seq1 = pF1KSDA1276.tfa, 3180 bp
seq2 = pF1KSDA1276/gi568815594r_17532535.tfa (gi568815594r:17532535_17881299), 348765 bp

>pF1KSDA1276 3180
>gi568815594r:17532535_17881299 (Chr4)

(complement)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-894  (171656-172408)   99% ->
895-1030  (173516-173651)   99% ->
1031-1170  (175409-175548)   100% ->
1171-1377  (176094-176300)   100% ->
1378-1488  (187888-187998)   99% ->
1489-1596  (192769-192876)   100% ->
1597-1694  (216641-216738)   100% ->
1695-1824  (221213-221342)   100% ->
1825-2037  (222738-222950)   99% ->
2038-2191  (228317-228470)   100% ->
2192-2346  (233509-233663)   100% ->
2347-2519  (239072-239244)   99% ->
2520-2666  (241904-242050)   100% ->
2667-2784  (244655-244772)   100% ->
2785-2889  (246187-246291)   100% ->
2890-3089  (247412-247611)   100% ->
3090-3180  (248675-248765)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTGCTCTCAACAGCAAAATTAACCCGCCCGGCACTTGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTGCTCTCAACAGCAAAATTAACCCGCCCGGCACTTGCCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCAAAGCCGACGGTGGCGCCGGCTGGAGAATGGACTGTGATCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCAAAGCCGACGGTGGCGCCGGCTGGAGAATGGACTGTGATCCCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCACGTGAAAATGTGCAAGAAGATCGCCCAGCTCACCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 TGCACGTGAAAATGTGCAAGAAGATCGCCCAGCTCACCAAGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGATTTATGCCCTGAACACCCGCCAGGATGAGGCTGAGGCCAGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171656 GTGATTTATGCCCTGAACACCCGCCAGGATGAGGCTGAGGCCAGCATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCGCTGCGGGAAGCGCACCAGGAGGAGCTCCAGAATGCGGTGGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171706 GGCGCTGCGGGAAGCGCACCAGGAGGAGCTCCAGAATGCGGTGGCAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAGGCCAGGCTCCTGCAGGAACAGGGCTGCGCAGAGGAGGAAGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171756 CCAAGGCCAGGCTCCTGCAGGAACAGGGCTGCGCAGAGGAGGAAGCCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTACAGCGCATCCAGGCCCTGGAGAGCGCCCTGGAGCTGCAGAAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 171806 CTACAGCGCATCCAGGCCCTGGAGAGCGCCCTGGAGCTGCAAAAGAGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACGGAGGAGGCGCTGGCTGAGTCGGCCTCGTGCAGGCTGGAGACGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171856 GACGGAGGAGGCGCTGGCTGAGTCGGCCTCGTGCAGGCTGGAGACGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAGAGAGCTGAGGGTGGAGGCAGAGCACGCCGAGCGAGTCCTCACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171906 AGAGAGAGCTGAGGGTGGAGGCAGAGCACGCCGAGCGAGTCCTCACGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCCAGGGAAATGCTGGAGCTCAAGGCTGACTACGAGAGGAGGCTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171956 TCCAGGGAAATGCTGGAGCTCAAGGCTGACTACGAGAGGAGGCTCCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGACGAGCCACGAGGCTACCCCGCAGGGCCGGCTGCCCCAGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172006 CCTGACGAGCCACGAGGCTACCCCGCAGGGCCGGCTGCCCCAGGAGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGAAACCAAGTCGGAGCCAGGCCAGGGCCCGGAGATGCAGGAGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172056 CTGAAACCAAGTCGGAGCCAGGCCAGGGCCCGGAGATGCAGGAGGTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTAGAGGTGCAGCGGCTGCGAGTGGAGAACCAGCAGCTGAGCAAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172106 CTAGAGGTGCAGCGGCTGCGAGTGGAGAACCAGCAGCTGAGCAAGGACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGCCCGCAAGGCCGAGGAGCTGCAGGCCACCTACGAGAGGGAAAACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172156 