seq1 = pF1KSDA1258.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KSDA1258/gi568815589f_72049560.tfa (gi568815589f:72049560_72348339), 298780 bp

>pF1KSDA1258 1362
>gi568815589f:72049560_72348339 (Chr9)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-212  (145941-146029)   100% ->
213-384  (153012-153183)   100% ->
385-472  (161128-161215)   100% ->
473-578  (164327-164432)   100% ->
579-606  (169920-169947)   100% ->
607-714  (173561-173668)   100% ->
715-822  (176118-176225)   100% ->
823-920  (178384-178481)   100% ->
921-988  (181555-181622)   100% ->
989-1135  (191593-191739)   100% ->
1136-1266  (195589-195719)   100% ->
1267-1294  (197847-197874)   100% ->
1295-1362  (198713-198780)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGCCGCTCAGATGCCGCCCCTGGCGCACATCTTCCGAGGGACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGCCGCTCAGATGCCGCCCCTGGCGCACATCTTCCGAGGGACGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCCACTCCACCTGGACCTGCCCCATGGAGGTGCTGCGGGATCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCCACTCCACCTGGACCTGCCCCATGGAGGTGCTGCGGGATCACCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGGCGTGAGCGACAGCGGCAAA         ATAGTGTTTTTAGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 TCGGCGTGAGCGACAGCGGCAAAGTA...AAGATAGTGTTTTTAGAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCATCTCAACAGGAAAAACTGGCCAAAGAATGGTGCTTCAAGCCGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145959 GCATCTCAACAGGAAAAACTGGCCAAAGAATGGTGCTTCAAGCCGTGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATAAGAGAACTGAGCCACCA         TGAGTTCTTCATGCCTGGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 146009 AATAAGAGAACTGAGCCACCAGTA...CAGTGAGTTCTTCATGCCTGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTTGATACACACATCCATGCCTCTCAGTATTCCTTTGCTGGAAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153032 TGGTTGATACACACATCCATGCCTCTCAGTATTCCTTTGCTGGAAGTAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATAGACCTGCCACTCTTGGAGTGGCTGACCAAGTACACATTTCCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153082 ATAGACCTGCCACTCTTGGAGTGGCTGACCAAGTACACATTTCCTGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACAGATTCCAGAACATCGACTTTGCAGAAGAAGTATATACCAGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153132 ACACAGATTCCAGAACATCGACTTTGCAGAAGAAGTATATACCAGAGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TC         AGGAGAACACTAAAGAATGGAACAACCACAGCTTGTTAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153182 TCGTA...TAGAGGAGAACACTAAAGAATGGAACAACCACAGCTTGTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTGCAACAATTCACACTGACTCATCTCTGCTCCTTGCCGACATTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 161167 TTTGCAACAATTCACACTGACTCATCTCTGCTCCTTGCCGACATTACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         ATAAATTTGGACAGCGGGCATTTGTGGGCAAAGTTTGCATGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161217 TG...CAGATAAATTTGGACAGCGGGCATTTGTGGGCAAAGTTTGCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTGAATGACACTTTTCCAGAATACAAGGAGACCACTGAGGAATCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164369 ATTTGAATGACACTTTTCCAGAATACAAGGAGACCACTGAGGAATCGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGAAACTGAGAG         ATTTGTGTCAGAAATGCTCCAAAAGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 164419 AAGGAAACTGAGAGGTA...CAGATTTGTGTCAGAAATGCTCCAAAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 C         TATTCTAGAGTGAAGCCCATAGTGACACCACGTTTTTCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169947 CGTG...CAGTATTCTAGAGTGAAGCCCATAGTGACACCACGTTTTTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCTCCTGCTCTGAGACTTTGATGGGTGAACTGGGCAACATTGCTAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173601 TCTCCTGCTCTGAGACTTTGATGGGTGAACTGGGCAACATTGCTAAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGTGATTTGCACATTCAG         AGCCATATAAGTGAAAATCGTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 173651 CGTGATTTGCACATTCAGGTG...TAGAGCCATATAAGTGAAAATCGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAAGTTGAAGCTGTGAAAAACTTATACCCCAGTTATAAAAACTACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176141 TGAAGTTGAAGCTGTGAAAAACTTATACCCCAGTTATAAAAACTACACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGTGTATGATAAAAACAATCTTTTGACAAATAAG         ACAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 176191 CTGTGTATGATAAAAACAATCTTTTGACAAATAAGGTA...CAGACAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGGCACACGGCTGCTACCTCTCTGCAGAAGAACTGAACGTATTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178390 ATGGCACACGGCTGCTACCTCTCTGCAGAAGAACTGAACGTATTCCATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACGAGGAGCATCCATCGCACACTGTCCCAATTCTAATTTATC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 178440 ACGAGGAGCATCCATCGCACACTGTCCCAATTCTAATTTATCGTA...CA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921  GCTCAGCAGTGGATTTCTAAATGTGCTAGAAGTCCTGAAACATGAAGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181554 GGCTCAGCAGTGGATTTCTAAATGTGCTAGAAGTCCTGAAACATGAAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGATAGGGCTGGGTACAG         ACGTGGCTGGTGGCTATTCATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 181604 AAGATAGGGCTGGGTACAGGTT...CAGACGTGGCTGGTGGCTATTCATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TTCCATGCTTGATGCAATCAGAAGAGCAGTGATGGTTTCCAATATCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191615 TTCCATGCTTGATGCAATCAGAAGAGCAGTGATGGTTTCCAATATCCTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TAATTAATAAGGTAAATGAGAAAAGCCTCACCCTCAAAGAAGTCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191665 TAATTAATAAGGTAAATGAGAAAAGCCTCACCCTCAAAGAAGTCTTCAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTAGCTACTCTTGGAGGAAGCCAAG         CCCTGGGGCTGGATGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 191715 CTAGCTACTCTTGGAGGAAGCCAAGGTA...TAGCCCTGGGGCTGGATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGAGATTGGAAACTTTGAAGTGGGCAAGGAATTTGATGCCATCCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195605 TGAGATTGGAAACTTTGAAGTGGGCAAGGAATTTGATGCCATCCTGATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACCCCAAAGCATCCGACTCTCCCATTGACCTGTTTTATGGGGACTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195655 ACCCCAAAGCATCCGACTCTCCCATTGACCTGTTTTATGGGGACTTTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGTGATATTTCTGAG         GCTGTTATCCAGAAGTTCCTCTATCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 195705 GGTGATATTTCTGAGGTA...TAGGCTGTTATCCAGAAGTTCCTCTATCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AG         GAGATGATCGAAATATTGAAGAGGTTTATGTGGGCGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197873 AGGTA...CAGGAGATGATCGAAATATTGAAGAGGTTTATGTGGGCGGAA

   1450     .    :    .    :    .
   1334 AGCAGGTGGTTCCGTTTTCCAGCTCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 198752 AGCAGGTGGTTCCGTTTTCCAGCTCAGTG