTCATGTTCATCAACGATGTGGAGCAGTGCCAGTGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106632 TGGCCTGGAGTTCATGTTCATCAACGATGTGGAGCAGTGCCAGTGGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCAGAAGTTTGAGACCCCTGGTGTGATGCAGTTCTCCAGCGAGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106682 GGCAGAAGTTTGAGACCCCTGGTGTGATGCAGTTCTCCAGCGAGGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGGACCCTGCTGGCCCGGCTAGTGCGCTCCATGAG         GTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106732 CGGACCCTGCTGGCCCGGCTAGTGCGCTCCATGAGGTT...CAGGTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGACTTCCTGGCCCGGAAATGGTCCTCAGAGAAGCGGTTTGGCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107614 AGACTTCCTGGCCCGGAAATGGTCCTCAGAGAAGCGGTTTGGCCTGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTGTGAAGTGATGATTCCTGCCCTCAAGACCATCATCGACAAATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107664 GCTGTGAAGTGATGATTCCTGCCCTCAAGACCATCATCGACAAATCCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGATGGGGATTGAGAATGTCATCTTGGGGATGCCACACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107714 GAGATGGGGATTGAGAATGTCATCTTGGGGATGCCACACAGGTG...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGAAGGCTGAACGTGCTGGCCAACGTGATCCGCAAGGACCTGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108777 GGGAAGGCTGAACGTGCTGGCCAACGTGATCCGCAAGGACCTGGAGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTTCTGCCAGTTTGACCCCAAGCTGGAGGCGGCGGACGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108827 TCTTCTGCCAGTTTGACCCCAAGCTGGAGGCGGCGGACGAGGTG...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGCTCCGGGGATGTCAAGTACCACCTGGGCATGTACCATGAGAGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111385 GGCTCCGGGGATGTCAAGTACCACCTGGGCATGTACCATGAGAGGATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCGCGTCACCAACCGGAACATCACTCTGTCGCTGGTTGCCAACCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111435 CCGCGTCACCAACCGGAACATCACTCTGTCGCTGGTTGCCAACCCCTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCTGGAGGCAGTGGACCCTGTGGTGCAGGGGAAGACAAAGGCAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111485 ACCTGGAGGCAGTGGACCCTGTGGTGCAGGGGAAGACAAAGGCAGAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTCTACCGTGGAGATGCCCAGGGCAAGAAG         GTCATGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111535 TTCTACCGTGGAGATGCCCAGGGCAAGAAGGTG...CAGGTCATGTCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTGGTTCATGGGGACGCCGCCTTTGCTGGCCAGGGCGTGGTATATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111726 CCTGGTTCATGGGGACGCCGCCTTTGCTGGCCAGGGCGTGGTATATGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCTTCCACCTGAGCGACCTGCCCTCCTACACGACCAATGGTACCGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111776 CCTTCCACCTGAGCGACCTGCCCTCCTACACGACCAATGGTACCGTGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTCGTCGTCAACAACCAG         ATTGGATTCACCACAGACCCCCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111826 GTCGTCGTCAACAACCAGGTG...CAGATTGGATTCACCACAGACCCCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AATGGCCCGCTCCTCACCATACCCGACCGACGTGGCCCGGGTGGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112639 AATGGCCCGCTCCTCACCATACCCGACCGACGTGGCCCGGGTGGTCAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CGCCTATCTTCCATGTGAATGCCGATGACCCAGAGGCTGTGATATATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112689 CGCCTATCTTCCATGTGAATGCCGATGACCCAGAGGCTGTGATATATGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGCAGTGTGGCAGCCGAATGGAGAAACACTTTCAACAAAGATGTTGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112739 TGCAGTGTGGCAGCCGAATGGAGAAACACTTTCAACAAAGATGTTGTCGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGACCTG         GTCTGTTACCGCCGGCGTGGCCACAATGAGATGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112789 GGACCTGGTG...CAGGTCTGTTACCGCCGGCGTGGCCACAATGAGATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACGAGCCCATGTTCACCCAGCCGCTCATGTACAAGCAGATCCACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113131 ACGAGCCCATGTTCACCCAGCCGCTCATGTACAAGCAGATCCACAGACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTGCCTGTGCTGAAGAAGTACGCAGACAAGCTGATTGCCGAGGGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113181 GTGCCTGTGCTGAAGAAGTACGCAGACAAGCTGATTGCCGAGGGCACAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CACCCTGCAGGAGTTTGAG         GAAGAAATTGCCAAATACGACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113231 CACCCTGCAGGAGTTTGAGGTG...CAGGAAGAAATTGCCAAATACGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GGATCTGTGAGGAGGCTTATGGCAGGTCCAAGGATAAAAAGATTCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113863 GGATCTGTGAGGAGGCTTATGGCAGGTCCAAGGATAAAAAGATTCTGCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATAAAGCACTGGTTGGACTCCCCCTGGCCTG         GCTTCTTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 113913 ATAAAGCACTGGTTGGACTCCCCCTGGCCTGGTG...CAGGCTTCTTCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CGTAGATGGGGAGCCCAAGAGCATGACATGCCCAGCCACGGGGATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114481 CGTAGATGGGGAGCCCAAGAGCATGACATGCCCAGCCACGGGGATCCCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGGACATGCTCACCCACATCGGCAGTGTGGCCAGCTCTGTGCCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114531 AGGACATGCTCACCCACATCGGCAGTGTGGCCAGCTCTGTGCCCCTGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GACTTTAAGATCCACACTG         GCCTCTCTCGCATTCTGCGGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114581 GACTTTAAGATCCACACTGGTG...CAGGCCTCTCTCGCATTCTGCGGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CCGTGCGGACATGACCAAGAACCGGACGGTGGACTGGGCGTTGGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115637 CCGTGCGGACATGACCAAGAACCGGACGGTGGACTGGGCGTTGGCAGAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ACATGGCCTTTGGCTCCCTGCTGAAGGAAGGCATCCACGTGCGGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115687 ACATGGCCTTTGGCTCCCTGCTGAAGGAAGGCATCCACGTGCGGCTCAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGGCAGGATGTGGAGAGGGGCACATTCAG         TCACCGGCACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115737 GGGCAGGATGTGGAGAGGGGCACATTCAGGTG...CAGTCACCGGCACCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGTTCTCCATGACCAGGAGGTTGACCGCAGGACGTGTGTGCCTATGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117768 TGTTCTCCATGACCAGGAGGTTGACCGCAGGACGTGTGTGCCTATGAATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATCTCTGGCCTGACCAGGCCCCGTACACCGTGTGCAACAGCTCCCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117818 ATCTCTGGCCTGACCAGGCCCCGTACACCGTGTGCAACAGCTCCCTCTCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GAGTACGGAGTCCTGG         GCTTTGAGCTGGGCTATGCCATGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117868 GAGTACGGAGTCCTGGGTG...TAGGCTTTGAGCTGGGCTATGCCATGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 CAGCCCCAATGCCCTGGTCCTCTGGGAGGCCCAGTTTGGGGACTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118779 CAGCCCCAATGCCCTGGTCCTCTGGGAGGCCCAGTTTGGGGACTTCCACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 ACACGGCCCAGTGCATCATCGACCAGTTCATCAGCACCGGCCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118829 ACACGGCCCAGTGCATCATCGACCAGTTCATCAGCACCGGCCAGGCCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TGGGTGCGGCATAATGGCATTGTGCTGCTGCTGCCCCATGGCATGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118879 TGGGTGCGGCATAATGGCATTGTGCTGCTGCTGCCCCATGGCATGGAAGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CATG         GGCCCAGAGCACTCGTCAGCGAGGCCCGAAAGGTTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118929 CATGGTG...CAGGGCCCAGAGCACTCGTCAGCGAGGCCCGAAAGGTTCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 TGCAGATGAGCAATGATGACTCGGATGCCTACCCT         GCATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120368 TGCAGATGAGCAATGATGACTCGGATGCCTACCCTGTG...CAGGCATTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 ACCAAGGACTTCGAGGTGAGCCAGCTCTATGACTGCAACTGGATCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120527 ACCAAGGACTTCGAGGTGAGCCAGCTCTATGACTGCAACTGGATCGTGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CAACTGCTCCACACCGGCCAACTACTTCCACGTGCTGCGCCGGCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120577 CAACTGCTCCACACCGGCCAACTACTTCCACGTGCTGCGCCGGCAGATCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TGCTGCCCTTCCGCAAGCCG         CTGATTATCTTCACACCTAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 120627 TGCTGCCCTTCCGCAAGCCGGTG...CAGCTGATTATCTTCACACCTAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 TCTCTGCTGAGGCACCCAGAGGCCAAGTCCAGCTTTGACCAAATGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120756 TCTCTGCTGAGGCACCCAGAGGCCAAGTCCAGCTTTGACCAAATGGTATC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 CG         GGACCAGCTTCCAGCGGGTGATTCCTGAAGATGGGGCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120806 CGGTA...CAGGGACCAGCTTCCAGCGGGTGATTCCTGAAGATGGGGCCG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 CAGCACGGGCCCCTGAGCAGGTGCAGCGGCTCATCTTCTGCACGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122112 CAGCACGGGCCCCTGAGCAGGTGCAGCGGCTCATCTTCTGCACGGGAAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 GTGTACTATGACCTGGTGAAGGAGCGGAGCAGCCAGGACCTGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122162 GTGTACTATGACCTGGTGAAGGAGCGGAGCAGCCAGGACCTGGAGGAGAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 AGTGGCCATCACGCGCCTGGAGCAG         ATCTCTCCATTCCCCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122212 AGTGGCCATCACGCGCCTGGAGCAGGTG...CAGATCTCTCCATTCCCCT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 TCGACCTGATCAAGCAGGAGGCAGAGAAGTACCCAGGTGCGGAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122432 TCGACCTGATCAAGCAGGAGGCAGAGAAGTACCCAGGTGCGGAGCTGGCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821 TGGTGTCAGGAGGAGCACAAGAACATGGGCTACTATGACTACATCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122482 TGGTGTCAGGAGGAGCACAAGAACATGGGCTACTATGACTACATCAGCCC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 ACGCTTCATGACCATCCTGAGGCGCGCACGGCCCATATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122532 ACGCTTCATGACCATCCTGAGGCGCGCACGGCCCATATGGTA...CAGGT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 ATGTTGGCCGGGACCCAGCGGCTGCACCAGCCACAGGAAACAGGAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123244 ATGTTGGCCGGGACCCAGCGGCTGCACCAGCCACAGGAAACAGGAACACT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2962 CACCTGGTGTCACTGAAGAAGTTTCTGGATACTGCCTTCAATCTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123294 CACCTGGTGTCACTGAAGAAGTTTCTGGATACTGCCTTCAATCTCCAGGC

   3200     .    :    .
   3012 CTTTGAGGGCAAGACATTT
        |||||||||||||||||||
 123344 CTTTGAGGGCAAGACATTT