CGCCCGCAAGGCCGAGGAGCTGCAGGCCACCTACGAGAGGGAAAACGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCATCCGGCAGGCCATGCAGCAGTCGGTGAGCCAGGCCCTGTGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172206 CCATCCGGCAGGCCATGCAGCAGTCGGTGAGCCAGGCCCTGTGGCAGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGAGAAGGAGTCGGACCTCCGCAAGAACTTCCAGGTCCAGGAGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172256 CAGGAGAAGGAGTCGGACCTCCGCAAGAACTTCCAGGTCCAGGAGTCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTGCAGGCTCAGGTCCGGAAGCTGGAAGGAGACCTGGAGCACAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172306 CCTGCAGGCTCAGGTCCGGAAGCTGGAAGGAGACCTGGAGCACAGAGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCAAGATAAGTGACCTGAAGAAGTACGCCCAGAAGCTGAAGGAGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172356 GCAAGATAAGTGACCTGAAGAAGTACGCCCAGAAGCTGAAGGAGAGGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAG         CACCTGGATGTGCAGCTTAAGGAGGCTCGACAGGAGAA
        |||>>>...>>> |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172406 CAGGTA...TAGGACCTGGATGTGCAGCTTAAGGAGGCTCGACAGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTCAGAGTTGAAAGGCACTGCAAAAAAACTTGGGGAGAAGCTGGCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173554 TTCAGAGTTGAAAGGCACTGCAAAAAAACTTGGGGAGAAGCTGGCTGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCAAAGACAGAATGATGCTGCAGGAGTGTCGTGGGACACAGCAGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 173604 CCAAAGACAGAATGATGCTGCAGGAGTGTCGTGGGACACAGCAGACAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1031        ATGCCATGAAGACTGAGTTAGTTTCAGAGAACAAAGTCCTGCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173654 G...CAGATGCCATGAAGACTGAGTTAGTTTCAGAGAACAAAGTCCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGAAGAGAATGACTTGGAAGCCGGCAATCTTCATCCTCAGCAGGATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175452 GGAAGAGAATGACTTGGAAGCCGGCAATCTTCATCCTCAGCAGGATCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GCTGTCTCAAGGAGTGCCCTTGCATGAAAGGAGGCACAGATATGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 175502 GCTGTCTCAAGGAGTGCCCTTGCATGAAAGGAGGCACAGATATGCAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171       ACCAAGAAAGAGGCAAGTGCTGAGACAGAATATATGAAGCAACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175552 ...TAGACCAAGAAAGAGGCAAGTGCTGAGACAGAATATATGAAGCAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ATATGAAGAAGACCTTCGTAAAATCAAACATCAGACAGAAGAGGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176138 ATATGAAGAAGACCTTCGTAAAATCAAACATCAGACAGAAGAGGAGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AACATCTCAAAGACCAGCTAGTGAAGCGACTAGAAGACTTGGTAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176188 AACATCTCAAAGACCAGCTAGTGAAGCGACTAGAAGACTTGGTAAAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CACACCGTGGAAATCAAATCCGTTCGCTCGTCCGTGGAGGCTGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176238 CACACCGTGGAAATCAAATCCGTTCGCTCGTCCGTGGAGGCTGAAAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GAAACTGCAGAGG         GAAGTAGAAGCACAGTTGGAGGAAGTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 176288 GAAACTGCAGAGGGTG...TAGGAAGTAGAAGCACAGTTGGAGGAAGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GGAAGAAATCAGAAAAGGAGATAAAGCAGCTGGAAGAAGAGAAAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187916 GGAAGAAATCAGAAAAGGAGATAAAGCAGCTGGAAGAAGAGAAAGCAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CTCAATGTGAAGCTCCAGAATTCTCTGCTTGAG         GTTTTAAG
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 187966 CTCAATGTGAAGCTTCAGAATTCTCTGCTTGAGGTG...TAGGTTTTAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GCTGGAAGAATTTATCCAACAAAATAAGACACGCCCCACAGGAGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192777 GCTGGAAGAATTTATCCAACAAAATAAGACACGCCCCACAGGAGCTGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AAAGTCCCCAGGAATTAGGCCGCCAGCACTGCAGCATTCTGGAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192827 AAAGTCCCCAGGAATTAGGCCGCCAGCACTGCAGCATTCTGGAGACCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597          GATCCATGCTTGAAGCTGGATGAAACTTCGCCGAGAGGAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192877 GTA...TAGGATCCATGCTTGAAGCTGGATGAAACTTCGCCGAGAGGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GGAGTATCAAGATAAGTTAGCAGCTGAAGAAGGAACCAGCAGTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216682 GGAGTATCAAGATAAGTTAGCAGCTGAAGAAGGAACCAGCAGTGATGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 AAGAAAG         GACCAAAGTGCTTCTCAAGGAGGGAAGTGACCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216732 AAGAAAGGTA...AAGGACCAAAGTGCTTCTCAAGGAGGGAAGTGACCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CAACCTCCACTGGGCTCTTTGTTGAAGGAGAAAACATCCAAAATCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221247 CAACCTCCACTGGGCTCTTTGTTGAAGGAGAAAACATCCAAAATCCAGCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TCTAGAGGAGGACTGGCAAAGCCAGAAGGCCAAATTGCAAGCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 221297 TCTAGAGGAGGACTGGCAAAGCCAGAAGGCCAAATTGCAAGCCCAGGTA.

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825      GTCTCACAGATGCAGCAGGCTCTGGAGCAGTGCACCAGCAACTAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221347 ..CAGGTCTCACAGATGCAGCAGGCTCTGGAGCAGTGCACCAGCAACTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AGGGAGGACCTGCAGGCACTCAAGCAGCTCTCGGACCTGGAGAGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222783 AGGGAGGACCTGCAGGCACTCAAGCAGCTCTCGGACCTGGAGAGGGAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GCTGCAGCATGAGCTCCAGGAGACCACTCAGCAGAACCACGCCATGAAAG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222833 GCTGCAGCGTGAGCTCCAGGAGACCACTCAGCAGAACCACGCCATGAAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CCCAGCTCGAGGCTTCCCACCAGAGAGCCCTGCGCATGCTGGAGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222883 CCCAGCTCGAGGCTTCCCACCAGAGAGCCCTGCGCATGCTGGAGAAGGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AGACATCAGGAACTCAAG         GCCACAGAGGAACGCTTGAAGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 222933 AGACATCAGGAACTCAAGGTG...CAGGCCACAGAGGAACGCTTGAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGAATCCAGCCACAGCCTCCAGATCCAACACCAGACACACCGACTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228340 GGAATCCAGCCACAGCCTCCAGATCCAACACCAGACACACCGACTGGAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TCCAGGCCTTGGAGGAAAAGGCCAGGCAAGAGCTGCAGGAGGAGCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228390 TCCAGGCCTTGGAGGAAAAGGCCAGGCAAGAGCTGCAGGAGGAGCGTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 AGGATGCAGGCACAGCAGGCCCTGCTGCTAG         AGTCGCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 228440 AGGATGCAGGCACAGCAGGCCCTGCTGCTAGGTA...CAGAGTCGCTCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 ACAGGAGCTGTCGGAGCAGCAAGCTGCCTGTTCTGGGCACCAGAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233519 ACAGGAGCTGTCGGAGCAGCAAGCTGCCTGTTCTGGGCACCAGAAGGACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TGGAGGCACTGCAGGCCGAGCTGAGGGCTCTGGGCAGACAGCAAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233569 TGGAGGCACTGCAGGCCGAGCTGAGGGCTCTGGGCAGACAGCAAGCCAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 AGCCAGTGTCCAGGAGACAGCAAGGATCACATAATCGCCACAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 233619 AGCCAGTGTCCAGGAGACAGCAAGGATCACATAATCGCCACAGAGGTC..

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347     GAGTGGGGCGGCCCGGGCCAGGCCGGCTCCCCACCGGGCGCTGCTG
        .>>>||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233669 .CAGGAGCGGGGCGGCCCGGGCCAGGCCGGCTCCCCACCGGGCGCTGCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 GGCAGGGTTCCGGCGAGGGATGCGGGCTCTGGGAGGAGAACGCGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239118 GGCAGGGTTCCGGCGAGGGATGCGGGCTCTGGGAGGAGAACGCGCAGCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 CAGGACGCGGTGCGGCGGCTGCGCGCGGAGGTGGAGCAGCATCAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239168 CAGGACGCGGTGCGGCGGCTGCGCGCGGAGGTGGAGCAGCATCAGCAGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 GGCGCAGAAGCTCCGAGACCAGCGCAG         GTTCCTGGAGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 239218 GGCGCAGAAGCTCCGAGACCAGCGCAGGTG...CAGGTTCCTGGAGGAGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 CTCAGCAAGCCCAGCGGGCCAGGGAGGTGGAGACACTGCGCCAGGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241918 CTCAGCAAGCCCAGCGGGCCAGGGAGGTGGAGACACTGCGCCAGGAACAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 CGGAAGGAGATGCAGGCCATGGTGGCAGATTTCAGTAGTGCCCAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241968 CGGAAGGAGATGCAGGCCATGGTGGCAGATTTCAGTAGTGCCCAGGCCCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 GCTCCAGGCCCGGCTGGCTGCCCTGGAAGCCGA         ACTGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 242018 GCTCCAGGCCCGGCTGGCTGCCCTGGAAGCCGAGTA...CAGACTGAAAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 ATTCCGGAGAGAAGCCAGGGAAGGGAGCGTCCAGGCCCGAGGACCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244663 ATTCCGGAGAGAAGCCAGGGAAGGGAGCGTCCAGGCCCGAGGACCTTCAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 CTCATTGGCCGCCTGCAGACCCGCCTGAAGGAGAGAGAGGACATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244713 CTCATTGGCCGCCTGCAGACCCGCCTGAAGGAGAGAGAGGACATCATCAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2775 GCAGCTCACG         GAAGAGAGAAGATTTCACTACGCAGCATTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 244763 GCAGCTCACGGTG...TAGGAAGAGAGAAGATTTCACTACGCAGCATTCC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2816 CCAGTGCCATGTCCCACCGGAATCGGTCTTTCTCTTTCAATCCTCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246218 CCAGTGCCATGTCCCACCGGAATCGGTCTTTCTCTTTCAATCCTCACCCG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2866 GGATATTTGACCCCTTCCATGAAG         AAAAAGAAGGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 246268 GGATATTTGACCCCTTCCATGAAGGTA...CAGAAAAAGAAGGTGGAGGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2907 CGTGCCCAGCCGCGTGGTCAGCGTGCCGAACCTCGCCTCCTATGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247429 CGTGCCCAGCCGCGTGGTCAGCGTGCCGAACCTCGCCTCCTATGCAAAGA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2957 ACTTTCTGAGTGGCGATCTGAGTTCCAGGATTAATGCCCCTCCAATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247479 ACTTTCTGAGTGGCGATCTGAGTTCCAGGATTAATGCCCCTCCAATAACT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3007 ACATCACCCAGCTTGGACCCAAGCCCCAGCTGTGGCCGGACCTACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247529 ACATCACCCAGCTTGGACCCAAGCCCCAGCTGTGGCCGGACCTACAAACC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3057 CAACCAGTCTACAGATGCAAAAACTGCCACAAG         GACCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 247579 CAACCAGTCTACAGATGCAAAAACTGCCACAAGGTT...TAGGACCCCAG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3098 ATGGTGAAACGGCCCAAGCCAAAGAAGCCCAGCAGAAACAGGGCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 248683 ATGGTGAAACGGCCCAAGCCAAAGAAGTCCAGCAGAAACAGGGCTCTCCG

   3300     .    :    .    :    .    :
   3148 CACCAGGAATGGTTCACCAAGTACTTTTCTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 248733 CACCAGGAATGGTTCACCAAGTACTTTTCTTTC